genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70721684--70721828	31	4.7	31	95	0	256	29	27	16	26	1.97
70722035--70722117	25	3.4	25	83	11	100	24	25	22	27	2.00
70722927--70722991	27	2.4	27	82	5	78	21	23	18	36	1.95
70723045--70723232	27	6.9	27	78	6	137	31	9	18	40	1.82
70723021--70723204	54	3.4	55	78	10	173	32	8	19	40	1.81
70723049--70723204	83	1.9	81	80	7	181	31	7	19	42	1.78
70723023--70723246	54	4.1	54	76	8	159	31	9	19	38	1.85
70723236--70723407	27	6.4	27	83	6	197	39	7	23	29	1.82
70723236--70723398	81	2.0	81	85	4	222	41	7	22	29	1.80
70724675--70724707	17	1.9	17	93	0	57	42	6	0	51	1.26
70729143--70729501	27	13.3	27	84	2	382	39	19	9	32	1.83
70729522--70729716	27	7.3	27	86	0	248	34	19	20	25	1.96
70729448--70729564	54	2.2	54	75	6	121	35	23	11	29	1.90
70730143--70730207	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
70730366--70730439	27	2.8	27	86	10	91	17	24	20	37	1.93
70730599--70730702	25	4.2	25	73	15	83	22	15	16	46	1.84
70730576--70730687	31	3.6	31	92	1	188	20	15	16	48	1.81
70730576--70730701	6	20.3	6	71	18	80	20	15	15	48	1.81
70733522--70733761	119	2.0	120	94	0	419	30	18	19	32	1.95
70735893--70736064	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
70735917--70736100	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
70736287--70736352	32	2.1	32	100	0	132	24	9	25	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70739489--70739587	42	2.3	42	84	8	130	30	24	19	26	1.98
70744296--70744467	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
70744320--70744503	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
70748707--70748878	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
70748731--70748913	67	2.8	64	78	8	201	28	16	31	23	1.96
70752493--70752532	19	2.1	19	95	0	71	52	15	7	25	1.68
70752639--70752795	43	3.7	43	79	10	169	31	26	18	24	1.98
70754838--70754868	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
70755441--70755549	55	2.0	56	94	1	193	31	13	19	35	1.91
70755538--70755562	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
70765747--70765810	32	2.0	32	93	0	110	26	10	23	39	1.88
70768035--70768284	27	9.3	27	90	0	356	30	23	7	39	1.81
70768035--70768312	54	5.1	54	85	0	367	31	23	7	38	1.82
70768269--70768453	81	2.3	81	80	1	201	39	19	10	30	1.86
70768264--70768469	27	7.6	27	80	3	182	37	20	10	31	1.87
70768472--70768662	27	7.0	27	86	0	256	35	19	20	24	1.96
70768880--70768958	25	3.2	25	92	0	131	25	25	21	27	1.99
70768880--70768971	25	3.7	24	88	4	105	28	22	21	27	1.99
70774925--70774979	2	28.0	2	92	3	85	49	3	0	47	1.19
70784217--70784345	20	6.5	20	80	0	125	12	18	29	39	1.87
70784932--70784970	20	2.0	20	84	0	51	53	2	12	30	1.52
70789894--70789923	12	2.6	11	94	5	51	76	6	3	13	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70795394--70795418	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
70795640--70795690	21	2.6	19	80	17	59	43	19	19	17	1.89
70797752--70797815	30	2.2	29	83	8	76	14	25	1	59	1.44
70797806--70797846	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
70800245--70800285	21	2.0	21	90	4	66	41	24	19	14	1.89
70802362--70802471	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
70814324--70814422	43	2.3	43	94	0	171	30	15	21	33	1.94
70819899--70820003	27	3.9	27	80	9	115	38	20	23	17	1.93
70819899--70820002	54	1.9	54	84	3	138	38	21	23	17	1.93
70821393--70821452	25	2.5	24	86	5	84	21	40	1	36	1.64
70821396--70821459	25	2.6	25	85	2	76	20	43	1	34	1.61
70825724--70825873	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
70825748--70825931	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70827010--70827042	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
70831278--70831381	27	3.8	27	85	9	131	36	24	23	16	1.94
