genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23766883--23766917	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
23771996--23772128	68	2.0	67	95	1	239	27	12	31	28	1.93
23776522--23776610	31	2.9	31	78	8	101	38	5	8	47	1.59
23777263--23777288	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
23780129--23780321	21	9.3	21	79	4	196	15	21	17	45	1.86
23780147--23780321	63	2.8	64	83	5	218	16	22	17	44	1.87
23785703--23785813	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
23791743--23791800	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
23797051--23797202	21	7.3	21	81	1	164	14	21	17	46	1.84
23797048--23797202	63	2.5	62	85	7	197	14	21	18	45	1.84
23808709--23808745	19	1.9	19	100	0	74	37	8	16	37	1.78
23808783--23808866	42	2.0	42	93	4	143	32	7	11	48	1.67
23817246--23817307	30	2.1	30	90	6	99	58	12	3	25	1.50
23817341--23817367	14	1.9	14	100	0	54	51	14	11	22	1.73
23820259--23820373	57	2.0	57	85	8	153	27	17	6	48	1.70
23821801--23821951	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
23847175--23847207	14	2.4	14	90	5	50	42	0	9	48	1.35
23848044--23848087	22	2.0	23	90	4	72	29	0	25	45	1.54
23848165--23848475	126	2.5	126	91	0	487	36	19	17	27	1.94
23851736--23851774	21	1.9	20	89	5	60	2	20	46	30	1.64
23852006--23852047	18	2.3	18	91	0	66	42	7	26	23	1.80
23852641--23852666	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23855750--23855800	21	2.4	21	90	0	84	15	13	11	58	1.63
23859367--23859423	23	2.5	23	88	0	78	26	35	14	24	1.93
23864853--23865086	116	2.0	116	98	0	450	31	22	12	33	1.91
23878650--23878730	34	2.4	34	85	4	110	20	50	8	19	1.74
23879097--23879127	11	2.7	11	95	5	53	83	6	0	9	0.79
23879096--23879130	13	2.7	13	90	0	52	82	5	0	11	0.82
23879719--23879768	3	16.3	3	91	4	82	32	0	2	66	1.03
23879866--23879928	3	22.0	3	90	9	105	34	0	0	65	0.93
23880225--23880282	23	2.4	23	77	8	62	41	1	3	53	1.28
23880063--23880315	129	2.0	123	93	6	436	38	8	5	47	1.57
23880268--23880337	33	2.2	30	82	9	86	38	5	2	52	1.40
23886354--23886642	47	6.1	47	89	4	364	33	10	29	26	1.90
23886452--23886526	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
23886873--23887002	37	3.5	37	95	0	224	23	16	31	27	1.96
23891129--23891212	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
23892821--23892933	27	4.2	27	80	9	115	16	21	23	38	1.92
23892819--23892933	54	2.1	54	87	3	160	16	20	23	39	1.92
23895723--23895942	56	3.9	56	87	0	296	35	24	22	17	1.95
23895929--23895998	22	3.2	22	79	0	77	37	21	20	21	1.95
23901067--23901099	17	2.0	17	88	5	50	33	0	9	57	1.30
23905447--23905483	14	2.6	14	91	4	56	62	8	2	27	1.37
23909000--23909049	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23909787--23910032	41	6.3	40	72	16	187	32	23	18	26	1.97
23909824--23910031	41	5.3	40	75	13	193	32	23	17	26	1.96
23909942--23910050	41	2.7	40	82	5	137	33	23	17	25	1.96
23913455--23913484	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
23916930--23916996	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
23917048--23917190	43	3.3	42	77	6	144	25	28	20	25	1.99
23918742--23918787	21	2.2	21	88	0	65	0	50	19	30	1.48
23924279--23924345	9	7.4	9	89	0	107	34	0	19	46	1.50
23924344--23925018	241	2.8	240	95	1	1217	32	14	19	34	1.91
23927816--23927880	25	2.6	25	85	0	94	29	15	43	12	1.83
23929879--23929916	18	2.1	18	90	5	58	47	2	42	7	1.46
23929862--23930000	72	1.9	72	84	11	185	42	5	41	10	1.61
23930125--23930181	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
23930539--23930589	14	3.6	14	94	0	84	35	50	0	13	1.42
23930539--23930589	21	2.4	21	93	0	84	35	50	0	13	1.42
23930534--23930625	28	3.2	28	79	10	89	38	43	0	18	1.50
