genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84126558--84126593	11	3.2	11	92	4	54	27	2	8	61	1.39
84135559--84135628	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
84143481--84143550	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
84151246--84151401	43	3.6	43	95	0	285	10	26	32	30	1.90
84151246--84151479	43	5.3	45	86	6	180	14	23	30	31	1.94
84155592--84155642	26	2.0	26	92	0	84	35	29	15	19	1.93
84165557--84165688	47	2.8	48	84	1	185	23	15	27	33	1.95
84168549--84168733	49	3.7	49	89	1	253	32	8	29	30	1.86
84168549--84168733	98	1.9	99	88	2	282	32	8	29	30	1.86
84171854--84171968	40	3.1	40	59	31	92	34	15	27	21	1.94
84171833--84171995	70	2.3	71	98	1	319	35	17	27	19	1.94
84178435--84178552	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
84178403--84178566	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
84186764--84186818	26	2.1	26	93	0	92	16	12	27	43	1.84
84188126--84188165	21	1.9	21	84	0	53	27	22	22	27	1.99
84188501--84188544	22	2.0	23	86	4	63	45	20	4	29	1.71
84190594--84190768	46	3.8	45	76	7	181	25	28	18	26	1.98
84190594--84190767	94	1.9	92	85	7	244	25	28	18	26	1.98
84193044--84193173	48	2.7	48	92	0	215	35	28	16	19	1.94
84197951--84197994	22	2.0	23	86	4	63	45	20	4	29	1.71
84199606--84199735	48	2.7	48	93	0	215	37	28	15	18	1.91
84202238--84202270	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84202383--84202426	23	2.0	22	86	13	63	59	0	13	27	1.35
84203935--84204162	46	5.0	46	90	1	332	40	14	23	21	1.90
84216082--84216177	47	2.0	47	100	0	192	25	30	6	38	1.80
84219974--84220284	46	6.6	48	71	9	160	26	26	17	30	1.97
84222240--84222384	43	3.4	43	92	4	231	28	11	22	37	1.89
84228842--84229005	90	1.8	90	83	7	217	34	11	18	35	1.87
84238959--84239020	27	2.3	27	91	5	99	20	9	17	51	1.73
84239742--84239780	20	1.9	21	89	5	62	23	5	2	69	1.21
84245683--84245740	20	2.9	20	97	0	107	15	25	34	24	1.95
84245881--84245976	48	2.0	49	91	2	158	25	30	21	22	1.99
84249159--84249282	60	2.1	60	98	1	241	33	9	28	28	1.89
84256668--84256770	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
84262065--84262094	14	2.1	14	100	0	60	26	0	26	46	1.53
84268123--84268233	49	2.3	49	88	0	177	25	20	24	29	1.99
84273586--84273635	24	2.1	24	100	0	100	42	0	16	42	1.47
84278563--84278587	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
84282431--84282483	25	2.1	25	96	0	97	30	15	13	41	1.85
84286384--84286529	32	4.5	33	76	5	109	34	13	23	29	1.92
84286384--84286535	65	2.3	63	78	8	162	34	12	23	28	1.91
84288881--84288914	17	2.0	17	94	0	59	29	8	41	20	1.82
84292669--84292705	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
84292736--84292796	3	20.3	3	96	0	113	32	1	0	65	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84294849--84294906	20	2.9	20	81	0	71	20	32	32	13	1.92
84295580--84295612	16	2.0	17	88	5	50	48	0	15	36	1.45
84296695--84296808	33	3.5	33	76	7	106	34	10	23	31	1.89
84318674--84318725	27	2.0	24	85	10	68	50	9	0	40	1.35
84318678--84318714	19	2.0	19	89	5	58	54	8	0	37	1.30
84319275--84319310	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
84323559--84323602	22	2.0	23	95	4	81	43	2	9	45	1.48
84324125--84324157	16	2.1	16	94	5	59	57	0	0	42	0.98
84324128--84324186	20	3.0	20	73	11	59	47	0	0	52	1.00
84324194--84324235	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
84324198--84324234	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
84324253--84324323	15	4.6	15	72	16	56	49	1	1	47	1.18
84325019--84325067	24	2.1	22	85	7	62	55	2	0	42	1.11
84326679--84326713	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
84326968--84327013	24	2.0	23	82	4	56	56	2	6	34	1.37
84327739--84327763	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