70831272--70831381	54	2.0	54	85	3	150	36	24	23	15	1.94
70832885--70832988	43	2.4	43	90	3	154	29	14	22	33	1.93
70834059--70834108	10	4.9	10	82	4	55	20	24	16	40	1.91
70835251--70835292	19	2.2	19	100	0	84	30	26	4	38	1.77
70835634--70835662	13	2.3	13	94	5	51	20	0	24	55	1.44
70837265--70837294	12	2.6	11	90	10	51	10	16	0	73	1.09
70837310--70837384	11	6.8	11	75	17	66	2	18	2	76	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70837265--70837383	20	5.9	20	65	24	63	5	19	2	73	1.14
70837950--70837982	6	5.5	6	92	0	57	0	18	12	69	1.18
70837950--70837985	18	2.0	18	100	0	72	0	16	11	72	1.12
70845522--70845839	43	7.5	43	73	11	219	26	20	24	28	1.99
70845517--70845845	85	3.9	85	86	1	428	26	20	24	28	1.99
70849123--70849176	25	2.2	24	83	3	63	37	7	16	38	1.77
70850425--70850494	25	3.0	24	78	15	67	58	1	5	34	1.31
70856447--70856516	20	3.5	20	84	0	104	31	7	35	25	1.83
70857541--70857592	22	2.2	25	80	16	67	50	0	3	46	1.20
70858135--70858191	26	2.4	24	85	11	73	36	7	3	52	1.46
70858556--70858605	20	2.5	20	86	3	73	52	12	8	28	1.66
70861175--70861415	47	5.1	47	93	0	392	33	11	28	26	1.91
70861222--70861300	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
70861385--70861667	48	5.8	48	88	6	426	35	7	26	30	1.83
70861385--70861664	98	2.9	98	95	1	499	35	7	26	30	1.83
70861814--70861921	37	2.9	37	97	0	198	25	18	31	25	1.98
70863324--70863430	23	5.2	23	60	25	67	23	24	28	23	1.99
70863191--70863621	40	10.8	40	93	0	684	23	23	29	23	1.99
70867497--70867737	47	5.1	47	93	0	383	33	11	29	26	1.91
70867544--70867622	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
70867707--70867987	48	5.8	48	89	5	431	34	7	27	30	1.84
70867707--70867987	146	1.9	144	90	4	449	34	7	27	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70867707--70867984	98	2.9	98	93	2	472	34	7	27	30	1.84
70868134--70868241	37	2.9	37	98	0	207	25	19	31	24	1.98
70869391--70869445	8	6.5	8	80	12	65	69	0	5	25	1.10
70869401--70869466	27	2.4	27	94	2	114	62	1	7	28	1.32
70875456--70875554	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
70878708--70878824	58	2.0	59	93	1	200	31	21	12	34	1.91
70888473--70888516	22	2.0	22	100	0	88	45	22	0	31	1.53
70898558--70898600	22	2.0	22	90	9	70	37	25	0	37	1.56
70900911--70901120	55	3.9	55	76	11	209	24	25	17	32	1.97
70900911--70901113	108	1.9	110	85	8	290	25	25	18	31	1.97
70910934--70911037	40	2.6	41	79	8	124	25	23	25	25	2.00
70918962--70919073	40	2.8	40	80	8	120	23	23	29	24	1.99
70918962--70919102	40	3.5	40	78	9	119	23	24	28	24	2.00
70920873--70921060	40	4.7	40	86	4	236	25	20	26	28	1.99
70920930--70921093	80	2.1	79	86	5	224	26	19	27	26	1.99
70925937--70928257	887	2.6	882	85	6	2947	37	16	9	36	1.82
70927732--70927762	5	6.0	5	92	7	53	0	0	19	80	0.71
70927732--70927761	11	2.8	11	95	5	53	0	0	16	83	0.65
70927731--70927762	16	2.0	16	100	0	64	0	0	18	81	0.70
70933235--70933326	25	3.7	25	86	0	112	29	16	28	26	1.97
70933317--70933446	25	5.3	23	73	14	102	36	20	23	20	1.95
70933967--70934008	21	2.0	21	85	0	57	40	21	2	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70938191--70938285	25	3.8	25	80	0	109	27	20	25	27	1.99
70938489--70938702	54	4.0	54	87	1	286	26	21	17	34	1.95
70938524--70938702	27	6.6	27	91	0	286	24	21	18	34	1.96
70938665--70938900	54	4.4	54	82	4	255	28	10	21	39	1.87
70938665--70938900	81	2.9	81	84	4	273	28	10	21	39	1.87
70938695--70938900	27	7.7	27	86	0	225	29	8	21	40	1.83
70938695--70939076	27	14.2	27	84	3	209	34	8	22	35	1.84
70938865--70939090	54	4.2	54	84	1	265	39	7	22	31	1.81
70938775--70939014	81	3.0	81	82	2	250	34	7	22	35	1.83
70938892--70939098	81	2.6	81	90	0	324	41	7	21	29	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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