genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35714897--35715050	39	3.9	39	86	0	191	24	31	21	22	1.98
35714927--35715050	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
35719009--35719145	39	3.5	40	89	5	199	24	22	29	24	1.99
35726409--35726518	47	2.3	48	89	6	170	11	29	11	47	1.76
35729107--35729304	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
35729173--35729290	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
35729141--35729304	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
35736343--35736452	47	2.3	47	87	4	159	11	29	10	49	1.72
35736722--35736764	21	2.0	21	100	0	86	23	9	30	37	1.86
35741647--35741689	16	2.8	16	86	13	54	23	37	18	20	1.94
35742109--35742167	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
35742802--35742962	27	6.0	27	83	0	214	32	8	19	39	1.81
35742805--35742955	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
35742948--35743198	27	9.3	27	86	0	331	39	8	23	29	1.84
35742813--35742982	81	2.1	81	77	2	180	34	7	20	38	1.81
35742948--35743198	54	4.6	54	92	0	403	39	8	23	29	1.84
35744253--35744309	25	2.3	24	81	3	60	31	17	22	28	1.97
35746527--35746702	39	4.5	39	91	0	289	23	27	20	28	1.99
35753911--35754132	39	5.7	39	89	2	320	24	27	19	29	1.98
35756306--35756431	42	2.9	43	80	8	139	29	27	18	24	1.98
35762330--35762497	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
35762346--35762497	80	1.9	80	89	5	236	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35770367--35770828	48	9.6	47	76	3	368	27	17	27	27	1.98
35770363--35770834	96	4.9	96	87	0	665	27	17	27	27	1.98
35773180--35773363	79	2.3	80	82	2	201	23	31	23	20	1.98
35773256--35773363	40	2.7	40	86	0	135	21	31	24	23	1.98
35777266--35777393	47	2.7	46	77	13	145	25	19	29	25	1.98
35777307--35777400	48	2.0	46	87	4	134	25	19	31	23	1.98
35782778--35782802	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
35791236--35791399	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35791236--35791433	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
35798490--35798653	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35798490--35798687	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
35805742--35805905	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35805742--35805939	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
35808060--35808089	14	2.1	14	100	0	60	20	6	16	56	1.62
35808519--35808543	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
35812037--35812373	47	7.2	47	94	1	552	27	29	10	32	1.91
35812066--35812143	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
35812037--35812373	139	2.4	140	93	1	577	27	29	10	32	1.91
35822596--35822763	45	3.7	44	76	12	144	25	29	18	26	1.98
35830293--35830362	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
35830293--35830374	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
35833972--35834101	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35841872--35842001	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
35860276--35860516	35	6.9	35	77	7	211	40	21	9	27	1.85
35862916--35862966	25	2.0	25	100	0	102	41	19	11	27	1.86
35868560--35868625	34	1.9	34	81	0	78	21	24	25	28	1.99
35869051--35869091	18	2.3	19	79	12	50	24	41	19	14	1.89
35873086--35873234	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
35873127--35873234	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
35881197--35881345	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
35881238--35881345	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
35883635--35883736	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
35883612--35883719	38	2.8	38	92	1	180	22	22	15	39	1.91
35883928--35884022	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
35883928--35884021	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
35884073--35884132	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
