genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18666807--18667113	130	2.4	129	82	2	341	36	21	16	26	1.94
18668914--18669090	40	4.4	40	94	2	304	24	29	22	22	1.99
18677922--18677969	24	2.0	25	87	4	71	50	25	2	22	1.60
18679573--18679609	11	3.4	11	88	0	56	10	10	0	78	0.97
18679650--18679702	23	2.3	23	87	6	72	20	1	3	73	1.08
18679717--18679760	20	2.1	22	87	8	65	40	0	0	59	0.98
18679717--18679806	12	7.8	11	72	22	62	40	0	1	58	1.05
18679731--18679863	35	3.9	33	89	6	178	37	1	2	58	1.20
18679785--18679881	20	4.9	20	72	20	80	36	2	3	58	1.25
18679827--18679881	21	2.6	21	88	8	76	38	3	0	58	1.16
18679827--18679897	23	3.2	22	80	17	76	40	4	0	54	1.20
18679896--18679934	11	3.5	11	89	10	53	51	0	0	48	1.00
18680033--18680062	13	2.4	13	94	5	53	43	0	0	56	0.99
18680155--18680222	21	3.5	21	69	27	69	61	1	0	36	1.05
18680274--18680307	9	3.8	9	85	14	52	79	2	0	17	0.86
18680261--18680321	23	2.6	24	77	12	65	77	1	1	19	0.95
18680260--18680303	13	3.3	13	83	3	52	75	2	0	22	0.92
18680271--18680364	17	5.4	17	76	15	59	75	3	4	17	1.09
18680300--18680345	23	1.9	24	86	8	67	76	2	4	17	1.06
18681001--18681044	22	2.0	22	82	8	54	50	2	0	47	1.13
18681035--18681110	24	3.1	25	78	16	79	42	1	1	55	1.16
18681054--18681095	17	2.3	19	88	8	61	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18686755--18687184	114	3.7	114	79	3	355	25	18	23	32	1.97
18692022--18692069	22	2.2	22	85	7	62	29	2	2	66	1.14
18692224--18692510	93	3.1	91	85	3	405	43	14	10	31	1.80
18694149--18694236	40	2.2	40	85	2	115	30	23	20	25	1.98
18694149--18694266	40	3.0	40	82	5	114	30	22	21	26	1.98
18694842--18694886	14	3.2	14	77	0	54	24	0	26	48	1.51
18694905--18695004	43	2.3	43	75	0	101	23	0	29	48	1.51
18694926--18695001	14	5.4	14	73	3	53	19	0	32	47	1.50
18694929--18695012	36	2.3	36	74	10	89	21	0	35	42	1.53
18700756--18700806	14	3.7	14	76	10	52	47	7	13	31	1.72
18700856--18700900	21	2.1	21	83	0	54	66	13	4	15	1.39
18701163--18701235	3	24.3	3	91	0	110	63	1	4	31	1.22
18702607--18702659	20	2.7	20	78	0	70	1	22	18	56	1.51
18703330--18703441	51	2.2	51	81	0	134	31	23	13	32	1.93
18704329--18704416	45	2.0	45	81	4	106	46	11	14	27	1.79
18714076--18714135	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
18718414--18718473	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
18723161--18723197	7	5.3	7	100	0	74	32	13	0	54	1.40
18724018--18724064	21	2.2	21	84	0	58	65	12	4	17	1.40
18724325--18724404	3	26.7	3	100	0	160	66	0	0	33	0.92
18725765--18725815	20	2.5	20	83	0	75	0	15	21	62	1.32
18726260--18726450	42	4.5	42	73	7	170	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18726769--18726807	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
18732503--18732527	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
18732727--18732788	9	7.0	9	88	3	90	67	1	0	30	1.00
18732719--18732786	27	2.6	26	86	6	59	67	1	0	30	0.99
18733285--18733353	30	2.2	32	84	5	88	34	5	13	46	1.67
18733383--18733419	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
18736101--18736132	15	2.1	15	100	0	64	62	6	6	25	1.42
18740131--18740168	19	2.0	19	90	10	60	2	18	0	78	0.86
18745592--18745654	23	2.7	23	92	0	99	38	7	9	44	1.66
18757962--18757987	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
18762054--18762260	27	7.7	27	80	4	238	42	19	6	31	1.78
18762016--18762285	54	5.0	54	75	11	198	40	18	10	30	1.84
18762054--18762260	81	2.5	82	84	3	285	42	19	6	31	1.78
18762243--18762438	27	7.3	27	86	0	257	33	19	22	25	1.97
18762218--18762437	81	2.7	81	83	4	221	33	19	21	25	1.97
18762243--18762434	54	3.6	54	89	0	287	33	18	22	25	1.97
18762580--18762610	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
18764316--18764461	42	3.5	42	89	0	220	28	23	15	32	1.95
