genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76900270--76900399	49	2.6	48	86	9	183	27	22	19	30	1.98
76900456--76900508	9	5.4	9	75	16	52	37	22	5	33	1.78
76900448--76900508	20	3.0	20	87	0	95	36	21	8	34	1.83
76900448--76900504	11	5.5	11	74	16	59	35	21	8	35	1.84
76908107--76908170	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
76908377--76908482	23	4.4	24	87	7	153	29	20	19	30	1.97
76908358--76908480	48	2.6	47	83	10	153	27	21	20	30	1.98
76908539--76908591	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
76908531--76908597	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
76908543--76908586	15	2.9	15	81	18	56	34	20	9	36	1.84
76917599--76917768	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
76919915--76920044	49	2.7	49	79	4	138	24	16	31	27	1.96
76929641--76929707	33	2.1	33	88	2	100	44	14	11	28	1.81
76929686--76929726	20	2.0	20	85	0	55	43	14	7	34	1.73
76929693--76929763	20	3.5	20	71	7	63	35	14	11	39	1.81
76929803--76929918	20	5.8	20	73	18	107	40	14	9	35	1.79
76929802--76929913	40	2.8	39	84	9	154	41	14	8	35	1.77
76930058--76930102	20	2.2	20	80	0	54	33	13	8	44	1.75
76930046--76930149	48	2.2	48	81	6	122	33	14	8	43	1.76
76930141--76930194	20	2.7	20	78	16	58	38	11	9	40	1.73
76930312--76930371	20	3.0	19	73	9	57	45	16	6	31	1.74
76930427--76930495	19	3.5	19	75	13	59	39	5	13	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76933872--76933919	23	2.1	23	100	0	96	45	16	8	29	1.76
76939340--76939417	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
76939520--76939642	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
76942741--76942839	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
76943323--76943805	29	16.7	29	96	1	826	24	33	17	25	1.96
76945819--76945896	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
76945999--76946121	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
76950724--76950765	17	2.5	17	96	0	75	26	16	23	33	1.96
76953527--76953684	42	3.8	42	73	0	136	29	25	15	28	1.96
76958586--76958659	24	3.1	24	76	0	76	16	17	12	54	1.72
76960512--76960695	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
76960552--76960740	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
76971656--76971699	21	2.1	21	91	0	70	22	22	20	34	1.97
76977989--76978118	35	3.6	34	68	15	91	33	12	21	33	1.90
76980518--76980569	25	2.1	25	100	0	104	34	25	0	40	1.56
76980769--76980846	35	2.2	35	86	4	113	46	20	8	24	1.79
76980781--76980894	35	3.3	35	75	4	104	44	15	12	27	1.82
76994141--76994472	40	8.3	40	93	0	565	24	19	28	28	1.98
76994532--76994688	28	5.5	29	74	3	131	23	16	29	30	1.96
76994500--76994688	57	3.3	57	85	3	231	23	17	28	30	1.97
76994504--76994660	28	5.5	28	75	6	136	22	17	28	31	1.97
76996623--76996708	29	3.0	28	80	9	102	27	31	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76996614--76996695	29	2.9	29	78	8	96	26	32	15	24	1.95
77006416--77006566	40	3.8	40	80	6	164	25	21	27	24	1.99
77013554--77013601	17	2.8	18	76	20	57	25	18	22	33	1.97
77017539--77017578	13	3.0	13	92	3	62	65	0	0	35	0.93
77021460--77021488	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
77025646--77025714	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
77028079--77028172	18	5.4	18	91	3	122	29	9	24	36	1.87
77032347--77032385	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
77036803--77036830	12	2.3	12	100	0	56	32	10	0	57	1.33
77042810--77042982	95	1.8	95	94	0	310	34	22	15	27	1.95
77050371--77050413	21	2.0	21	86	0	59	53	4	2	39	1.34
77051082--77051219	20	6.9	20	70	10	77	44	9	7	38	1.66
77051111--77051216	40	2.6	39	72	5	95	45	8	7	38	1.63
77051261--77051302	20	2.2	20	91	4	68	38	14	4	42	1.66
77052851--77052965	46	2.5	44	81	4	131	31	16	26	25	1.96
77052938--77053066	50	2.6	49	80	10	156	24	19	31	24	1.98
77052938--77053117	96	1.8	99	83	8	244	25	18	31	24	1.98
