genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88431136--88431284	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
88431177--88431284	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
88434072--88434118	21	2.2	21	88	0	67	25	23	19	31	1.98
88434252--88434321	34	2.1	34	86	0	95	27	20	22	30	1.98
88436846--88437035	40	4.8	40	80	8	203	24	28	23	24	2.00
88444775--88444992	79	2.7	81	80	8	234	25	27	22	24	1.99
88444801--88444992	40	4.8	39	77	8	181	25	28	22	23	1.99
88453804--88453849	21	2.2	21	92	0	74	36	2	2	58	1.22
88453819--88453864	21	2.1	21	84	8	56	45	4	0	50	1.21
88454956--88455006	19	2.6	19	87	3	75	29	21	13	35	1.92
88456529--88456637	40	2.7	40	84	4	139	29	20	21	29	1.98
88456395--88456769	155	2.4	154	88	0	545	30	18	20	29	1.97
88456685--88456769	40	2.1	40	91	4	136	27	24	22	25	2.00
88456801--88456882	14	5.8	14	78	7	69	18	1	37	42	1.58
88456802--88456892	21	4.4	21	73	14	64	17	1	39	41	1.57
88456808--88456882	21	3.5	21	80	5	80	17	1	38	42	1.58
88457489--88457535	22	2.1	22	84	7	60	6	0	25	68	1.13
88457502--88457535	7	4.7	7	89	7	50	2	0	23	73	0.97
88457502--88457537	15	2.5	15	90	4	56	5	0	22	72	1.05
88461152--88461217	34	1.9	34	84	9	89	37	4	4	53	1.42
88461373--88461548	43	4.1	43	86	0	219	24	18	28	27	1.98
88464395--88464579	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88464396--88464587	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
88464395--88464612	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
88472425--88472609	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
88472426--88472617	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
88472425--88472642	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
88476341--88476387	21	2.2	21	92	0	76	21	25	21	31	1.98
88476521--88476590	34	2.1	34	86	5	97	28	18	21	31	1.97
88484191--88484260	34	2.1	34	97	0	131	25	21	24	28	1.99
88490734--88490779	21	2.2	21	100	0	92	39	4	0	56	1.19
88490734--88490794	21	2.8	21	90	5	68	42	4	0	52	1.23
88491863--88491913	19	2.6	19	87	3	75	33	21	11	33	1.90
88493312--88493387	40	1.9	40	83	0	98	32	14	19	32	1.92
88493335--88493619	115	2.5	114	87	1	417	30	18	20	30	1.97
88493553--88493651	40	2.5	40	81	4	121	29	21	20	29	1.98
88493665--88493745	21	3.9	20	75	16	67	19	1	34	44	1.59
88494252--88494374	43	2.9	42	76	8	149	21	1	26	50	1.58
88494554--88494590	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
88499106--88499159	3	18.3	3	85	14	69	29	0	0	70	0.88
88499106--88499159	14	3.7	14	79	16	65	29	0	0	70	0.88
88499106--88499189	33	2.6	31	83	11	89	25	1	4	69	1.15
88500764--88500811	6	7.7	6	88	2	60	18	0	4	77	0.93
88505115--88505154	20	2.0	20	95	0	71	37	2	10	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88505747--88505820	27	2.8	26	88	8	98	29	10	0	59	1.31
88505750--88505959	34	6.6	32	76	13	184	25	12	0	60	1.38
88505781--88505959	43	4.5	39	75	14	129	24	12	1	61	1.38
88505841--88505870	16	1.9	15	93	6	51	30	23	0	46	1.52
88505751--88505956	61	3.4	58	79	17	176	25	13	0	60	1.39
88505859--88505963	21	5.2	21	81	15	116	22	11	0	64	1.31
88505750--88505963	5	41.8	5	70	20	97	25	12	0	61	1.37
88505784--88505927	77	1.9	73	85	5	198	24	13	1	60	1.42
88505912--88506017	53	2.0	54	85	9	146	21	10	0	66	1.27
88511114--88511336	119	1.9	120	85	6	319	25	27	22	24	2.00
88511093--88511336	40	6.1	40	85	6	309	25	27	22	25	2.00
88521613--88521681	22	3.1	22	87	0	93	15	24	26	33	1.95
88526962--88527018	25	2.3	24	84	3	78	21	24	14	40	1.90
88526948--88527032	24	3.5	23	76	9	62	21	24	16	37	1.93
88530297--88530446	43	3.5	44	83	8	186	34	24	14	26	1.94
88532451--88532627	27	6.6	27	86	0	219	30	22	7	40	1.81
88532449--88532628	81	2.2	81	87	2	254	30	22	7	39	1.82
88532660--88532723	27	2.4	27	83	0	83	43	20	12	23	1.85
88536375--88536552	27	6.6	27	84	0	230	32	21	6	40	1.78
