genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95152866--95152985	38	3.1	38	83	4	143	23	22	24	30	1.99
95152912--95153022	38	2.9	38	84	2	141	19	20	26	33	1.97
95161844--95161881	15	2.4	17	87	12	55	21	34	7	36	1.82
95162540--95162598	29	2.0	29	100	0	118	33	16	16	32	1.92
95164892--95164941	8	6.1	8	79	4	55	68	2	0	30	1.01
95165054--95165113	31	1.9	31	82	0	75	38	6	10	45	1.64
95176438--95176470	17	1.9	17	93	0	57	21	18	21	39	1.93
95188909--95189026	46	2.5	48	83	2	132	27	11	23	36	1.90
95190529--95190977	222	2.0	223	97	0	846	30	18	21	29	1.97
95209925--95210083	46	3.4	46	81	6	167	27	12	25	34	1.92
95219392--95219427	18	2.0	18	100	0	72	16	33	22	27	1.95
95227810--95227858	22	2.2	22	100	0	98	38	24	8	28	1.84
95231355--95231382	7	4.0	7	100	0	56	28	14	14	42	1.84
95232142--95232178	17	2.3	17	86	9	51	67	0	2	29	1.04
95232876--95232917	17	2.5	16	84	7	57	61	9	0	28	1.27
95233483--95233521	14	2.8	14	80	0	51	17	17	7	56	1.64
95240349--95240396	22	2.2	22	96	0	87	43	25	4	27	1.72
95240871--95240901	15	2.1	15	93	0	53	70	0	0	29	0.87
95246315--95246354	20	2.0	21	85	5	55	30	2	10	57	1.45
95246678--95246731	23	2.5	20	76	21	56	25	0	1	72	0.95
95246680--95246733	22	2.5	22	76	8	58	25	0	1	72	0.95
95247409--95247446	20	1.9	20	94	0	67	36	31	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95247593--95247645	20	2.7	20	79	5	63	66	0	30	3	1.10
95251348--95251387	20	2.0	20	100	0	80	35	10	20	35	1.86
95257091--95257152	31	2.0	31	90	3	99	58	9	4	27	1.50
95258410--95258480	38	1.9	36	83	11	90	39	1	1	57	1.16
95258428--95258496	27	2.6	27	76	4	68	33	1	1	63	1.12
95258457--95258499	17	2.4	18	76	3	52	39	0	0	60	0.97
95260353--95260436	28	2.9	29	73	8	91	61	3	11	22	1.45
95263098--95263127	6	5.0	6	95	0	51	80	0	0	20	0.72
95268298--95268378	43	1.9	42	85	7	110	27	23	14	34	1.94
95268152--95269004	176	4.8	177	82	4	766	27	22	18	31	1.97
95268590--95268861	88	3.1	87	67	14	223	26	21	20	31	1.98
95268657--95268753	44	2.2	44	79	3	106	25	24	20	28	1.99
95268630--95268905	88	3.1	87	65	20	221	27	19	20	31	1.97
95268805--95268905	44	2.3	44	79	3	114	29	19	20	29	1.97
95278157--95278183	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
95283539--95283569	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
95286536--95286561	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
95287031--95287056	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
95293549--95293635	43	2.0	43	100	0	174	42	18	11	27	1.85
95303935--95303991	25	2.2	26	81	12	73	35	12	10	42	1.77
95304790--95304868	34	2.3	34	86	2	113	32	25	16	25	1.96
95312328--95312372	22	2.2	20	84	8	54	42	17	4	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95314216--95314265	25	2.0	25	100	0	100	44	8	8	40	1.63
95317070--95317178	26	4.4	25	88	4	134	28	22	19	29	1.98
95317228--95317322	20	4.8	20	93	5	151	34	18	9	36	1.84
95317228--95317303	11	7.5	11	71	16	74	32	19	10	36	1.86
95317240--95317292	9	5.4	9	75	16	52	35	20	7	35	1.81
95317348--95317395	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
95325413--95325547	26	5.3	26	91	3	190	28	22	19	28	1.98
95325597--95325691	20	4.8	20	93	5	151	34	18	9	36	1.84
95325597--95325672	11	7.5	11	71	16	74	32	19	10	36	1.86
95325609--95325661	9	5.4	9	75	16	52	35	20	7	35	1.81
95325717--95325764	25	1.9	25	91	0	78	29	14	20	35	1.93
95343114--95343212	47	2.1	46	83	12	123	23	29	17	30	1.97
95346803--95346834	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
95352709--95352777	23	3.0	23	82	0	84	36	15	24	23	1.94
95357973--95358070	45	2.2	43	81	3	106	24	26	18	30	1.98
95360512--95360564	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
95360521--95360619	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
