genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86954697--86954770	27	2.8	27	86	10	91	36	18	22	21	1.95
86955370--86955751	27	14.2	27	84	4	432	25	20	17	36	1.95
86955385--86955748	54	6.8	54	90	0	543	25	20	18	35	1.95
86955386--86955823	54	8.2	54	84	5	243	26	18	18	36	1.94
86955737--86955965	27	8.6	27	78	6	216	28	10	21	39	1.86
86955370--86955804	81	5.4	80	79	7	409	26	19	17	36	1.94
86955737--86955944	80	2.6	80	86	5	278	29	10	20	39	1.85
86955655--86955944	54	5.4	53	79	5	228	29	12	19	38	1.89
86957953--86958084	40	3.3	40	91	0	192	23	16	25	34	1.95
86965499--86965628	40	3.2	40	77	4	120	26	13	22	37	1.91
86965684--86965738	16	3.4	16	74	0	56	36	5	25	32	1.79
86967125--86967288	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
86967125--86967322	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
86971015--86971165	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00
86978975--86979064	40	2.2	41	84	9	123	26	26	22	24	2.00
86978991--86979101	40	2.8	40	83	1	125	23	26	22	27	1.99
86982589--86982643	28	2.0	28	100	0	110	20	10	21	47	1.80
86984458--86984501	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
86987473--86987568	48	2.0	48	95	0	174	32	22	10	34	1.88
86992577--86992745	93	1.8	92	83	7	225	23	27	20	28	1.99
86992663--86992799	49	2.8	49	80	7	154	25	28	19	26	1.99
86992949--86992978	14	2.1	14	100	0	60	43	6	0	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87006708--87006753	24	1.9	24	86	8	67	54	0	36	8	1.32
87009762--87009929	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
87017717--87017884	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
87020852--87021018	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
87028841--87029007	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
87030857--87031056	46	4.3	46	80	7	192	23	27	19	30	1.98
87032646--87032805	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
87032646--87032805	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
87034635--87034692	30	1.9	30	89	0	89	27	25	12	34	1.91
87035567--87035827	121	2.2	121	89	5	386	30	13	16	38	1.88
87040141--87040179	6	6.5	6	90	0	51	43	15	20	20	1.88
87042018--87042091	35	2.1	35	97	0	139	36	24	12	27	1.91
87043008--87043067	26	2.3	27	77	8	70	38	16	16	28	1.91
87043473--87043518	20	2.3	20	78	14	51	50	17	0	32	1.47
87051307--87051691	43	9.0	43	84	2	479	29	27	16	26	1.97
87051310--87051696	171	2.3	172	85	2	510	29	26	16	26	1.97
87053538--87053745	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
87053538--87053745	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
87061544--87061751	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
87061544--87061751	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
87063656--87063686	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
87065355--87065399	13	3.4	13	87	3	63	15	24	0	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87066733--87066766	11	3.1	11	82	0	50	41	2	2	52	1.31
87070025--87070091	19	3.3	19	67	25	55	20	13	25	40	1.89
87079147--87079209	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
87079401--87079543	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
87079401--87079542	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
87079400--87079543	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
87079593--87079653	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
87083646--87083732	43	2.0	43	88	0	129	25	13	22	37	1.91
87091273--87091301	13	2.1	14	93	6	51	17	20	10	51	1.74
87094410--87094485	38	2.0	38	100	0	152	50	5	10	34	1.59
87098297--87098403	44	2.5	43	76	10	112	33	14	18	33	1.91
87102020--87102059	19	2.1	19	86	9	55	52	10	7	30	1.62
87111334--87111595	47	5.6	47	73	13	179	28	19	27	24	1.99
87111332--87111502	46	3.7	46	77	9	177	28	19	27	24	1.99
87115712--87115750	21	1.9	20	84	5	51	43	15	17	23	1.87