18764264--18764459	84	2.3	84	84	4	243	29	22	15	33	1.94
18769505--18769551	20	2.3	20	85	7	60	34	23	2	40	1.67
18769724--18769880	43	3.6	44	74	9	135	33	26	17	23	1.96
18777342--18777500	43	3.7	43	80	12	175	31	27	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18781039--18781071	13	2.5	13	95	0	57	27	48	24	0	1.51
18783038--18783132	40	2.4	40	98	0	181	29	30	20	20	1.97
18785690--18785885	42	4.6	42	80	3	198	29	23	15	32	1.95
18785727--18785885	84	1.9	85	85	3	223	29	23	15	31	1.95
18788524--18788585	31	2.0	30	90	3	97	14	25	4	54	1.60
18790858--18791026	92	1.8	92	94	0	302	28	28	20	21	1.98
18790849--18791023	46	3.8	46	77	14	198	29	29	20	21	1.98
18794179--18794224	19	2.4	19	88	3	74	47	15	13	23	1.80
18795378--18795406	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
18796884--18796923	20	2.0	21	85	5	55	22	5	37	35	1.76
18806865--18806922	13	4.6	13	69	16	50	32	1	1	63	1.14
18809474--18809499	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
18812895--18813017	24	5.2	24	85	3	160	29	20	19	30	1.97
18812897--18813018	47	2.6	47	88	0	181	29	19	19	31	1.97
18812897--18813016	23	5.1	23	85	3	150	30	20	20	30	1.97
18813068--18813106	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
18813069--18813113	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
18813150--18813197	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
18820988--18821110	24	5.2	24	89	3	196	26	21	21	30	1.98
18820990--18821111	47	2.6	47	93	0	217	27	20	22	30	1.98
18820990--18821109	23	5.1	23	89	3	186	27	20	22	29	1.99
18821159--18821225	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18821159--18821214	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
18821262--18821309	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18823684--18823731	20	2.4	20	80	16	55	62	10	8	18	1.52
18823865--18823901	12	3.2	12	85	14	51	75	0	5	18	0.99
18834686--18834724	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
18834686--18834725	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
18846483--18846557	7	10.6	7	88	2	96	20	0	36	44	1.52
18848610--18848643	10	3.3	10	88	8	50	2	20	17	58	1.51
18870253--18870278	9	2.9	9	100	0	52	69	7	0	23	1.14
18872180--18872342	81	2.0	83	85	4	224	27	14	25	32	1.94
18872161--18872297	40	3.4	40	82	7	170	27	14	29	29	1.95
18872161--18872339	41	4.4	40	78	6	141	26	14	26	31	1.95
18877225--18877311	43	2.0	43	93	0	147	37	18	24	19	1.94
18878233--18878394	46	3.5	45	78	9	159	29	17	30	22	1.97
18880416--18880457	22	1.9	22	85	9	59	64	0	26	9	1.24
18880411--18880460	22	2.3	21	80	13	57	62	0	28	10	1.27
18882330--18882443	27	4.2	27	88	4	151	34	17	14	34	1.90
18883891--18883935	18	2.5	18	85	0	63	51	11	15	22	1.75
18890180--18890222	10	4.0	10	80	16	50	16	4	27	51	1.64
18890180--18890223	23	1.9	23	95	0	79	15	6	27	50	1.70
18895831--18895864	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
18896970--18897039	20	3.5	20	92	1	115	35	11	20	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18897084--18897250	24	7.0	24	89	4	232	28	22	20	27	1.99
18897086--18897251	47	3.5	46	88	7	226	28	22	21	27	1.99
18897084--18897250	71	2.3	71	91	3	264	28	22	20	27	1.99
18898465--18898555	45	2.0	45	100	0	182	26	10	21	40	1.87
18899236--18899505	138	2.0	138	94	2	472	40	14	13	31	1.85
18904240--18904264	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
18905976--18906013	19	2.0	19	85	10	51	18	21	39	21	1.93
18906232--18906446	27	8.0	27	86	1	279	30	20	8	40	1.82
18906205--18906483	107	2.6	106	82	2	317	31	21	8	38	1.83
18906232--18906483	80	3.1	79	79	5	299	30	21	8	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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