genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33799310--33799385	31	2.4	32	76	4	84	48	13	5	32	1.64
33800937--33800979	22	2.0	22	90	0	68	23	13	6	55	1.62
33811029--33811082	27	2.0	27	100	0	108	22	25	25	25	2.00
33812511--33812575	30	2.1	30	82	2	76	46	9	3	41	1.51
33814455--33814485	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
33815923--33815959	11	3.1	13	77	22	53	54	0	0	45	1.00
33815915--33815958	23	1.9	23	90	9	72	52	0	2	45	1.13
33815945--33816004	29	2.1	29	87	0	84	48	8	0	43	1.33
33823887--33823920	16	2.1	16	89	10	52	64	0	2	32	1.08
33828973--33829021	18	2.8	17	78	9	53	75	6	4	14	1.14
33830758--33830797	21	2.0	20	90	5	62	40	10	0	50	1.36
33831692--33831938	130	1.9	131	90	0	397	28	19	17	34	1.94
33843666--33844096	132	3.3	132	91	0	691	29	19	23	27	1.98
33844443--33844482	19	2.1	19	90	0	62	82	2	0	15	0.77
33846232--33846271	21	2.0	20	90	5	62	40	10	0	50	1.36
33846298--33846328	14	2.2	14	100	0	62	38	12	6	41	1.69
33847178--33847433	130	2.0	132	89	1	399	30	17	17	34	1.94
33847178--33847520	130	2.6	130	82	5	370	28	18	18	35	1.94
33849387--33849411	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
33854650--33854709	18	3.3	18	70	9	50	66	1	6	25	1.25
33855859--33855887	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
33856191--33857081	89	10.2	88	81	5	898	22	23	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33856194--33857086	350	2.6	348	86	3	1199	22	23	19	34	1.96
33856216--33857086	176	5.0	175	81	5	937	22	23	19	34	1.96
33856216--33857081	261	3.3	260	82	7	979	22	23	19	34	1.97
33857217--33857261	22	2.0	24	83	16	60	37	8	20	33	1.83
33857158--33857343	64	2.9	64	95	0	318	37	12	17	32	1.88
33857597--33857623	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
33866169--33866207	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
33866393--33866475	21	4.0	21	79	0	103	14	26	19	39	1.90
33867863--33868105	120	2.0	120	95	0	441	34	9	16	39	1.82
33869008--33869249	120	2.0	120	98	0	466	33	9	17	38	1.83
33869044--33869231	60	3.1	60	64	19	165	31	10	19	38	1.86
33870153--33870394	120	2.0	120	97	0	457	34	9	16	38	1.82
33871298--33871539	120	2.0	120	99	0	475	33	10	17	38	1.84
33879765--33879794	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
33885630--33885655	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
33891844--33891872	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
33891974--33892013	20	1.9	20	85	10	53	45	5	12	37	1.64
33895117--33895241	46	2.8	44	85	7	160	24	19	31	24	1.98
33897533--33897673	49	2.8	50	82	5	187	23	21	28	26	1.99
33899906--33900122	40	5.5	40	92	1	316	25	26	23	24	2.00
33908997--33909217	46	4.8	46	76	9	186	25	18	30	25	1.98
33911544--33911586	18	2.3	18	84	4	50	53	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33911552--33911587	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
33911570--33911632	17	3.6	18	71	14	51	55	3	1	39	1.25
33913334--33913435	53	1.9	53	82	4	125	25	15	17	41	1.89
33917546--33917594	24	2.0	24	88	0	71	32	24	18	24	1.97
33925581--33925642	26	2.4	26	81	5	72	32	14	12	40	1.84
33929104--33929225	37	3.3	37	96	0	217	21	32	19	26	1.97
33929280--33929634	49	7.1	49	91	7	554	30	32	7	29	1.86
33929395--33929490	31	3.2	31	62	24	78	29	34	8	28	1.86
33929280--33929634	108	3.5	106	90	8	523	30	32	7	29	1.86
33929291--33929603	157	2.0	155	98	1	599	30	32	7	29	1.85
33931526--33931698	49	3.6	49	79	6	165	26	20	28	24	1.99
33938133--33938169	13	2.8	13	100	0	74	8	29	45	16	1.76
33939609--33939816	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
33947705--33947912	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
33953663--33953775	55	2.1	55	84	0	145	29	26	28	15	1.96
33954236--33954294	25	2.3	26	91	8	102	27	18	3	50	1.62
33958958--33958993	18	2.0	18	100	0	72	27	0	11	61	1.30
33959110--33959174	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
