genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50251623--50251900	40	6.9	40	92	0	457	25	26	20	26	1.99
50254074--50254152	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
50254024--50254325	47	6.3	49	91	4	433	29	30	8	31	1.87
50254024--50254323	96	3.2	93	90	5	426	29	30	8	31	1.87
50268027--50268058	15	2.1	15	94	0	55	59	6	9	25	1.52
50286577--50286635	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
50286581--50286635	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
50286686--50286851	24	7.0	23	91	5	237	29	21	22	26	1.99
50287042--50287136	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
50294668--50294715	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50294759--50294817	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
50294763--50294817	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
50294868--50295010	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
50294868--50295010	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
50294868--50295011	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
50295202--50295296	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
50305258--50305355	39	2.4	39	80	8	99	25	14	24	35	1.93
50306130--50306190	27	2.4	24	86	13	79	31	3	14	50	1.59
50306141--50306197	27	2.1	27	96	0	105	28	5	10	56	1.55
50312335--50312534	27	7.4	27	86	1	267	35	19	20	25	1.95
50313272--50313303	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
50313203--50313372	91	1.9	91	91	0	277	28	20	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50313346--50313407	33	1.9	32	83	3	79	20	20	20	37	1.95
50313369--50313428	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
50317306--50317476	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
50325341--50325511	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
50330663--50330833	27	6.4	27	81	4	177	38	19	18	23	1.93
50330663--50330806	53	2.7	54	83	2	200	39	20	17	22	1.92
50331577--50331635	27	2.2	26	84	3	73	22	22	18	37	1.94
50336827--50336856	14	2.1	14	93	0	51	53	16	0	30	1.44
50340773--50340816	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
50340834--50340865	16	2.0	16	93	0	55	53	31	6	9	1.58
50342324--50342422	28	3.5	29	84	2	123	27	15	29	28	1.96
50353854--50353912	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
50357165--50357337	27	6.4	27	81	5	197	26	21	18	32	1.97
50357184--50357336	81	1.9	81	89	2	236	26	20	18	33	1.96
50363146--50363353	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
50363148--50363353	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
50369342--50369508	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
50377332--50377499	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
50379516--50379687	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
50379508--50379683	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
50385241--50385448	40	5.2	40	85	0	227	25	22	25	25	2.00
50385243--50385448	80	2.6	80	85	1	252	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50392523--50392633	28	3.9	29	78	2	93	28	15	25	30	1.96
50406696--50406791	29	3.3	29	86	1	140	30	31	13	25	1.94
50408246--50408271	8	3.2	8	100	0	52	11	11	34	42	1.77
50411444--50411613	93	1.8	93	94	2	306	30	28	19	21	1.98
50411435--50411610	46	3.8	46	77	14	200	31	28	18	21	1.97
50412032--50412091	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
50413503--50413627	29	4.3	29	84	1	153	32	28	12	27	1.93
50413510--50413622	58	2.0	57	89	1	172	30	28	13	27	1.94
50413685--50413719	18	2.0	18	88	5	54	20	42	22	14	1.88
50417022--50417101	7	10.9	7	86	7	106	43	38	0	17	1.49
50417022--50417101	15	5.4	14	86	7	106	43	38	0	17	1.49
50417022--50417101	30	2.7	29	92	5	133	43	38	0	17	1.49
50418437--50418662	50	4.5	50	77	6	215	25	18	26	30	1.98
50420512--50420674	39	4.2	39	91	0	254	23	20	31	24	1.98
50420512--50420704	39	4.9	39	88	0	242	23	21	31	23	1.98
