genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79731350--79731763	48	8.6	48	97	0	774	33	7	27	31	1.85
79731808--79731893	37	2.3	37	93	0	154	25	18	31	24	1.98
79733540--79733589	11	4.5	11	72	18	50	0	28	4	68	1.08
79734268--79734292	9	2.8	9	100	0	50	0	44	0	56	0.99
79736856--79737003	51	2.9	51	90	2	235	28	27	14	30	1.95
79737027--79737121	28	3.5	28	79	13	110	27	21	15	35	1.94
79740196--79740234	9	4.4	9	83	6	53	53	0	0	46	1.00
79744749--79744803	28	1.9	29	85	3	76	12	18	43	25	1.85
79748714--79748748	18	1.9	18	100	0	70	34	22	31	11	1.90
79748717--79748757	18	2.3	18	91	0	64	36	24	26	12	1.91
79752935--79753154	40	5.6	40	82	4	241	25	26	22	25	2.00
79752935--79753154	120	1.8	118	87	3	325	25	26	22	25	2.00
79761551--79761620	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
79761551--79761632	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
79769617--79769686	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
79769617--79769698	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
79776691--79776791	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
79776779--79776909	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
79778838--79778969	43	3.1	42	79	7	133	34	27	15	22	1.95
79780090--79780118	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
79781238--79781284	22	2.1	23	84	11	62	44	4	0	51	1.21
79781610--79781664	16	3.3	16	84	5	65	47	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79786247--79786327	34	2.4	34	100	0	162	17	22	9	50	1.75
79792632--79792695	6	10.7	6	79	0	56	4	37	3	54	1.37
79792631--79792701	36	2.0	36	82	0	88	7	36	4	52	1.48
79792629--79792721	42	2.2	42	79	7	100	7	36	6	49	1.57
79795635--79795690	22	2.5	22	91	0	85	17	30	21	30	1.96
79799029--79799108	40	2.0	40	100	0	160	42	10	12	35	1.76
79802597--79802676	5	15.8	5	69	21	51	2	21	2	73	1.06
79802598--79802680	26	3.1	26	73	13	71	3	20	2	73	1.10
79802844--79802870	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
79802869--79802895	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
79810193--79810372	80	2.3	79	83	1	218	26	27	21	24	1.99
79810193--79810372	40	4.6	40	79	6	170	26	27	21	24	1.99
79818227--79818398	40	4.4	40	82	2	197	25	26	23	25	2.00
79818227--79818398	80	2.2	79	88	3	249	25	26	23	25	2.00
79822905--79822966	27	2.4	25	84	10	97	46	25	6	20	1.74
79835639--79835771	41	3.3	41	87	3	171	22	16	27	33	1.96
79840305--79840361	5	11.4	5	96	0	105	40	1	0	57	1.09
79841291--79841393	38	2.6	39	72	4	91	27	19	25	28	1.99
79843227--79843284	13	4.6	12	77	14	55	0	20	0	79	0.74
79848034--79848166	40	3.4	38	78	11	126	24	26	24	24	2.00
79848058--79848323	40	6.7	40	85	1	322	27	26	22	23	2.00
79860132--79860167	18	2.2	18	85	14	51	75	0	22	2	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79862999--79863162	42	3.9	42	84	6	199	27	24	17	31	1.97
79863648--79863680	10	3.2	11	91	8	52	30	27	0	42	1.56
79868096--79868154	29	2.0	29	96	0	109	35	20	13	30	1.91
79869129--79869224	48	2.0	48	91	0	156	52	8	14	25	1.69
79878566--79878648	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
79886655--79886737	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
79896081--79896106	10	2.6	10	100	0	52	30	19	0	50	1.48
79896154--79896453	96	3.1	96	84	0	314	23	28	19	28	1.98
79896139--79896467	48	6.9	47	76	6	259	24	28	18	28	1.98
79898530--79898559	12	2.5	12	100	0	60	43	26	13	16	1.85
79900443--79900633	40	4.8	39	78	7	172	23	28	23	24	2.00
79900450--79900634	79	2.3	81	82	7	218	24	27	23	24	2.00
79905099--79905246	64	2.2	68	78	10	160	31	16	29	22	1.96
79905123--79905307	67	2.9	64	77	8	187	28	16	30	24	1.96
79908722--79908810	44	2.0	44	86	0	124	13	30	14	41	1.84
79911265--79911309	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
