genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.337.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100630518--100630551	14	2.4	14	90	0	50	64	0	0	35	0.94
100630518--100630557	21	1.9	21	89	0	62	62	0	0	37	0.95
100630872--100630925	23	2.4	21	76	14	54	57	7	1	33	1.37
100631257--100631292	17	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
100643349--100643501	63	2.4	63	86	2	218	25	20	28	24	1.99
100645161--100645494	3	111.3	3	69	6	124	25	8	3	62	1.40
100645197--100645270	41	1.9	39	81	13	91	18	8	5	67	1.36
100645567--100645612	17	2.7	17	81	18	60	26	8	0	65	1.21
100648850--100648902	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
100650385--100650466	26	3.2	26	91	0	137	34	24	7	34	1.83
100652377--100652401	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
100652876--100652930	18	3.1	18	78	2	58	30	5	1	61	1.29
100655839--100655874	15	2.4	15	90	0	54	27	13	2	55	1.52
100656614--100656823	106	2.0	106	98	0	402	31	6	26	35	1.82
100657124--100657235	40	2.8	40	84	1	134	26	14	28	30	1.95
100657980--100658026	11	4.6	10	80	12	51	17	0	27	55	1.42
100662313--100662348	17	2.0	19	89	10	58	19	2	11	66	1.35
100666296--100666341	24	1.9	24	90	0	74	32	39	17	10	1.84
100666295--100666347	24	2.2	24	82	0	70	32	43	15	9	1.78
100670246--100670298	24	2.2	24	82	0	61	39	0	1	58	1.09
100670480--100670534	16	3.4	16	84	0	74	30	23	3	41	1.72
100670481--100670543	32	2.0	32	96	0	117	30	23	3	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100670489--100670547	16	3.7	16	86	0	82	28	23	1	45	1.63
100671047--100671087	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
100680935--100680978	8	5.4	8	80	2	52	54	0	0	45	0.99
100680983--100681013	16	1.9	16	100	0	62	70	0	6	22	1.09
100684778--100684825	16	3.1	16	76	11	64	54	10	0	35	1.35
100689474--100689520	19	2.5	19	83	10	62	23	0	2	74	0.93
100694160--100694204	22	2.0	23	86	4	65	73	2	20	4	1.11
100695213--100695264	27	1.9	27	92	0	86	42	26	13	17	1.86
100695291--100695318	12	2.3	12	100	0	56	39	14	14	32	1.86
100695841--100695866	13	2.0	13	100	0	52	53	46	0	0	1.00
100698371--100698403	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
100708580--100708610	16	1.9	16	93	0	53	77	0	22	0	0.77
100719403--100719446	17	2.6	18	89	7	65	29	34	18	18	1.94
100722775--100722813	2	19.5	2	89	0	60	46	0	5	48	1.24
100726203--100726328	63	2.0	63	100	0	252	42	11	11	34	1.76
100727760--100727826	19	3.7	20	67	18	56	29	4	0	65	1.12
100729136--100729165	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
100729754--100729815	28	2.2	28	100	0	124	41	32	8	17	1.79
100729762--100729842	28	2.9	28	85	5	76	46	32	6	14	1.69
100733856--100734197	172	2.0	172	89	4	532	33	18	5	41	1.74
100734058--100734089	14	2.4	14	94	5	57	40	6	0	53	1.26
100735912--100735957	19	2.4	19	80	20	60	50	0	13	36	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100738677--100738755	23	3.4	23	74	6	79	18	11	22	46	1.81
100738680--100738770	46	2.0	46	86	0	128	20	10	21	46	1.82
100740140--100740193	23	2.3	23	80	0	63	16	22	20	40	1.91
100752134--100752173	18	2.2	18	100	0	80	42	10	30	17	1.82
100752163--100752197	13	2.7	13	100	0	70	48	5	31	14	1.67
100752306--100752413	26	4.2	26	87	0	162	32	5	23	38	1.78
100753573--100753602	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
100753994--100754098	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
100765095--100765191	40	2.4	41	85	10	121	27	28	16	26	1.97
100771806--100772227	137	3.1	137	97	0	794	31	24	18	25	1.98
100771839--100772186	64	5.2	64	62	19	177	30	25	18	26	1.98
100774013--100774148	26	5.2	26	92	0	227	36	24	5	33	1.78
100777013--100777062	16	3.1	17	77	8	59	4	30	0	66	1.10
100777013--100777082	31	2.2	32	85	7	90	7	22	0	70	1.12
100784182--100784430	122	2.0	122	82	6	299	34	20	22	21	1.97
100784191--100784433	41	6.0	41	85	3	253	32	20	23	22	1.98
