genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85891955--85892220	47	5.7	47	76	10	226	24	30	17	27	1.97
85891958--85892220	140	1.9	141	85	7	374	24	29	17	28	1.97
85892242--85892338	49	2.0	49	95	0	176	34	20	14	30	1.93
85894418--85894582	23	7.0	24	91	4	230	26	22	22	28	1.99
85894418--85894582	47	3.5	48	89	5	230	26	22	22	28	1.99
85894632--85894692	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
85894735--85894782	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
85896020--85896496	27	17.7	27	85	5	516	41	9	21	27	1.84
85896021--85896496	54	8.8	54	84	4	577	41	9	21	27	1.84
85902695--85902742	24	2.0	24	100	0	96	41	12	8	37	1.73
85902700--85902751	24	2.2	24	86	6	70	44	11	5	38	1.65
85912271--85912401	40	3.3	40	77	2	147	24	23	28	23	2.00
85919969--85920216	50	4.9	50	77	3	237	25	17	26	30	1.97
85920015--85920196	101	1.8	101	86	0	265	25	20	25	28	1.99
85921572--85921738	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
85931248--85931438	40	4.8	39	77	7	172	24	22	28	24	1.99
85939620--85939721	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
85947648--85947749	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
85957724--85957768	6	7.5	6	97	0	72	80	0	4	15	0.87
85957714--85957768	18	3.1	17	86	2	65	76	0	5	18	0.97
85961438--85961481	14	3.4	14	70	23	51	45	0	13	40	1.44
85961437--85961493	24	2.4	24	94	2	98	49	0	12	38	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85969227--85969394	40	4.2	40	81	1	176	25	26	22	26	2.00
85972125--85972400	40	6.9	40	92	0	453	22	23	30	23	1.99
85985987--85986033	23	2.0	23	100	0	94	40	8	0	51	1.33
85989062--85989225	69	2.4	70	77	5	163	29	23	23	23	1.99
85989062--85989220	34	4.6	34	78	3	131	29	22	24	23	1.99
85997565--85997912	47	7.3	47	88	2	489	27	30	9	32	1.88
85997565--85997912	141	2.4	142	90	1	554	27	30	9	32	1.88
86008630--86008729	48	2.1	48	92	3	166	22	28	20	30	1.98
86034093--86034338	49	4.9	50	80	2	289	26	17	25	30	1.98
86034100--86034337	101	2.4	98	84	6	293	26	17	25	30	1.97
86048164--86048881	48	14.7	48	86	8	950	37	6	24	31	1.82
86048164--86048881	98	7.3	96	87	7	957	37	6	24	31	1.82
86048727--86048764	15	2.4	16	86	13	60	34	0	23	42	1.55
86048734--86048765	15	2.1	15	100	0	64	31	0	28	40	1.57
86048686--86048813	63	2.0	63	96	0	238	37	4	24	33	1.76
86049039--86049148	37	3.0	37	94	0	193	23	19	31	25	1.98
86050229--86050420	27	7.1	27	87	1	251	29	25	7	37	1.83
86050229--86050420	80	2.4	81	89	0	296	29	25	7	37	1.83
86050456--86050633	27	6.6	27	83	3	216	42	20	6	29	1.78
86050456--86050632	81	2.2	81	86	4	241	42	20	6	29	1.78
86050456--86050690	54	4.3	54	81	6	183	42	19	7	31	1.78
86050481--86050696	27	7.9	27	78	10	125	41	18	7	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86050737--86050810	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
86050750--86050814	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
86051623--86051692	25	2.8	24	89	4	95	22	28	24	24	1.99
86051623--86051719	25	4.0	23	81	12	88	25	25	23	24	2.00
86051840--86051931	42	2.2	42	94	0	157	32	15	19	32	1.93
86051955--86052069	31	3.7	31	94	1	196	29	17	25	27	1.97
86062156--86062308	43	3.6	43	74	15	138	32	23	16	27	1.96
86067984--86068133	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
86068008--86068191	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
86074402--86074531	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
86074402--86074565	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
86088642--86088746	55	1.9	56	82	5	133	36	20	23	20	1.95
86088667--86088746	27	2.9	27	88	5	115	33	21	25	20	1.97
86090452--86090499	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
86090542--86090602	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
86090652--86090793	46	3.0	47	87	7	189	28	21	22	27	1.99
86090652--86090793	24	6.0	24	87	5	191	28	21	22	27	1.99
86090985--86091048	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
