genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72072581--72072663	21	4.1	21	77	10	68	22	0	7	69	1.12
72082237--72082444	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
72082238--72082444	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
72086199--72086296	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
72098960--72099166	40	5.2	40	81	4	186	26	22	26	25	2.00
72098961--72099166	80	2.6	80	82	5	229	25	22	26	25	2.00
72103198--72103254	28	2.0	28	96	0	105	45	24	1	28	1.63
72112488--72112524	18	2.1	19	85	10	51	18	37	27	16	1.92
72116438--72116570	46	2.9	47	84	3	162	33	27	18	21	1.96
72118178--72118242	32	2.0	32	93	0	112	43	10	6	40	1.65
72123267--72123335	23	2.9	23	78	8	68	52	4	1	42	1.30
72126594--72126639	21	2.1	21	92	4	74	32	0	13	54	1.39
72129031--72129308	48	5.8	48	75	3	229	25	24	21	28	1.99
72129075--72129308	96	2.4	96	80	1	254	25	24	20	29	1.99
72135765--72135946	95	1.9	96	86	3	260	22	22	23	31	1.98
72135750--72135993	48	5.1	48	74	4	179	22	23	22	31	1.99
72138313--72138488	48	3.6	48	80	11	180	25	31	17	26	1.97
72138505--72138670	46	3.6	45	77	10	156	21	27	18	32	1.97
72146164--72146476	48	6.7	48	72	14	167	22	30	18	28	1.98
72146264--72146474	46	4.6	46	78	11	195	23	29	18	28	1.98
72146165--72146434	48	5.7	48	74	11	184	21	31	18	28	1.97
72146518--72146570	26	2.0	26	100	0	106	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72148809--72148870	30	2.1	30	93	0	106	43	1	3	51	1.27
72149615--72149649	16	2.2	16	100	0	70	20	25	5	48	1.71
72151503--72151543	22	2.0	21	85	9	57	48	0	9	41	1.36
72152271--72152324	20	2.6	21	85	8	67	31	1	1	64	1.14
72152262--72152313	19	2.9	17	81	18	61	28	1	1	67	1.12
72152302--72152358	19	3.1	18	79	16	64	43	0	0	56	0.99
72152290--72152367	30	2.6	29	78	9	77	39	0	0	60	0.97
72152301--72152362	18	3.2	20	79	20	71	41	0	0	58	0.98
72154661--72154732	31	2.3	31	90	4	110	33	2	16	47	1.61
72155998--72156036	21	1.9	21	89	5	62	35	0	10	53	1.35
72159816--72159857	22	1.9	23	85	9	61	23	28	7	40	1.81
72166555--72166618	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
72166810--72166952	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
72166810--72166951	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
72166809--72166952	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
72167002--72167062	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
72167105--72167152	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
72173578--72173644	34	2.0	34	87	0	98	20	28	8	41	1.83
72179863--72180018	40	3.9	40	80	3	179	25	20	26	26	1.99
72179863--72180018	80	2.0	80	83	2	197	25	20	26	26	1.99
72189104--72189147	18	2.4	18	100	0	88	13	0	34	52	1.41
72191671--72191817	40	3.7	40	80	8	158	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72191671--72191821	78	1.9	80	82	5	191	25	22	27	23	2.00
72201945--72202150	40	5.2	40	83	6	161	27	26	20	25	1.99
72201965--72202150	80	2.3	82	81	9	222	26	26	21	25	1.99
72211251--72211294	17	2.5	18	82	14	56	52	0	2	45	1.13
72215430--72215558	55	2.3	55	79	0	159	22	34	23	20	1.97
72216319--72216634	47	6.7	47	73	12	222	23	27	20	28	1.99
72216317--72216634	141	2.2	140	80	7	358	23	27	20	28	1.99
72224828--72224933	40	2.7	40	80	2	124	22	16	27	33	1.95
72241637--72241677	11	3.9	11	81	12	59	36	12	19	31	1.89
72241630--72241676	20	2.3	20	92	0	76	38	10	17	34	1.84
72241639--72241694	20	2.8	20	94	0	94	37	8	19	33	1.83
72241744--72241881	25	5.4	25	85	9	158	28	19	23	28	1.98
72241744--72241851	26	4.4	25	89	8	159	28	20	23	27	1.99
72249713--72249769	9	5.8	10	80	15	66	36	10	19	33	1.86
72249731--72249786	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
72249720--72249786	9	6.6	11	74	16	65	37	11	19	31	1.88