77059581--77059750	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
77069321--77069504	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77069361--77069549	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77079342--77079461	59	2.0	59	100	0	240	42	10	22	25	1.84
77079892--77079975	26	3.4	25	72	8	73	20	20	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77088984--77089016	16	2.1	16	94	0	57	33	0	6	60	1.21
77092438--77092503	33	2.0	33	100	0	132	48	6	24	21	1.72
77094365--77094401	15	2.5	15	100	0	74	37	13	27	21	1.91
77095694--77095787	33	2.8	34	77	9	84	31	14	26	26	1.95
77099056--77099140	33	2.5	33	77	7	82	37	37	9	15	1.80
77101266--77101330	29	2.2	29	97	0	121	26	29	15	29	1.96
77107807--77107832	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77115318--77115404	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
77115473--77116064	49	12.1	49	96	0	1049	28	27	10	34	1.89
77122643--77122674	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
77122874--77123212	50	6.7	50	77	4	331	30	24	18	26	1.98
77122874--77123217	101	3.4	101	84	1	422	29	24	18	26	1.98
77122874--77123212	151	2.2	152	79	3	389	30	24	18	26	1.98
77125348--77125410	27	2.4	27	83	2	65	22	4	17	55	1.60
77125360--77125414	27	2.0	27	96	0	101	18	3	21	56	1.57
77125729--77125779	25	2.0	26	84	3	68	49	3	3	43	1.39
77128423--77128523	50	2.0	50	100	0	202	32	35	11	19	1.89
77147311--77147350	13	3.0	13	92	3	62	65	0	0	35	0.93
77151018--77151227	40	5.3	39	80	3	188	25	25	23	25	2.00
77151018--77151187	80	2.1	80	83	4	218	24	27	24	24	2.00
77153586--77153633	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
77160123--77160162	1	40.0	1	87	0	53	5	0	2	92	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77160514--77160561	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
77167055--77167092	9	3.8	10	89	10	60	7	2	5	84	0.86
77167055--77167092	19	2.0	20	94	5	69	7	2	5	84	0.86
77170119--77170204	30	2.9	30	76	0	100	27	26	16	29	1.97
77171089--77171136	20	2.4	20	71	0	51	22	29	16	31	1.96
77177397--77177444	15	3.3	15	79	5	62	31	0	22	45	1.53
77177393--77177437	14	3.1	14	78	6	54	28	0	26	44	1.55
77177393--77177449	29	2.0	29	89	0	87	29	0	24	45	1.53
77178429--77178473	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
77183933--77183972	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
77185044--77185091	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
77185468--77185516	10	4.6	11	87	12	68	79	8	4	8	1.04
77185478--77185522	21	2.2	20	88	11	65	80	6	6	6	1.04
77190736--77190775	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
77191846--77191893	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
77196431--77196574	39	3.7	39	89	0	225	22	29	21	27	1.99
77196391--77196573	78	2.3	79	88	1	260	22	28	22	25	1.99
77204827--77204855	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
77209281--77209317	16	2.3	16	95	0	65	35	8	18	37	1.81
77214413--77214469	29	2.0	29	85	0	78	45	28	0	26	1.54
77218759--77218812	20	2.7	20	76	0	63	20	27	20	31	1.97
77218960--77219004	21	2.1	21	87	4	63	33	2	4	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77219023--77219051	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
77222378--77222474	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
77222491--77222535	20	2.2	21	84	4	56	33	15	26	24	1.95
77223875--77223933	30	2.0	30	82	0	73	30	15	32	22	1.94
77224702--77224749	25	1.9	25	91	0	78	22	35	25	16	1.95
77232645--77232701	20	2.8	20	81	0	69	17	14	36	31	1.89
77232876--77233023	56	2.6	56	93	0	260	32	25	16	25	1.96
77236798--77236934	27	5.1	26	76	7	130	19	24	20	35	1.96
77236798--77236933	54	2.5	54	85	2	184	19	24	19	36	1.95
77244798--77244955	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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