genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6422752--6422905	67	2.3	67	97	0	290	31	22	27	18	1.97
6423140--6423201	27	2.3	27	83	2	63	29	29	14	27	1.95
6423157--6423405	27	9.3	27	82	6	281	25	18	19	36	1.94
6423131--6423397	134	2.0	134	83	4	333	25	19	19	35	1.95
6423309--6423418	27	4.1	26	71	13	80	28	12	20	38	1.90
6423158--6423431	134	2.0	134	80	6	297	26	17	20	35	1.95
6423410--6423827	27	15.4	27	85	3	372	37	7	22	32	1.83
6423479--6423611	55	2.4	54	80	8	144	30	9	21	38	1.85
6423525--6423597	28	2.7	27	95	2	128	30	6	20	42	1.78
6423390--6423973	27	21.6	27	79	6	206	35	8	21	35	1.83
6423335--6423692	191	1.9	189	86	4	506	34	9	21	34	1.87
6423401--6423952	54	10.2	54	76	6	230	35	8	21	34	1.84
6429206--6429244	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
6434074--6434099	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
6434622--6434685	18	3.6	18	81	8	67	39	12	15	32	1.85
6438043--6438133	32	2.8	32	82	9	123	32	25	10	30	1.90
6438837--6438884	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
6439331--6439357	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
6442481--6442540	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
6447751--6447791	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
6450012--6450071	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
6452603--6452703	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6452603--6452785	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
6460412--6460599	40	4.8	38	77	9	155	29	21	25	23	1.99
6460458--6460644	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
6462025--6462065	21	2.0	21	100	0	82	43	12	14	29	1.82
6469060--6469104	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
6473634--6473678	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
6475642--6475676	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
6477316--6477362	21	2.2	21	84	0	58	48	23	4	23	1.68
6477763--6477802	21	1.9	21	89	0	62	57	15	5	22	1.57
6477771--6477810	21	1.9	21	84	0	53	55	17	5	22	1.61
6477829--6477876	15	3.3	15	77	16	55	45	33	0	20	1.52
6477832--6477933	22	4.8	20	67	22	57	44	29	2	23	1.68
6477829--6477944	14	8.1	14	68	15	58	45	28	2	23	1.66
6478038--6478185	7	20.7	7	70	12	77	43	36	0	19	1.56
6478038--6478106	22	3.2	21	81	8	68	44	34	1	18	1.59
6478146--6478180	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
6478082--6478185	22	4.8	22	72	13	63	44	35	0	19	1.57
6478395--6478499	40	2.6	40	83	8	117	30	20	22	25	1.99
6478759--6478850	39	2.3	40	83	1	123	23	18	19	38	1.93
6479742--6479836	49	1.9	49	91	4	156	22	21	14	42	1.89
6484274--6484368	49	1.9	49	91	4	156	23	20	14	42	1.89
6495938--6495978	20	2.0	20	85	0	55	17	29	34	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6497820--6497855	18	2.0	18	88	0	54	13	8	2	75	1.15
6499644--6499678	14	2.5	14	86	13	54	80	0	5	14	0.89
6503944--6503987	24	1.9	24	86	9	65	25	4	2	68	1.20
6511338--6511485	77	1.9	77	89	4	228	16	20	15	47	1.83
6524629--6524758	35	3.7	35	84	0	170	30	10	25	33	1.90
6529610--6529634	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
6532432--6532500	30	2.3	30	92	0	120	27	49	5	17	1.69
6532966--6533094	22	5.6	24	76	9	81	35	6	2	55	1.37
6533031--6533177	77	1.9	77	82	1	186	30	6	4	57	1.45
6533030--6533176	25	5.9	25	73	13	97	30	7	4	57	1.47
6533237--6533292	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
6551805--6551849	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
6551733--6552096	99	3.8	101	85	8	440	25	17	19	38	1.93
6552038--6552595	73	7.6	73	84	5	696	32	16	19	31	1.94
6552036--6552625	148	4.0	147	86	4	735	31	16	19	32	1.94