79911559--79911879	48	6.7	48	78	6	258	23	28	19	28	1.98
79911559--79911879	96	3.3	95	80	5	317	23	28	19	28	1.98
79911559--79911890	144	2.3	142	81	6	364	24	28	19	28	1.98
79914828--79914865	17	2.2	17	95	0	67	26	10	7	55	1.61
79916330--79916355	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
79918068--79918117	16	2.8	19	74	20	54	64	2	0	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79918067--79918120	27	2.0	28	85	3	74	64	1	0	33	1.04
79918201--79918248	25	1.9	25	91	8	80	66	6	0	27	1.15
79924075--79924128	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
79924382--79924556	49	3.5	49	84	3	260	25	17	26	30	1.97
79924375--79924569	49	3.9	49	82	2	246	25	18	27	29	1.98
79924377--79924569	100	1.9	100	97	0	368	25	18	26	29	1.98
79926978--79927056	34	2.3	34	100	0	158	34	13	13	37	1.85
79930184--79930214	15	2.1	15	100	0	62	48	6	0	45	1.28
79931801--79931843	16	2.6	17	81	3	52	72	2	0	25	0.97
79932683--79932729	22	2.2	21	88	3	67	55	21	19	4	1.60
79933721--79933778	27	2.1	29	83	6	75	25	3	1	68	1.14
79933752--79933805	18	2.9	19	76	13	58	31	1	1	64	1.14
79941045--79941330	86	3.4	85	73	13	284	27	20	23	29	1.99
79940894--79941166	129	2.1	128	86	2	377	30	19	23	27	1.98
79941005--79941334	168	2.0	167	86	4	468	28	20	23	27	1.99
79941179--79941550	130	2.9	130	91	1	577	27	20	25	26	1.99
79940964--79941544	44	13.6	43	69	12	250	28	19	24	27	1.99
79941605--79942492	44	20.2	44	66	7	277	29	23	18	27	1.98
79941555--79942416	263	3.3	263	93	1	1403	29	24	18	28	1.98
79941555--79942492	351	2.7	348	87	3	1330	29	23	18	27	1.98
79941555--79942416	88	9.9	88	89	2	1272	29	24	18	28	1.98
79941555--79942554	88	11.4	88	86	3	1177	29	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79942395--79942645	44	5.7	43	74	6	193	28	19	24	27	1.99
79942384--79942638	132	1.9	131	78	7	275	28	20	23	28	1.99
79941555--79942558	263	3.8	259	88	4	1263	29	23	19	27	1.98
79942385--79942679	88	3.3	87	80	2	313	29	20	22	27	1.98
79942715--79942832	51	2.3	51	98	0	227	37	19	18	24	1.94
79944399--79944456	27	2.1	29	83	6	75	25	3	1	68	1.14
79944430--79944483	18	2.9	19	76	13	58	31	1	1	64	1.14
79944693--79944723	16	1.9	16	100	0	62	25	3	0	70	1.02
79944879--79944912	15	2.3	15	89	0	50	20	2	0	76	0.92
79945316--79945469	80	1.9	80	97	0	290	33	18	13	34	1.90
79952957--79953026	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
79952957--79953038	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
79960913--79960982	27	2.5	28	90	2	115	28	12	27	31	1.93
79960913--79960994	27	3.0	27	80	8	94	29	13	24	32	1.93
79964678--79964707	15	1.9	16	93	6	53	53	10	0	36	1.35
79964687--79965203	104	5.0	103	88	4	642	58	12	1	27	1.43
79966223--79966251	13	2.1	14	93	6	51	41	0	20	37	1.53
79967043--79967136	49	1.9	49	88	0	143	24	19	23	32	1.97
79970302--79970417	45	2.6	46	79	6	150	26	17	28	27	1.97
79970687--79970803	38	3.1	38	87	2	155	22	19	25	32	1.97
79970801--79970926	45	2.8	44	86	4	180	20	23	29	26	1.99
79972138--79972329	96	2.0	95	95	1	348	30	7	23	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79975806--79975984	38	4.6	40	88	6	271	23	17	27	30	1.97
79975806--79975984	78	2.3	78	91	3	292	23	17	27	30	1.97
79982008--79982121	40	2.8	41	85	7	160	25	26	22	25	2.00
79990016--79990156	40	3.5	39	81	8	149	24	25	24	25	2.00
79993434--79993614	40	4.5	40	93	1	301	22	19	29	28	1.98
79993472--79993638	80	2.1	80	86	2	228	22	21	28	27	1.99
79996410--79996451	20	2.2	18	84	16	50	14	28	35	21	1.92
80009672--80009817	50	2.9	50	87	1	204	25	17	28	29	1.97
80012859--80012906	15	3.2	15	93	0	78	16	12	14	56	1.68
80012848--80012941	30	3.1	31	76	10	97	12	17	18	52	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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