86091881--86091973	28	3.3	28	95	0	159	29	7	26	36	1.84
86096043--86096109	26	2.6	26	85	0	89	28	19	26	25	1.99
86105903--86105978	29	2.6	29	79	10	82	23	31	19	25	1.98
86106201--86106251	24	2.1	24	88	0	75	7	17	19	54	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86112558--86112591	18	1.9	18	88	5	52	32	8	14	44	1.76
86121791--86121858	7	9.9	7	70	9	50	13	7	1	77	1.03
86121794--86121863	21	3.5	21	80	7	58	12	7	1	78	1.01
86121795--86121870	19	3.8	19	80	11	82	11	6	2	78	1.03
86123219--86123251	13	2.3	15	90	10	52	54	0	3	42	1.15
86137661--86137724	30	2.2	29	94	2	110	26	17	21	34	1.95
86145663--86145830	40	4.2	40	78	4	160	24	27	23	25	2.00
86156061--86156224	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
86156061--86156258	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
86170990--86171120	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
86174534--86174777	40	6.1	40	86	2	294	27	26	21	24	1.99
86174746--86175084	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
86174851--86175047	64	3.2	64	61	15	149	35	26	10	27	1.90
86185374--86185524	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
86185411--86185540	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
86193350--86193500	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
86193387--86193516	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
86208242--86208283	19	2.2	19	83	8	50	50	2	4	42	1.36
86209225--86209275	24	2.1	24	82	7	59	58	3	1	35	1.28
86209889--86209913	6	4.2	6	100	0	50	20	0	16	64	1.30
86215173--86215302	46	2.8	46	81	10	140	20	21	28	29	1.98
86223301--86223524	79	2.8	79	83	6	283	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86223301--86223524	40	5.7	40	85	6	271	25	27	22	24	2.00
86226099--86226219	46	2.6	46	83	11	133	20	21	28	28	1.98
86226146--86226217	20	3.3	20	65	20	54	19	22	30	27	1.98
86227992--86228022	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
86228057--86228117	30	2.0	30	90	0	95	26	6	11	55	1.59
86229879--86229925	24	2.0	24	100	0	94	29	10	12	46	1.76
86230212--86230326	40	2.8	42	75	11	114	33	20	15	31	1.94
86231642--86231670	14	2.1	14	93	6	51	86	0	13	0	0.58
86233234--86233262	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
86237213--86237242	15	2.0	15	93	0	51	0	16	6	76	0.99
86239154--86239203	20	2.5	20	100	0	100	36	14	8	42	1.74
86243530--86243595	2	33.0	2	93	0	114	50	46	0	3	1.16
86244479--86244645	75	2.2	75	85	3	212	38	11	12	36	1.80
86247384--86247452	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
86248073--86248134	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
86248114--86248193	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
86248089--86248215	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
86248115--86248227	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
86248208--86248523	27	11.7	27	83	2	359	42	9	20	28	1.83
86248208--86248523	54	5.9	54	89	0	418	42	9	20	28	1.83
86248532--86248621	27	3.3	27	87	3	110	31	10	18	40	1.84
86250165--86250250	31	2.8	31	91	1	138	24	25	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86250455--86250539	26	3.3	26	90	3	111	27	21	22	29	1.99
86250672--86250719	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
86257092--86257240	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
86257133--86257240	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
86265180--86265287	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
86265139--86265287	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
86267615--86267743	40	3.2	40	82	6	165	23	24	28	24	1.99
86275622--86275751	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
86287027--86287091	29	2.2	29	97	0	121	26	27	16	29	1.97
86291051--86291081	16	1.9	16	100	0	62	29	6	32	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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