6552697--6552729	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
6552531--6552860	89	3.7	86	81	8	358	28	16	18	36	1.93
6552552--6552883	180	1.8	179	84	3	452	29	17	18	34	1.94
6552531--6553142	88	6.8	86	74	14	325	28	16	17	37	1.92
6552797--6552984	101	1.8	102	88	4	290	28	15	17	38	1.90
6552922--6553149	87	2.6	87	81	4	246	30	15	19	33	1.93
6553197--6553238	21	2.0	21	90	0	66	33	9	28	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6553764--6553862	30	3.3	30	91	0	171	27	50	6	16	1.68
6554338--6554470	24	5.6	24	72	13	87	34	6	3	55	1.42
6554344--6554461	47	2.5	49	78	9	118	35	6	4	53	1.47
6554485--6554550	22	2.9	23	80	6	71	30	7	6	56	1.52
6554419--6554589	79	2.2	76	78	11	170	31	7	4	57	1.44
6554613--6554668	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
6557680--6558000	46	7.0	46	89	2	430	38	15	24	21	1.92
6560925--6560969	18	2.5	18	81	0	54	44	0	0	55	0.99
6567407--6567450	23	1.9	23	85	0	61	20	0	4	75	0.98
6567403--6567434	17	1.9	17	93	6	57	21	0	3	75	0.95
6569567--6569626	17	3.6	16	75	24	54	60	0	13	26	1.34
6572146--6572206	22	2.8	21	72	20	54	60	1	3	34	1.23
6572413--6572492	41	2.0	40	90	2	124	36	7	11	45	1.68
6575992--6576060	36	1.9	36	90	0	111	28	7	11	52	1.64
6576629--6576707	33	2.3	35	91	6	128	55	8	2	32	1.44
6576809--6576903	43	2.2	43	87	5	131	38	15	1	44	1.54
6576927--6577000	37	2.0	38	83	2	96	29	8	2	59	1.40
6577147--6577231	23	3.9	23	70	27	85	22	25	1	50	1.56
6577443--6577632	94	2.0	93	89	3	292	45	10	15	28	1.79
6585239--6585264	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6588368--6588404	18	2.2	17	90	9	58	35	0	0	64	0.94
6589452--6589492	18	2.3	18	87	4	57	60	4	0	34	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6590444--6590474	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
6592617--6593284	204	3.4	200	80	11	750	44	10	9	36	1.71
6592768--6593284	185	2.7	189	81	10	521	43	10	9	36	1.72
6592795--6593806	546	1.9	545	85	3	1417	43	10	9	36	1.73
6593518--6594026	199	2.5	200	82	7	656	42	11	9	36	1.74
6594159--6594477	174	1.8	173	91	2	523	45	10	8	35	1.69
6594331--6594625	147	2.0	148	97	0	556	46	10	10	32	1.72
6594478--6595100	174	3.6	174	92	0	1021	43	10	10	35	1.72
6596115--6596144	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
6607629--6607665	17	2.1	18	85	14	51	40	0	0	59	0.97
6618052--6618080	12	2.4	12	100	0	58	93	0	6	0	0.36
6619599--6619646	6	8.0	6	97	0	87	16	64	16	2	1.39
6633793--6633860	33	2.1	33	100	0	136	35	11	20	32	1.89
6637933--6637970	18	2.1	18	85	9	51	52	15	10	21	1.72
6642187--6642264	40	2.0	40	89	0	120	42	7	17	32	1.78
6642888--6642981	44	2.1	44	88	4	134	35	26	5	32	1.79
6642963--6643017	16	3.4	16	90	5	85	29	27	7	36	1.84
6643197--6643233	18	1.9	19	89	10	58	43	0	2	54	1.14
6647440--6647469	6	5.0	6	95	0	51	0	20	13	66	1.24
6648844--6648877	9	3.8	9	88	0	50	41	35	23	0	1.55
6659270--6659310	3	13.7	3	94	0	73	65	0	34	0	0.93
6669695--6669725	3	10.0	3	93	6	53	64	0	3	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6672256--6672304	22	2.2	22	88	3	71	65	4	0	30	1.11
6674766--6674791	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
6680273--6680315	21	2.0	23	86	9	63	58	0	6	34	1.25
6680294--6680368	33	2.3	34	79	11	84	57	2	5	34	1.35
6680341--6680374	13	2.8	12	91	8	59	61	0	0	38	0.96
6680341--6680394	27	2.1	26	86	6	74	55	3	1	38	1.28
6680346--6680410	25	2.6	25	73	11	60	58	4	3	33	1.34
6682835--6682860	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6683189--6683232	19	2.3	19	80	11	54	52	2	0	45	1.13
6684070--6684135	29	2.2	29	84	12	82	54	4	0	40	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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