genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11307212--11307253	14	3.2	13	80	19	52	52	0	11	35	1.38
11315109--11315156	24	2.1	24	81	14	57	43	2	0	54	1.12
11315288--11315329	22	1.9	22	85	9	59	59	4	0	35	1.19
11317138--11317206	12	5.8	11	75	20	50	28	2	4	63	1.28
11317134--11317214	24	3.4	23	83	6	83	30	2	4	61	1.30
11317397--11317518	25	5.1	24	70	19	94	33	4	3	59	1.33
11317417--11317479	12	5.2	13	72	18	55	31	1	4	61	1.26
11317422--11317462	20	2.2	18	86	8	55	36	0	2	60	1.10
11317606--11317655	2	25.0	2	91	0	82	46	0	4	50	1.20
11317825--11317876	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
11319630--11319671	17	2.4	17	88	4	57	33	33	16	16	1.92
11330203--11330341	67	2.1	67	95	0	251	40	16	8	34	1.79
11332307--11332354	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
11332397--11332457	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
11332507--11332635	24	5.4	24	92	2	197	30	20	22	26	1.99
11332507--11332635	47	2.7	47	91	3	195	30	20	22	26	1.99
11332841--11332903	30	2.1	31	93	3	110	39	15	20	23	1.91
11339587--11339634	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
11339678--11339736	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
11339682--11339736	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
11339787--11339905	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
11339787--11339905	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11340097--11340160	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
11341022--11341160	67	2.1	67	95	0	251	40	16	8	34	1.79
11344573--11344711	67	2.1	67	95	0	251	40	16	8	34	1.79
11346672--11346719	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
11346762--11346819	20	3.0	20	90	9	95	34	10	20	34	1.87
11346869--11347011	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
11346869--11347011	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
11346869--11347012	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
11347203--11347266	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
11353974--11354021	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
11354064--11354124	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
11354173--11354291	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
11354173--11354291	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
11354483--11354546	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
11357602--11357772	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
11357605--11357770	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
11365092--11365263	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
11365095--11365261	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
11365191--11365261	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
11374714--11374755	20	2.1	20	86	0	57	42	33	7	16	1.75
11377672--11377696	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
11377656--11377696	21	2.0	21	90	0	64	2	17	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11392489--11392518	14	2.2	14	94	5	53	40	6	13	40	1.71
11392806--11392865	30	2.0	30	100	0	120	53	16	6	23	1.66
11400884--11401034	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
11408399--11408549	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
11414413--11414563	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
11421928--11422078	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
11429445--11429595	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
11431037--11431533	130	3.8	131	85	1	629	36	19	18	26	1.94
11434702--11435232	133	4.0	133	87	1	695	28	22	18	30	1.97
11434696--11435226	266	2.0	266	88	0	783	28	22	18	30	1.97
11439676--11439705	16	1.9	15	93	6	51	16	0	0	83	0.65
11453742--11454666	179	5.2	180	81	6	1043	30	17	24	28	1.97
11453789--11454636	355	2.4	355	87	3	1226	30	17	24	27	1.97
11456794--11456824	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
