genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9789683--9789716	5	6.6	5	86	6	50	5	61	32	0	1.20
9789674--9789716	21	2.0	21	100	0	86	9	58	32	0	1.30
9796036--9796066	16	1.9	16	100	0	62	45	6	16	32	1.72
9797559--9797600	3	14.0	3	84	0	57	26	33	0	40	1.56
9797826--9797879	27	2.0	27	100	0	108	48	18	3	29	1.65
9797837--9798136	148	2.0	148	97	1	566	35	17	13	35	1.88
9809455--9809505	25	2.0	26	81	11	61	49	1	0	49	1.12
9810462--9810497	18	2.0	18	94	0	63	52	8	0	38	1.32
9810462--9810508	18	2.7	18	86	3	51	51	10	0	38	1.37
9823488--9823546	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
9833934--9834005	26	2.9	24	76	15	67	50	15	11	23	1.76
9833951--9834005	26	2.1	26	93	0	92	50	16	10	21	1.75
9836361--9836426	30	2.2	30	86	7	91	31	10	6	51	1.61
9836819--9836845	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
9847711--9847881	54	3.2	53	79	9	168	25	22	18	33	1.97
9848044--9848198	49	3.2	49	68	14	129	22	23	19	34	1.96
9848009--9848262	98	2.6	98	82	1	294	22	25	16	35	1.94
9852151--9852192	21	2.0	21	85	4	57	69	4	11	14	1.34
9852151--9852194	22	2.0	22	82	8	54	68	4	13	13	1.36
9853952--9854008	29	2.0	27	83	6	69	61	1	8	28	1.36
9859359--9859385	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
9859623--9859746	58	2.2	56	88	2	185	26	13	24	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9860264--9860304	22	1.9	21	85	5	55	68	9	19	2	1.29
9860964--9861005	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
9862272--9862341	31	2.3	31	82	0	86	28	25	20	25	1.99
9862296--9862387	46	2.0	46	89	0	139	27	23	22	26	2.00
9862342--9862400	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
9862380--9862657	50	5.5	50	90	1	421	28	22	14	34	1.93
9864946--9864983	18	2.1	18	90	0	58	50	7	13	28	1.69
9870885--9870930	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
9871096--9871133	11	3.4	11	92	7	67	28	0	0	71	0.87
9871096--9871131	12	3.1	12	96	4	65	25	0	0	75	0.81
9872888--9872925	20	1.9	20	88	0	58	42	26	0	31	1.56
9876270--9876294	11	2.3	11	100	0	50	40	0	16	44	1.47
9884217--9884388	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
9884210--9884385	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
9891798--9891969	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
9891791--9891966	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
9896205--9896618	132	3.1	133	83	2	503	33	16	18	31	1.93
9897608--9897669	2	31.0	2	96	0	115	50	1	0	48	1.10
9900596--9900629	15	2.2	16	89	5	52	41	14	11	32	1.82
9906720--9906755	14	2.6	14	90	0	54	36	36	5	22	1.78
9926277--9926433	78	2.0	78	86	0	215	26	17	24	31	1.97
9935850--9935874	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9939131--9939191	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
9939667--9939700	15	2.3	15	90	10	52	35	17	5	41	1.74
9939735--9939794	10	5.6	10	73	21	50	51	1	1	45	1.21
9941896--9941938	4	10.8	4	84	0	59	25	0	53	20	1.46
9949902--9949931	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
9950159--9950236	40	2.0	40	97	0	147	43	19	7	29	1.78
9954966--9955024	30	1.9	31	86	3	84	47	1	20	30	1.60
9955262--9955317	11	4.9	11	85	8	67	33	0	1	64	1.04
9957456--9957728	46	5.9	46	89	0	350	39	14	24	20	1.91
9959624--9959648	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
9961315--9961552	113	2.1	113	93	3	417	59	13	0	26	1.38
9964419--9964480	6	10.3	6	84	6	72	19	4	11	64	1.43
9964424--9964490	12	5.6	12	80	7	73	22	5	11	59	1.54
9964410--9964480	18	4.0	17	83	5	70	18	5	12	63	1.48
9964419--9964490	18	4.0	18	83	0	72	22	5	11	61	1.50
9964507--9964548	18	2.3	18	79	0	57	23	9	14	52	1.71
