genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78666993--78667185	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
78667023--78667185	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
78675344--78675563	38	5.6	39	89	2	309	23	30	21	24	1.99
78675356--78675564	77	2.7	77	88	3	303	23	30	21	24	1.99
78675344--78675563	115	1.9	118	86	2	320	23	30	21	24	1.99
78695649--78695674	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
78699704--78699763	27	2.3	26	85	2	75	38	20	21	20	1.94
78699760--78699785	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78707156--78707205	26	1.9	26	84	8	66	36	20	26	18	1.95
78710378--78710476	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
78718058--78718156	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
78722166--78722245	42	1.9	42	82	5	99	17	37	26	18	1.93
78724729--78725088	47	7.5	47	92	3	567	31	8	30	29	1.87
78724729--78725088	96	3.8	94	91	3	567	31	8	30	29	1.87
78724729--78725088	143	2.5	143	94	0	621	31	8	30	29	1.87
78752582--78752615	18	1.9	17	88	5	50	29	5	23	41	1.78
78753737--78753962	114	2.0	114	84	5	296	28	12	20	37	1.90
78757304--78757591	41	7.0	41	87	1	362	33	20	25	20	1.97
78757844--78757894	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
78758437--78758557	8	16.3	7	81	14	120	70	1	0	27	1.02
78758437--78758553	45	2.6	47	82	9	154	70	1	0	26	1.02
78758438--78758557	37	3.2	36	85	11	161	70	1	0	27	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78758424--78758557	45	3.1	42	81	8	144	69	2	0	26	1.08
78762454--78762539	43	2.0	43	90	0	136	26	18	30	24	1.98
78764066--78764143	23	3.5	22	70	7	59	26	20	14	38	1.91
78764043--78764144	45	2.2	45	84	10	127	26	20	13	39	1.90
78765491--78765531	20	2.0	20	86	9	57	36	2	19	41	1.65
78768072--78768296	40	5.6	40	82	5	249	25	24	26	23	2.00
78768072--78768332	80	3.3	80	83	3	303	26	24	26	23	2.00
78768072--78768332	120	2.2	120	82	6	316	26	24	26	23	2.00
78772488--78772736	40	6.3	41	81	6	212	24	22	26	26	2.00
78772488--78772711	40	5.7	40	82	5	215	24	21	26	27	1.99
78772488--78772700	79	2.7	80	79	6	218	24	22	26	26	2.00
78772495--78772711	119	1.8	119	82	5	278	23	21	27	27	1.99
78778976--78779059	28	3.2	28	65	25	83	29	29	16	23	1.96
78778933--78779107	50	3.5	49	86	5	228	29	27	18	25	1.98
78778933--78779115	101	1.8	98	87	5	269	28	27	18	25	1.98
78784652--78784791	49	2.8	50	80	5	158	28	26	17	27	1.98
78784652--78784797	51	2.9	48	80	5	175	28	26	18	26	1.98
78793615--78793778	40	4.1	39	79	4	150	26	27	21	25	1.99
78798553--78798682	40	3.2	40	79	4	147	23	27	23	24	2.00
78804457--78804624	40	4.2	40	81	2	187	25	26	22	25	2.00
78804448--78804624	80	2.2	80	82	5	207	25	26	22	25	2.00
78806662--78806837	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78806658--78806829	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
78812535--78812710	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
78812531--78812702	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
78813555--78813705	40	3.8	40	79	4	146	25	28	23	22	1.99
78821562--78821713	40	3.8	40	79	5	146	24	28	23	23	2.00
78825582--78825783	40	5.1	40	87	2	264	23	23	27	25	2.00
78831052--78831154	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78839072--78839174	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78841585--78841859	49	5.7	49	91	3	452	33	8	28	29	1.87
78841585--78841859	145	1.9	144	98	0	532	33	8	28	29	1.87
78841584--78841859	96	2.9	95	92	3	448	33	8	28	29	1.87
78843527--78843659	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
78843557--78843659	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
78851060--78851192	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
78851090--78851192	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
78852597--78852994	96	4.1	96	93	1	701	34	8	28	28	1.87
78852597--78852994	49	8.3	47	92	3	634	34	8	28	28	1.87
78852986--78853183	48	4.2	48	93	1	328	32	6	28	31	1.83
78853223--78853313	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
78859589--78859687	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
78868672--78868740	24	2.9	23	87	8	93	26	34	1	37	1.65
78874946--78875057	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78874946--78875057	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
78876469--78876539	24	3.0	24	87	8	108	25	36	1	36	1.65
78880246--78880277	15	2.1	15	100	0	64	15	34	18	31	1.93
78881772--78881890	29	4.1	29	89	1	168	31	28	14	26	1.95
78881948--78881981	18	1.9	18	88	5	52	20	41	23	14	1.89
78888409--78888606	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78888475--78888592	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78888443--78888606	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78895979--78896176	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78896045--78896162	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78896013--78896176	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78898870--78898994	39	3.1	39	77	3	133	35	19	25	20	1.95
78900153--78900191	6	6.5	6	82	11	53	71	0	0	28	0.86
78901065--78901124	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
78901775--78902009	49	4.8	49	80	6	280	25	18	25	29	1.98
78901770--78902008	99	2.4	96	84	6	311	25	18	25	29	1.98
78901767--78902009	48	5.0	48	80	9	262	25	18	26	29	1.98
78904713--78904762	15	3.3	15	80	2	55	14	14	18	54	1.72
78907514--78907703	50	3.8	48	72	10	143	26	18	24	29	1.98
78925403--78925467	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
78925573--78925646	28	2.6	29	82	6	80	24	22	20	32	1.98
78925586--78925646	29	2.1	28	84	3	77	27	22	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78926098--78926136	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
78933213--78933277	28	2.3	28	89	0	94	33	27	6	32	1.82
78933383--78933456	28	2.6	29	85	6	89	22	22	21	32	1.98
78943511--78943556	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
78949235--78949399	46	3.6	46	83	9	155	27	18	29	23	1.98
78950653--78950692	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
78955540--78955564	8	3.1	8	100	0	50	48	12	24	16	1.79
78956928--78957190	94	2.8	98	81	9	287	27	18	28	25	1.98
78959213--78959315	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
78973268--78973307	5	7.8	5	83	5	53	42	20	0	37	1.52
78976924--78977055	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
78984698--78984829	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
78988772--78988920	27	5.5	27	77	4	131	29	14	28	28	1.95
78988772--78988950	81	2.2	81	82	4	202	27	13	29	29	1.94
78988857--78988950	27	3.5	27	80	1	91	24	14	29	30	1.95
78993461--78993799	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
78993768--78994011	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
79000135--79000302	56	3.0	56	89	1	239	33	22	14	29	1.93
79001242--79001284	21	2.0	21	86	0	59	55	9	2	32	1.44
79004382--79004458	33	2.3	33	77	14	79	27	19	22	31	1.98
79014057--79014104	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79014148--79014211	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79014152--79014206	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
79014258--79014399	23	6.1	23	91	4	223	28	21	21	28	1.99
79014257--79014421	24	7.0	23	88	6	226	29	21	21	27	1.99
79014256--79014421	69	2.4	71	89	5	248	28	22	21	27	1.99
79014611--79014674	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
79020939--79021023	20	4.2	20	91	4	136	32	11	21	34	1.89
79021070--79021212	23	6.1	23	94	3	241	27	21	21	28	1.99
79021069--79021234	23	7.0	23	90	4	235	28	21	22	27	1.99
79021070--79021234	47	3.5	46	87	6	233	27	21	22	27	1.99
79021425--79021488	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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