genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7904965--7905077	48	2.4	48	84	0	136	35	29	10	24	1.89
7906252--7906285	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
7911769--7911820	18	2.9	18	82	0	68	17	26	34	21	1.95
7911769--7911820	6	8.7	6	86	0	59	17	26	34	21	1.95
7914183--7914219	6	6.0	6	90	3	56	83	2	13	0	0.74
7915876--7916048	88	2.0	88	90	0	274	35	8	19	36	1.82
7920516--7920577	29	2.1	29	82	14	74	22	8	19	50	1.74
7923790--7923881	45	2.0	45	97	0	175	27	23	16	32	1.96
7924190--7924231	21	2.0	21	86	9	59	21	33	0	45	1.52
7929939--7929972	15	2.2	16	94	5	61	14	26	2	55	1.53
7930955--7930979	7	3.6	7	100	0	50	16	28	28	28	1.97
7933718--7933768	25	1.9	27	84	11	70	62	0	0	37	0.95
7937350--7937480	64	2.0	64	100	0	262	45	11	15	27	1.80
7937953--7937985	5	6.6	5	92	0	57	78	0	3	18	0.87
7943036--7943205	88	1.9	88	91	0	277	26	16	20	36	1.94
7945717--7945741	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7946398--7946423	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
7947985--7948011	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
7956542--7956583	17	2.5	17	88	11	68	14	0	19	66	1.25
7961701--7961798	39	2.6	39	74	8	103	27	22	19	30	1.98
7962636--7962742	53	2.0	54	92	1	180	9	23	6	60	1.50
7962806--7962871	7	8.6	7	78	18	53	53	1	1	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7962793--7962871	27	2.8	31	76	20	91	49	2	1	46	1.23
7962803--7962868	8	8.4	8	70	21	50	51	1	1	45	1.19
7966602--7966646	6	7.5	6	89	0	72	80	2	2	15	0.92
7971828--7972424	48	12.4	48	97	0	1095	33	8	28	29	1.86
7972594--7972695	37	2.8	37	93	1	170	23	18	32	25	1.97
7974649--7974682	13	2.6	13	100	0	68	17	50	26	5	1.69
7982550--7982662	38	2.9	38	88	2	145	23	23	27	25	2.00
7982566--7982668	38	2.7	38	90	0	152	22	23	26	28	1.99
7982666--7983087	43	9.8	43	95	0	727	11	25	32	30	1.91
7984442--7984528	43	2.0	43	97	0	165	40	14	13	31	1.86
7988342--7988536	40	4.9	40	90	0	302	25	29	24	21	1.99
8005941--8006209	47	5.7	46	78	8	215	23	28	19	28	1.98
8005941--8006209	94	2.9	94	77	11	284	23	28	19	28	1.98
8008460--8008497	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
8016400--8016426	13	2.1	13	100	0	54	40	37	14	7	1.74
8021881--8021918	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
8024060--8024182	40	3.0	41	90	2	176	35	21	21	20	1.96
8024489--8024567	39	2.0	39	100	0	158	43	2	10	44	1.51
8024626--8024674	14	3.4	14	85	2	62	20	0	30	48	1.50
8024621--8024674	7	7.6	7	77	4	54	20	0	29	50	1.49
8025770--8025799	7	4.3	7	91	0	51	70	0	0	30	0.88
8025754--8025799	14	3.5	14	77	17	53	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030396--8030428	16	2.2	15	89	10	50	39	0	0	60	0.97
8030509--8030609	42	2.4	42	76	1	103	24	16	25	32	1.96
8033632--8033743	27	4.2	26	83	11	109	16	22	23	37	1.94
8033632--8033743	54	2.1	54	84	3	145	16	22	23	37	1.94
8037412--8037449	20	1.9	20	88	0	58	86	2	10	0	0.66
8044158--8044226	24	2.9	24	93	0	111	36	1	36	26	1.66
8045651--8045765	28	4.2	26	80	6	104	19	22	21	36	1.95
8045651--8045753	28	3.6	29	82	6	113	20	23	21	34	1.96
8045651--8045774	57	2.2	54	80	7	133	19	24	21	34	1.96
8051582--8051634	26	2.0	26	96	0	97	54	13	11	20	1.69
8067106--8067152	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
8090947--8090991	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
8097636--8098313	347	1.9	352	91	2	1116	33	16	14	35	1.89
8099206--8099231	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8101129--8101160	10	3.1	10	95	4	55	59	0	40	0	0.97
8101131--8101196	4	16.8	4	71	20	50	66	0	33	0	0.92
8101131--8101201	15	4.8	13	80	17	61	66	0	33	0	0.92
