genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101189518--101189559	19	2.2	20	91	4	68	50	2	0	47	1.14
101189539--101189588	16	3.2	16	78	13	59	58	0	6	36	1.23
101189694--101189748	16	3.6	16	71	28	57	45	0	0	54	0.99
101189684--101189741	28	2.2	26	87	12	82	44	0	0	55	0.99
101189711--101189765	23	2.4	22	84	9	65	45	1	1	50	1.22
101190187--101190223	19	1.9	19	88	0	56	45	16	2	35	1.61
101190215--101190242	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
101193097--101193144	24	2.0	24	95	0	87	18	0	33	47	1.49
101194768--101194796	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
101196889--101196944	25	2.3	25	81	3	69	53	0	7	39	1.28
101198793--101198861	22	3.0	23	77	8	70	47	0	0	52	1.00
101201888--101201952	28	2.3	28	89	0	103	40	9	21	29	1.84
101202025--101202134	39	2.8	39	85	1	157	16	21	30	30	1.95
101202091--101202242	39	3.9	39	84	2	171	19	20	29	30	1.97
101202230--101202261	16	2.0	16	100	0	64	25	31	25	18	1.98
101207165--101207196	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101207543--101207586	20	2.1	21	87	4	63	45	0	0	54	0.99
101207548--101207594	20	2.6	18	83	10	51	46	0	0	53	1.00
101207557--101207602	17	2.7	18	78	18	53	47	0	0	52	1.00
101212376--101212412	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
101212697--101212730	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
101213377--101213406	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101221062--101221109	20	2.5	20	80	6	55	54	2	0	43	1.12
101224180--101224234	27	2.0	27	100	0	110	34	14	10	40	1.81
101224647--101224678	16	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
101228314--101228338	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
101229537--101229573	20	2.0	20	84	10	51	59	2	2	35	1.26
101230000--101230045	20	2.3	20	85	7	58	26	0	2	71	0.97
101234925--101235302	205	1.8	205	88	2	580	25	15	19	39	1.90
101235133--101235468	166	2.0	166	97	0	636	26	15	17	41	1.89
101236815--101237466	216	3.0	216	96	0	1196	33	13	11	40	1.82
101241161--101241224	26	2.5	26	81	0	83	28	6	26	39	1.80
101241161--101241226	13	5.1	13	77	0	69	27	6	27	39	1.80
101241777--101241811	18	1.9	18	94	0	61	31	17	22	28	1.96
101243815--101243884	35	2.0	35	100	0	140	25	22	5	45	1.74
101260120--101260265	53	2.7	53	90	4	213	26	14	28	30	1.95
101273676--101273719	14	3.4	14	73	23	51	61	0	0	38	0.96
101273680--101273725	24	2.0	23	83	8	58	58	0	2	39	1.10
101273757--101273785	12	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
101280025--101280059	18	1.9	18	94	0	61	0	34	22	42	1.54
101280269--101280304	11	3.3	11	88	0	54	0	0	13	86	0.58
101281386--101281418	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
101283339--101283399	22	2.8	22	76	0	59	11	8	18	62	1.53
101283794--101283834	19	2.0	20	86	9	57	36	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101286396--101286495	49	2.0	49	90	0	155	39	8	8	45	1.63
101299064--101299124	27	2.3	27	77	8	63	55	1	1	40	1.19
101299210--101299248	12	3.3	12	78	7	53	28	0	0	71	0.86
101299193--101299263	23	2.9	24	81	8	90	35	0	1	63	1.03
101309492--101309524	16	2.0	17	88	5	50	24	0	24	51	1.48
101310480--101310534	26	2.1	26	100	0	110	27	7	23	41	1.80
101315100--101315173	21	3.7	21	85	7	102	48	17	16	17	1.81
101315396--101315427	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101324803--101324844	15	2.7	15	85	10	50	50	0	0	50	1.00
101324804--101324841	12	3.2	12	82	14	51	50	0	0	50	1.00
101324442--101325069	254	2.5	241	78	13	614	38	8	6	46	1.61
101325048--101325124	30	2.6	28	79	16	93	38	1	3	55	1.26
101325978--101326260	18	15.3	18	72	10	176	36	14	12	36	1.84
101326058--101326260	72	2.8	72	78	5	198	36	14	12	36	1.83
101326413--101326525	45	2.5	45	89	0	172	45	20	15	18	1.86
101326503--101326531	6	4.8	6	100	0	58	48	17	17	17	1.82
101326415--101326558	45	3.0	50	82	8	149	42	20	18	19	1.90