33959247--33959545	39	7.7	39	89	3	417	18	22	29	30	1.97
33959247--33959544	154	1.9	155	87	4	440	18	22	29	30	1.97
33959247--33959545	115	2.6	115	85	5	404	18	22	29	30	1.97
33965675--33965739	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33965812--33966070	39	6.7	39	91	4	400	18	21	29	30	1.97
33965812--33966060	77	3.2	77	93	2	394	18	20	30	30	1.97
33970716--33970752	16	2.3	16	95	0	65	35	13	8	43	1.74
33974300--33974396	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
33975017--33975184	27	6.2	27	82	5	146	30	10	18	40	1.85
33975034--33975184	54	2.8	54	87	2	187	29	8	19	41	1.81
33975032--33975184	81	1.9	81	87	5	229	30	8	19	41	1.81
33975061--33975184	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
33975061--33975184	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
33975179--33975273	27	3.5	27	85	2	129	42	6	21	30	1.77
33975058--33975211	81	1.9	81	79	2	175	33	7	20	38	1.81
33975169--33975292	54	2.3	54	80	2	151	35	6	25	33	1.81
33975278--33975344	27	2.5	27	85	4	82	31	10	22	35	1.88
33977520--33977649	37	3.5	37	88	2	181	41	26	12	19	1.87
33977731--33977766	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
33980241--33980338	50	2.0	50	95	0	178	38	0	19	41	1.51
33982353--33982377	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
33984920--33985110	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
33984960--33985110	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
33992929--33993091	39	4.2	39	90	0	254	22	20	33	23	1.97
33992946--33993127	39	4.6	40	87	0	154	21	22	33	22	1.97
33996069--33996259	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33996109--33996259	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
33998967--33999031	25	2.5	25	82	7	67	35	24	23	16	1.95
34002016--34002043	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
34002668--34002716	16	3.1	15	80	11	53	24	2	2	71	1.07
34004171--34004304	46	2.9	46	84	3	171	23	29	19	27	1.98
34007676--34007897	40	5.6	40	75	4	137	21	25	24	28	1.99
34007716--34007897	80	2.3	80	81	1	204	21	26	24	28	1.99
34015032--34015214	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
34022464--34022646	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
34024842--34024953	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
34024842--34024953	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
34026357--34026403	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
34032651--34032755	27	3.9	27	79	9	115	37	20	24	18	1.94
34032644--34032755	54	2.1	54	86	3	154	37	20	24	17	1.94
34034614--34034747	47	2.9	47	76	6	137	25	27	17	29	1.98
34040878--34040903	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
34045253--34045342	44	2.0	45	97	2	173	33	22	8	35	1.85
34047920--34047951	14	2.3	14	100	0	64	34	43	6	15	1.72
34049655--34049870	46	4.7	45	78	10	188	23	28	18	29	1.98
34072314--34072370	21	2.8	22	70	21	52	36	0	14	49	1.43
34073836--34074161	161	2.0	162	93	0	564	30	17	19	32	1.95
34076188--34076222	17	2.0	18	88	5	54	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34079142--34079168	11	2.5	11	100	0	54	22	25	7	44	1.79
34080272--34080316	22	2.0	22	82	0	54	68	2	13	15	1.30
34081540--34081609	29	2.4	30	79	6	83	48	12	17	21	1.80
34082601--34082767	53	3.1	54	84	2	221	34	11	28	25	1.91
34085274--34085322	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
34088009--34088109	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
34095966--34096066	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
34104634--34104817	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
34104674--34104862	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
34112755--34112938	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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