50434364--50434687	50	6.5	48	76	9	253	28	26	19	25	1.99
50434407--50434487	26	3.2	24	68	25	60	30	29	12	27	1.93
50434356--50434694	148	2.3	149	92	2	563	28	26	19	25	1.99
50438075--50438204	30	4.4	30	86	8	160	27	25	14	32	1.95
50438075--50438204	58	2.2	58	84	4	163	27	25	14	32	1.95
50446067--50446180	30	4.0	29	84	5	99	28	23	14	33	1.94
50446079--50446209	30	4.5	30	86	8	162	27	25	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50446078--50446209	58	2.3	58	84	4	167	27	26	14	31	1.95
50448097--50448208	39	2.8	40	84	2	154	21	27	22	28	1.99
50448067--50448247	40	4.6	40	80	6	163	22	26	22	28	1.99
50456173--50456355	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
50462576--50462687	40	2.8	40	82	2	127	24	28	20	26	1.99
50464046--50464212	40	4.2	40	78	8	144	25	25	22	26	2.00
50466616--50466645	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
50468892--50468952	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
50476382--50476438	29	2.0	29	89	0	87	29	22	8	38	1.85
50487605--50487705	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
50487634--50487705	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
50494370--50494528	48	3.4	47	77	14	161	23	19	31	25	1.98
50502307--50502491	39	4.7	40	87	0	196	24	30	21	23	1.99
50502337--50502499	39	4.2	39	91	0	245	25	31	19	23	1.98
50507622--50507861	40	6.0	40	92	1	358	25	28	24	21	1.99
50515687--50515942	40	6.5	40	91	4	378	24	27	25	22	2.00
50515687--50515942	79	3.2	80	90	4	378	24	27	25	22	2.00
50520450--50520624	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
50528023--50528198	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
50528020--50528191	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
50530178--50530283	33	3.0	33	84	15	158	24	23	32	19	1.98
50530175--50530350	39	4.6	39	86	6	211	23	22	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50539853--50539936	39	2.2	39	93	4	143	27	19	29	23	1.98
50540576--50540736	39	4.2	39	93	4	272	22	19	32	24	1.97
50540593--50540791	76	2.6	76	85	4	211	22	21	32	23	1.98
50542174--50542305	39	3.4	39	88	1	183	23	21	31	23	1.99
50543816--50544032	40	5.5	40	90	2	305	26	27	22	23	1.99
50545075--50545461	187	2.1	187	99	0	756	36	22	12	28	1.91
50547105--50547134	15	2.0	15	100	0	60	40	13	33	13	1.83
50548967--50549130	71	2.3	71	96	0	301	34	17	29	18	1.94
50553205--50553317	40	2.8	40	88	4	131	23	29	23	23	1.99
50553232--50553317	40	2.2	40	97	0	163	24	31	23	20	1.98
50562802--50562878	34	2.2	35	88	2	120	27	7	20	44	1.79
50565498--50565531	17	2.0	18	88	11	54	41	0	11	47	1.40
50566726--50566761	18	1.9	19	94	5	65	61	16	16	5	1.53
50567834--50567862	14	2.1	14	93	6	51	68	3	0	27	1.05
50568355--50568401	12	3.8	13	77	5	53	34	2	0	63	1.06
50571495--50571595	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
50571524--50571599	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
50579379--50579479	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
50579408--50579483	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
50581493--50581553	32	1.9	32	86	3	88	47	6	4	40	1.51
50581500--50581609	32	3.4	32	85	6	123	40	10	8	41	1.68
50589257--50589401	42	3.4	42	76	6	141	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50589246--50589400	85	1.8	85	83	4	197	28	23	16	31	1.96
50593366--50593417	26	2.0	27	96	3	97	48	9	7	34	1.65
50603598--50603928	27	12.3	27	86	3	454	27	23	9	38	1.86
50603933--50604128	54	3.6	54	86	2	250	36	18	18	26	1.94
50603933--50604126	81	2.4	81	84	0	244	36	18	19	26	1.94
50603933--50604128	27	7.3	27	83	0	221	36	18	18	26	1.94
50604331--50604409	27	3.0	26	83	5	86	20	21	20	37	1.94
50604624--50604697	32	2.3	32	81	9	80	20	18	25	35	1.96
50604712--50604793	27	3.1	27	80	5	78	15	19	25	39	1.91
50604911--50605072	6	26.8	6	78	15	165	20	16	13	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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