genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  202  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57918851--57918893	19	2.3	19	80	8	52	65	0	11	23	1.25
57920146--57920186	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
57923107--57923149	21	2.0	21	90	0	68	53	0	0	46	1.00
57923103--57923151	21	2.6	18	79	17	55	48	0	0	51	1.00
57924083--57924112	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
57924083--57924113	11	2.9	11	95	4	55	83	0	0	16	0.64
57931807--57931832	12	2.2	12	100	0	52	26	30	7	34	1.85
57932326--57932447	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
57952639--57952672	11	3.1	11	100	0	68	26	17	38	17	1.92
57956642--57956796	42	3.7	42	80	1	141	29	12	27	30	1.93
57966028--57966118	42	2.1	43	93	2	157	68	4	23	4	1.26
57967844--57967940	28	3.5	28	76	5	97	29	34	12	23	1.92
57968546--57968767	111	2.0	111	97	0	419	39	8	21	30	1.83
57969285--57969310	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57970668--57970913	51	4.9	49	94	2	429	32	8	27	31	1.87
57970806--57970896	49	2.0	42	89	10	119	32	8	28	29	1.87
57971000--57971090	37	2.4	37	92	1	146	24	17	31	26	1.97
57972537--57972584	16	3.0	16	71	0	51	16	25	20	37	1.93
57977365--57977590	40	5.7	40	94	1	348	26	26	23	23	2.00
57980811--57980904	27	3.4	27	77	11	93	39	18	22	20	1.92
57980822--57980915	27	3.4	27	77	10	84	36	22	23	18	1.95
57984158--57984198	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57986193--57986253	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57992605--57992776	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
57992629--57992812	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
57993051--57993086	15	2.2	16	90	9	56	30	0	36	33	1.58
57997043--57997214	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
57997067--57997250	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
58000948--58001076	46	2.8	46	93	0	213	21	20	27	31	1.98
58005031--58005142	27	4.2	26	85	10	136	35	23	24	16	1.95
58005031--58005142	54	2.1	54	86	6	156	35	23	24	16	1.95
58009655--58009679	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
58013867--58014034	46	3.7	46	74	13	166	29	26	20	23	1.99
58021380--58021544	46	3.6	45	79	11	183	28	29	19	23	1.98
58036037--58036106	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58039438--58039507	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58046502--58046571	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58058516--58058623	39	2.7	39	83	12	132	24	25	28	21	1.99
58060417--58060624	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
58060419--58060624	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
58061427--58061509	41	2.0	41	100	0	166	36	16	22	24	1.95
58067142--58067294	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
58067123--58067293	78	2.2	79	90	1	263	23	29	22	25	1.99
58075923--58075983	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58077224--58077314	34	2.6	34	81	6	103	27	25	27	19	1.99
58080634--58080676	20	2.2	20	83	8	52	46	2	16	34	1.60
58082652--58082703	22	2.4	22	83	3	70	13	34	32	19	1.90
58084395--58084574	27	6.7	27	78	9	174	40	19	10	29	1.85
58084418--58084574	80	2.0	81	83	8	205	39	19	11	29	1.86
58084558--58084914	27	13.2	27	85	2	457	36	16	19	27	1.93
58084448--58084915	81	5.8	83	82	5	394	37	17	17	27	1.92
58085286--58085326	20	2.0	20	85	0	55	17	14	26	41	1.88
58085208--58085404	98	2.0	98	92	2	324	20	20	25	33	1.97
58085448--58085519	27	2.7	27	86	4	92	19	22	20	37	1.94
58087727--58087986	80	3.2	80	86	3	337	41	20	9	29	1.83
58087781--58087986	54	3.9	53	83	5	238	41	19	8	30	1.82
58087727--58087986	27	9.7	26	76	9	204	41	20	9	29	1.83
58087970--58088296	27	12.1	27	84	3	351	37	17	19	26	1.93
58087889--58088271	54	7.1	54	82	8	270	38	17	16	27	1.92
