Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  283  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84488478--84488696
40
5.5
40
85
4
230
25
21
26
26
2.00
84488478--84488694
79
2.7
80
81
8
237
25
22
26
25
2.00
84488525--84488719
79
2.5
79
82
5
189
25
21
27
26
1.99
84492262--84492389
55
2.3
55
77
7
134
17
26
28
26
1.98
84508314--84508356
22
2.0
22
85
0
59
20
30
6
41
1.79
84510253--84510458
67
3.1
64
75
10
184
31
16
28
22
1.96
84512687--84513017
9
35.1
9
64
21
74
60
4
1
33
1.27
84513475--84513513
21
1.9
21
85
15
55
30
5
2
61
1.31
84513508--84513576
31
2.3
31
85
7
90
36
0
5
57
1.22
84513497--84513617
49
2.4
49
80
15
126
35
0
6
57
1.31
84513511--84513616
50
2.1
51
81
14
125
33
0
7
58
1.26
84517514--84517543
2
15.0
2
100
0
60
50
0
50
0
1.00
84520984--84521164
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
84520986--84521156
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
84524109--84524177
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
84524100--84524187
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
84526565--84526745
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
84526567--84526737
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
84529503--84529566
23
2.8
23
80
4
76
32
21
23
21
1.98
84534054--84534078
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
84534682--84534736
25
2.2
26
83
6
69
21
1
7
69
1.23
84536364--84536404
17
2.3
18
76
20
50
65
0
9
24
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84536538--84536567
14
2.1
15
93
6
53
20
3
0
76
0.92
84537157--84537186
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
84549460--84551504
44
46.4
44
81
7
2147
29
16
31
22
1.96
84549460--84551504
132
15.5
132
83
7
2493
29
16
31
22
1.96
84549720--84549922
108
1.9
108
92
0
343
28
15
32
24
1.96
84549757--84549878
64
1.9
64
96
0
226
29
15
30
24
1.96
84550075--84550189
60
1.9
60
90
0
185
34
16
28
20
1.94
84549460--84551504
432
4.7
430
85
6
2529
29
16
31
22
1.96
84551837--84551866
14
2.1
15
93
6
53
20
3
0
76
0.92
84552462--84552499
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
84552768--84552805
19
2.0
19
94
0
67
31
23
10
34
1.89
84555011--84555064
26
2.1
25
86
3
72
42
0
7
50
1.30
84557657--84557698
2
21.0
2
95
0
75
47
0
2
50
1.14
84558184--84558218
15
2.3
16
85
14
56
74
0
0
25
0.82
84558589--84558613
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
84576688--84576769
37
2.2
37
95
2
146
35
13
9
41
1.77
84576896--84576965
25
2.8
24
81
12
79
31
17
30
21
1.96
84576896--84576965
24
2.8
25
81
12
81
31
17
30
21
1.96
84580239--84580297
21
2.8
22
85
7
70
23
0
6
69
1.12
84580268--84580325
26
2.4
24
83
13
75
29
0
3
67
1.07
84580475--84580546
21
3.4
21
100
0
144
12
52
30
4
1.58
84581070--84581097
2
14.0
2
100
0
56
50
0
50
0
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84581975--84582182
41
5.1
41
86
5
248
32
17
23
26
1.96
84582821--84582907
22
4.0
21
69
15
70
45
28
1
24
1.60
84582910--84582967
14
4.2
14
76
12
57
41
43
1
13
1.55
84582999--84583044
14
3.3
14
75
22
51
50
28
0
21
1.49
84583194--84583267
8
8.8
8
79
16
69
67
2
0
29
1.04
84583219--84583267
8
6.2
8
90
4
73
71
2
0
26
0.97
84583219--84583264
15
3.0
15
93
3
74
71
2
0
26
0.97
84583220--84583267
23
2.1
23
92
0
78
70
2
0
27
0.98
84584306--84584600
154
1.9
154
97
0
554
25
14
14
45
1.83
84588969--84588993
10
2.5
10
100
0
50
36
0
0
64
0.94
84590542--84590594
25
2.1
25
89
0
79
37
0
0
62
0.96
84590599--84590637
18
2.1
18
85
4
51
30
0
2
66
1.05
84593693--84593748
26
2.2
26
96
0
103
28
7
26
37
1.83
84597363--84597426
30
2.1
31
82
2
76
50
6
17
26
1.69
84601813--84601845
5
6.6
5
86
13
50
81
0
0
18
0.68
84617068--84617346
48
