genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11813691--11813719	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
11813723--11813846	47	2.6	49	81	9	134	29	14	25	30	1.95
11817980--11818039	26	2.3	26	83	8	70	46	1	1	50	1.21
11818036--11818080	20	2.1	22	84	8	58	48	2	4	44	1.35
11819687--11819712	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
11822873--11822901	5	5.8	5	100	0	58	0	0	41	58	0.98
11823408--11823459	20	2.5	20	84	3	68	25	11	11	51	1.71
11826156--11826197	15	2.7	16	81	3	50	30	14	2	52	1.54
11830544--11830654	57	2.0	54	82	8	134	34	2	27	35	1.71
11835666--11835801	72	1.9	72	96	0	254	34	15	19	30	1.93
11835747--11835862	58	2.0	58	88	3	171	25	18	25	31	1.97
11836252--11836280	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
11836111--11836479	85	4.5	84	81	11	399	27	16	21	34	1.95
11835949--11836977	246	4.3	244	78	13	765	28	16	20	34	1.95
11836266--11838035	73	23.3	73	68	16	619	29	16	20	33	1.94
11835871--11838345	619	3.9	614	79	12	2298	29	16	20	33	1.94
11836496--11838188	312	5.5	303	75	14	1469	29	16	20	33	1.94
11836897--11837196	158	1.9	157	86	0	429	29	15	20	34	1.93
11837061--11837196	72	1.9	72	95	0	245	33	15	19	30	1.93
11837142--11837256	58	2.0	58	89	3	178	24	17	26	32	1.97
11837348--11838190	73	10.9	77	73	14	560	30	16	19	33	1.94
11837200--11838190	161	6.4	152	75	13	737	30	16	19	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11837428--11838287	165	5.4	157	76	11	660	30	16	20	33	1.94
11837745--11838024	72	3.9	71	79	8	300	33	16	19	29	1.94
11838129--11838431	87	3.4	91	84	8	342	30	15	18	35	1.93
11838129--11838535	87	4.6	84	78	9	268	29	15	19	35	1.93
11839047--11839193	17	9.6	16	62	30	54	38	46	0	13	1.48
11839048--11839206	30	5.3	29	79	12	187	39	46	0	13	1.47
11839065--11839089	12	2.1	12	100	0	50	40	44	0	16	1.47
11839047--11839233	61	3.1	60	87	5	270	37	48	0	13	1.46
11839186--11839215	12	2.4	12	94	5	51	36	53	0	10	1.35
11846099--11846228	3	46.0	3	67	17	55	26	5	2	65	1.26
11846123--11846177	20	2.6	20	82	8	65	21	5	1	70	1.16
11846093--11846225	43	3.0	41	72	17	108	27	6	2	63	1.31
11846268--11846422	3	50.7	3	72	11	109	30	5	1	61	1.31
11846366--11846424	25	2.4	25	81	13	77	35	1	1	61	1.16
11846588--11846621	14	2.4	14	95	0	59	17	2	0	79	0.86
11846588--11846625	18	2.1	18	90	5	58	18	2	0	78	0.86
11850398--11850436	17	2.3	17	95	0	69	46	5	15	33	1.68
11856077--11856142	29	2.2	31	81	10	75	19	9	1	69	1.23
11870814--11870853	18	2.3	18	91	4	64	85	2	12	0	0.71
11871107--11871230	65	1.9	65	89	0	194	24	18	9	47	1.78
11871508--11871905	100	4.0	100	97	0	760	40	17	13	28	1.87
11872033--11872778	44	16.6	45	72	11	471	32	18	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11872032--11872771	180	4.1	179	81	6	691	32	19	20	27	1.97
11872435--11872733	134	2.3	129	83	6	379	32	20	20	26	1.97
11874211--11874303	3	31.7	3	69	12	50	24	5	3	66	1.28
11874197--11874302	12	8.4	12	72	13	61	22	6	2	67	1.27
11874195--11874281	11	7.9	11	71	13	63	22	5	2	68	1.22
11874344--11874426	33	2.5	33	80	3	87	27	9	1	61	1.35
11879734--11879772	5	7.6	5	94	5	69	20	0	20	58	1.39
11880902--11880936	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11881333--11881366	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
11881332--11881366	17	2.1	17	89	5	54	88	2	8	0	0.61
11881362--11881396	15	2.3	15	90	0	52	62	28	0	8	1.24
11881375--11881442	29	2.4	29	72	16	70	73	14	5	5	1.21
11881394--11881442	24	1.9	24	84	12	62	75	10	8	6	1.18
11882097--11882132	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
11882212--11882300	22	4.2	20	72	19	56	32	3	5	58	1.38
11883978--11884013	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
11889197--11889618	70	6.2	69	76	12	410	24	14	22	39	1.91