72249836--72249975	25	5.5	25	82	10	144	30	20	22	27	1.98
72249836--72249943	26	4.4	25	87	8	150	29	20	22	27	1.98
72250154--72250243	37	2.7	31	73	25	94	34	16	24	24	1.95
72252084--72252407	40	8.4	39	84	10	395	27	26	22	23	1.99
72252303--72252364	28	2.2	28	94	2	106	29	22	22	25	1.99
72252263--72252404	68	2.1	68	95	1	257	28	25	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72256150--72256258	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
72256150--72256258	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
72264022--72264106	24	3.6	23	85	6	107	32	23	17	25	1.97
72270794--72271159	46	7.7	47	71	15	206	24	27	19	28	1.99
72270794--72271159	140	2.6	144	77	11	373	24	27	19	28	1.99
72272527--72273168	342	1.9	342	88	1	973	39	15	11	33	1.84
72274896--72274980	43	2.0	43	90	0	134	21	20	28	30	1.98
72279091--72279161	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
72279129--72279267	54	2.6	53	85	5	136	41	20	7	30	1.80
72279145--72279267	27	4.6	27	83	4	160	42	19	7	30	1.78
72279145--72279293	53	2.8	53	84	5	149	41	18	9	30	1.82
72279250--72279311	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
72279145--72279313	80	2.1	81	82	7	202	40	18	11	30	1.85
72279932--72280027	28	3.5	28	88	7	144	45	25	8	20	1.79
72283239--72283309	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
72283277--72283415	54	2.6	53	85	5	136	41	20	7	30	1.80
72283293--72283415	27	4.6	27	83	4	160	42	19	7	30	1.78
72283293--72283441	53	2.8	53	84	5	149	41	18	9	30	1.82
72283398--72283459	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
72283293--72283461	80	2.1	81	82	7	202	40	18	11	30	1.85
72284080--72284175	28	3.5	28	88	7	144	45	25	8	20	1.79
72287386--72287456	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72287424--72287562	54	2.6	53	85	5	136	41	20	7	30	1.80
72287440--72287562	27	4.6	27	83	4	160	42	19	7	30	1.78
72287440--72287588	53	2.8	53	84	5	149	41	18	9	30	1.82
72287440--72287605	27	6.2	26	80	4	116	40	18	10	30	1.84
72288226--72288321	28	3.5	28	88	7	144	45	25	8	20	1.79
72297956--72298213	49	5.3	49	96	2	466	32	7	28	31	1.85
72299641--72299990	119	2.9	119	92	1	558	22	21	29	26	1.99
72299854--72299920	23	3.2	23	64	24	65	20	20	28	29	1.98
72299641--72299990	159	2.2	159	94	0	601	22	21	29	26	1.99
72299641--72299990	40	8.8	40	92	1	560	22	21	29	26	1.99
72304037--72304341	49	6.3	49	91	5	467	32	7	29	30	1.86
72304037--72304286	100	2.5	100	96	2	452	33	8	27	31	1.86
72306347--72306510	71	2.3	71	98	0	319	19	28	17	35	1.94
72306347--72306544	71	2.8	70	90	3	240	21	28	16	33	1.95
72307937--72308019	43	1.9	43	100	0	166	40	13	21	24	1.89
72318063--72318218	42	3.7	41	84	8	190	30	17	25	27	1.97
72327361--72327419	30	1.9	31	82	3	75	38	6	0	54	1.27
72338166--72338198	7	4.6	7	96	3	57	45	15	0	39	1.46
72340474--72340792	47	6.7	47	93	2	476	28	30	7	32	1.86
72340524--72340602	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
72343679--72343721	22	2.0	22	90	0	68	34	27	27	9	1.88
72343945--72344018	27	2.7	27	78	0	85	25	20	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72344024--72344077	27	2.0	27	92	0	90	33	11	18	37	1.86
72344147--72344236	29	3.1	29	96	0	162	24	26	27	21	1.99
72344354--72344391	19	2.0	20	90	10	62	26	44	18	10	1.82
72344534--72344560	13	2.1	13	100	0	54	22	22	25	29	1.99
72351343--72351446	23	4.6	23	86	4	140	35	19	24	21	1.96
72351344--72351479	68	2.0	69	86	4	195	32	19	24	23	1.98
72351343--72351446	45	2.3	46	90	5	158	35	19	24	21	1.96
72351343--72351471	45	2.8	45	80	11	145	34	19	24	22	1.97
72357645--72357696	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
72357737--72357795	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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