genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32892389--32892434	20	2.3	21	85	10	62	63	2	6	28	1.31
32894407--32894480	37	2.0	37	100	0	148	40	18	13	27	1.88
32899171--32899360	38	5.2	38	76	12	193	15	19	31	34	1.93
32901659--32901685	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
32902699--32903540	48	17.4	48	93	2	1427	36	6	26	31	1.81
32902699--32903540	241	3.5	242	94	1	1467	36	6	26	31	1.81
32906151--32906450	43	7.0	42	74	12	143	30	27	18	25	1.98
32906159--32906315	83	1.9	83	80	5	183	28	27	17	26	1.98
32906268--32906362	47	2.0	47	100	0	190	31	28	12	27	1.93
32907578--32907610	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
32907906--32908168	92	2.9	92	89	0	391	19	24	14	41	1.89
32907891--32908154	138	1.9	138	87	1	386	19	24	15	40	1.90
32907896--32908168	46	5.9	46	89	0	350	19	24	15	40	1.90
32916469--32916810	47	7.3	47	94	0	576	33	9	28	28	1.88
32922038--32922272	43	5.5	42	75	11	176	25	25	21	27	2.00
32922124--32922268	43	3.4	43	78	9	188	26	25	20	27	1.99
32922069--32922273	85	2.4	85	89	1	304	26	25	21	26	1.99
32924851--32925122	49	5.7	48	70	15	165	23	30	18	27	1.97
32924850--32925118	142	1.9	144	81	8	338	23	30	17	27	1.97
32925443--32925500	30	1.9	30	96	0	107	25	25	15	32	1.95
32932115--32932170	28	2.0	28	100	0	112	21	17	14	46	1.84
32942529--32942650	55	2.2	55	83	2	147	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32948762--32948830	3	22.7	3	76	8	59	27	4	4	63	1.32
32948763--32948802	21	1.9	21	94	0	71	27	7	5	60	1.45
32948752--32948836	12	7.2	12	75	6	59	24	4	5	64	1.35
32948750--32948815	18	3.6	18	78	13	71	24	6	4	65	1.35
32951040--32951087	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
32951131--32951189	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
32951135--32951189	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
32951240--32951358	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
32951240--32951358	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
32951550--32951644	31	3.1	31	90	6	156	37	16	22	23	1.93
32957837--32957933	38	2.6	38	88	0	140	14	16	32	36	1.89
32957901--32957945	22	2.0	22	91	0	72	11	17	31	40	1.85
32957864--32957980	60	2.0	58	84	3	153	14	19	30	35	1.92
32958315--32958341	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
32962253--32962415	43	3.8	41	76	8	148	32	24	17	25	1.97
32968236--32968283	2	24.5	2	95	4	89	47	0	0	52	1.00
32971449--32971509	31	2.0	31	90	0	95	32	6	9	50	1.61
32972828--32972896	2	33.0	2	91	8	111	47	4	0	47	1.21
32973435--32973464	15	2.0	15	93	0	51	16	43	20	20	1.88
32973906--32973934	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
32974058--32974093	18	1.9	19	94	5	65	80	0	16	2	0.83
32977361--32977400	21	2.0	21	85	5	55	32	22	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32980143--32980268	46	2.8	45	91	3	202	21	20	27	30	1.98
32983173--32983240	15	4.7	14	80	12	75	13	17	11	57	1.65
32983163--32983240	29	2.7	29	80	9	86	12	16	14	56	1.68
32988256--32988374	57	2.1	58	90	1	186	52	4	3	39	1.37
32991955--32992242	47	6.3	47	80	11	321	31	7	31	29	1.85
32992038--32992097	18	3.3	18	73	17	70	31	3	30	35	1.74
32992026--32992097	36	2.0	36	100	0	144	30	5	30	33	1.81
32991955--32992191	132	1.8	130	95	1	429	31	7	29	30	1.85
32991979--32992144	85	2.0	83	95	4	300	30	7	30	31	1.84
32994040--32994111	21	3.2	21	64	21	56	26	26	9	37	1.87
32993920--32994158	46	5.2	46	87	0	316	23	24	13	38	1.90
32999176--32999347	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
32999169--32999344	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
33003707--33003789	41	2.0	42	97	2	159	24	25	0	50	1.49
33003984--33004020	13	2.8	14	80	16	51	29	13	0	56	1.37
33006306--33006532	46	4.9	46	86	1	276	21	25	12	40	1.89
