genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22764098--22764175	40	2.0	40	84	5	104	33	32	11	23	1.90
22766808--22766857	10	5.1	10	80	9	50	48	0	2	50	1.12
22766827--22766854	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
22766919--22766961	4	10.0	4	95	5	59	69	0	30	0	0.88
22767135--22767162	13	2.2	13	100	0	56	46	0	17	35	1.49
22777234--22777329	49	1.9	50	81	10	117	40	7	6	45	1.57
22777245--22777339	50	1.9	49	81	10	113	41	8	4	46	1.53
22778866--22778895	12	2.5	12	94	0	51	40	43	10	6	1.64
22780272--22780403	27	4.9	27	73	16	94	31	2	3	62	1.26
22780288--22780372	32	3.0	27	76	17	91	35	2	2	60	1.23
22780344--22780399	24	2.3	24	81	9	69	33	0	3	62	1.12
22781610--22781771	26	6.2	26	92	4	256	33	6	24	35	1.80
22781610--22781771	78	2.1	78	95	0	288	33	6	24	35	1.80
22783383--22783522	27	5.2	27	84	5	158	18	22	22	36	1.95
22786460--22786489	11	2.7	11	100	0	60	16	10	40	33	1.82
22786512--22786563	21	2.5	19	80	17	59	11	0	36	51	1.38
22787345--22787448	53	2.0	53	96	0	190	37	18	14	29	1.90
22787385--22787591	105	2.0	102	95	2	369	37	20	14	26	1.92
22787576--22787685	54	2.0	55	92	1	186	40	17	13	28	1.87
22787199--22787884	232	2.9	232	87	7	905	36	19	15	27	1.92
22787487--22787884	127	3.1	127	93	1	672	37	18	15	28	1.92
22787703--22787812	54	2.0	55	94	1	195	39	16	15	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22787757--22787952	72	2.7	73	92	4	317	33	19	17	29	1.95
22802131--22802185	25	2.2	25	87	3	76	30	7	5	56	1.49
22804384--22804434	12	4.2	12	73	16	52	49	17	21	11	1.79
22808629--22808926	131	2.3	131	89	0	452	28	20	23	27	1.99
22808939--22809438	192	2.7	183	81	6	531	29	19	23	28	1.98
22809309--22809511	88	2.3	87	83	6	257	27	19	24	28	1.99
22809314--22809481	44	3.8	44	80	1	185	27	21	26	25	1.99
22811183--22811298	27	4.0	27	75	10	97	31	2	3	62	1.26
22811191--22811265	30	2.7	27	81	8	87	36	2	2	58	1.26
22811507--22811555	24	2.0	24	92	4	80	28	4	6	61	1.38
22811507--22811573	25	2.7	25	86	4	82	31	5	5	56	1.47
22811578--22811608	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22816211--22816269	31	1.9	31	85	0	82	47	3	6	42	1.46
22820775--22820960	40	4.7	40	87	5	243	24	22	26	26	2.00
22820775--22820983	80	2.6	79	81	10	230	25	21	26	26	2.00
22829353--22829397	21	2.0	22	83	8	56	40	13	11	35	1.80
22830589--22830636	24	2.0	24	100	0	96	33	16	4	45	1.67
22830825--22830919	50	1.9	50	84	4	129	30	20	27	22	1.98
22830827--22830937	25	4.4	25	77	3	98	29	20	27	22	1.99
22838850--22838878	10	2.9	10	100	0	58	6	10	51	31	1.62
22846626--22846683	30	1.9	30	85	0	80	15	29	32	22	1.95
22847295--22847334	21	2.0	19	90	9	62	70	5	0	25	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853012--22853047	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
22854535--22854607	35	2.1	35	97	0	137	43	19	6	30	1.76
22855818--22855933	41	2.7	43	81	11	139	30	27	17	25	1.97
22857839--22857895	30	1.9	30	85	7	80	40	5	5	49	1.48
22865928--22865962	11	3.1	11	95	4	61	31	0	0	68	0.90
22866084--22866147	30	2.1	30	91	0	101	60	14	3	21	1.47
22869031--22869078	17	2.8	17	83	0	51	33	10	18	37	1.85
22869614--22869645	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22870124--22870503	191	2.0	190	89	1	573	32	13	20	33	1.92
22872380--22872436	23	2.4	24	82	8	73	80	5	14	0	0.87
22872380--22872435	25	2.2	26	83	6	69	82	3	14	0	0.81
22873688--22873731	15	2.9	16	78	21	51	52	0	6	40	1.28
22882417--22882487	35	2.0	35	100	0	142	43	22	8	25	1.81
22891905--22892004	43	2.3	43	92	0	164	30	30	17	23	1.96
22892259--22892299	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
22892225--22892298	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
22897468--22897516	14	3.6	14	88	2	64	34	46	0	18	1.49
