genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.336.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100317279--100317314	18	2.1	17	89	5	54	36	16	27	19	1.93
100317361--100317456	43	2.2	44	81	3	113	30	19	17	32	1.95
100317419--100317556	50	2.8	50	90	0	204	29	22	18	28	1.98
100355200--100355251	26	2.0	26	96	0	95	57	17	7	17	1.62
100356874--100356899	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
100357028--100357147	49	2.4	49	83	2	134	26	21	16	35	1.95
100357972--100358011	19	2.0	20	90	4	64	45	0	7	47	1.31
100364100--100364142	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
100364099--100364141	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
100368751--100368793	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
100368750--100368792	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
100371895--100372009	45	2.8	39	83	15	160	23	21	13	40	1.89
100371911--100372009	45	2.2	45	98	0	189	25	19	11	44	1.83
100371963--100372026	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
100372218--100372312	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
100372218--100372311	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
100372363--100372422	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
100372465--100372512	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
100380214--100380328	45	2.8	39	83	15	160	23	21	13	40	1.89
100380230--100380328	45	2.2	45	98	0	189	25	19	11	44	1.83
100380282--100380345	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
100380551--100380631	23	3.4	24	89	6	121	25	24	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100380682--100380741	20	3.0	20	87	0	93	30	20	13	36	1.90
100380784--100380831	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
100383711--100383793	38	2.2	38	95	0	148	16	48	12	22	1.80
100384195--100384290	3	32.3	3	72	21	62	28	3	1	67	1.12
100384194--100384294	18	5.4	18	77	13	89	28	2	0	67	1.12
100384365--100384395	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
100395881--100396150	68	4.0	68	92	0	459	25	23	23	27	2.00
100396523--100396605	38	2.2	38	97	0	157	18	50	10	20	1.76
100397021--100397098	3	25.3	3	73	19	56	30	3	1	64	1.20
100397013--100397091	12	6.4	12	75	15	63	27	3	1	67	1.16
100397463--100397496	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
100402533--100402584	26	2.0	26	92	0	86	57	15	7	19	1.62
100404343--100404450	49	2.2	48	86	1	144	28	25	13	32	1.94
100404361--100404480	49	2.4	49	85	0	150	28	21	15	34	1.94
100405307--100405346	19	2.0	20	90	4	64	45	0	7	47	1.31
100418092--100418209	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
100418060--100418223	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
100425664--100425781	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
100425632--100425795	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
100429900--100430035	51	2.7	51	81	0	164	38	5	12	42	1.67
100430716--100430754	21	2.0	21	85	10	55	61	0	5	33	1.18
100435811--100435845	8	4.1	8	92	7	52	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100440518--100440577	26	2.3	26	91	0	93	56	0	3	40	1.16
100441525--100441559	2	18.0	2	88	5	54	48	0	0	51	1.00
100441530--100441568	21	2.0	21	85	10	55	46	2	0	51	1.14
100442044--100442089	17	2.7	17	100	0	92	36	17	6	39	1.76
100442193--100442220	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
100445784--100445956	90	1.9	90	82	4	215	35	15	21	26	1.94
100445784--100445976	90	2.1	90	80	3	210	36	15	21	26	1.93
100447938--100448075	72	1.9	71	81	7	163	47	6	13	32	1.69
100447959--100448109	72	2.1	71	80	11	166	44	7	12	35	1.72
100448281--100448324	2	22.5	2	81	4	54	47	6	0	45	1.29
100451283--100451350	13	5.2	13	83	0	82	35	27	8	27	1.87
100451283--100451348	26	2.5	26	85	0	96	34	27	9	28	1.87
100464889--100465044	78	2.0	78	87	2	224	24	16	16	42	1.87
100469233--100469290	29	2.0	29	96	0	107	34	15	17	32	1.91
100470450--100470506	20	2.8	20	75	2	60	26	1	3	68	1.15