95360521--95360627	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
95360605--95360666	27	2.3	27	88	0	88	35	29	6	29	1.82
95360616--95360810	27	6.8	27	77	12	129	27	25	8	38	1.85
95360616--95360810	54	3.4	54	74	14	165	27	25	8	38	1.85
95360640--95360721	38	2.2	38	86	0	110	23	31	7	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95360616--95360738	65	1.9	65	87	0	183	26	30	8	35	1.85
95360677--95360811	27	5.0	27	87	3	182	27	20	10	41	1.85
95360762--95360956	27	7.2	27	82	6	146	38	20	7	33	1.80
95360762--95360956	81	2.4	81	79	5	205	38	20	7	33	1.80
95360789--95360956	54	3.1	53	83	6	196	40	21	7	30	1.80
95360804--95360957	81	1.9	81	87	2	229	41	20	7	31	1.79
95360967--95361018	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
95361070--95361137	27	2.5	27	90	4	102	33	19	25	22	1.97
95362391--95362446	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
95362380--95362446	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
95362497--95362592	23	4.1	23	94	2	174	29	21	20	28	1.98
95362496--95362614	23	5.0	23	87	7	168	29	21	21	26	1.99
95362496--95362613	47	2.5	47	93	4	193	28	22	22	27	1.99
95362807--95362870	31	2.1	31	87	0	92	40	15	21	21	1.91
95371459--95371617	52	3.0	52	83	6	196	33	13	27	25	1.94
95373302--95373332	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
95375128--95375173	20	2.2	20	84	3	56	52	13	6	28	1.65
95375192--95375234	21	2.0	21	86	0	59	48	9	6	34	1.62
95375618--95375664	23	2.0	23	84	8	60	63	2	2	31	1.18
95378678--95378729	24	2.2	24	85	0	68	34	3	9	51	1.53
95393893--95393922	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
95394078--95394134	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95394072--95394132	30	2.1	28	93	6	104	32	0	11	55	1.36
95394517--95394635	21	5.5	21	87	2	130	14	23	24	37	1.92
95398196--95398239	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
95398253--95398277	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
95400035--95400104	28	2.5	28	86	2	97	41	25	10	22	1.85
95403371--95403416	2	23.0	2	95	0	83	0	0	47	52	1.00
95403572--95403628	15	3.9	15	83	2	80	36	0	10	52	1.36
95404000--95404067	23	3.0	22	86	4	64	17	22	22	38	1.93
95404023--95404130	21	5.0	21	85	2	126	15	25	24	35	1.94
95408879--95408941	28	2.2	28	91	0	99	28	30	25	15	1.96
95411569--95411739	43	4.0	43	79	11	190	29	28	18	24	1.98
95413059--95413117	16	3.8	16	71	10	50	3	44	0	52	1.17
95415149--95415191	21	2.2	20	83	8	52	11	6	4	76	1.13
95416971--95417087	27	4.4	27	89	1	164	42	17	14	25	1.87
95419481--95419561	33	2.5	33	93	0	135	27	19	24	28	1.99
95420841--95420893	18	2.9	18	86	5	63	43	13	18	24	1.86
95421214--95421293	27	3.0	27	84	0	115	40	18	17	23	1.91
95421221--95421304	27	3.1	26	79	6	96	38	16	20	25	1.93
95430744--95430891	43	3.4	43	83	1	181	19	30	22	27	1.98
95431856--95431946	27	3.4	27	89	0	128	26	17	16	39	1.91
95431858--95431973	54	2.1	54	82	3	135	27	15	18	38	1.91
95431898--95432687	27	29.7	27	80	7	717	30	9	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95433002--95433067	28	2.4	28	78	0	78	27	33	15	24	1.95
95435940--95436678	53	13.9	54	84	3	811	30	10	20	38	1.86
95435940--95436678	27	27.7	27	82	4	793	30	10	20	38	1.86
95436993--95437054	28	2.2	28	88	0	88	27	38	14	19	1.90
95439996--95440047	3	18.0	3	92	7	90	67	0	0	32	0.91
95440137--95440173	12	3.5	11	86	13	51	45	8	0	45	1.32
95440231--95440325	36	2.7	35	88	4	131	44	6	0	49	1.27
95440268--95440363	26	3.5	27	70	16	72	41	8	1	48	1.40
95440961--95440994	10	3.3	10	87	4	50	20	0	11	67	1.21
95442682--95442735	28	2.0	28	85	3	74	12	11	18	57	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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