genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81946823--81946878	23	2.4	23	82	5	69	28	21	17	32	1.96
81949358--81949474	46	2.6	45	82	13	141	25	17	29	27	1.98
81957830--81957871	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
81966775--81966833	30	2.0	30	86	0	82	35	11	23	28	1.91
81967270--81967389	46	2.6	44	75	15	111	28	20	29	21	1.98
81968202--81968269	30	2.3	30	97	0	127	22	29	27	20	1.98
81968220--81968269	17	3.2	17	67	21	54	22	28	30	20	1.98
81970431--81970479	25	2.0	25	100	0	98	20	12	22	44	1.84
81976752--81976794	17	2.5	18	82	17	56	27	2	6	62	1.33
81978292--81978337	12	3.8	12	79	2	56	65	6	6	21	1.39
81979261--81979318	5	11.2	5	77	17	57	77	3	17	1	0.99
81979261--81979345	16	5.2	16	78	16	70	72	3	21	2	1.10
81979259--81979338	31	2.5	31	78	13	92	72	5	20	2	1.15
81979445--81979483	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
81981702--81981748	12	3.8	12	80	2	58	65	6	6	21	1.38
81982672--81982729	5	11.2	5	77	17	57	77	3	17	1	0.99
81982672--81982739	16	4.4	14	78	17	64	75	4	19	1	1.06
81982670--81982739	31	2.2	32	82	14	92	74	5	18	1	1.09
81982856--81982894	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
81984991--81985076	30	2.9	30	77	5	86	27	24	17	30	1.97
81986745--81986791	12	3.8	12	80	2	58	65	6	6	21	1.38
81987715--81987772	5	11.2	5	77	17	57	77	3	17	1	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81987715--81987799	16	5.2	16	78	16	70	72	3	21	2	1.10
81987713--81987792	31	2.5	31	78	13	92	72	5	20	2	1.15
81987898--81987936	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
81988528--81988570	17	2.5	17	81	11	52	30	2	6	60	1.35
81992973--81993005	10	3.4	10	83	8	50	63	0	18	18	1.31
81998396--81998559	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
81998396--81998573	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
82000678--82000736	18	3.3	18	74	9	66	40	15	18	25	1.90
82001106--82001195	27	3.3	27	92	3	137	18	22	20	38	1.93
82001176--82001396	27	8.2	26	82	6	208	36	16	14	32	1.90
82001187--82001395	54	3.9	54	92	0	346	37	17	13	31	1.89
82001176--82001395	81	2.7	80	85	2	314	36	16	15	31	1.90
82003754--82003807	23	2.3	23	100	0	108	20	31	16	31	1.95
82003754--82003819	23	2.9	23	93	4	98	24	28	16	30	1.97
82005385--82005414	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
82007013--82007060	21	2.4	19	80	12	60	43	10	4	41	1.58
82007019--82007060	21	2.0	21	95	0	75	47	11	4	35	1.61
82012295--82012415	39	3.1	39	92	0	206	21	23	30	23	1.99
82017606--82017634	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
82018256--82018376	39	3.1	39	95	0	215	19	24	32	23	1.98
82020820--82020844	13	1.9	13	100	0	50	32	8	24	36	1.84
82022835--82022873	21	1.9	20	89	5	60	28	2	23	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82022844--82022886	21	2.1	21	83	12	54	27	4	20	46	1.71
82026536--82026570	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
82026777--82026932	68	2.2	68	78	11	156	21	28	16	33	1.94
82035513--82035610	39	2.5	40	83	5	128	27	22	28	21	1.99
82041040--82041210	44	3.8	45	78	13	197	22	21	27	29	1.99
82045214--82045382	46	3.6	47	80	10	186	26	19	30	24	1.98
82052837--82052863	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
82055443--82055552	31	3.5	31	93	0	184	28	25	17	29	1.97
82055772--82055841	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
82056769--82056876	27	3.9	27	75	13	94	31	8	18	41	1.80
82056818--82056982	27	6.1	27	81	6	158	30	7	20	41	1.81
82056856--82056982	54	2.4	54	83	2	175	29	8	21	40	1.83
82056832--82056982	81	1.9	81	84	8	209	29	7	21	41	1.81
82056857--82057015	81	2.0	81	82	7	198	30	9	19	40	1.83
82057018--82057157	27	5.2	27	82	3	140	39	5	25	30	1.79
82060740--82061003	130	2.0	131	89	0	404	28	18	17	35	1.93