11456951--11456993	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
11456794--11457122	169	1.9	169	99	0	649	31	8	8	51	1.62
11465352--11465874	130	4.0	132	86	3	653	35	19	18	26	1.94
11465354--11465844	261	1.9	263	85	2	693	36	19	18	26	1.95
11468619--11468656	12	3.2	12	85	7	51	2	0	18	78	0.86
11471519--11472058	271	2.0	270	82	3	647	44	17	8	30	1.78
11474667--11474727	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
11474941--11475083	23	6.1	23	93	2	241	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11474941--11475083	70	2.0	70	95	0	259	29	20	21	28	1.98
11474934--11475084	47	3.2	47	92	3	250	28	21	21	29	1.98
11475142--11475198	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
11475130--11475200	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
11475135--11475189	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
11475237--11475284	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
11477883--11477952	22	3.4	19	77	16	61	64	1	1	32	1.11
11477906--11477944	10	3.8	10	86	6	60	66	2	2	28	1.18
11477906--11477956	11	4.6	11	80	7	59	66	1	1	29	1.13
11480462--11480592	35	3.6	35	77	9	136	30	10	25	33	1.90
11487891--11488022	35	3.6	38	80	9	150	31	10	24	34	1.89
11491144--11491180	19	1.9	19	100	0	74	40	10	21	27	1.86
11492872--11493123	71	3.5	71	86	2	301	32	12	23	30	1.92
11498793--11498843	24	2.1	24	85	3	66	60	3	0	35	1.15
11498802--11498867	35	1.9	34	87	9	98	63	3	0	33	1.10
11498841--11498869	15	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
11499055--11499094	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
11503705--11503907	107	1.9	107	97	2	390	37	5	6	49	1.54
11515856--11515903	23	2.1	23	96	0	87	37	25	0	37	1.56
11522535--11522581	22	2.1	22	88	0	67	38	38	2	21	1.65
11522575--11522613	20	2.0	20	94	0	69	58	28	0	12	1.34
11524398--11524448	24	2.2	23	86	6	68	31	13	0	54	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11524628--11524667	21	1.9	21	84	0	53	32	5	7	55	1.50
11525009--11525072	32	2.0	32	100	0	128	40	0	3	56	1.15
11525124--11525157	15	2.3	15	94	0	59	35	0	11	52	1.38
11526169--11526454	48	6.0	48	78	6	265	23	30	19	26	1.98
11526170--11526443	96	2.9	95	79	7	295	22	30	19	26	1.98
11537516--11538245	131	5.6	131	88	2	1004	35	17	17	29	1.93
11537516--11538348	262	3.2	262	84	4	1011	35	17	18	28	1.93
11541259--11541598	44	7.7	44	85	0	439	25	30	15	27	1.96
11541259--11541598	132	2.6	132	86	0	493	25	30	15	27	1.96
11549562--11549599	20	1.9	20	84	10	51	18	34	10	36	1.85
11552759--11553488	131	5.6	131	89	3	1015	35	17	18	28	1.94
11552723--11553611	393	2.3	393	82	6	1127	34	16	19	29	1.94
11552727--11553565	131	6.4	131	85	4	991	35	16	19	28	1.94
11554513--11554559	2	23.5	2	91	0	76	48	2	2	46	1.25
11556069--11556249	27	6.7	27	83	1	139	33	22	8	35	1.85
11556080--11556208	53	2.4	54	88	1	188	28	21	9	40	1.84
11556067--11556505	54	8.1	54	76	5	215	37	20	9	33	1.84
11556187--11556463	81	3.4	81	79	6	285	40	21	8	29	1.83
11556201--11556433	27	8.7	26	78	7	198	41	20	8	29	1.81
11556472--11556523	27	1.9	27	92	0	86	38	11	13	36	1.81
11556564--11556664	27	3.7	27	82	10	109	34	22	22	19	1.96
11557467--11557589	52	2.4	51	95	2	221	26	23	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11557467--11557589	26	4.8	26	90	1	187	26	23	22	26	2.00
11557734--11557825	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
11557849--11557914	32	2.1	32	91	0	105	37	12	19	30	1.88
11559953--11560253	48	6.4	47	75	11	208	25	27	17	28	1.98
11562238--11562302	21	3.2	21	73	20	75	40	23	26	10	1.87
11562220--11562320	39	2.6	39	93	0	166	36	23	26	12	1.91
11569565--11569632	9	7.6	9	86	0	91	42	23	8	25	1.82
11569564--11569632	27	2.6	27	90	0	111	43	23	8	24	1.82
11569652--11569685	6	5.5	6	93	6	59	14	0	2	82	0.79
11569652--11569685	13	2.8	12	91	8	59	14	0	2	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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