35884175--35884222	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
35891949--35892050	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
35891926--35892033	38	2.8	38	92	1	180	22	22	15	39	1.91
35892242--35892335	24	4.0	24	82	13	115	26	24	21	27	1.99
35892263--35892334	22	3.1	23	90	9	112	27	23	20	27	1.99
35892386--35892445	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
35892488--35892535	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
35894705--35894973	48	5.6	48	78	5	193	27	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35894686--35894974	96	3.0	94	81	8	314	26	19	28	24	1.99
35899580--35899689	43	2.6	43	85	5	143	26	20	28	24	1.99
35900084--35900135	21	2.5	21	87	6	70	3	48	21	26	1.67
35900548--35900576	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
35906562--35906933	27	13.8	27	79	6	182	36	21	8	33	1.85
35906589--35906720	54	2.4	54	89	0	201	29	21	8	40	1.83
35906697--35907027	54	6.1	54	75	8	260	39	20	8	30	1.83
35906559--35906760	81	2.5	81	75	0	215	33	21	8	36	1.84
35906711--35906917	80	2.6	81	85	3	258	41	20	8	29	1.82
35906711--35906944	81	2.9	80	81	8	244	41	20	8	29	1.82
35906711--35906971	27	9.6	26	75	12	172	42	19	8	29	1.80
35906670--35907006	27	12.4	27	77	6	126	38	19	8	32	1.83
35907037--35907124	27	3.3	27	73	12	81	37	17	19	26	1.93
35907933--35908023	25	3.7	25	88	1	121	25	26	21	26	2.00
35907933--35908039	25	4.4	24	85	3	81	28	23	21	27	1.99
35908246--35908420	31	5.7	31	87	4	232	30	17	24	28	1.97
35909281--35909325	9	5.0	9	86	10	65	35	0	22	42	1.54
35912235--35912288	14	3.8	14	73	4	54	22	0	24	53	1.46
35912716--35912956	120	2.0	120	99	0	473	39	9	12	38	1.76
35912741--35912981	120	2.0	120	89	3	369	39	12	11	36	1.78
35913327--35913604	154	1.8	154	82	1	360	27	22	20	29	1.99
35913488--35913712	114	2.0	114	80	3	256	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35915710--35916027	48	6.6	48	78	3	309	26	21	28	22	1.99
35915713--35916027	144	2.2	143	83	2	391	26	21	28	22	1.99
35915710--35916027	96	3.3	95	82	6	356	26	21	28	22	1.99
35923077--35923125	22	2.2	23	82	10	57	55	4	6	34	1.44
35929503--35929869	48	7.6	48	84	1	387	23	28	21	26	1.99
35929504--35929925	96	4.4	94	79	7	370	23	27	20	27	1.99
35930248--35930304	30	1.9	30	85	0	78	29	24	7	38	1.82
35946478--35946797	48	6.6	48	80	6	342	25	27	20	27	1.99
35946529--35946856	96	3.4	96	79	9	380	25	28	18	27	1.98
35946477--35946747	144	1.9	145	90	3	440	26	27	19	26	1.99
35946480--35946805	144	2.3	145	84	5	428	25	27	19	26	1.99
35946528--35946855	144	2.3	144	82	4	385	25	28	18	27	1.98
35946478--35946856	48	7.9	48	78	6	338	25	28	18	27	1.98
35949032--35949056	11	2.3	11	100	0	50	28	16	20	36	1.93
35950287--35950355	33	2.1	34	91	2	113	14	30	2	52	1.56
35958005--35958185	66	2.8	64	78	9	199	29	16	30	23	1.96
35963701--35967395	707	5.2	706	88	1	5147	32	23	15	28	1.95
35968976--35969141	43	3.9	44	82	5	191	33	24	14	27	1.94
35976957--35977081	42	3.0	40	84	4	151	28	24	15	31	1.95
35976957--35977118	41	3.7	42	80	10	157	28	25	16	29	1.96
35977026--35977161	49	2.9	48	86	3	177	30	26	14	28	1.95
35977230--35977378	31	4.8	31	86	0	199	24	27	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35977355--35977480	50	2.5	51	89	1	182	26	22	15	36	1.93
35979408--35979512	42	2.5	42	85	0	147	30	26	11	31	1.91
35979454--35979559	49	2.2	48	86	3	140	33	26	13	27	1.93
35979659--35979805	31	4.8	31	88	6	219	25	27	19	27	1.99
35979659--35979805	60	2.4	61	85	8	208	25	27	19	27	1.99
35979781--35979907	50	2.5	51	89	1	193	25	22	15	35	1.94
35981827--35981973	42	3.3	42	78	9	159	29	25	13	31	1.94
35981880--35982016	49	2.9	48	84	4	161	29	25	14	29	1.95
35981895--35982067	47	3.7	46	83	3	148	30	26	15	28	1.96
35982085--35982233	31	4.8	31	91	0	235	25	28	19	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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