genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81365951--81366054	29	3.6	29	79	5	95	25	17	32	25	1.97
81373670--81373742	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
81373670--81373802	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
81379142--81379210	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
81379133--81379220	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
81381620--81381825	46	4.6	46	78	10	201	21	18	29	30	1.97
81382849--81383078	116	2.0	116	98	0	442	39	9	18	32	1.83
81384466--81384515	21	2.4	21	96	0	91	32	26	10	32	1.89
81385034--81385067	8	4.2	8	96	0	59	41	0	0	58	0.98
81390380--81390663	96	2.9	96	81	8	299	25	27	20	27	1.99
81390386--81390620	48	4.9	48	77	9	235	24	27	20	27	1.99
81390383--81390657	144	1.9	146	82	5	344	24	27	20	28	1.99
81393892--81393926	17	1.9	19	88	11	56	34	22	2	40	1.69
81395395--81395434	20	2.0	20	95	0	71	12	10	22	55	1.67
81400114--81400330	40	5.5	39	83	3	220	23	22	28	26	1.99
81400113--81400330	80	2.7	79	83	4	260	22	22	27	26	1.99
81406507--81406656	40	3.8	40	79	5	142	24	28	22	24	2.00
81416521--81416623	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
81424536--81424638	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
81426717--81426770	25	2.1	26	86	10	76	62	1	14	20	1.40
81440151--81440342	50	3.8	50	88	4	289	22	30	19	27	1.98
81448741--81448765	13	1.9	13	100	0	50	24	36	32	8	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81466952--81466999	19	2.7	19	78	9	57	68	0	14	16	1.21
81468015--81468179	24	6.9	24	79	7	165	23	11	29	35	1.90
81468015--81468179	72	2.3	72	84	2	206	23	11	29	35	1.90
81473959--81474076	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81473927--81474090	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81481529--81481646	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81481497--81481660	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81485543--81485606	28	2.3	28	100	0	128	18	23	42	15	1.89
81490126--81490397	46	5.7	49	80	6	154	25	30	18	26	1.98
81490231--81490394	46	3.5	46	81	8	174	25	31	17	26	1.97
81490223--81490393	94	1.8	95	85	6	242	24	31	18	25	1.97
81492913--81492982	15	4.7	15	72	0	59	60	14	15	10	1.59
81492916--81492986	30	2.4	29	81	6	88	59	14	15	11	1.62
81496863--81497127	49	5.6	49	77	10	230	24	27	20	27	1.99
81499478--81499606	44	3.0	42	83	4	143	33	27	15	24	1.95
81505544--81505751	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
81505544--81505749	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
81508938--81509025	6	14.3	6	72	17	65	45	12	20	21	1.84
81508938--81509025	25	3.6	24	81	7	90	45	12	20	21	1.84
81509139--81509203	22	3.0	22	73	13	62	32	21	24	21	1.98
81509633--81510096	27	17.2	27	88	0	604	25	21	17	35	1.95
81510080--81510391	27	11.7	27	78	7	287	30	10	19	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81510091--81510391	53	5.6	53	77	7	270	30	10	19	39	1.85
81511312--81511401	6	14.8	6	74	19	80	48	13	17	20	1.80
81511312--81511401	24	3.7	24	80	7	110	48	13	17	20	1.80
81511312--81511376	30	2.2	30	91	5	105	50	13	15	20	1.77
81511519--81511584	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
81511519--81511592	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
81511543--81511600	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
81511903--81511985	27	3.1	26	81	5	94	34	20	22	21	1.96
81512210--81512255	19	2.4	19	92	0	74	23	23	19	32	1.97
81512188--81512281	46	2.1	44	88	5	136	25	24	17	32	1.96
81512229--81512359	26	5.0	26	80	5	147	23	19	19	38	1.93
81512229--81512367	52	2.6	53	85	6	178	24	17	18	38	1.92
81512229--81512380	53	2.9	52	81	8	148	25	17	19	37	1.94
81512376--81512972	27	22.1	27	84	4	695	40	8	22	27	1.83
81514951--81515052	6	16.8	6	77	17	104	49	13	17	19	1.80
81514930--81515052	30	4.1	29	83	9	140	48	13	17	19	1.80
