genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  316  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94871869--94871934	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
94872305--94872346	15	2.9	14	89	10	66	50	11	0	38	1.40
94873602--94873633	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
94873656--94873684	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
94878232--94878297	23	3.0	23	75	6	82	40	24	18	16	1.90
94878668--94878724	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
94879970--94880001	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
94880024--94880052	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
94884607--94884672	23	3.0	23	75	6	82	40	24	18	16	1.90
94885045--94885101	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
94885688--94885800	56	2.0	56	100	0	226	38	19	7	35	1.79
94886418--94886456	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
94886479--94886507	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
94887280--94887348	29	2.4	29	92	2	122	28	24	18	27	1.98
94887222--94887414	89	2.2	90	84	6	250	29	22	16	31	1.96
94887313--94887444	61	2.2	61	88	0	192	28	25	15	31	1.95
94887565--94887668	53	2.0	53	84	0	136	26	25	15	32	1.95
94889212--94889385	46	3.8	45	76	10	163	22	18	28	30	1.98
94889206--94889377	93	1.8	93	89	0	272	22	19	28	29	1.98
94895302--94895345	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
94895365--94895406	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
94895369--94895405	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94895484--94895539	15	3.5	15	73	17	58	51	1	0	46	1.11
94895484--94895546	34	1.9	33	87	9	94	52	3	0	44	1.17
94901779--94901817	14	2.8	14	88	0	51	30	17	10	41	1.83
94903906--94904013	56	2.0	54	85	7	146	46	0	0	51	1.13
94904693--94904955	135	1.9	137	94	4	467	46	8	7	37	1.63
94906873--94906905	15	2.1	16	88	5	50	3	15	0	81	0.80
94907769--94907845	38	2.0	38	92	0	127	31	12	19	36	1.90
94908567--94908623	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
94908568--94908632	28	2.3	28	81	2	67	41	3	24	30	1.70
94918499--94918584	27	3.2	27	77	4	77	32	22	24	20	1.98
94918744--94918813	27	2.6	27	81	0	86	28	17	17	37	1.92
94918797--94919077	26	10.6	27	79	5	281	29	9	20	39	1.84
94918804--94919054	53	4.7	53	79	7	285	30	9	20	39	1.85
94918764--94919054	106	2.7	106	78	7	295	30	10	20	38	1.87
94918803--94919077	80	3.5	78	82	9	333	29	9	21	39	1.85
94938070--94938112	6	7.0	6	84	5	50	60	2	6	30	1.35
94938595--94938696	43	2.4	43	85	6	127	44	13	6	35	1.71
94941395--94941443	25	2.0	25	88	8	73	26	24	26	22	2.00
94941453--94941561	50	2.2	50	81	3	130	41	15	23	19	1.90
94941493--94941566	25	3.0	25	77	0	67	37	18	24	18	1.94
94946264--94946299	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
94950547--94950596	26	2.0	25	84	11	66	44	0	6	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94950696--94950744	19	2.7	18	81	12	55	34	0	4	61	1.15
94951268--94951301	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
94957384--94957450	33	2.0	33	100	0	134	23	11	17	46	1.82
94964436--94964569	9	14.1	9	70	18	60	62	2	4	30	1.27
94964426--94964568	10	14.9	9	72	19	62	62	2	4	30	1.28
94964521--94964587	17	3.9	17	80	9	73	65	1	2	29	1.16
94964466--94964570	27	3.7	27	75	18	81	60	1	4	32	1.28
94967861--94967886	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
94968564--94968597	4	8.2	4	93	6	59	23	0	0	76	0.79
94968564--94968597	17	2.0	17	100	0	68	23	0	0	76	0.79
94981072--94981123	27	1.9	27	88	0	77	34	17	23	25	1.96
94981292--94981445	27	5.7	27	86	3	202	25	21	18	34	1.96
94981292--94981445	81	1.9	81	91	0	254	25	21	18	34	1.96
94985681--94985733	24	2.2	24	86	3	72	16	22	22	37	1.94
94995724--94995761	17	2.2	17	95	0	67	31	7	23	36	1.84