33008614--33008677	20	2.9	23	77	13	80	59	4	0	35	1.18
33011239--33011429	40	4.8	40	94	1	285	27	21	26	25	1.99
33011239--33011505	80	3.3	80	84	3	295	27	20	25	26	1.99
33011239--33011496	40	6.4	40	86	4	261	27	20	25	26	1.99
33011249--33011496	120	2.1	120	82	2	293	26	20	26	26	1.99
33017360--33017443	26	3.2	25	90	6	123	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33024495--33024544	26	1.9	26	87	0	73	40	10	18	32	1.83
33029705--33029741	17	2.2	17	100	0	74	21	10	37	29	1.88
33036057--33036125	35	2.0	35	91	0	111	37	14	8	39	1.77
33036494--33036529	17	2.1	17	100	0	72	52	5	36	5	1.48
33036697--33036766	31	2.3	29	85	4	86	48	14	12	24	1.78
33036853--33036897	22	2.0	22	100	0	90	40	0	0	60	0.97
33039109--33039175	32	2.1	32	100	0	134	20	17	14	46	1.84
33043272--33043311	16	2.4	17	88	12	57	40	0	7	52	1.30
33043272--33043317	17	2.8	16	78	21	51	36	0	8	54	1.32
33043337--33043713	182	2.1	182	88	1	551	29	9	20	40	1.84
33048314--33048346	16	2.0	17	88	5	50	15	33	12	39	1.84
33048569--33048594	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
33049628--33049672	23	2.0	22	83	12	56	60	0	0	40	0.97
33049937--33049987	23	2.2	23	85	3	66	29	0	7	62	1.23
33052912--33052966	18	2.9	18	86	5	65	27	1	1	69	1.09
33052950--33053007	23	2.6	24	81	13	70	36	0	3	60	1.14
33063860--33063925	34	1.9	34	100	0	132	36	3	13	46	1.59
33064618--33064664	13	3.8	12	76	18	51	36	0	2	61	1.08
33064606--33064664	25	2.4	25	91	0	91	37	1	1	59	1.18
33065906--33066140	40	5.9	40	83	1	292	18	29	16	35	1.93
33065951--33066131	20	9.1	20	66	9	100	17	29	17	35	1.92
33065904--33066173	120	2.3	120	84	1	337	18	29	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33080260--33080301	14	3.0	14	89	0	66	11	0	11	76	1.03
33080264--33080310	14	3.4	14	85	14	62	6	0	14	78	0.93
33084830--33084998	39	4.3	39	90	1	248	28	23	18	28	1.98
33089940--33089992	25	2.1	25	96	0	97	47	3	9	39	1.54
33091304--33091328	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
33091751--33091790	19	2.1	19	95	0	71	15	0	32	52	1.43
33093136--33093195	30	2.0	30	87	6	86	38	8	25	28	1.84
33093385--33093442	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
33093388--33093454	35	1.9	35	93	0	116	34	1	13	50	1.51
33093775--33094021	49	5.0	50	83	2	318	25	18	26	28	1.98
33093884--33093964	26	3.2	26	63	30	66	25	16	28	29	1.96
33093778--33094016	100	2.4	98	87	2	334	25	19	25	29	1.98
33095548--33095671	64	1.9	64	88	0	185	35	12	17	34	1.87
33096851--33096909	1	59.0	1	75	0	55	0	11	0	88	0.53
33096851--33096909	14	4.4	13	85	8	82	0	11	0	88	0.53
33096856--33096907	20	2.5	20	93	3	86	0	11	0	88	0.52
33099351--33099398	19	2.5	19	86	0	60	47	12	18	20	1.81
33103444--33103470	8	3.4	8	100	0	54	0	22	25	51	1.48
33103666--33103707	19	2.2	19	86	4	57	19	2	28	50	1.60
33105170--33105195	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33107202--33107240	15	2.6	15	87	0	60	28	5	7	58	1.47
33107213--33107252	19	2.1	19	86	9	55	30	7	10	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33115335--33115366	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
33122210--33122241	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
33126140--33126328	38	4.9	38	86	3	209	21	21	26	31	1.98
33132530--33132693	40	4.1	40	82	6	188	25	21	28	25	1.99
33132530--33132707	80	2.2	80	83	4	209	25	21	27	25	1.99
33136666--33136804	38	3.6	38	86	3	127	23	23	24	28	1.99
33136704--33136855	76	2.0	78	85	2	209	19	21	25	34	1.96
33136704--33136823	38	3.2	38	92	0	195	20	23	24	32	1.98
33141421--33141551	29	4.6	29	80	5	142	25	32	13	28	1.94
33141426--33141572	57	2.6	56	81	9	156	26	32	12	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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