81515170--81515235	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
81515170--81515243	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
81515194--81515251	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
81515408--81515466	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
81515552--81515634	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
81515831--81516016	27	7.0	27	86	1	250	24	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81515831--81516016	53	3.5	54	88	2	268	24	20	19	35	1.96
81515849--81516016	80	2.1	81	88	1	248	23	20	20	36	1.95
81516028--81516514	27	18.3	27	85	7	602	40	9	22	27	1.85
81516028--81516514	80	6.1	81	84	8	604	40	9	22	27	1.85
81518496--81518597	6	16.8	6	77	17	104	49	13	17	19	1.80
81518475--81518597	30	4.1	29	83	9	140	48	13	17	19	1.80
81518739--81518790	27	1.9	27	88	7	79	40	21	21	17	1.91
81518953--81519011	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
81519099--81519181	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
81519380--81519575	54	3.6	54	83	8	254	25	20	18	35	1.95
81519380--81519567	27	7.0	27	82	2	225	24	21	19	35	1.96
81519584--81519733	27	5.6	27	84	3	203	41	10	22	26	1.85
81520546--81520654	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
81520804--81520950	50	3.0	50	92	3	244	29	23	8	38	1.83
81520909--81521147	47	5.1	47	91	1	365	26	29	11	31	1.92
81521047--81521122	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
81523899--81524346	27	16.6	27	83	4	510	39	8	22	29	1.83
81523896--81524343	54	8.3	54	86	1	594	40	8	22	29	1.82
81525548--81525611	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
81525803--81525969	24	7.0	24	91	3	248	26	22	22	29	1.99
81525802--81525969	71	2.3	71	89	4	248	26	22	22	29	1.99
81526019--81526079	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81526122--81526169	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
81531824--81531991	43	3.9	43	76	10	166	32	27	16	23	1.96
81531830--81531990	85	1.9	84	83	3	207	32	26	16	24	1.96
81535344--81535488	42	3.4	42	76	9	123	26	15	23	34	1.95
81535398--81535508	43	2.6	42	77	9	109	22	16	27	34	1.95
81537479--81537547	32	2.2	32	89	2	104	28	7	30	33	1.84
81541023--81541168	39	3.7	40	89	0	179	24	31	21	22	1.98
81541053--81541176	39	3.2	39	95	1	212	25	32	19	22	1.97
81543310--81543371	23	2.6	24	94	2	108	35	27	16	20	1.94
81552905--81553284	39	9.7	39	83	1	427	29	27	22	21	1.99
81552937--81553284	79	4.4	78	84	1	426	29	27	22	20	1.99
81552905--81553257	118	3.0	118	86	0	499	28	27	22	20	1.99
81552937--81553286	157	2.2	157	89	1	522	29	27	22	21	1.99
81561386--81561764	39	9.7	39	87	1	481	28	27	23	20	1.99
81561377--81561766	79	5.0	78	83	1	485	29	28	22	19	1.98
81561386--81561744	118	3.1	118	89	0	540	28	28	23	20	1.99
81563995--81564055	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
81575651--81575750	46	2.1	48	81	9	125	25	31	16	28	1.96
81583242--81583360	46	2.6	45	84	10	145	24	30	20	25	1.99
81592182--81592348	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
81602426--81602459	13	2.5	14	85	9	52	47	0	2	50	1.16
81602435--81602475	13	2.9	14	89	7	57	36	0	7	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81606408--81606478	19	3.7	18	78	16	65	52	5	1	40	1.34
81606407--81606478	20	3.7	19	77	7	65	52	5	1	40	1.33
81606447--81606513	18	3.7	18	72	9	64	56	2	1	38	1.24
81609566--81609652	24	3.6	24	100	0	174	20	17	26	35	1.95
81609566--81609674	48	2.3	48	90	3	166	23	17	24	33	1.96
81615463--81615594	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
81623401--81623532	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
81629660--81629746	24	3.6	24	98	0	165	20	18	25	35	1.95
81629660--81629768	48	2.3	48	88	3	157	23	18	23	33	1.96
81632852--81632929	23	3.4	23	82	1	86	30	19	30	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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