genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  281  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83815541--83815784	27	8.9	27	76	5	186	32	7	19	40	1.80
83815623--83815778	81	1.9	82	87	6	228	31	7	19	41	1.80
83815568--83815847	27	10.3	27	78	6	170	34	7	19	37	1.81
83815772--83815982	27	7.8	27	87	2	282	38	9	24	27	1.85
83815992--83816077	27	3.2	27	83	3	102	32	10	16	40	1.82
83816007--83816086	27	2.9	27	85	5	99	33	10	16	40	1.82
83820632--83820662	6	5.3	6	92	7	55	70	0	0	29	0.87
83820632--83820662	11	2.7	12	95	5	55	70	0	0	29	0.87
83820910--83820990	34	2.4	34	81	2	101	25	20	22	30	1.98
83828709--83828804	34	2.8	34	77	4	86	21	27	25	26	2.00
83828725--83828804	34	2.4	34	78	2	90	25	22	25	27	2.00
83833589--83833687	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
83841254--83841352	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
83846898--83846955	28	2.1	28	100	0	116	17	12	24	46	1.81
83847594--83847744	54	2.8	54	90	0	230	31	7	19	41	1.79
83847592--83847751	81	2.0	81	86	2	223	33	7	19	40	1.80
83847592--83847744	27	5.7	27	83	0	198	32	7	19	40	1.79
83847739--83847925	27	6.9	27	86	4	243	41	9	22	27	1.84
83847738--83847933	54	3.6	54	88	1	286	40	8	22	28	1.84
83849672--83849839	46	3.6	46	79	10	157	22	29	20	28	1.98
83852564--83852765	40	5.1	40	79	8	207	26	26	22	24	2.00
83852581--83852765	79	2.3	81	79	9	209	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83852609--83852712	39	2.6	40	89	1	156	26	27	21	24	1.99
83870871--83871120	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
83879048--83879297	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
83884141--83884181	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
83884143--83884190	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
83887098--83887269	93	1.8	93	91	0	281	27	27	20	23	1.99
83887091--83887265	46	3.8	46	76	13	178	28	28	20	22	1.99
83887099--83887285	46	4.0	46	68	21	113	28	27	20	23	1.99
83889667--83889724	29	2.0	29	100	0	116	51	13	13	20	1.75
83889971--83890137	46	3.6	46	84	9	175	25	30	17	26	1.97
83890012--83890184	46	3.7	46	82	6	197	23	29	18	28	1.98
83894590--83894703	39	2.9	39	86	1	156	23	31	21	23	1.98
83896495--83896753	68	3.9	64	76	14	233	30	16	29	24	1.96
83900714--83900772	29	2.2	25	76	21	73	49	27	8	15	1.73
83900721--83900776	29	1.9	29	100	0	112	48	28	7	16	1.72
83903072--83903100	14	2.1	14	100	0	58	58	20	6	13	1.58
83909236--83909410	46	3.8	46	77	9	194	29	30	19	20	1.97
83909244--83909414	93	1.8	92	90	6	274	28	31	19	20	1.97
83911793--83911881	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
83911793--83911872	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
83911804--83911881	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83913036--83913344	154	2.0	154	98	0	591	34	19	3	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83914968--83915139	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	21	1.99
83914960--83915135	46	3.8	46	81	4	201	28	28	21	21	1.98
83918579--83918708	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
83918595--83918745	40	3.8	40	79	6	155	21	27	23	27	1.99
83918595--83918743	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
83926585--83926714	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
83926601--83926752	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
83926601--83926750	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
83929066--83929315	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
83937241--83937489	40	6.2	40	89	2	376	25	24	28	21	1.99
83937241--83937489	79	3.1	79	91	2	374	25	24	28	21	1.99
83944242--83944442	55	3.7	53	80	7	235	34	17	24	22	1.96
83944240--83944442	108	1.9	110	89	4	322	34	18	24	23	1.96
83944686--83944716	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83958683--83958761	28	2.8	28	86	0	122	22	12	34	30	1.92