11889030--11889621	262	2.3	257	94	2	1033	25	14	22	36	1.93
11889339--11889584	122	2.0	123	89	3	381	24	13	22	39	1.90
11889459--11889624	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
11889849--11889993	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
11889689--11890165	165	2.9	166	90	2	721	29	18	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11890022--11890529	72	6.5	73	75	12	399	29	16	19	34	1.94
11890021--11890739	88	9.0	76	72	14	420	28	16	19	35	1.93
11890380--11890415	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
11890511--11890572	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
11890161--11890740	255	2.3	249	85	6	757	27	16	18	36	1.93
11891386--11891421	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
11891388--11891421	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
11891417--11891450	15	2.3	15	85	5	52	67	26	0	5	1.13
11892244--11892330	20	4.2	20	68	25	63	32	3	5	58	1.38
11894907--11894961	9	6.1	9	73	23	53	41	0	1	56	1.10
11894903--11894960	19	3.2	19	75	22	61	43	0	1	55	1.10
11894901--11894978	28	2.7	30	77	15	92	43	0	1	55	1.08
11896384--11896436	21	2.7	20	88	11	83	32	5	3	58	1.39
11896387--11896454	35	1.9	35	82	5	84	32	5	5	55	1.48
11897960--11898049	30	3.0	29	77	6	99	35	38	14	11	1.82
11902281--11902778	126	4.0	126	90	1	800	26	19	17	35	1.94
11902900--11902972	19	3.8	19	75	7	58	45	19	2	32	1.64
11908510--11908566	13	4.6	13	76	12	57	42	40	1	15	1.58
11909250--11909274	13	1.9	13	100	0	50	24	8	12	56	1.62
11912362--11912431	29	2.4	28	74	9	68	30	7	21	41	1.80
11913497--11913543	19	2.3	21	82	7	62	59	8	0	31	1.27
11915540--11915578	12	3.2	12	82	13	53	64	0	10	25	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11921063--11921661	180	3.3	180	91	0	901	29	21	18	30	1.97
11921519--11921793	132	2.1	132	88	0	406	28	21	17	33	1.96
11923036--11923065	11	2.9	10	90	9	51	0	13	0	86	0.57
11924995--11925161	75	2.3	72	83	8	198	32	22	11	33	1.89
11924999--11925165	35	4.6	36	83	7	187	33	23	10	32	1.89
11930645--11930693	22	2.1	22	88	7	71	36	2	18	42	1.62
11930734--11930787	22	2.5	22	81	0	63	46	0	14	38	1.45
11930696--11930965	107	2.5	106	81	7	294	37	1	18	43	1.57
11930795--11930862	34	2.0	34	86	8	95	38	0	14	47	1.45
11930840--11930887	22	2.2	22	88	0	69	43	0	16	39	1.48
11942418--11942512	3	32.0	3	87	10	142	64	2	0	33	1.06
11944687--11944894	67	3.2	65	74	12	185	31	18	29	21	1.97
11945972--11946005	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
11946686--11946814	45	2.9	45	95	2	224	18	19	22	39	1.92
11946812--11947710	59	15.5	59	71	14	539	20	19	21	38	1.93
11946780--11947825	346	3.0	346	97	0	1932	21	18	21	38	1.94
11947827--11948002	18	9.6	18	73	10	124	35	11	14	38	1.83
11947815--11948095	36	7.5	36	69	11	163	35	12	14	37	1.84
11947815--11948095	18	15.1	18	70	9	98	35	12	14	37	1.84
11949561--11949596	13	2.8	13	95	0	63	0	44	30	25	1.54
11962748--11962799	23	2.3	23	90	3	79	63	3	0	32	1.12
11965240--11965295	18	3.1	18	84	0	76	30	21	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11970882--11970957	18	4.2	18	82	0	89	35	10	18	35	1.85
11973152--11973197	18	2.6	18	89	0	74	41	15	15	28	1.87
11973196--11973237	18	2.3	18	87	0	57	38	9	21	30	1.85
11973775--11973829	11	5.1	11	84	4	67	32	1	43	21	1.63
11977859--11977931	18	4.1	18	85	7	94	38	10	16	34	1.84
11978471--11978513	11	4.0	11	84	6	61	27	6	46	18	1.75
11983647--11983687	21	2.0	21	90	0	64	17	19	7	56	1.64
11983643--11983687	22	2.1	21	87	4	63	17	22	6	53	1.67
11994983--11995022	18	2.2	18	100	0	80	52	5	20	22	1.65
11994990--11995031	18	2.3	18	84	8	50	52	7	21	19	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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