genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13667225--13667384	39	4.1	39	90	3	241	26	30	21	21	1.98
13672238--13672279	23	1.9	21	85	9	57	35	30	0	33	1.58
13672772--13672834	21	3.1	21	86	4	85	39	17	26	15	1.90
13675926--13675952	6	4.5	6	100	0	54	14	70	14	0	1.17
13684653--13684728	18	4.2	18	87	0	98	39	15	15	28	1.89
13690944--13691013	27	2.6	27	81	0	86	35	14	21	28	1.92
13709740--13710013	135	2.0	138	83	3	349	31	14	8	46	1.73
13722477--13722501	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
13722395--13722679	45	6.2	46	82	8	294	40	18	18	22	1.92
13722395--13722669	90	2.9	96	82	7	339	40	18	18	22	1.91
13722485--13722679	45	4.3	45	92	0	318	40	20	19	20	1.92
13723088--13723129	5	8.2	5	89	5	57	38	23	0	38	1.55
13726051--13726075	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13726657--13726696	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
13730473--13730511	20	2.0	20	84	0	51	28	15	2	53	1.55
13732829--13732999	43	4.0	43	81	7	170	24	29	20	25	1.99
13734132--13734203	36	2.0	36	97	0	135	38	20	2	37	1.68
13739769--13739812	7	6.3	7	86	0	61	25	13	11	50	1.75
13741898--13741940	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
13743519--13743575	13	4.5	13	74	14	57	17	3	10	68	1.33
13745780--13745842	30	2.1	30	88	11	94	26	4	11	57	1.53
13747495--13747560	24	2.7	23	80	15	62	56	3	9	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13747518--13747653	26	5.4	25	71	19	97	61	6	5	27	1.43
13755035--13755092	10	5.9	10	80	8	57	32	5	3	58	1.37
13755035--13755108	29	2.6	29	84	0	85	32	5	2	59	1.34
13758283--13758335	26	2.0	26	82	7	63	28	15	20	35	1.93
13759817--13759951	50	2.6	52	91	5	213	37	24	5	33	1.78
13759817--13759951	26	5.2	26	91	7	195	37	24	5	33	1.78
13764038--13764090	26	2.0	26	82	7	63	28	15	20	35	1.93
13765569--13765704	26	5.2	26	93	0	227	36	24	5	33	1.79
13769439--13769507	34	2.0	34	97	0	129	11	10	40	37	1.75
13776423--13776453	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
13784652--13784709	17	3.4	17	69	21	57	20	8	12	58	1.59
13784646--13784718	35	2.1	35	100	0	146	19	9	13	57	1.63
13788522--13788546	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13788519--13788588	29	2.3	31	80	9	83	61	4	0	34	1.16
13791295--13791674	46	8.3	45	80	6	291	21	23	15	39	1.91
13791448--13791654	45	4.6	45	87	0	171	24	24	14	37	1.92
13793223--13793356	44	3.0	45	81	4	144	35	14	24	26	1.93
13803141--13803250	26	4.2	26	92	2	168	35	4	23	36	1.76
13804692--13804766	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
13804870--13804982	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
13804868--13804982	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
13810609--13810667	30	1.9	31	86	3	84	27	18	5	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13810609--13810677	30	2.3	31	82	7	79	27	17	7	47	1.73
13819463--13820696	411	3.0	411	97	0	2297	27	16	22	33	1.95
13825851--13825875	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13828946--13828976	12	2.6	12	94	0	53	45	0	6	48	1.28
13830035--13830552	132	3.9	131	78	2	520	26	19	19	34	1.95
13830036--13830566	261	2.0	261	84	2	699	26	19	18	35	1.95
13833555--13833607	24	2.2	24	86	0	70	30	24	22	22	1.99
13837440--13837493	27	2.0	27	100	0	108	18	14	14	51	1.76
13847603--13847694	47	1.9	48	82	2	114	34	27	16	21	1.95
13850782--13850910	50	2.5	51	90	5	199	34	17	23	25	1.96
13850886--13850964	31	2.5	30	90	8	122	29	17	27	25	1.98
13851001--13851211	47	4.6	47	83	6	220	29	15	25	29	1.96
13853637--13853674	19	2.0	19	94	0	67	34	23	10	31	1.89
13870732--13870826	46	2.1	45	84	2	118	30	17	25	26	1.98
13871132--13871305	44	3.8	44	72	15	138	31	19	25	22	1.98
13873260--13873466	47	4.2	48	81	5	195	25	15	28	30	1.96
