genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68187368--68187446	15	5.4	14	74	7	68	58	12	18	10	1.62
68187379--68187455	15	5.2	15	72	9	52	55	14	18	11	1.68
68190398--68190569	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
68190391--68190566	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
68202605--68202642	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
68204452--68204491	21	1.9	21	85	10	55	62	10	2	25	1.39
68205105--68205157	26	2.0	27	88	3	81	32	13	20	33	1.91
68205259--68205309	23	2.2	23	100	0	102	25	29	33	11	1.91
68210692--68210853	43	3.8	42	82	9	184	24	17	27	30	1.98
68219934--68220020	43	2.0	43	86	6	124	25	19	22	32	1.98
68224883--68225177	99	3.0	98	90	2	475	25	15	23	34	1.95
68227860--68228090	40	5.8	40	90	0	329	25	27	23	22	2.00
68229337--68229472	60	2.3	61	88	8	208	15	20	8	55	1.67
68232486--68232538	27	2.0	27	96	0	97	35	15	18	30	1.92
68235785--68236081	99	3.0	99	91	0	504	25	15	24	34	1.94
68239067--68239261	54	3.6	52	72	7	149	20	24	17	37	1.93
68250136--68250343	40	5.2	40	79	2	184	26	22	26	25	2.00
68250140--68250347	80	2.6	79	79	2	211	26	22	26	25	2.00
68257513--68257539	11	2.5	11	100	0	54	40	7	7	44	1.60
68258069--68258252	40	4.6	39	76	10	158	27	27	20	24	1.99
68258097--68258200	39	2.6	40	87	1	147	27	27	19	25	1.98
68258097--68258246	79	1.9	80	82	6	189	27	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68267161--68267257	44	2.3	42	87	8	142	22	17	26	32	1.96
68269198--68269479	48	5.8	48	80	1	287	26	26	17	28	1.98
68269217--68269479	144	1.8	145	88	3	404	26	26	17	28	1.98
68279381--68279505	62	2.0	62	98	0	241	31	6	16	46	1.72
68286391--68286417	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
68291947--68292122	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68291943--68292114	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68295067--68295135	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
68295058--68295145	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
68297527--68297702	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68297523--68297694	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68317910--68318029	29	4.2	29	89	1	170	28	29	15	26	1.96
68324189--68324244	25	2.4	23	80	11	60	71	0	12	16	1.15
68325239--68325285	23	2.0	22	84	8	58	12	8	38	40	1.74
68325884--68325917	18	1.9	18	88	5	52	32	14	11	41	1.82
68327033--68327123	29	3.2	29	86	7	132	27	30	15	26	1.96
68330765--68330924	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
68330765--68330924	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
68333238--68333398	29	5.6	29	80	4	155	25	16	34	24	1.95
68335991--68336058	29	2.4	28	76	11	66	50	0	5	44	1.26
68337680--68337740	30	2.1	29	93	3	104	36	22	13	27	1.92
68341575--68341624	19	2.7	19	75	3	57	68	2	0	30	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68342110--68342144	18	1.9	18	88	11	54	48	2	17	31	1.61
68342672--68342718	23	2.0	22	88	8	67	14	8	36	40	1.77
68344477--68344572	29	3.3	29	85	1	131	30	31	13	25	1.94
68347574--68347609	17	2.1	18	89	5	56	50	0	19	30	1.48
68348226--68348258	14	2.4	14	94	0	57	66	0	3	30	1.06
68349303--68349349	23	2.0	22	84	8	58	12	8	40	38	1.74
68351111--68351235	29	4.3	29	90	1	189	29	31	14	24	1.95
68351444--68351487	16	2.9	16	83	6	56	13	18	15	52	1.75
68353561--68353692	39	3.4	39	90	2	176	30	18	25	26	1.98
68353597--68353900	39	7.7	39	88	2	301	22	21	27	27	1.99
68353636--68353898	117	2.2	118	83	4	352	22	21	28	27	1.99
68359108--68359317	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
68367140--68367349	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
68374273--68374336	31	2.1	31	100	0	128	45	18	6	29	1.74
68377823--68377912	40	2.3	39	84	3	108	27	23	14	34	1.94
68387411--68387511	43	2.3	43	100	0	202	22	18	36	21	1.95
68387498--68387562	29	2.2	29	83	0	85	30	16	29	23	1.96
68392431--68392531	43	2.3	43	100	0	202	22	18	36	21	1.95