95003563--95003638	24	3.2	24	77	3	73	21	25	17	36	1.94
95003623--95003709	24	3.6	25	70	17	69	20	19	22	36	1.95
95008295--95008342	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
95019264--95019366	33	3.2	33	80	1	118	35	23	8	32	1.85
95020061--95020102	20	2.0	21	90	4	68	30	19	0	50	1.48
95022441--95022766	131	2.5	131	83	3	374	36	13	15	34	1.87
95022731--95022820	36	2.5	37	80	5	112	36	14	13	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95022776--95023014	131	1.8	131	83	1	318	36	13	15	33	1.87
95022605--95022951	167	2.1	167	84	2	455	36	13	14	34	1.86
95030886--95030920	19	1.9	17	88	11	52	2	14	5	77	1.07
95034599--95034632	17	1.9	18	88	5	52	38	11	2	47	1.55
95035124--95035155	15	2.1	16	94	5	57	18	6	12	62	1.50
95037037--95037075	16	2.5	15	84	12	51	5	17	0	76	0.96
95045982--95046042	25	2.4	26	94	2	106	29	13	16	40	1.86
95050554--95050578	12	2.1	12	100	0	50	76	8	16	0	1.02
95060415--95060493	39	2.0	39	100	0	158	32	12	32	21	1.91
95063166--95063207	19	2.2	19	100	0	84	40	23	14	21	1.90
95069424--95069453	13	2.3	13	94	0	51	40	0	0	60	0.97
95069430--95069471	16	2.9	15	83	13	52	40	7	0	52	1.29
95078367--95078501	26	5.2	26	94	1	227	33	5	24	37	1.78
95080282--95080566	135	2.1	136	95	1	509	24	18	24	31	1.97
95081896--95082142	107	2.3	107	85	2	347	30	11	13	44	1.79
95084599--95084633	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
95085382--95085452	37	1.9	37	97	0	133	21	21	11	46	1.82
95087605--95087654	26	1.9	26	83	0	64	40	4	0	56	1.18
95088260--95088312	27	2.0	27	92	0	88	50	3	0	45	1.19
95089565--95089643	30	2.5	32	83	6	108	63	7	2	26	1.34
95101305--95101334	11	2.7	11	89	0	51	63	6	10	20	1.47
95102522--95102711	95	2.0	96	86	2	267	31	13	8	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95107610--95107657	11	4.4	11	79	7	53	0	22	0	77	0.78
95107610--95107657	17	2.9	17	84	9	55	0	22	0	77	0.78
95107591--95107657	33	2.0	34	82	8	84	0	26	1	71	0.94
95116142--95116205	16	4.1	15	88	8	76	42	7	21	28	1.81
95116143--95116213	32	2.2	31	83	11	90	40	7	22	29	1.80
95116159--95116213	16	3.4	16	89	0	83	40	7	21	30	1.81
95116460--95116509	20	2.4	21	90	6	84	58	2	0	40	1.10
95116392--95116516	57	2.2	57	85	4	162	53	3	0	42	1.22
95116776--95116806	16	1.9	16	93	0	53	58	12	0	29	1.35
95119234--95119369	26	5.2	26	96	0	245	35	6	22	35	1.81
95120856--95120908	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
95125077--95125126	24	2.2	21	73	26	57	36	6	22	36	1.79
95125066--95125198	25	5.2	25	94	4	214	34	5	24	36	1.78
95125066--95125198	51	2.6	50	91	5	214	34	5	24	36	1.78
95126683--95126734	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
95129261--95129353	46	2.0	46	100	0	186	43	21	2	33	1.65
95130402--95130618	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
95130368--95130789	136	3.1	136	96	0	763	32	24	18	24	1.97
95131035--95131088	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
95132557--95132666	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
95136475--95136691	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
95136441--95136862	136	3.1	136	96	0	763	32	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95137110--95137163	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
95137127--95137202	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
95138642--95138684	14	3.2	14	75	24	56	41	16	4	37	1.69
95138642--95138751	26	4.2	26	91	0	166	37	22	5	34	1.78
95138642--95138682	12	3.2	13	77	22	50	41	17	4	36	1.71
95144994--95145263	50	5.6	50	76	12	253	30	17	28	23	1.97
95144991--95145263	95	2.9	96	79	11	292	30	17	28	23	1.97
95148868--95149003	43	3.2	43	96	0	245	11	23	34	30	1.90
95149160--95149314	29	5.4	28	70	11	116	21	20	28	29	1.98
95149157--95149325	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345