genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59506416--59506498	37	2.2	37	93	0	139	25	19	33	21	1.97
59511492--59511609	31	3.8	31	85	0	137	27	16	27	27	1.97
59511631--59511797	46	3.6	46	84	5	176	29	14	25	29	1.95
59511677--59511812	49	2.8	48	86	4	177	29	14	26	29	1.95
59511769--59511882	42	2.7	42	86	2	149	30	14	24	29	1.95
59534805--59534830	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
59540459--59540589	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
59540458--59540589	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
59550022--59550172	39	3.8	40	80	6	155	23	22	28	25	1.99
59550022--59550172	40	3.8	38	78	11	144	23	22	28	25	1.99
59558031--59558183	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
59563695--59563831	40	3.5	40	91	3	215	21	23	32	23	1.98
59567565--59567672	40	2.7	41	84	5	132	24	28	25	22	1.99
59567572--59567763	79	2.4	80	81	6	212	23	29	23	23	1.99
59570277--59570436	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
59570277--59570436	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
59574278--59574309	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
59574787--59574875	45	2.0	46	84	2	117	29	22	6	41	1.79
59585472--59585505	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
59587213--59587263	26	2.0	26	88	0	75	39	19	9	31	1.84
59587287--59587420	27	5.0	27	83	1	162	34	8	18	38	1.82
59587258--59587420	81	2.0	81	81	2	193	33	11	17	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59587258--59587420	54	3.0	53	83	5	175	33	11	17	37	1.86
59589065--59589096	6	5.7	6	85	14	50	46	15	0	37	1.46
59589065--59589096	11	2.9	11	95	0	55	46	15	0	37	1.46
59589681--59589723	21	2.0	21	90	0	68	18	34	11	34	1.87
59594757--59594781	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59599420--59599587	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
59607433--59607600	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
59615852--59615982	40	3.3	39	74	8	129	22	29	24	23	1.99
59618185--59618228	22	2.0	22	100	0	88	18	4	27	50	1.66
59630547--59630710	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59630547--59630744	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
59638125--59638288	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59638125--59638322	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
59643269--59643312	21	2.0	22	86	4	63	34	9	0	56	1.31
59645127--59645159	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
59646089--59646137	21	2.3	22	80	16	59	42	2	2	53	1.24
59651193--59651368	46	3.8	46	79	12	207	21	19	28	29	1.98
59651189--59651360	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
59654752--59654807	19	2.8	20	75	5	69	10	25	21	42	1.85
59678147--59678288	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
59678186--59678314	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
59686144--59686310	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59693730--59693935	80	2.6	80	82	1	225	26	21	26	25	2.00
59693728--59693935	40	5.2	40	81	4	204	26	21	25	25	2.00
59695745--59695903	27	5.9	27	81	7	173	19	23	22	35	1.96
59695745--59695903	54	3.0	53	88	2	221	19	23	22	35	1.96
59697335--59697400	33	2.0	33	96	0	123	18	28	18	34	1.94
59700423--59700467	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
59701204--59701240	13	2.8	13	100	0	74	37	16	8	37	1.78
59709466--59709644	43	4.2	43	83	2	200	26	20	25	27	1.99
59709460--59709644	86	2.2	85	82	5	221	28	19	24	27	1.98
59709716--59709777	33	1.9	31	83	6	79	56	19	9	14	1.65
59710010--59710069	21	2.9	21	82	0	84	3	46	20	30	1.66
59710010--59710081	21	3.4	21	78	0	54	5	40	22	31	1.77
59713375--59713422	24	2.0	24	100	0	96	37	12	20	29	1.90
59715734--59716021	9	31.6	9	75	9	208	37	2	13	46	1.56
59715761--59715842	43	1.9	43	92	0	137	40	0	13	46	1.43