100476669--100476801	71	1.9	71	82	3	169	15	18	30	34	1.93
100479385--100479454	21	3.4	21	72	16	65	30	22	28	18	1.98
100481255--100481302	25	1.9	25	86	0	69	29	20	33	16	1.95
100481934--100482212	138	2.0	138	97	0	531	44	18	11	25	1.83
100486850--100486888	20	1.9	21	84	5	53	41	2	0	56	1.13
100488685--100488713	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
100496857--100496948	18	5.2	18	84	1	114	31	15	22	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100496857--100496948	36	2.6	36	87	1	132	31	15	22	30	1.95
100500685--100500737	25	2.2	23	83	12	63	28	11	1	58	1.43
100500746--100500786	21	1.9	22	90	5	66	21	12	7	58	1.58
100501616--100501663	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
100501671--100501707	16	2.3	16	100	0	74	18	27	5	48	1.70
100502314--100502365	26	2.0	26	100	0	104	19	26	26	26	1.99
100503289--100503329	20	2.0	21	90	4	66	48	24	2	24	1.63
100508559--100508595	19	2.0	19	89	5	58	37	13	32	16	1.87
100508740--100508773	2	17.0	2	93	0	59	0	2	50	47	1.16
100510067--100510225	78	2.0	78	98	0	309	44	20	15	19	1.86
100513615--100513689	28	2.7	28	89	2	107	50	2	4	42	1.35
100514719--100514759	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
100514970--100515027	30	1.9	30	85	3	80	56	3	8	31	1.46
100517814--100517849	18	2.0	18	94	0	63	69	2	0	27	1.02
100519783--100520010	46	5.0	47	90	3	331	21	23	14	39	1.91
100522148--100522199	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
100525040--100525267	46	5.0	47	90	3	331	21	23	14	39	1.91
100527405--100527456	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
100530297--100530524	46	5.0	47	90	3	331	21	23	14	39	1.91
100532662--100532713	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
100533339--100533421	42	2.0	43	87	2	123	22	25	14	37	1.92
100533533--100533711	31	5.8	31	87	0	225	26	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100533688--100533815	50	2.5	51	88	3	197	26	23	15	34	1.95
100535969--100536017	25	1.9	26	84	12	66	55	0	0	44	0.99
100543363--100543400	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
100544314--100544380	29	2.3	31	80	12	70	28	13	8	49	1.72
100545253--100545285	14	2.3	15	89	5	50	57	6	0	36	1.23
100546440--100546763	77	4.2	77	86	2	425	28	10	11	49	1.73
100550257--100550299	18	2.4	17	81	11	50	51	18	2	27	1.59
100552151--100552200	4	12.2	4	87	12	75	0	26	0	74	0.83
100552154--100552200	13	3.8	13	88	11	80	0	27	0	72	0.85
100552144--100552198	24	2.3	24	96	0	101	0	25	0	74	0.82
100552153--100552207	17	3.4	17	85	10	53	0	27	1	70	0.97
100557929--100557977	20	2.5	20	71	15	57	32	2	0	65	1.04
100558166--100558210	21	2.2	20	88	4	63	28	15	26	28	1.96
100564952--100564984	2	16.5	2	93	0	57	45	54	0	0	0.99
100564949--100564988	12	3.5	12	86	13	66	42	57	0	0	0.98
100590052--100590087	2	18.0	2	94	0	63	47	52	0	0	1.00
100605214--100605245	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
100606839--100606961	55	2.2	55	98	0	237	39	1	3	56	1.25
100606878--100606961	18	4.6	18	71	19	75	38	1	3	57	1.24
100606896--100606997	37	2.9	37	75	22	105	40	1	2	54	1.26
100606835--100607002	12	13.8	12	67	23	68	39	1	3	55	1.28
100606839--100606997	18	8.6	19	72	19	65	39	1	3	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100609255--100609430	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
100609252--100609423	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
100616004--100616037	16	2.1	16	100	0	68	26	35	14	23	1.94
100616865--100617040	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
100616862--100617033	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
100619775--100619824	25	2.0	25	100	0	100	40	12	8	40	1.72
100620770--100621089	46	7.0	46	92	0	498	22	24	14	38	1.92
100627628--100627652	13	1.9	13	100	0	50	32	48	0	20	1.50
100627603--100627679	38	2.0	38	100	0	154	33	41	0	24	1.55
100630527--100630557	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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