58087978--58088271	81	3.6	81	90	0	417	38	17	19	25	1.93
58088468--58088551	27	3.2	26	84	5	96	20	19	20	40	1.92
58088693--58088740	20	2.4	20	75	0	51	12	16	31	39	1.86
58088558--58088762	98	2.1	98	88	0	311	18	20	27	34	1.95
58092564--58092693	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
58092528--58092693	80	2.1	78	81	8	194	25	24	27	22	2.00
58099811--58099928	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58099779--58099942	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58104748--58104863	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
58116533--58116579	23	2.0	23	84	8	60	17	12	36	34	1.87
58120062--58120280	40	5.5	40	94	0	366	23	19	29	27	1.98
58123522--58123955	48	9.0	48	92	1	631	36	6	25	30	1.82
58124000--58124107	37	2.9	37	91	0	162	23	18	31	26	1.97
58131782--58131829	24	2.0	24	88	8	71	16	14	35	33	1.89
58131792--58131852	24	2.5	24	86	0	77	21	14	32	31	1.93
58133325--58133591	129	2.1	129	94	0	462	19	24	33	22	1.97
58135513--58135575	6	10.7	6	79	6	67	77	0	4	17	0.93
58135497--58135582	16	5.2	16	77	15	79	76	0	4	18	0.95
58135497--58135585	11	8.2	10	74	14	70	77	0	4	17	0.93
58145715--58145836	55	2.2	55	78	8	131	31	29	25	13	1.94
58162524--58162568	20	2.2	20	84	7	56	44	0	15	40	1.47
58163800--58163892	46	2.0	47	91	6	154	53	12	11	21	1.70
58164707--58164973	48	5.6	48	74	11	183	24	19	26	28	1.99
58168278--58168527	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
58175556--58175805	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
58182256--58182408	48	3.2	48	85	3	157	24	18	26	30	1.98
58183714--58183789	31	2.5	31	97	0	143	23	25	34	17	1.96
58188384--58188441	27	2.1	27	90	6	91	36	18	15	29	1.92
58191481--58191538	28	2.1	28	93	0	98	25	22	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58194900--58195002	38	2.7	37	80	4	98	23	20	26	30	1.99
58194995--58195076	43	1.9	43	89	0	128	15	25	30	28	1.96
58196588--58196691	48	2.2	48	81	6	122	30	22	29	17	1.96
58200295--58200391	38	2.6	38	88	0	131	21	27	24	25	1.99
58202859--58202894	18	2.1	17	94	5	63	55	8	19	16	1.66
58204998--58205148	55	2.8	55	82	6	191	19	24	18	37	1.94
58206765--58206858	39	2.4	39	92	0	152	25	20	30	23	1.98
58208334--58208453	47	2.6	47	95	0	213	25	24	14	35	1.93
58208463--58208499	18	2.1	18	100	0	74	16	21	27	35	1.94
58216919--58216957	19	2.0	20	90	5	62	35	7	15	41	1.76
58220415--58220456	18	2.3	18	95	0	75	23	21	7	47	1.75
58220637--58220948	47	6.5	47	91	4	464	29	30	8	32	1.87
58224678--58224949	40	6.8	40	93	0	456	26	27	19	25	1.99
58227071--58227379	47	6.4	47	90	5	458	29	29	8	33	1.87
58227071--58227376	96	3.2	96	93	1	501	29	29	8	32	1.87
58230073--58230097	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
58234005--58234077	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
58234064--58234136	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
58244352--58244566	46	4.6	45	76	5	169	27	18	27	26	1.98
58244394--58244566	94	1.8	94	83	0	229	27	17	28	26	1.98
58245841--58245896	20	2.8	21	86	8	80	8	33	32	25	1.87
58250438--58250470	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58253966--58254138	46	3.7	46	77	13	192	21	20	27	30	1.98
58253963--58254133	93	1.8	93	93	0	297	21	20	28	29	1.98
58257095--58257154	30	2.0	30	87	6	86	11	15	16	56	1.67
58259083--58259255	46	3.7	46	76	13	192	23	20	27	29	1.99
58259080--58259249	93	1.8	93	93	0	295	22	20	28	28	1.98
58262802--58262904	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
58271181--58271405	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
58271400--58271529	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
58271362--58271529	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
58273989--58274091	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345