genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38614339--38614388	26	2.0	26	84	7	68	58	2	10	30	1.42
38614474--38614540	25	2.8	24	78	12	77	56	1	4	37	1.29
38614503--38614543	20	2.0	20	90	0	64	58	2	2	36	1.24
38615467--38615496	7	4.1	7	91	8	51	83	0	3	13	0.77
38617209--38617239	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
38618051--38618080	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
38619076--38619138	22	2.8	22	83	9	74	49	4	0	46	1.23
38619823--38619877	20	2.8	20	80	2	67	30	1	14	52	1.52
38624416--38624493	28	2.8	28	90	0	129	21	43	20	14	1.87
38634700--38634961	49	5.4	49	81	5	236	25	28	19	27	1.98
38634938--38635054	46	2.5	48	84	2	148	24	29	17	28	1.97
38639517--38639586	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
38647441--38647510	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
38653596--38653724	49	2.6	49	85	2	161	21	27	20	30	1.98
38653546--38653724	98	1.8	97	83	3	234	24	27	19	28	1.99
38653786--38653905	46	2.6	47	80	10	133	23	27	18	30	1.97
38655323--38655504	41	4.5	41	78	9	174	23	25	13	36	1.92
38657800--38657947	40	3.7	39	93	3	226	24	29	22	22	1.99
38665857--38665957	40	2.5	40	100	0	202	20	30	24	23	1.99
38671823--38671945	61	2.0	61	98	0	237	27	8	27	35	1.87
38674459--38674666	40	5.2	40	82	7	244	25	27	22	25	2.00
38674455--38674663	79	2.6	79	81	8	237	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38677682--38677901	77	2.8	79	83	10	272	25	22	26	25	2.00
38677682--38677903	117	1.9	119	81	9	276	25	22	26	25	2.00
38677682--38677903	40	5.7	40	84	8	262	25	22	26	25	2.00
38683628--38683697	27	2.6	27	90	2	104	28	28	14	28	1.95
38685037--38685074	20	2.1	18	85	14	51	10	15	0	73	1.09
38689351--38689568	79	2.8	81	81	10	247	26	27	21	24	1.99
38689383--38689568	40	4.6	41	84	7	231	26	27	22	23	1.99
38691877--38691906	15	2.1	15	93	6	53	13	23	0	63	1.29
38710658--38710822	23	7.3	23	78	8	151	38	21	20	20	1.94
38710670--38710822	44	3.4	45	88	2	218	38	21	20	18	1.93
38711191--38711269	38	2.1	38	97	0	149	40	21	3	34	1.71
38715372--38715484	58	2.0	57	85	5	156	30	34	13	22	1.92
38715376--38715487	29	3.9	28	79	10	120	31	34	11	22	1.90
38718620--38718653	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
38719764--38719917	29	5.3	29	87	2	195	30	31	14	23	1.94
38719764--38719916	58	2.7	58	87	1	218	30	32	14	22	1.94
38727493--38727563	25	2.8	25	93	2	115	25	25	22	26	2.00
38727492--38727576	25	3.4	24	87	7	109	28	23	22	25	1.99
38727784--38727854	30	2.4	31	90	4	110	33	19	25	21	1.97
38728295--38728321	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
38729557--38729736	79	2.3	81	81	7	208	25	21	27	26	1.99
38729557--38729738	40	4.6	40	79	9	194	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38729610--38729761	79	1.9	79	81	7	184	26	20	26	26	1.99
38731120--38731197	31	2.6	31	83	4	106	30	21	23	24	1.99
38735629--38735886	40	6.5	40	89	4	355	23	23	27	25	2.00
38741453--38741522	25	2.8	25	88	2	95	28	24	21	25	1.99
38741744--38741821	31	2.6	30	81	2	93	33	23	24	19	1.97
38743166--38743235	35	2.0	35	97	0	131	31	14	18	35	1.91
38748187--38748346	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
38756268--38756427	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
38768034--38768213	40	4.5	40	80	7	195	24	26	23	25	2.00
38768034--38768212	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
38776064--38776281	40	5.4	39	83	6	215	24	25	23	26	2.00
38791380--38791464	29	3.0	29	89	1	127	28	14	30	27	1.95
38792591--38792624	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
38794811--38794982	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
38794803--38794978	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38797351--38797438	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
38797351--38797429	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
38797362--38797438	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
38800384--38800555	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
38800376--38800551	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38802926--38803014	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
38802926--38803005	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38802937--38803014	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
38805962--38806133	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
38805954--38806129	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38811012--38811175	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
38811012--38811209	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
38818473--38818636	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
38818473--38818670	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
38820923--38820949	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
38823370--38823514	44	3.4	43	74	12	118	27	25	18	28	1.98
38825585--38825657	25	2.9	25	91	0	110	43	6	10	38	1.67
38825844--38825904	29	2.1	29	96	0	113	49	24	8	18	1.74
38826150--38826185	17	2.1	17	100	0	72	38	11	5	44	1.63
38827888--38828044	43	3.6	42	76	10	149	31	23	18	26	1.97
38836044--38836192	51	2.9	51	88	7	223	28	27	14	30	1.95
38836216--38836338	24	4.7	27	79	15	141	25	24	14	35	1.93
38836216--38836338	52	2.4	51	89	5	183	25	24	14	35	1.93
38840332--38840359	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
38840779--38840826	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
38840863--38840929	20	3.3	20	89	0	98	32	13	22	31	1.92
38840978--38841144	24	7.0	24	89	3	223	28	22	22	26	1.99
38841338--38841398	31	2.0	31	86	0	86	34	14	26	24	1.94
38848109--38848293	40	4.7	40	77	4	131	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38854773--38854958	39	4.9	36	83	10	194	25	20	27	25	1.99
38854773--38854984	73	2.8	76	82	9	252	25	21	27	25	1.99
38854769--38854986	40	5.7	40	81	10	251	24	22	27	25	1.99
38854769--38855019	79	3.3	78	79	10	216	25	21	27	25	1.99
38864152--38864311	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
38874766--38874918	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
38885139--38885179	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
38888162--38888691	47	11.3	47	91	0	844	28	29	8	34	1.86
38894728--38894779	21	2.4	22	78	9	54	61	5	11	21	1.50
38899939--38900125	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
38899962--38900125	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
38899962--38900159	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
38907038--38907224	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
38907061--38907224	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
38907061--38907258	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
38914661--38914695	14	2.5	14	95	0	61	31	0	45	22	1.53
38919612--38919847	46	5.1	46	98	0	436	34	6	27	31	1.83
38919845--38919953	47	2.3	47	88	0	164	36	9	27	26	1.87
38922513--38922776	40	6.6	40	95	0	429	25	21	28	25	1.99
38923440--38923575	40	3.4	40	75	8	116	26	23	26	23	2.00
38926241--38926466	46	5.0	46	97	1	411	34	7	27	31	1.84
38926241--38926496	138	1.9	137	90	3	406	33	7	27	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38926470--38926580	47	2.4	47	89	3	161	36	9	27	27	1.87
38928429--38928794	50	7.3	50	75	7	301	31	25	15	26	1.96
38928461--38928690	101	2.3	101	80	5	243	32	26	14	26	1.94
38928429--38928795	151	2.4	151	87	2	540	31	25	15	26	1.96
38928612--38928793	101	1.8	101	81	2	231	31	25	15	26	1.96
38930086--38930355	47	5.8	46	72	10	183	28	21	28	22	1.99
38943881--38944056	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
38943878--38944049	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
38951626--38951728	29	3.6	27	82	5	107	29	32	16	22	1.96
38962986--38963018	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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