101326785--101326812	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101327846--101327877	15	2.1	15	100	0	64	31	12	0	56	1.37
101328310--101328342	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
101328427--101328506	42	2.0	40	85	5	106	55	3	1	40	1.26
101330509--101330538	15	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101336860--101336911	11	4.7	11	73	0	50	65	5	7	21	1.40
101338099--101338141	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
101347252--101347297	23	2.0	22	84	12	58	41	8	4	45	1.55
101347966--101348018	22	2.5	21	81	6	54	50	1	0	47	1.12
101350183--101350263	20	4.2	19	70	13	58	39	2	1	56	1.20
101352902--101352941	17	2.4	16	84	12	53	47	2	2	47	1.29
101372740--101372865	49	2.6	49	87	5	166	42	1	3	52	1.29
101372763--101372824	12	5.8	11	75	21	53	40	1	3	54	1.26
101374513--101374554	19	2.4	18	81	14	52	47	4	2	45	1.36
101374746--101374783	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
101375264--101375304	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
101375435--101375543	38	2.8	40	75	8	107	30	25	20	23	1.98
101376830--101376904	3	25.7	3	84	8	93	64	1	1	33	1.11
101378421--101378465	18	2.5	18	82	10	56	37	24	11	26	1.89
101379109--101379162	26	2.1	26	96	0	99	31	11	20	37	1.88
101380114--101380777	107	6.2	107	81	7	721	40	15	12	32	1.84
101380114--101380833	103	6.8	106	81	9	709	40	15	12	31	1.85
101381056--101381081	12	2.2	12	100	0	52	69	0	7	23	1.14
101380916--101381494	112	5.2	110	79	8	541	33	11	14	39	1.83
101380916--101381494	225	2.6	218	82	6	700	33	11	14	39	1.83
101384264--101385197	109	8.3	111	73	14	731	39	14	12	33	1.83
101384264--101385188	108	8.2	111	74	12	464	40	14	12	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101384292--101385187	222	4.0	221	75	12	644	39	14	12	33	1.83
101384770--101384822	21	2.5	21	84	0	79	56	0	3	39	1.17
101384662--101384904	128	1.9	127	84	5	330	41	13	12	32	1.82
101384473--101385151	349	1.9	346	82	5	841	39	14	12	33	1.83
101384695--101384931	128	1.9	128	84	7	329	40	13	13	33	1.83
101385114--101385290	92	1.9	95	91	3	297	41	10	10	37	1.74
101385317--101385567	110	2.2	111	84	8	310	31	13	14	39	1.86
101386186--101386468	18	15.3	18	72	12	144	37	15	11	35	1.84
101386267--101386468	72	2.8	71	80	6	212	38	15	11	35	1.83
101386659--101386786	45	2.8	45	96	0	229	39	21	19	18	1.92
101388512--101388541	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
101389214--101389643	111	3.7	107	72	16	344	32	12	16	38	1.86
101389342--101389395	22	2.5	22	100	0	108	35	3	9	51	1.52
101389237--101389500	128	2.0	131	89	4	410	32	11	14	41	1.82
101389367--101389643	111	2.5	110	95	3	508	29	13	17	38	1.88
101389873--101389911	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
101390050--101390093	22	2.0	22	86	0	61	29	0	2	68	1.02
101394666--101395735	533	2.0	533	100	0	2140	32	21	17	28	1.96
101396846--101397040	39	4.9	39	88	2	221	23	32	20	24	1.98
101396846--101397042	78	2.5	79	86	3	254	22	31	20	24	1.98
101396886--101397042	39	4.0	39	90	4	244	21	31	19	26	1.97
101401889--101402021	54	2.5	54	82	1	160	33	16	10	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101405992--101406027	16	2.2	17	90	5	56	19	13	0	66	1.24
101412592--101412622	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
101414046--101414078	14	2.2	16	89	10	52	60	0	0	39	0.97
101416055--101416099	23	2.0	23	81	0	54	31	6	0	62	1.21
101417195--101417237	20	2.2	20	100	0	86	30	9	18	41	1.82
101417679--101417719	20	2.0	20	90	0	64	12	26	39	21	1.89
101427858--101427934	37	2.1	38	92	2	129	23	27	14	35	1.93
101427953--101428011	28	2.1	28	93	0	100	16	32	11	38	1.86
101430592--101430641	15	3.6	14	77	15	50	18	4	8	70	1.28
101438019--101438062	15	2.9	15	80	10	54	65	0	2	31	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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