8101132--8101204	34	2.2	32	83	13	94	67	0	32	0	0.91
8101168--8101219	8	6.5	8	75	6	52	57	1	40	0	1.10
8105929--8105986	27	2.1	27	93	0	98	37	18	20	22	1.94
8106323--8106352	15	2.0	15	93	0	51	43	3	0	53	1.17
8106962--8106991	15	1.9	16	93	6	53	23	23	6	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8117717--8117781	21	3.2	20	73	20	64	9	26	24	40	1.85
8117699--8117799	39	2.6	39	91	0	157	10	25	25	37	1.89
8130122--8130172	6	8.3	6	82	10	59	76	0	7	15	1.00
8132017--8132073	28	2.0	28	83	6	71	57	0	42	0	0.98
8137810--8137850	6	6.7	6	83	5	55	80	0	4	14	0.87
8139074--8139231	43	3.7	43	73	8	126	25	24	21	28	1.99
8139074--8139232	85	1.9	85	82	5	205	26	23	21	28	1.99
8148153--8148213	30	2.0	30	83	0	77	55	8	11	24	1.62
8149536--8150007	44	10.8	44	88	1	696	28	27	15	29	1.96
8161185--8161221	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8161648--8161715	30	2.3	29	80	11	77	64	1	4	29	1.21
8162110--8162168	30	2.0	30	82	0	73	59	8	11	20	1.58
8172691--8172759	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
8179031--8179068	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
8180699--8180752	27	2.0	27	100	0	108	48	25	7	18	1.74
8182081--8182111	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
8184554--8184762	87	2.5	85	83	9	273	33	23	21	22	1.98
8184887--8186009	207	5.4	207	92	0	1800	30	17	22	29	1.97
8187664--8187827	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
8189107--8189245	45	3.1	45	82	2	181	27	29	12	30	1.93
8189108--8189231	44	2.8	45	86	1	169	29	30	11	29	1.91
8189262--8189432	78	2.2	79	89	4	267	26	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8189369--8189497	62	2.1	62	95	0	231	27	25	17	28	1.98
8189292--8189575	140	2.0	140	91	1	462	27	25	17	30	1.97
8189428--8189592	78	2.1	78	94	0	285	25	24	17	32	1.97
8189428--8189618	78	2.4	78	89	1	267	26	24	17	30	1.97
8189937--8190077	41	3.4	42	70	15	139	25	19	22	31	1.98
8189890--8190331	84	5.3	84	86	5	583	24	20	22	31	1.98
8189890--8190331	166	2.6	165	85	6	543	24	20	22	31	1.98
8191281--8191333	11	4.8	11	78	17	65	0	13	0	86	0.56
8191280--8191334	14	3.9	13	77	15	56	0	14	0	85	0.60
8191285--8191334	19	2.6	19	85	14	68	0	14	0	86	0.58
8196436--8196485	26	2.0	25	88	4	73	66	8	6	20	1.40
8196966--8197041	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
8196995--8197073	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
8197016--8197071	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
8197002--8197073	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
8200191--8200266	22	3.7	21	76	15	77	42	17	5	35	1.72
8200227--8200317	19	4.9	19	90	8	152	37	15	9	37	1.81
8200239--8200309	35	2.0	36	97	2	135	36	14	11	38	1.81
8203899--8203979	19	4.2	19	93	3	135	37	9	18	34	1.84
8212030--8212233	67	3.1	64	80	10	198	30	16	28	24	1.96
8214907--8214969	24	2.6	24	77	5	65	34	6	0	58	1.23
8214930--8214973	12	3.5	12	79	11	52	34	2	0	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8214930--8214984	26	2.1	26	82	0	65	34	5	0	60	1.20
8214937--8215002	33	2.0	32	82	8	80	34	4	1	59	1.27
8215094--8215135	20	2.0	20	86	4	57	23	0	7	69	1.13
8217669--8217790	45	2.7	45	90	0	190	27	16	26	29	1.97
8219473--8219529	14	3.2	19	68	31	61	35	7	3	54	1.45
8219456--8219555	35	2.8	35	89	4	137	32	7	3	58	1.40
8219771--8219801	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8223087--8223117	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8225120--8225176	30	1.9	30	85	0	78	28	22	7	42	1.80
8234767--8234797	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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