87117363--87117406	23	1.9	23	81	9	54	9	15	11	63	1.51
87118726--87119082	177	2.0	177	91	3	585	38	10	14	36	1.81
87120940--87120964	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
87124097--87124137	22	1.9	21	85	5	55	53	2	2	41	1.27
87132469--87132523	28	2.0	28	88	0	83	29	16	14	40	1.88
87135683--87135712	13	2.4	12	89	10	51	46	0	10	43	1.37
87136222--87136256	13	2.7	13	90	0	52	37	5	5	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87136920--87136959	21	2.0	19	90	9	62	45	0	0	55	0.99
87136882--87136959	33	2.5	30	80	15	88	47	0	2	50	1.15
87138771--87138838	30	2.3	30	89	0	100	17	25	14	42	1.87
87141454--87141639	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
87143522--87143690	51	3.3	51	87	1	196	23	24	15	36	1.93
87144188--87144228	20	2.0	20	100	0	82	24	39	4	31	1.76
87146588--87146797	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
87149666--87149795	49	2.7	49	85	2	163	29	22	26	21	1.99
87149528--87149785	141	1.8	138	81	6	322	27	18	28	25	1.98
87153832--87154039	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
87156528--87156557	11	2.6	12	89	10	53	33	0	0	66	0.92
87156593--87156709	62	1.9	59	89	5	180	41	3	3	51	1.35
87162236--87162354	40	3.0	40	82	0	148	33	25	16	24	1.96
87173406--87173448	16	2.7	16	77	0	50	11	16	16	55	1.68
87174591--87174630	7	5.7	7	100	0	80	42	45	12	0	1.42
87181464--87181502	19	2.1	19	95	0	69	30	5	7	56	1.49
87184638--87184686	25	1.9	26	87	4	73	57	8	10	24	1.59
87187660--87187841	78	2.3	81	83	6	239	26	27	21	24	1.99
87187658--87187841	40	4.7	40	83	9	234	26	27	21	23	1.99
87195671--87195852	78	2.3	81	85	6	248	25	27	22	24	2.00
87195650--87195852	40	5.1	40	83	9	247	25	27	22	24	2.00
87197854--87197878	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87207902--87207932	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
87211090--87211277	40	4.7	40	86	3	281	26	27	21	25	1.99
87214604--87214641	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
87222506--87222543	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
87229802--87229988	40	4.7	40	93	2	324	24	27	22	25	2.00
87238534--87238560	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
87238791--87238845	2	27.5	2	92	0	83	47	0	3	49	1.19
87239250--87239368	50	2.4	50	80	2	134	42	11	19	26	1.85
87252323--87252433	35	3.2	35	76	10	109	42	20	8	28	1.81
87252336--87252434	35	2.8	35	80	6	119	42	20	9	28	1.82
87254000--87254065	27	2.5	26	73	11	62	46	15	9	28	1.76
87256627--87256795	84	2.0	84	95	0	302	33	27	15	23	1.95
87257931--87258771	436	1.9	435	93	0	1432	34	17	10	36	1.85
87261761--87261923	40	4.1	39	80	10	186	25	22	27	25	2.00
87266521--87266687	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
87270716--87270816	40	2.5	40	100	0	202	19	30	23	25	1.98
87278623--87278832	40	5.2	40	87	2	296	21	29	24	24	1.99
87286191--87286260	28	2.5	28	93	2	115	17	10	28	44	1.81
87288080--87288123	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
87288783--87288897	40	2.8	40	82	8	135	23	14	26	35	1.93
87288783--87288914	40	3.3	40	77	13	126	23	13	25	37	1.92
87304637--87304853	40	5.4	40	86	2	269	24	28	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87309890--87310019	40	3.3	40	82	3	138	22	14	29	33	1.94
87315368--87315563	40	4.9	39	78	10	184	26	23	25	25	2.00
87317410--87317492	37	2.2	37	86	0	112	21	31	21	25	1.98
87317610--87317803	47	4.1	47	93	0	307	26	30	9	32	1.89
87317660--87317738	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
87317750--87317883	66	2.0	66	98	0	259	25	33	10	30	1.89
87319254--87319401	40	3.7	39	84	5	136	23	27	22	26	2.00
87321261--87321595	47	7.1	47	95	0	589	27	29	9	32	1.89
87325174--87325397	111	2.0	111	98	0	430	23	20	13	42	1.88
87326121--87326195	21	3.4	21	67	16	53	22	13	24	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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