59715804--59716021	71	3.1	70	86	4	242	36	2	14	46	1.57
59715734--59716021	44	6.5	44	77	8	212	37	2	13	46	1.56
59716126--59716210	15	5.8	15	73	15	88	54	0	1	44	1.07
59716137--59716210	29	2.6	29	95	0	130	52	0	1	45	1.09
59716382--59716452	24	3.0	24	89	0	115	45	8	18	28	1.78
59716500--59716633	64	2.1	64	95	0	241	44	4	12	38	1.63
59719897--59720069	46	3.7	46	77	10	181	21	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59719894--59720064	93	1.8	93	89	0	270	21	21	27	29	1.98
59727477--59727649	46	3.7	46	77	10	181	21	20	26	30	1.98
59727474--59727644	93	1.8	93	89	0	270	21	21	27	29	1.98
59730402--59730437	17	2.2	17	90	5	56	72	2	0	25	0.98
59730546--59730599	16	3.8	16	68	31	50	50	3	9	37	1.52
59730746--59730915	72	2.4	72	87	2	243	38	32	0	28	1.62
59730816--59730874	29	2.0	29	83	6	75	38	35	0	25	1.56
59730986--59731014	7	4.1	7	100	0	58	58	27	0	13	1.36
59730988--59731199	80	2.7	75	80	14	209	45	29	1	23	1.64
59731147--59731184	16	2.6	14	91	8	58	47	31	0	21	1.51
59731653--59731683	6	5.3	6	92	7	55	67	12	0	19	1.22
59731994--59732084	39	2.2	40	84	5	121	28	23	17	30	1.97
59731987--59732099	40	2.8	40	81	6	122	29	23	19	28	1.98
59736054--59736084	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
59737049--59737096	23	2.1	23	84	7	62	66	6	2	25	1.26
59741971--59742010	2	20.0	2	84	0	53	50	2	5	42	1.37
59742651--59742723	28	2.6	29	84	8	96	26	15	32	26	1.95
59753909--59754043	41	3.3	41	76	0	135	37	25	19	17	1.93
59754009--59754147	38	3.7	38	84	0	190	33	31	22	12	1.91
59754009--59754163	76	2.1	75	85	1	202	35	30	21	12	1.91
59757314--59757344	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
59759621--59759690	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59759621--59759702	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
59767445--59767514	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
59767445--59767526	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
59769790--59769868	25	3.2	25	70	22	78	39	2	1	56	1.21
59769781--59769878	48	2.0	48	88	7	146	37	3	2	57	1.26
59770382--59770680	68	4.4	67	79	3	260	26	19	18	36	1.94
59770382--59770680	136	2.2	136	84	3	377	26	19	18	36	1.94
59773151--59773220	30	2.3	31	78	16	83	61	2	2	32	1.25
59773164--59773222	30	1.9	31	89	3	93	64	3	3	28	1.26
59775355--59775397	18	2.4	18	81	14	54	25	6	0	67	1.15
59775686--59775715	13	2.3	13	94	0	51	90	0	10	0	0.47
59780604--59780633	9	3.3	9	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59793263--59793308	17	2.7	18	76	10	51	39	17	19	23	1.92
59800489--59800605	47	2.5	47	79	6	130	58	2	4	34	1.31
59802372--59802525	44	3.5	44	73	10	136	31	17	21	29	1.96
59802583--59803015	132	3.3	133	82	4	484	24	26	19	30	1.98
59802638--59803015	132	2.9	133	86	2	512	24	25	20	30	1.99
59804275--59804307	15	2.2	15	94	0	57	12	0	9	78	0.95
59808719--59808751	7	4.7	7	89	10	50	12	0	0	87	0.53
59812786--59813010	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
59813005--59813134	40	3.2	40	81	4	156	23	24	27	23	2.00
59812967--59813134	80	2.1	80	80	6	189	25	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59817067--59817097	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59824593--59824652	31	1.9	31	89	0	93	28	21	16	33	1.95
59824870--59825014	24	6.1	24	91	3	231	26	20	22	29	1.99
59824874--59825014	71	2.0	71	95	0	255	26	21	23	28	1.99
59824870--59825014	47	3.1	48	91	2	231	26	20	22	29	1.99
59825073--59825129	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
59825069--59825131	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
59825168--59825215	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
59826340--59826423	27	3.1	27	89	3	116	20	23	22	33	1.97
59826340--59826433	27	3.5	26	85	7	109	20	23	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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