13873278--13873485	93	2.1	97	79	8	219	25	16	28	29	1.97
13878921--13879033	48	2.3	47	82	10	122	17	30	22	30	1.97
13880098--13880221	45	2.8	45	81	9	141	22	29	22	25	1.99
13880622--13880721	38	2.6	39	84	7	125	32	24	19	25	1.98
13881699--13881724	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13890873--13890914	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13892128--13892184	18	3.0	18	79	7	60	42	0	0	57	0.98
13892135--13892184	18	2.6	20	78	18	61	34	0	0	66	0.92
13897966--13898042	38	2.0	38	100	0	154	35	18	25	20	1.95
13898835--13898884	12	4.2	12	78	17	59	42	4	0	54	1.19
13898839--13898898	29	2.1	29	90	0	93	36	5	1	56	1.31
13898841--13898983	62	2.3	59	83	7	169	40	2	4	53	1.32
13920022--13920149	3	43.0	3	72	13	59	58	6	5	29	1.45
13920110--13920172	26	2.4	25	84	7	72	66	6	1	25	1.24
13921550--13922596	88	11.9	88	87	1	1425	21	23	21	33	1.97
13921561--13921965	44	9.2	43	62	17	116	21	23	21	33	1.97
13922087--13922231	44	3.3	44	64	7	105	21	20	22	36	1.95
13927509--13927580	36	2.0	36	100	0	144	27	19	13	38	1.90
13928739--13928795	28	2.0	28	100	0	114	28	24	19	28	1.98
13929396--13929523	3	43.0	3	72	13	68	59	5	5	29	1.43
13929484--13929546	26	2.4	25	84	7	72	66	6	1	25	1.24
13931494--13931554	28	2.1	30	85	11	83	50	0	1	47	1.10
13935813--13935837	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13948362--13948386	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
13948968--13949015	21	2.3	21	82	10	55	56	0	2	41	1.11
13949010--13949034	9	2.8	9	100	0	50	48	0	8	44	1.32
13949087--13949125	21	1.9	21	94	5	71	71	0	25	2	0.98
13954237--13954285	8	5.4	9	77	22	50	67	2	0	30	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13954236--13954290	10	6.0	9	76	23	53	65	1	0	32	1.03
13971865--13972053	48	3.9	48	77	8	170	26	25	20	26	1.99
13971766--13972055	144	2.1	139	84	7	379	26	26	20	26	1.99
13972052--13972131	42	1.9	42	84	0	106	33	26	12	27	1.92
13973351--13973375	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
13982149--13982236	43	2.0	43	89	4	133	25	18	20	36	1.95
13992244--13992276	13	2.4	14	85	10	50	48	15	18	18	1.81
13996287--13996322	18	2.0	18	100	0	72	11	11	33	44	1.75
13996980--13997037	25	2.3	25	90	0	89	13	27	10	48	1.75
13997100--13997138	19	2.1	19	95	0	69	28	20	23	28	1.99
13999268--13999294	11	2.5	11	100	0	54	55	7	7	29	1.55
13999407--13999450	22	2.0	23	86	13	65	54	4	6	34	1.47
13999709--13999780	3	24.0	3	94	0	126	66	0	1	31	1.00
13999877--13999930	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
13999880--13999950	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
14001225--14001335	53	2.1	53	96	0	204	38	14	21	25	1.91
14001921--14002129	73	2.9	72	84	9	289	29	23	20	26	1.99
14002055--14002312	92	2.8	92	83	5	353	32	20	19	26	1.97
14002228--14002256	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
14001928--14002620	256	2.8	243	85	8	915	30	22	19	27	1.98
14002055--14002330	89	3.1	89	85	4	360	34	19	19	25	1.96
14002164--14002570	165	2.5	162	84	5	534	31	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14002416--14002620	73	2.8	74	83	5	256	28	24	18	28	1.98
14015178--14015204	11	2.5	11	100	0	54	55	7	7	29	1.55
14015309--14015408	22	4.7	22	74	20	74	54	2	6	38	1.37
14015735--14015788	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
14015738--14015808	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
14016269--14016306	18	2.1	18	90	0	58	50	0	50	0	1.00
14016270--14016302	11	2.9	12	91	8	52	48	0	51	0	1.00
14018660--14018757	46	2.3	40	79	16	108	34	15	12	37	1.85
14021026--14021185	32	5.0	32	89	0	257	33	11	10	45	1.74
14023163--14023218	21	2.7	21	91	0	85	26	33	8	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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