genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85463930--85464058	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
85468404--85468609	40	5.2	39	81	4	184	25	26	22	25	2.00
85468404--85468608	79	2.6	79	79	7	211	25	26	22	25	2.00
85476419--85476626	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
85476419--85476625	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
85481352--85481535	40	4.7	40	88	8	236	26	26	21	26	1.99
85481352--85481535	78	2.3	81	85	9	263	26	26	21	26	1.99
85490344--85490574	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
85491353--85491457	42	2.5	42	88	0	147	24	11	35	28	1.90
85491560--85491632	5	13.4	5	83	11	58	78	0	2	19	0.88
85491560--85491632	23	3.3	21	78	17	69	78	0	2	19	0.88
85499453--85499625	3	56.3	3	80	8	170	61	3	5	30	1.34
85500970--85501743	44	17.3	44	74	6	486	27	20	19	31	1.97
85508223--85508497	46	5.9	47	73	10	206	24	29	18	27	1.98
85519562--85519706	3	48.0	3	82	6	177	64	2	4	28	1.26
85522180--85522207	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
85528257--85528307	26	2.0	26	88	3	77	49	0	19	31	1.49
85531889--85531935	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
85538514--85538781	25	10.4	25	71	14	113	61	4	5	28	1.37
85538514--85538641	26	5.1	25	77	7	118	60	6	3	28	1.39
85538648--85538778	56	2.3	57	78	10	144	62	2	6	28	1.33
85538638--85538904	27	9.7	27	69	17	122	62	3	5	28	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85538824--85538904	25	3.2	25	81	10	101	71	2	1	24	1.05
85538824--85538904	26	3.2	25	82	8	92	71	2	1	24	1.05
85546007--85546033	12	2.2	12	100	0	54	14	7	11	66	1.43
85549400--85549449	26	1.9	26	87	0	73	32	12	12	44	1.78
85553161--85553229	24	2.9	23	77	10	77	34	17	23	24	1.96
85556503--85556570	34	2.0	34	97	0	127	27	29	16	26	1.97
85561944--85562145	42	4.6	42	75	11	156	28	15	23	31	1.96
85561934--85562099	90	1.8	90	79	5	192	26	14	25	33	1.94
85565123--85565238	42	2.7	43	76	5	121	31	16	22	30	1.96
85567721--85567791	34	2.1	34	97	0	133	29	8	25	36	1.85
85570058--85570267	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85578191--85578400	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85585651--85585820	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
85610366--85610469	48	2.2	48	89	1	156	36	6	1	54	1.38
85610424--85610476	15	3.1	17	76	23	58	37	0	1	60	1.08
85611062--85611087	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85612778--85612897	46	2.7	43	79	6	132	27	12	25	34	1.92
85612779--85612892	22	5.1	22	76	8	104	28	13	24	34	1.93
85614790--85614820	14	2.2	14	94	0	53	48	0	3	48	1.17
85617014--85617040	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
85637445--85637562	38	3.1	38	79	3	137	19	19	25	35	1.95
85641808--85641963	42	3.7	41	80	9	161	30	24	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85643263--85643334	22	3.3	21	84	5	90	13	22	34	29	1.93
85646361--85646479	42	2.8	42	81	0	130	27	24	15	31	1.96
85652540--85652654	50	2.2	52	82	8	155	33	14	13	39	1.85
85654976--85655015	15	2.5	16	84	12	55	52	0	32	15	1.43
85656953--85657142	96	2.0	96	80	8	217	16	31	15	36	1.90
85663011--85663218	40	5.2	39	81	1	200	26	25	21	25	2.00
85663011--85663216	80	2.6	81	82	3	229	26	26	21	25	2.00
85666489--85666838	179	2.0	179	94	0	610	20	29	24	26	1.99
85668343--85669387	534	2.0	533	92	0	1725	22	17	22	37	1.94
85675347--85675385	20	1.9	20	84	5	51	56	5	15	23	1.59
85676336--85676382	24	2.0	24	91	0	76	6	19	46	27	1.74
85683628--85683703	31	2.5	31	80	4	93	23	27	34	14	1.94
85683752--85683784	18	1.9	17	88	11	50	12	30	45	12	1.78
85686397--85686436	20	2.0	20	85	9	55	37	20	27	15	1.92
85687948--85687977	15	2.0	15	93	0	51	30	30	6	33	1.83
85688936--85688971	8	4.4	8	86	6	54	25	0	2	72	0.98