23930909--23930957	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
23931568--23931705	41	3.4	41	87	1	197	18	26	20	35	1.95
23931568--23931737	81	2.1	82	83	3	209	18	24	20	37	1.94
23936349--23936410	30	2.1	30	100	0	124	48	12	3	35	1.58
23937501--23937540	7	5.7	7	90	0	62	37	2	30	30	1.71
23941640--23941669	11	2.7	11	100	0	60	63	0	10	26	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23944945--23945193	55	4.4	55	76	9	209	51	11	6	30	1.63
23946527--23946553	13	2.1	13	100	0	54	51	7	0	40	1.30
23946551--23946589	6	6.5	6	96	0	69	17	30	2	48	1.61
23954838--23954883	23	2.0	23	95	0	83	23	21	19	34	1.96
23957209--23957237	13	2.2	13	100	0	58	13	6	6	72	1.26
23958563--23958617	19	3.0	19	79	12	62	27	5	1	65	1.25
23958563--23958617	9	6.0	9	76	17	51	27	5	1	65	1.25
23959627--23959665	19	2.1	19	95	0	69	28	0	28	43	1.55
23963127--23963181	25	2.2	24	84	12	67	50	0	3	45	1.19
23963177--23963214	17	2.1	19	90	9	62	76	2	5	15	1.08
23963259--23963292	13	2.6	14	86	13	54	82	0	17	0	0.67
23964280--23964390	45	2.5	45	86	2	161	24	18	15	41	1.89
23964370--23964413	6	7.2	6	79	5	52	20	20	13	45	1.85
23964370--23964411	18	2.3	19	87	4	59	21	21	14	42	1.88
23965372--23965430	26	2.2	26	93	3	100	44	23	6	25	1.78
23970507--23970561	26	2.2	25	93	3	92	38	25	5	30	1.79
23977461--23977542	26	3.2	26	92	0	146	36	25	6	31	1.81
23978275--23978320	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
23986596--23986632	17	2.2	17	100	0	74	21	18	5	54	1.64
23988849--23988907	29	2.0	29	93	0	100	45	23	10	20	1.81
23989122--23989151	15	1.9	16	93	6	53	66	0	3	30	1.07
23991264--23991688	213	2.0	213	99	0	832	31	21	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23994485--23994510	12	2.2	12	100	0	52	15	0	15	69	1.20
23995860--23995898	6	6.5	6	87	0	51	25	17	7	48	1.74
23995854--23995898	12	3.8	12	90	0	63	24	20	8	46	1.78
23995860--23995898	18	2.2	18	95	0	69	25	17	7	48	1.74
23997246--23997284	9	4.3	9	86	0	60	33	10	10	46	1.72
23998570--23998607	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
24000506--24000860	46	7.7	46	92	1	561	38	13	24	23	1.91
24003964--24004001	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
24005886--24006203	46	7.0	46	91	2	471	38	15	23	22	1.92
24006847--24006884	3	12.7	3	94	0	67	71	0	28	0	0.87
24012792--24012850	31	1.9	31	89	6	93	55	1	0	42	1.09
24012882--24012919	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
24017354--24017391	18	2.2	18	90	9	62	71	5	5	18	1.25
24024753--24024778	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
24024744--24024776	12	2.8	12	82	17	50	57	0	0	42	0.98
24026755--24026812	29	2.0	29	89	0	89	43	8	24	24	1.82
24027058--24027149	46	2.0	46	91	0	148	40	8	21	29	1.83
24027897--24027941	13	3.4	13	75	6	54	28	4	0	66	1.11
24028885--24028948	26	2.5	26	82	12	71	35	4	6	53	1.47
24030303--24030379	22	3.6	22	70	19	74	27	0	5	67	1.12
24039965--24039999	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
24051162--24051198	6	6.5	6	84	12	51	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24051163--24051198	11	3.3	11	88	0	54	86	0	13	0	0.58
24051162--24051198	17	2.2	17	95	0	65	86	0	13	0	0.57
24058515--24058564	25	2.0	25	88	0	73	38	8	14	40	1.75
24060538--24060586	21	2.4	21	71	25	50	53	10	2	34	1.47
24063091--24063132	19	2.2	19	86	4	57	26	11	16	45	1.82
24065554--24065581	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
24067409--24067460	22	2.5	20	75	9	52	28	9	0	61	1.27
24067473--24067512	20	2.0	21	90	5	64	27	2	5	65	1.27
24067596--24067641	23	2.0	23	83	8	58	41	13	2	43	1.55
24068444--24068477	4	8.5	4	86	0	50	23	2	2	70	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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