genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  45  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12879537--12879635	30	3.3	30	89	0	162	26	48	6	19	1.72
12879577--12879630	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
12880113--12880242	25	5.5	23	73	10	86	35	6	3	55	1.40
12880178--12880319	25	5.7	25	74	12	103	35	6	4	53	1.46
12880237--12880362	22	5.9	22	71	14	77	34	5	4	55	1.44
12880481--12880515	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
12884408--12884465	30	1.9	30	96	0	107	10	31	37	20	1.86
12885543--12885695	43	3.5	43	74	11	123	27	16	24	31	1.97
12885595--12885695	42	2.3	42	79	5	112	26	17	23	31	1.97
12888919--12888947	13	2.2	13	100	0	58	27	13	6	51	1.66
12890260--12890307	21	2.1	24	81	11	57	56	8	2	33	1.41
12890497--12890530	16	2.1	16	94	0	59	67	2	5	23	1.26
12893217--12893266	25	2.0	26	88	4	75	28	24	0	48	1.52
12897709--12898368	44	14.7	44	74	8	431	31	16	21	30	1.95
12897710--12897935	89	2.6	88	82	2	256	30	15	22	30	1.95
12897755--12898237	133	3.5	138	76	9	344	31	17	21	30	1.96
12898171--12898364	85	2.3	85	81	5	203	31	18	18	31	1.95
12898940--12898965	10	2.6	10	100	0	52	84	7	0	7	0.77
12899059--12899088	15	2.0	15	100	0	60	33	20	40	6	1.78
12900104--12900145	19	2.3	18	87	4	57	21	2	0	76	0.90
12915820--12915850	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
12921492--12921523	8	4.0	8	100	0	64	87	0	0	12	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12922327--12922363	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
12924296--12924466	86	2.0	86	85	0	234	21	22	33	22	1.97
12924775--12924817	18	2.3	19	84	4	52	25	18	18	37	1.94
12924901--12924936	17	2.1	17	100	0	72	11	11	25	52	1.69
12933950--12934002	6	8.7	6	87	2	70	30	18	16	33	1.94
12936022--12936110	2	44.5	2	90	0	133	4	49	1	44	1.29
12942510--12942547	20	2.0	18	90	10	58	47	10	5	36	1.61
12942930--12942963	16	2.1	16	89	10	52	55	14	11	17	1.68
12945758--12945803	21	2.1	22	88	4	67	30	19	30	19	1.97
12947972--12948128	39	4.1	38	89	2	206	28	20	5	45	1.72
12949027--12949071	23	1.9	24	86	4	65	13	2	35	48	1.54
12949352--12949437	45	1.9	45	85	0	118	27	31	11	29	1.92
12949531--12950087	210	2.7	209	85	5	704	30	21	17	29	1.97
12957890--12957939	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
12961747--12961794	2	25.0	2	79	8	55	52	2	2	43	1.24
12962311--12962460	39	3.9	38	91	0	201	28	18	5	47	1.71
12963948--12963981	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
12969212--12969408	63	3.1	61	81	5	180	25	28	19	25	1.99
12969249--12969410	63	2.6	63	83	4	186	25	24	20	29	1.99
12970720--12970771	10	5.1	10	83	2	59	25	5	0	69	1.10
12974458--12974493	8	4.2	8	86	13	54	11	5	0	83	0.80
12974478--12974526	21	2.3	21	89	0	71	26	2	2	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12974470--12974510	14	2.8	15	82	14	50	21	0	0	78	0.76
12977725--12977832	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
12978494--12978519	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12984649--12984756	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
12995224--12995264	20	2.0	21	86	9	59	56	0	9	34	1.32
12996463--12996517	29	1.9	29	89	10	87	20	41	0	38	1.52
12997355--12997702	186	1.9	186	99	0	687	34	12	16	36	1.86
13002101--13002145	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
13012232--13012338	50	2.1	51	94	1	189	23	10	22	43	1.83
13018837--13018910	20	3.5	22	75	20	61	67	5	5	21	1.31
13021328--13021390	29	2.2	29	97	0	117	20	22	33	23	1.97
13021034--13021661	330	1.9	329	95	1	1123	26	17	21	33	1.96
13028528--13028561	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
13029663--13029710	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
13029747--13029807	20	3.2	19	88	9	88	36	14	19	29	1.92
13029758--13029815	20	3.0	19	85	5	73	34	13	22	29	1.93