68392518--68392582	29	2.2	29	83	0	85	30	16	29	23	1.96
68401762--68401841	28	2.8	29	79	7	85	31	27	15	26	1.95
68404011--68404174	46	3.5	46	76	10	156	23	29	18	27	1.98
68404001--68404174	93	1.9	93	90	2	278	24	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68414752--68414971	47	4.7	48	74	10	179	24	30	18	27	1.98
68414844--68414970	48	2.8	43	77	17	123	24	29	17	28	1.97
68414796--68414970	94	1.9	94	85	2	244	24	29	17	28	1.97
68420947--68421045	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
68428608--68428706	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
68436853--68436917	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
68437023--68437085	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
68437033--68437096	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
68438902--68439067	43	3.9	43	74	11	135	30	16	22	30	1.96
68443144--68443177	11	3.2	11	87	8	52	14	26	2	55	1.53
68446599--68446774	46	3.8	46	79	12	207	21	20	28	29	1.98
68446596--68446766	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
68460443--68460494	20	2.6	20	87	0	86	23	21	36	19	1.95
68464043--68464072	15	2.0	15	93	0	51	13	23	6	56	1.60
68466524--68466709	40	4.7	40	86	5	218	26	21	26	25	2.00
68466554--68466727	80	2.2	81	79	8	196	28	20	25	25	1.99
68468371--68468428	30	1.9	30	86	6	82	20	31	29	18	1.97
68480339--68480378	19	2.1	19	100	0	80	45	20	5	30	1.72
68482973--68483073	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
68485461--68485533	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
68485461--68485593	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
68493204--68493276	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68493204--68493336	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
68500303--68500372	28	2.5	28	84	9	90	25	14	27	32	1.94
68503413--68503438	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
68504628--68504661	11	3.2	11	87	8	52	17	26	0	55	1.42
68505080--68505161	33	2.4	34	75	4	85	39	37	8	14	1.77
68507395--68507561	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
68515388--68515554	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
68518456--68518870	207	2.0	207	99	0	812	32	15	22	28	1.95
68520050--68520169	42	2.8	42	75	9	127	33	16	24	25	1.96
68521354--68521457	27	3.8	27	82	9	122	37	20	23	19	1.94
68521349--68521460	54	2.1	54	88	3	163	37	21	23	17	1.94
68525820--68525928	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
68525820--68525928	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
68533692--68533800	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
68533692--68533800	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
68540150--68540256	27	3.9	27	82	9	128	36	22	24	16	1.94
68540144--68540256	54	2.1	54	85	3	147	38	23	23	15	1.93
68540675--68540718	8	5.7	7	86	7	52	4	13	25	56	1.56
68540671--68540718	16	3.1	16	93	3	80	4	14	27	54	1.59
68543225--68543282	30	1.9	30	89	6	91	22	34	27	15	1.94
68544098--68544233	71	1.9	71	89	3	211	27	21	28	22	1.99
68547518--68547646	49	2.6	49	80	3	143	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68559984--68560041	24	2.4	24	97	0	107	37	15	3	43	1.64
68565800--68565942	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
68565760--68565941	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
68573813--68573965	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
68573782--68573964	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
68586743--68586809	20	3.3	20	85	0	98	31	14	20	32	1.93
68586860--68586932	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
68586859--68586953	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
68587147--68587210	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
68593391--68593424	11	3.2	11	83	8	52	14	26	5	52	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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