88536371--88536552	81	2.2	81	91	1	285	31	21	6	40	1.79
88536529--88536615	27	3.2	27	81	10	106	39	24	8	28	1.83
88536394--88536577	81	2.3	81	85	3	228	32	22	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88536536--88536640	53	2.0	53	84	1	138	40	20	10	27	1.85
88536543--88536659	27	4.4	26	82	6	110	40	20	12	26	1.88
88536543--88536643	27	3.8	27	82	2	123	40	21	10	26	1.86
88543126--88543150	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
88546257--88546380	43	2.9	43	76	9	126	34	25	13	25	1.93
88551266--88551438	43	4.0	42	81	9	197	23	15	26	35	1.94
88565209--88565376	40	4.2	40	80	2	178	26	26	21	25	1.99
88571286--88571395	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88571286--88571435	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88579317--88579426	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88579317--88579466	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88587090--88587256	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
88593177--88593482	154	2.0	154	92	0	513	27	25	33	14	1.94
88595418--88595442	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
88598004--88598252	40	6.2	40	82	3	259	24	26	23	26	2.00
88601336--88601520	40	4.7	40	82	6	216	26	28	21	23	1.99
88601336--88601520	79	2.3	80	81	10	218	26	28	21	23	1.99
88606197--88606355	85	1.9	85	80	7	189	25	19	26	28	1.99
88618371--88618430	25	2.5	24	76	13	68	21	30	16	31	1.96
88618942--88619019	39	2.0	39	100	0	156	30	28	12	28	1.93
88619549--88619654	56	1.9	56	82	0	131	21	26	28	23	1.99
88621877--88621991	54	2.1	53	82	6	133	19	26	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88624770--88624863	20	4.6	20	79	11	77	7	31	25	35	1.84
88625034--88625113	40	2.0	40	95	0	142	28	8	16	46	1.77
88625496--88625529	17	1.9	18	88	5	52	44	2	20	32	1.67
88627361--88627478	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
88627329--88627492	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
88634934--88635051	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
88634902--88635065	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
88636379--88636593	23	9.4	23	74	6	177	35	18	20	25	1.95
88636421--88636593	46	3.8	46	88	1	240	36	19	19	24	1.95
88636392--88636593	92	2.2	91	87	2	280	35	18	20	24	1.95
88639186--88639358	43	4.0	43	71	12	149	25	16	26	32	1.96
88640716--88640757	18	2.4	18	92	4	68	26	0	19	54	1.44
88646243--88646414	43	4.0	43	75	10	172	24	17	25	32	1.97
88647417--88647467	25	2.1	25	88	3	77	25	19	23	31	1.98
88647536--88647572	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
88647516--88647566	21	2.4	21	86	0	66	29	19	13	37	1.90
88647603--88647651	25	2.0	25	83	0	62	28	14	20	36	1.92
88647885--88649290	351	4.0	352	96	0	2573	29	28	13	28	1.95
88649673--88649715	22	2.0	22	90	0	68	48	0	34	16	1.46
88650316--88650354	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
88656430--88656480	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
88656517--88656565	25	2.0	25	87	0	71	28	16	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88657531--88657573	22	2.0	22	90	0	68	53	0	32	13	1.41
88658175--88658213	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
88659122--88659216	32	3.0	32	84	0	127	31	18	21	28	1.97
88659648--88659723	27	2.8	27	97	0	143	30	17	14	38	1.89
88659648--88659736	27	3.3	27	93	3	135	31	15	13	39	1.86
88659648--88659817	54	3.1	54	81	6	168	31	12	17	38	1.87
88659716--88659818	27	3.8	27	82	5	127	31	8	20	39	1.83
88660273--88660306	17	1.9	18	88	5	52	26	38	23	11	1.89
88664090--88664128	21	1.9	21	89	5	62	48	5	15	30	1.66
88665213--88665311	26	3.8	26	87	1	146	26	21	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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