5.8
48
73
5
186
27
19
29
24
1.98
84624816--84625177
48
7.5
48
80
2
323
26
17
30
25
1.97
84624816--84625177
144
2.5
144
82
0
420
26
17
30
25
1.97
84627565--84627593
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
84627984--84628028
19
2.3
19
80
3
54
15
33
17
33
1.92
84634684--84634712
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
84635446--84635485
21
2.0
21
85
5
55
32
0
0
67
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84636924--84636982
22
2.8
21
81
2
64
22
6
3
67
1.29
84640870--84640894
12
2.1
12
100
0
50
24
52
16
8
1.70
84643148--84643415
48
5.6
48
77
1
225
23
27
18
30
1.98
84643148--84643415
96
2.8
95
83
6
301
23
27
18
30
1.98
84643152--84643415
144
1.8
144
80
3
316
24
27
18
30
1.98
84650986--84651336
48
7.3
46
76
11
280
23
25
19
32
1.97
84651019--84651336
96
3.3
95
90
0
456
23
25
19
31
1.98
84650972--84651297
144
2.3
144
84
1
402
22
25
19
32
1.97
84651020--84651336
144
2.2
144
83
2
386
23
25
19
31
1.98
84658333--84658403
32
2.2
32
97
0
133
12
28
36
22
1.91
84659050--84659092
21
2.0
21
100
0
86
27
46
11
13
1.78
84668067--84668113
23
2.1
23
92
4
78
27
12
8
51
1.69
84671242--84671291
20
2.6
19
87
6
82
32
0
32
36
1.58
84672046--84672095
16
3.3
16
72
16
61
48
2
4
46
1.32
84672046--84672105
29
2.1
29
100
0
120
45
3
3
48
1.35
84672718--84672787
7
9.7
7
79
14
54
34
4
0
61
1.16
84673475--84673501
12
2.2
12
100
0
54
51
7
18
22
1.70
84677561--84677661
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
84685532--84685632
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
84690775--84690840
26
2.5
27
75
9
64
62
4
9
24
1.44
84690918--84690963
3
15.3
3
100
0
92
67
0
0
32
0.91
84691106--84691151
15
2.9
15
90
6
65
65
2
8
23
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84691101--84691186
44
2.0
43
82
13
104
63
1
9
25
1.31
84691121--84691184
15
4.4
14
77
11
58
64
0
9
26
1.24
84692251--84692482
44
5.3
44
64
13
127
19
25
22
32
1.97
84692206--84692592
88
4.4
88
89
1
578
22
23
20
33
1.97
84692382--84692526
44
3.3
43
66
18
109
24
22
19
33
1.97
84692679--84692769
45
2.0
45
85
4
121
31
18
17
31
1.94
84692569--84692889
178
1.8
178
86
0
471
30
20
17
31
1.96
84692724--84693022
133
2.2
133
85
1
411
30
21
16
31
1.95
84700119--84700184
26
2.5
27
75
9
64
62
4
9
24
1.44
84700262--84700307
3
15.3
3
100
0
92
67
0
0
32
0.91
84700446--84700491
15
2.9
15
90
6
65
63
2
8
26
1.35
84700470--84700510
14
2.8
15
75
20
50
58
0
9
31
1.31
84703697--84703760
26
2.5
26
80
14
64
48
0
6
45
1.27
84706894--84706941
22
2.3
21
79
10
53
31
2
2
64
1.16
84707457--84707504
21
2.3
21
74
0
51
68
0
2
29
1.01
84708706--84708753
24
2.0
24
100
0
96
54
0
8
37
1.31
84711989--84712013
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
84712687--84712724
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
84713386--84713527
25
5.7
25
73
8
110
35
20
28
16
1.94
84713382--84713528
74
2.0
75
82
4
181
36
19
27
17
1.94
84713386--84713527
50
2.9
50
76
5
137
35
20
28
16
1.94
84720252--84720337
43
2.0
43
82
8
104
29
27
18
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84725192--84725399
40
5.2
40
84
0
218
25
22
25
25
2.00
84725193--84725399
80
2.6
80
83
4
247
25
22
26
25
2.00
84733342--84733549
40
5.2
40
83
0
227
26
22
25
25
2.00
84733343--84733549
80
2.6
80
84
2
254
26
22
25
25
2.00
84740005--84740094
46
2.0
46
86
4
128
27
30
8
33
1.87
84740068--84740211
47
3.1
47
93
0
243
27
30
11
31
1.91
84755684--84755710
14
1.9
14
100
0
54
59
11
14
14
1.62
84779415--84779607
39
4.9
39
90
0
251
23
31
21
23
1.98
84779445--84779607
39
4.2
39
93
0
263
24
31
20
23
1.98
84787378--84787570
39
4.9
39
90
0
251
23
31
21
23
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345