83959091--83959597	27	19.0	27	74	9	353	40	18	9	30	1.83
83959854--83959975	41	3.0	41	85	4	165	22	20	29	27	1.98
83963280--83963836	27	20.7	27	80	5	473	41	18	8	30	1.82
83963280--83963836	54	10.3	54	80	5	536	41	18	8	30	1.82
83964077--83964199	41	3.0	41	87	0	174	24	24	27	23	2.00
83967791--83967868	39	2.0	39	100	0	156	25	2	35	35	1.70
83969394--83969518	6	20.3	6	66	16	60	48	12	18	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83969415--83969518	31	3.4	31	89	0	145	47	11	19	22	1.81
83969637--83969696	27	2.3	26	85	2	75	36	18	21	23	1.95
83970032--83970175	27	5.3	27	87	3	157	28	7	20	43	1.79
83970035--83970175	54	2.6	53	85	4	174	29	7	19	43	1.79
83973515--83973585	28	2.5	28	95	0	124	28	0	28	43	1.55
83974232--83974544	173	1.8	172	88	2	475	36	13	25	24	1.92
83978942--83979094	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
83983611--83983651	19	2.2	19	90	0	64	17	19	7	56	1.64
83985337--83985387	22	2.3	24	74	19	56	62	1	1	33	1.17
83985332--83985385	16	3.3	17	77	12	51	62	1	1	33	1.16
83985657--83985697	14	2.9	14	86	10	57	60	0	2	36	1.10
83989897--83989954	29	2.0	29	100	0	116	20	17	10	51	1.74
83991631--83991688	28	2.1	28	100	0	116	31	17	36	15	1.91
83995427--83995647	85	2.6	87	87	3	290	23	22	12	42	1.87
83995427--83995674	86	2.9	86	82	4	243	22	23	13	40	1.90
83995759--83995840	27	3.0	28	83	5	114	26	26	13	32	1.93
83997652--83997811	24	6.7	24	71	9	85	36	22	23	17	1.95
84011172--84011286	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
84011172--84011305	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
84015004--84015064	25	2.4	25	83	0	77	26	22	22	27	1.99
84018694--84018731	20	2.1	18	85	14	51	57	13	0	28	1.36
84029366--84029423	24	2.4	24	85	5	82	41	18	20	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84029591--84029648	24	2.4	24	85	5	73	34	18	29	17	1.94
84032425--84032831	49	8.5	49	72	13	294	23	27	18	30	1.98
84032417--84032834	98	4.4	97	85	4	539	23	26	19	30	1.98
84032419--84032832	147	2.9	145	76	9	386	23	26	19	30	1.98
84032417--84032924	196	2.7	187	84	7	579	24	26	18	29	1.98
84032721--84032797	40	1.9	40	86	0	109	23	27	16	32	1.96
84032670--84032834	89	1.9	89	90	0	267	23	28	17	30	1.97
84032852--84033066	46	4.6	48	75	4	161	23	26	19	30	1.98
84032476--84032973	187	2.6	185	80	9	490	23	27	18	30	1.98
84032852--84033066	94	2.3	94	80	4	229	23	26	19	30	1.98
84038333--84038402	25	2.8	25	88	0	113	22	25	20	31	1.98
84040389--84040422	17	2.0	17	88	0	50	29	29	23	17	1.97
84042352--84042480	68	1.9	67	88	3	195	32	27	16	24	1.96
84043646--84043687	19	2.2	19	87	8	59	14	28	33	23	1.94
84043942--84044070	42	3.0	42	76	8	136	28	3	33	34	1.73
84045723--84045789	28	2.4	28	90	5	100	34	8	16	40	1.80
84048148--84048204	29	2.0	29	89	0	87	47	1	36	14	1.54
84050395--84050524	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
84058419--84058548	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
84073793--84073959	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	25	2.00
84081824--84081953	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
84081840--84081991	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84081840--84081989	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
84088539--84088640	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
84090336--84090381	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
84090364--84090451	36	2.5	36	88	5	126	47	15	2	34	1.58
84096051--84096110	2	32.0	2	77	12	65	51	1	0	46	1.10
84104158--84104190	17	1.9	17	88	11	50	54	6	3	36	1.41
84120510--84120728	48	4.6	48	79	6	239	23	19	30	26	1.98
84120503--84120728	96	2.4	95	81	9	278	23	19	30	26	1.98
84120682--84120811	43	3.1	42	79	9	140	26	17	26	30	1.98
84124325--84124350	13	2.0	13	100	0	52	15	15	30	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345