100784471--100784542	37	1.9	37	82	0	90	45	31	0	22	1.52
100784671--100784718	7	6.7	7	80	4	51	22	2	27	47	1.62
100784671--100784721	15	3.5	15	81	2	59	21	1	29	47	1.62
100785309--100785377	8	9.1	8	82	9	56	72	1	0	26	0.93
100785331--100785364	7	4.7	7	92	7	59	88	0	0	11	0.52
100785309--100785377	15	4.6	15	83	5	68	72	1	0	26	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100787751--100787777	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
100789592--100789772	43	4.2	43	89	2	274	24	19	29	27	1.98
100790160--100790519	184	2.0	184	91	1	587	30	16	16	36	1.91
100794248--100794292	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
100796432--100796694	46	5.7	46	90	0	375	39	15	24	21	1.91
100796383--100796694	138	2.3	130	86	5	410	38	15	24	21	1.92
100820761--100820796	12	3.0	12	91	0	63	22	8	16	52	1.70
100821486--100821676	89	2.1	90	80	6	219	30	20	17	31	1.96
100825363--100825398	13	2.8	14	84	16	51	27	22	0	50	1.50
100825566--100825769	21	9.4	21	91	4	309	31	27	26	14	1.95
100826034--100826090	15	3.9	15	86	2	80	49	12	1	36	1.51
100827360--100827407	5	9.0	5	78	13	51	56	2	0	41	1.11
100827359--100827409	12	4.5	12	78	14	63	54	1	0	43	1.11
100834383--100834415	16	2.1	16	100	0	66	33	12	18	36	1.88
100843178--100843398	46	4.8	46	80	9	261	30	30	19	19	1.96
100843232--100843403	93	1.8	93	92	0	290	30	31	19	19	1.96
100845895--100845937	20	2.2	20	86	0	59	34	6	6	51	1.56
100845953--100845978	11	2.4	11	100	0	52	19	15	7	57	1.62
100846102--100846147	14	3.1	14	81	12	56	23	2	0	73	0.94
100846096--100846150	28	2.0	27	82	13	67	29	1	0	69	0.99
100849361--100849385	13	1.9	13	100	0	50	48	4	24	24	1.68
100852962--100853049	44	2.0	45	90	2	142	25	29	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100853284--100855077	43	41.7	42	70	13	316	19	22	21	35	1.96
100853284--100854905	87	18.9	86	70	12	359	19	22	21	35	1.96
100853459--100855088	256	6.3	256	97	0	2990	19	22	22	35	1.96
100855134--100855258	61	2.0	64	86	7	177	35	14	16	33	1.89
100856871--100856916	7	6.9	7	78	16	53	0	17	0	82	0.67
100856872--100856908	18	2.1	18	94	0	65	0	13	0	86	0.57
100859561--100859612	25	2.1	25	85	7	70	48	13	19	19	1.81
100863985--100864072	44	2.0	45	90	2	142	25	29	15	29	1.96
100864307--100866102	43	41.7	42	70	13	325	19	22	21	35	1.96
100864307--100865930	87	18.9	86	70	11	368	19	22	22	35	1.96
100864482--100866113	257	6.3	257	97	0	2998	19	22	22	35	1.96
100864482--100866113	513	3.2	513	97	0	3021	19	22	22	35	1.96
100866159--100866283	61	2.0	64	86	7	177	35	14	16	33	1.89
100867896--100867941	7	6.9	7	78	16	53	0	17	0	82	0.67
100867897--100867933	18	2.1	18	94	0	65	0	13	0	86	0.57
100870586--100870637	25	2.1	25	85	7	70	48	13	19	19	1.81
100877130--100877159	14	2.1	14	93	0	51	83	0	13	3	0.77
100881838--100881877	18	2.4	17	87	8	55	25	7	0	67	1.16
100881930--100882040	57	1.9	57	98	0	213	27	18	10	42	1.84
100884384--100884416	16	2.1	16	100	0	66	39	0	18	42	1.50
100887024--100887198	87	2.0	87	100	0	350	33	11	19	36	1.88
100895160--100895194	17	2.1	17	94	0	61	25	8	5	60	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100898609--100898660	3	17.3	3	95	0	95	32	0	1	65	1.04
100900061--100900102	19	2.2	19	91	0	66	9	0	26	64	1.24
100900068--100900111	19	2.3	19	84	0	52	15	2	22	59	1.48
100902984--100903011	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
100907694--100907745	24	2.2	24	86	6	70	34	36	11	17	1.86
100909187--100909326	58	2.4	56	83	9	165	25	15	10	49	1.75
100909706--100909841	61	2.3	60	82	7	163	52	13	13	20	1.74
100909741--100909872	31	4.3	31	73	9	126	53	12	12	21	1.72
100911540--100911609	24	2.9	24	97	0	131	34	21	35	8	1.84
100913716--100913755	18	2.2	19	86	4	55	60	2	0	37	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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