84329558--84330632	3	356.0	3	68	18	294	30	3	4	61	1.33
84329570--84329989	178	2.3	181	89	7	613	31	2	3	62	1.26
84329767--84330445	160	4.3	162	77	15	665	30	2	5	61	1.31
84330256--84330564	136	2.3	135	83	5	383	29	4	4	61	1.36
84331043--84331089	18	2.8	17	80	6	51	29	2	8	59	1.39
84331886--84331920	15	2.3	15	90	5	52	14	0	11	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84334715--84334759	22	2.0	22	95	0	81	28	20	4	46	1.69
84336717--84340597	968	4.0	968	99	0	7735	35	18	21	24	1.96
84345932--84346172	75	3.2	74	82	8	310	28	14	19	37	1.92
84346098--84346471	86	4.4	86	78	12	346	28	15	20	36	1.93
84347445--84347479	17	2.1	17	89	10	54	0	20	2	77	0.90
84348133--84348599	3	152.7	3	68	19	126	31	2	4	61	1.31
84348157--84349040	136	6.3	137	82	11	936	30	3	4	60	1.35
84348381--84348431	25	2.1	24	85	10	68	23	1	0	74	0.92
84348386--84348441	25	2.3	24	76	14	60	28	3	0	67	1.07
84348720--84348754	3	11.7	3	88	11	54	34	0	0	65	0.93
84348719--84348784	21	3.2	19	76	21	62	34	0	4	60	1.17
84348734--84349034	133	2.3	133	82	7	352	29	4	4	61	1.37
84348996--84349046	3	17.0	3	95	0	93	33	1	0	64	1.05
84348996--84349122	12	11.2	12	71	17	83	30	8	1	59	1.37
84349541--84349587	18	2.8	17	80	6	51	29	2	8	59	1.39
84353728--84353765	18	2.2	16	90	9	58	71	0	7	21	1.11
84359583--84359663	27	3.2	27	64	25	77	38	20	11	29	1.88
84359580--84359676	48	2.0	48	100	0	194	36	20	12	30	1.90
84364993--84365209	49	4.4	50	81	2	258	25	17	26	29	1.98
84364993--84365221	101	2.3	98	83	2	278	25	18	26	29	1.98
84369364--84369657	47	6.3	47	97	0	518	32	9	29	28	1.88
84372079--84372153	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84372207--84372629	40	10.7	40	91	2	660	23	22	29	24	1.99
84376252--84376593	47	7.3	47	96	0	594	32	9	29	28	1.89
84378755--84378801	17	2.8	17	90	0	67	23	19	25	31	1.98
84382375--84382516	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
84382414--84382542	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
84390384--84390525	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
84390423--84390551	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
84393584--84393739	72	2.2	72	85	0	222	25	21	29	23	1.99
84395260--84395297	20	1.9	20	88	0	58	52	2	7	36	1.45
84400435--84400498	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
84400691--84400834	24	6.0	24	90	8	222	27	21	20	29	1.98
84400880--84400950	20	3.5	20	90	0	115	30	21	12	35	1.91
84402154--84402187	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
84403156--84403284	50	2.5	51	88	5	199	36	16	23	24	1.94
84403260--84403408	31	4.8	31	89	0	217	26	20	27	25	1.99
84403508--84403676	42	4.0	42	87	3	216	28	15	26	28	1.96
84415967--84416007	21	1.9	22	90	5	66	29	31	34	4	1.79
84417367--84417584	49	4.6	49	77	10	213	26	27	18	27	1.98
84417503--84417681	48	3.8	48	73	12	170	26	27	17	28	1.97
84427154--84427192	20	2.0	20	100	0	78	17	25	35	20	1.95
84427954--84428090	38	3.3	42	77	14	126	31	22	16	29	1.96
84427976--84428048	38	1.9	38	97	0	137	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84432166--84432192	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
84434491--84434521	15	2.1	14	94	5	53	19	22	25	32	1.97
84439387--84439489	29	3.6	27	78	5	89	30	33	15	21	1.94
84455960--84456082	44	2.8	44	85	2	169	26	21	27	25	1.99
84465124--84465316	39	4.9	39	87	1	242	24	31	20	23	1.98
84465154--84465316	39	4.2	39	92	0	254	25	31	19	23	1.98
84476454--84476656	103	2.0	103	93	0	343	28	22	24	25	1.99
84476557--84476710	44	3.4	45	78	7	170	29	20	24	25	1.99
84478537--84478571	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
84484505--84484545	13	3.2	13	92	0	64	19	31	26	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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