genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9295836--9295906	33	2.2	33	81	0	79	21	40	14	23	1.89
9300062--9300227	38	4.3	38	82	3	170	33	25	21	19	1.97
9300062--9300227	78	2.1	78	81	6	185	33	25	21	19	1.97
9301420--9301457	2	19.5	2	89	5	60	52	0	0	47	1.00
9302911--9303019	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
9303064--9303355	48	6.0	48	96	1	548	32	26	6	34	1.81
9303064--9303353	146	2.0	146	98	0	562	33	26	6	34	1.81
9309812--9309949	48	2.9	48	91	0	222	25	20	29	24	1.99
9309812--9309977	48	3.5	49	85	6	198	25	19	28	26	1.99
9309816--9309989	96	1.8	96	82	2	224	25	18	28	27	1.98
9309996--9310170	90	1.9	89	82	4	217	26	18	26	27	1.98
9311767--9311800	17	2.0	17	94	0	59	67	5	0	26	1.13
9313424--9313454	15	2.1	15	100	0	62	19	19	6	54	1.65
9313735--9313890	39	4.0	39	92	0	267	37	23	26	12	1.91
9313735--9313948	58	3.7	58	75	9	204	38	22	26	12	1.90
9316478--9316539	4	16.0	4	77	12	51	0	27	0	72	0.85
9316480--9316532	18	2.8	19	81	13	74	0	24	0	75	0.80
9316476--9316539	24	2.7	24	83	13	80	0	28	0	71	0.86
9316480--9316528	20	2.6	18	87	9	71	0	24	0	75	0.80
9317199--9317227	13	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
9347261--9347286	10	2.6	10	100	0	52	69	0	19	11	1.18
9350311--9350378	34	2.0	34	100	0	136	41	2	20	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9356303--9356334	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
9363715--9363880	46	3.9	41	81	12	167	37	16	24	21	1.93
9363757--9363924	46	3.7	46	86	1	221	41	15	23	19	1.90
9364185--9364231	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
9374976--9375113	46	3.0	46	94	0	231	39	15	23	21	1.91
9374991--9375166	46	3.7	46	88	4	219	41	15	22	20	1.90
9376913--9376959	13	3.5	14	74	8	53	31	23	0	44	1.54
9377172--9377230	30	2.0	30	96	3	111	30	0	0	69	0.89
9382935--9382963	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
9383941--9383992	3	17.0	3	96	4	95	32	1	0	65	1.04
9384196--9384222	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
9385597--9385632	13	2.7	13	91	4	54	27	0	19	52	1.46
9386167--9386205	20	2.0	20	89	0	60	20	35	28	15	1.93
9390352--9390431	38	2.2	36	86	8	108	45	25	3	26	1.70
9390574--9390667	7	13.1	7	71	4	62	21	0	30	47	1.51
9390951--9391192	41	5.9	41	78	3	193	25	17	21	35	1.95
9393231--9393280	26	1.9	26	95	0	91	14	22	18	46	1.84
9396734--9396827	43	2.2	43	90	0	143	21	20	29	28	1.98
9397207--9397252	21	2.2	21	88	0	65	4	47	17	30	1.67
9397215--9397254	21	1.9	21	94	0	71	2	50	20	27	1.61
9397667--9397695	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
9400380--9400452	14	4.9	14	74	14	65	21	0	28	49	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9400441--9400493	21	2.5	22	87	6	81	20	0	37	41	1.53
9400462--9400503	14	2.9	14	82	3	57	23	0	38	38	1.55
9400503--9400544	22	1.9	22	85	9	59	21	2	28	47	1.63
9400533--9400577	24	1.9	23	81	4	54	31	0	26	42	1.56
9400876--9400905	15	2.0	15	93	0	51	40	0	3	56	1.16
9401164--9401435	141	1.9	140	90	3	431	25	21	20	31	1.98
9409367--9409459	45	2.2	41	86	7	123	41	2	3	52	1.29
9411486--9411511	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
9414155--9414180	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
9416313--9416385	34	2.2	33	87	2	101	30	21	20	27	1.98
9417783--9418048	46	6.0	46	83	7	325	21	24	15	38	1.92
9417962--9418037	38	2.0	38	94	0	134	23	23	18	34	1.96
9421909--9421953	12	3.6	13	77	16	51	55	0	4	40	1.20
9423097--9423289	50	3.8	51	71	8	162	30	10	19	39	1.86
9423349--9423373	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9430665--9430708	3	14.7	3	80	0	52	59	0	4	36	1.18
9430660--9430704	15	3.0	15	83	0	54	57	0	4	37	1.19
9430748--9430817	23	3.0	24	77	12	67	71	2	8	17	1.23