22897455--22897506	21	2.5	22	78	9	63	34	44	0	21	1.52
22897468--22897512	21	2.1	21	91	0	72	35	46	0	17	1.49
22898081--22898411	41	8.1	41	86	2	405	21	22	22	33	1.97
22900720--22900774	21	2.7	21	78	13	62	60	1	0	38	1.08
22902386--22902411	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22906594--22906636	23	2.1	19	83	16	50	53	18	0	27	1.45
22909330--22909417	28	3.1	27	75	12	79	38	1	1	59	1.13
22909301--22909383	9	8.6	10	71	11	50	40	1	1	56	1.15
22909539--22909599	32	1.9	32	93	6	106	72	6	4	16	1.24
22911724--22911954	90	2.6	90	89	0	345	30	14	25	29	1.95
22915291--22915396	28	3.8	28	70	15	76	65	0	2	31	1.14
22915270--22915386	24	5.2	23	71	20	70	64	0	3	30	1.15
22915265--22915421	48	3.4	46	77	14	128	65	2	2	29	1.19
22915316--22915475	18	7.9	19	68	22	71	61	1	2	35	1.18
22915338--22915418	15	5.6	14	74	17	69	69	2	0	28	1.02
22915316--22915418	30	3.3	29	75	21	77	66	1	0	31	1.09
22915444--22915501	29	1.9	30	86	10	82	60	0	1	37	1.07
22915669--22915726	30	1.9	30	85	0	80	58	6	13	20	1.58
22916958--22917539	90	6.5	90	89	0	869	27	26	14	31	1.95
22922076--22922135	30	2.0	30	100	0	120	33	16	10	40	1.82
22929103--22929205	29	3.6	29	89	0	143	24	33	16	26	1.96
22936950--22937052	29	3.6	29	89	0	143	24	33	16	26	1.96
22940260--22940311	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
22940248--22940324	28	2.8	28	79	16	79	63	1	3	31	1.20
22940335--22940411	16	5.0	16	65	9	52	71	2	0	25	0.99
22940426--22940500	30	2.4	31	82	6	89	57	1	2	38	1.21
22940663--22940720	30	1.9	30	85	0	80	58	6	13	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22950261--22950601	72	4.7	72	82	5	377	26	5	14	53	1.62
22951505--22951562	29	2.0	30	82	3	73	41	3	5	50	1.42
22952556--22952629	13	5.7	13	79	6	60	40	24	5	29	1.77
22953024--22953050	13	2.1	13	100	0	54	29	33	14	22	1.94
22959251--22959275	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22964358--22964403	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
22966803--22967089	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
22967337--22967390	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
22968874--22968983	26	4.2	26	97	0	193	37	24	4	33	1.76
22969816--22969879	26	2.6	25	83	11	78	40	3	34	21	1.69
22980938--22980977	21	2.0	20	90	5	62	15	25	37	22	1.93
22983119--22983180	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
22983472--22983503	13	2.4	14	85	15	50	81	0	18	0	0.70
23002691--23002850	39	4.1	39	92	0	239	26	29	21	21	1.99
23003789--23003863	34	2.2	34	82	0	96	37	17	6	38	1.76
23007660--23007943	136	2.1	135	95	0	514	32	24	17	25	1.97
23009729--23009864	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
23012933--23012989	26	2.2	26	80	0	69	45	1	31	21	1.62
23015380--23015459	33	2.4	33	89	4	117	38	10	23	27	1.87
23015378--23015482	33	3.2	33	84	5	97	38	11	20	29	1.88
23015467--23015583	33	3.6	33	82	1	128	31	15	24	28	1.95
23019528--23019612	25	3.4	25	72	16	79	23	22	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23029506--23029546	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
23029692--23029822	28	4.6	28	71	7	95	23	26	19	30	1.98
23029720--23029846	57	2.2	56	82	6	159	25	25	17	31	1.97
23029753--23029846	28	3.3	28	75	5	91	28	22	15	32	1.95
23034605--23034654	24	2.1	24	100	0	100	34	14	12	40	1.82
23038438--23038469	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23038594--23038618	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
23038830--23038854	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23043046--23043070	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
23047432--23047456	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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