85688938--85688971	17	2.0	17	94	0	59	20	0	2	76	0.92
85693961--85694029	31	2.2	31	92	0	111	40	31	4	23	1.74
85711547--85711673	40	3.2	40	79	11	136	23	23	28	24	2.00
85719513--85719663	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
85719549--85719679	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
85735677--85735727	24	2.1	24	85	7	68	70	11	3	13	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85735677--85735741	24	2.6	24	76	11	60	69	10	6	13	1.36
85744040--85744238	47	4.2	48	80	5	190	22	14	29	34	1.93
85760720--85760895	46	3.8	46	80	5	167	27	21	29	21	1.98
85760725--85760987	47	5.6	48	78	10	235	28	19	28	23	1.98
85760725--85760981	140	1.8	140	85	6	360	29	19	28	23	1.98
85762037--85762078	21	2.0	21	86	4	59	11	30	21	35	1.90
85769760--85769802	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
85778130--85778399	47	5.8	46	74	9	165	28	18	28	24	1.98
85778131--85778398	46	5.8	45	75	12	197	28	17	28	25	1.98
85778131--85778396	93	2.9	93	81	8	276	28	18	27	25	1.98
85781183--85781501	161	2.0	161	92	0	530	34	25	9	31	1.87
85783846--85783878	13	2.3	15	90	10	52	39	3	0	57	1.14
85784979--85785198	114	1.9	114	92	0	368	20	22	35	21	1.96
85785240--85785265	13	2.0	13	100	0	52	23	30	38	7	1.83
85786473--85786521	25	2.0	25	83	0	62	34	12	18	34	1.88
85789520--85789692	43	4.0	43	72	15	133	25	17	24	31	1.97
85798460--85798527	22	3.0	22	79	14	77	16	4	1	77	0.99
85798462--85798554	12	8.7	10	74	20	66	18	4	1	76	1.01
85798468--85798534	6	11.5	6	79	9	68	16	4	1	77	1.00
85798462--85798554	5	17.4	5	72	24	66	18	4	1	76	1.01
85798462--85798554	17	5.8	16	79	12	93	18	4	1	76	1.01
85801093--85801133	21	2.0	21	85	0	55	51	0	7	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85806875--85806941	27	2.7	26	76	17	63	35	0	1	62	1.04
85806907--85806940	8	4.5	8	89	10	54	23	0	0	76	0.79
85806880--85806942	11	5.5	11	75	14	56	31	0	1	66	1.01
85808744--85809230	46	10.6	46	94	0	769	38	15	23	21	1.92
85809525--85809557	17	2.0	17	88	5	50	48	3	15	33	1.60
85816571--85816605	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
85821696--85821725	15	2.0	15	93	0	51	43	40	16	0	1.48
85821797--85822060	145	1.8	145	93	0	456	24	11	19	44	1.84
85823831--85823866	6	6.0	6	86	0	54	5	61	0	33	1.19
85826369--85826446	18	4.0	18	72	18	66	30	1	7	60	1.33
85826485--85826521	18	2.1	18	100	0	74	51	0	0	48	1.00
85826603--85826648	19	2.4	19	81	3	56	47	13	8	30	1.72
85826753--85826790	6	6.0	6	88	11	58	18	0	2	78	0.86
85826746--85826787	20	2.0	21	95	4	77	19	0	7	73	1.05
85827361--85827415	17	3.2	18	80	12	53	23	27	34	14	1.94
85827372--85827417	18	2.6	18	86	3	58	23	26	34	15	1.94
85830252--85830461	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
85838386--85838524	40	3.5	40	100	0	278	25	23	28	22	1.99
85839952--85840045	40	2.4	39	84	10	111	20	28	27	23	1.99
85847827--85847975	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85847868--85847975	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85855884--85856032	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85855925--85856032	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85862212--85862439	46	5.0	46	89	1	314	40	14	24	20	1.90
85865915--85865947	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
85867548--85867775	46	5.0	46	89	1	314	40	14	24	20	1.90
85869338--85869409	31	2.3	31	88	4	110	30	26	9	33	1.89
85869627--85869698	26	2.8	25	87	6	99	26	20	26	26	1.99
85881800--85881824	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85882859--85882910	24	2.1	25	86	10	72	25	15	1	57	1.48
85885108--85885151	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
85885230--85885292	33	1.9	33	83	3	83	28	25	15	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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