9430874--9430930	23	2.5	23	78	16	66	70	0	7	22	1.11
9431090--9431185	3	32.3	3	76	14	83	65	1	4	29	1.18
9434287--9434333	16	2.7	17	83	9	60	59	0	0	40	0.97
9434701--9434740	20	2.0	20	85	9	55	15	10	20	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9435740--9435777	19	2.0	19	85	10	51	57	7	5	28	1.49
9436122--9436157	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
9436153--9436189	16	2.3	16	95	0	65	64	29	0	5	1.15
9436772--9436802	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
9438745--9438780	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
9438753--9438784	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
9447222--9447644	71	6.2	69	75	12	403	24	14	22	39	1.91
9447364--9447610	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
9447055--9447647	263	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
9447485--9447650	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
9447875--9448018	74	1.9	75	88	6	222	30	18	22	28	1.97
9447715--9448193	164	2.9	165	89	4	680	29	18	20	31	1.96
9448050--9448554	79	6.5	73	75	12	404	29	16	19	34	1.94
9448049--9448554	72	6.5	75	75	13	375	29	16	19	34	1.94
9448049--9448764	88	9.0	76	73	14	425	28	16	19	35	1.94
9448408--9448443	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
9447710--9448444	400	1.8	398	81	7	926	29	17	19	33	1.95
9448536--9448597	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
9448177--9448765	252	2.4	247	85	6	773	27	16	18	37	1.93
9450192--9450294	41	2.4	42	76	18	104	32	4	3	59	1.37
9450324--9450366	24	1.9	24	81	13	56	25	2	9	62	1.37
9464396--9464547	80	1.9	77	90	4	241	47	9	10	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9465860--9465895	14	2.5	14	90	4	54	69	2	0	27	1.02
9467857--9467882	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
9470218--9470247	14	2.1	14	93	0	51	70	3	20	6	1.25
9474500--9474534	17	2.1	17	89	5	54	60	0	0	40	0.97
9474591--9474658	32	2.1	34	91	5	113	42	0	0	57	0.98
9474609--9474656	22	2.0	24	84	11	64	41	0	0	58	0.98
9474596--9474647	16	3.2	16	71	7	52	48	0	0	51	1.00
9474954--9474989	12	2.9	12	91	4	54	55	0	19	25	1.43
9475235--9475259	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
9475357--9475391	9	3.9	9	96	0	61	31	14	11	42	1.81
9476967--9477112	33	4.5	33	76	2	107	29	22	13	34	1.93
9485936--9485975	17	2.4	17	86	0	62	30	2	5	62	1.29
9486896--9486928	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
9489371--9489416	22	2.0	24	84	16	62	34	4	2	58	1.30
9490251--9490275	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9495254--9495291	11	3.5	11	78	7	51	65	7	0	26	1.19
9495823--9495873	8	6.1	8	76	17	50	31	1	0	66	1.03
9497650--9497683	17	2.0	17	88	11	52	26	0	2	70	1.01
9497721--9497760	16	2.6	15	80	7	53	42	0	0	57	0.98
9497728--9497764	16	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
9497739--9497772	17	2.0	17	88	0	50	47	2	0	50	1.16
9499980--9500109	35	3.7	35	81	4	129	33	12	22	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9502469--9503242	384	2.0	383	94	0	1368	32	16	21	29	1.95
9506062--9506191	35	3.7	35	80	4	120	32	21	12	33	1.90
9511922--9512405	131	3.7	131	79	8	509	35	17	19	28	1.94
9512736--9512786	21	2.4	23	75	18	56	54	15	11	17	1.70
9513172--9513206	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
9515033--9515068	17	2.1	17	90	10	56	13	5	5	75	1.17
9515280--9516076	44	18.1	44	86	0	966	27	30	14	28	1.95
9517462--9517550	3	30.0	3	97	2	171	0	32	0	67	0.91
9519374--9519421	25	2.0	24	84	12	62	29	22	0	47	1.51
9519374--9519413	19	2.2	17	86	8	53	30	22	0	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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