13029861--13029978	23	5.0	24	89	9	172	28	21	22	27	1.99
13037716--13037763	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
13037802--13037878	9	7.9	9	75	16	73	35	7	20	36	1.82
13037800--13037871	11	7.1	11	73	17	75	36	9	19	34	1.85
13037800--13037882	20	4.2	20	95	0	148	36	10	19	33	1.86
13037937--13038054	23	5.1	23	96	3	220	27	21	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13045252--13045418	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
13045247--13045418	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
13047461--13047651	92	2.1	92	95	0	346	35	12	16	35	1.86
13056606--13056720	58	2.0	58	91	0	185	29	15	12	42	1.83
13067038--13067077	17	2.4	18	80	16	50	75	0	0	25	0.81
13072393--13072558	40	4.2	40	79	2	174	27	27	19	25	1.99
13076810--13076926	55	2.1	55	96	1	218	34	25	18	21	1.96
13081163--13081201	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
13081162--13081201	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
13082570--13083013	44	10.1	44	80	1	408	28	18	18	34	1.94
13090920--13091090	41	4.2	41	80	4	175	36	21	18	23	1.94
13091386--13091439	28	1.9	28	85	7	74	44	25	0	29	1.54
13091602--13091681	38	2.2	36	88	8	117	26	2	26	45	1.66
13092740--13092851	40	2.8	41	80	4	129	34	14	20	30	1.92
13094520--13094559	10	4.3	10	81	12	50	0	25	0	75	0.81
13094524--13094555	5	6.4	5	92	0	55	0	21	0	78	0.76
13101133--13101165	5	6.6	5	92	0	57	0	21	0	78	0.75
13101973--13102003	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
13102233--13102311	28	2.8	28	100	0	158	39	24	7	29	1.82
13102384--13102446	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
13102394--13102457	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
13105877--13106016	39	3.6	39	86	3	201	37	23	26	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13107648--13107692	14	3.5	14	71	22	53	42	13	6	37	1.70
13107638--13107691	24	2.2	24	90	0	90	44	9	5	40	1.60
13107803--13107870	25	2.7	25	83	0	91	16	39	13	30	1.86
13108528--13108573	23	2.0	23	91	8	76	43	4	13	39	1.63
13108530--13108589	23	2.6	22	82	12	68	48	3	10	38	1.53
13109280--13109513	9	26.6	9	79	7	212	48	15	0	35	1.52
13109281--13109530	35	6.2	41	68	21	125	48	15	0	35	1.51
13109264--13109492	113	2.0	115	89	4	356	48	14	0	36	1.51
13109287--13109520	80	3.2	71	79	13	244	48	15	0	35	1.51
13109323--13109520	80	2.5	80	93	0	335	48	16	1	33	1.53
13109571--13109595	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
13114689--13114720	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
13117544--13117611	15	4.5	15	83	0	82	14	16	16	52	1.74
13120527--13120605	40	2.0	40	89	0	122	12	15	35	36	1.85
13120525--13120614	40	2.3	38	83	7	117	12	16	35	35	1.86
13135790--13135897	42	2.5	42	79	4	119	33	21	18	26	1.96
13142507--13142554	21	2.3	22	79	17	57	64	2	29	4	1.23
13145915--13145939	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13152619--13152680	29	2.1	30	90	3	99	24	22	16	37	1.94
13152887--13153038	24	6.4	24	93	3	254	27	21	21	28	1.99
13152887--13153038	71	2.1	71	95	1	268	27	21	21	28	1.99
13152887--13153038	47	3.2	48	92	3	254	27	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13153087--13153153	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
13153087--13153142	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
13153190--13153237	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
13156187--13156217	13	2.5	13	94	5	55	0	22	0	77	0.77
13156437--13156486	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
13156612--13156658	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
13161233--13161278	23	2.0	23	100	0	92	30	21	13	34	1.91
13163941--13163988	15	3.0	16	82	11	71	29	6	4	60	1.40
13163941--13163997	17	3.5	17	85	7	82	29	5	3	61	1.35
13168080--13168187	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345