9964694--9964897	64	3.2	64	91	0	318	25	14	15	45	1.84
9965205--9965233	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
9966884--9966991	40	2.7	40	92	0	171	23	8	22	46	1.78
9967554--9967609	21	2.7	21	85	0	76	37	37	16	8	1.80
9970510--9970590	37	2.2	36	84	6	101	37	0	2	60	1.10
9973039--9973076	19	2.0	20	84	5	51	71	2	2	23	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9973693--9973749	18	3.2	17	73	9	51	70	1	5	22	1.17
9973989--9974056	22	3.1	21	85	6	82	61	4	1	32	1.24
9973998--9974054	21	2.7	21	79	15	64	61	3	1	33	1.23
9990705--9990744	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
9990971--9991018	23	2.1	23	84	7	62	45	8	4	41	1.53
9991357--9991405	6	8.2	6	78	17	57	46	0	0	53	1.00
9995594--9995630	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
9998418--9998629	46	4.7	43	76	11	165	24	32	19	24	1.98
10004349--10004385	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
10005186--10005236	24	2.1	25	92	3	86	49	19	15	15	1.80
10007027--10007096	30	2.3	31	82	2	88	45	7	21	25	1.77
10006847--10007255	205	2.0	208	85	3	558	39	9	13	36	1.78
10007237--10007290	28	2.0	27	86	10	76	46	1	11	40	1.50
10007845--10007874	11	2.7	11	89	0	51	33	0	0	66	0.92
10008506--10008552	22	2.1	22	88	0	67	57	0	6	36	1.24
10010737--10010784	24	2.0	24	83	0	60	45	10	22	20	1.81
10014200--10014318	51	2.3	51	81	7	132	40	21	21	16	1.91
10015281--10015321	19	2.2	19	91	8	66	0	31	0	68	0.90
10016259--10016295	19	2.0	19	89	5	58	56	10	0	32	1.34
10019313--10019526	108	2.0	104	87	5	304	33	11	7	47	1.67
10021460--10021666	40	5.2	39	80	2	198	25	26	22	25	2.00
10023967--10023993	11	2.5	11	100	0	54	51	33	14	0	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10024269--10024297	14	2.1	14	100	0	58	41	20	6	31	1.79
10024681--10024712	15	2.1	15	94	0	55	40	9	15	34	1.80
10028393--10028451	27	2.2	27	87	0	91	25	28	35	10	1.89
10028545--10028586	22	1.9	22	90	9	68	69	0	28	2	1.01
10028542--10028591	25	1.9	27	88	8	77	70	0	28	2	0.99
10028555--10028590	17	2.1	17	89	0	54	72	0	27	0	0.85
10034929--10034963	12	2.8	12	86	4	52	22	0	2	74	0.95
10034900--10034961	28	2.2	28	75	8	65	27	1	3	67	1.15
10035037--10035117	13	6.0	13	71	13	56	23	2	4	69	1.21
10034898--10035805	149	6.3	146	86	6	1196	28	4	6	59	1.45
10035077--10035119	13	3.4	13	83	6	61	25	0	4	69	1.07
10035077--10035119	12	3.4	12	80	6	50	25	0	4	69	1.07
10035072--10035251	42	4.1	43	69	11	148	30	3	6	59	1.39
10035090--10035295	48	4.5	47	71	19	143	30	2	6	60	1.37
10035184--10035768	142	4.1	144	89	4	885	28	5	7	59	1.45
10035772--10035800	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
10036315--10036356	3	14.3	3	80	5	50	0	40	0	59	0.97
10044180--10044228	15	3.4	14	81	10	55	10	4	4	81	0.95
10056527--10056670	72	2.0	72	100	0	288	37	13	19	29	1.90
10057151--10057201	3	17.0	3	78	8	50	29	1	35	33	1.69
10062555--10062595	4	10.0	4	85	15	57	75	0	24	0	0.80
10062557--10062595	20	2.0	19	95	5	69	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10063913--10063992	41	1.9	42	82	7	101	20	32	27	20	1.97
10064689--10064735	6	7.8	6	90	0	67	42	17	23	17	1.88
10064689--10064739	18	2.8	18	96	0	93	41	15	25	17	1.89
10065682--10065726	5	8.6	5	82	7	54	55	2	0	42	1.12
10065682--10065726	21	2.1	21	84	8	56	55	2	0	42	1.12
10067989--10068199	51	4.2	51	94	1	352	28	23	15	32	1.95
10067986--10068199	101	2.1	102	93	0	367	28	23	14	32	1.95
10074761--10074995	50	4.8	50	87	9	333	30	22	14	32	1.93
10074841--10074912	21	3.4	21	65	14	58	27	23	11	37	1.89
10074840--10074955	42	2.7	42	90	4	171	28	24	12	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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