82074481--82074579	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
82075669--82075706	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
82082241--82082339	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
82083422--82083459	19	2.1	18	85	9	51	10	18	5	65	1.41
82086688--82086891	88	2.3	88	88	2	286	26	19	22	30	1.98
82086644--82086971	87	3.7	88	80	5	306	28	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82086842--82087120	89	3.1	89	88	5	393	31	19	24	24	1.98
82095848--82095907	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
82099422--82099463	21	2.0	21	90	0	66	50	11	4	33	1.60
82107219--82107262	23	2.0	23	90	4	72	47	11	4	36	1.60
82107340--82107395	27	2.1	27	100	0	112	25	14	19	41	1.89
82110259--82110522	130	2.0	130	84	3	343	27	17	17	37	1.92
82114987--82115135	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82115028--82115135	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82123105--82123253	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82123146--82123253	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82127333--82127661	48	6.9	48	75	11	223	26	18	30	24	1.98
82147596--82147669	7	10.4	7	78	8	60	35	39	1	24	1.64
82147607--82147660	22	2.5	22	84	3	65	33	42	1	22	1.64
82147588--82147706	50	2.4	50	84	1	139	38	36	0	23	1.61
82147586--82147706	14	8.4	14	76	10	68	38	38	0	23	1.61
82147624--82147706	7	11.6	7	76	10	60	43	32	0	24	1.54
82147717--82147755	14	2.8	14	88	0	51	51	28	0	20	1.48
82148053--82148143	40	2.2	41	86	1	121	27	23	23	26	2.00
82148188--82148353	40	4.2	40	79	1	172	25	21	21	31	1.98
82148181--82148333	80	1.9	81	87	1	227	26	22	20	30	1.99
82152090--82152159	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
82152090--82152171	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82159913--82159982	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
82159913--82159994	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
82164297--82164464	42	4.0	43	78	12	188	30	27	18	23	1.98
82164297--82164452	83	1.9	82	85	6	215	29	27	19	23	1.98
82167919--82168049	47	2.8	47	88	2	183	34	26	16	22	1.95
82170073--82170294	39	5.6	39	87	0	300	24	21	30	23	1.99
82176116--82176148	15	2.2	15	94	0	57	30	36	15	18	1.91
82178535--82178706	67	2.7	64	76	7	186	30	17	28	23	1.97
82181508--82181653	37	3.9	37	94	0	238	25	32	19	22	1.97
82181816--82182002	47	4.0	47	92	0	311	26	28	12	32	1.92
82183997--82184122	53	2.4	53	97	1	234	15	20	9	53	1.69
82189164--82189234	24	2.9	26	86	12	98	25	23	16	33	1.96
82191528--82191610	43	1.9	43	87	4	123	37	22	14	25	1.92
82196789--82196921	26	5.3	26	72	13	102	29	11	4	54	1.55
82234144--82234257	42	2.7	42	77	11	133	32	27	16	23	1.96
82234149--82234254	43	2.5	43	82	10	128	31	27	16	24	1.97
82244285--82244309	10	2.5	10	100	0	50	52	12	0	36	1.39
82245977--82246055	28	2.9	27	77	3	104	37	8	13	39	1.77
82251597--82251660	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
82251852--82252041	24	8.0	24	90	4	287	27	22	21	27	1.99
82251851--82252040	71	2.7	71	95	2	328	27	22	21	27	1.99
82251851--82252041	47	4.0	47	88	5	278	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82252091--82252151	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
82252714--82252832	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
82252714--82252832	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
82252882--82252942	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
82252985--82253032	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
82251923--82253998	791	2.6	791	99	0	4077	30	24	15	29	1.96
82253505--82253623	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
82253505--82253623	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
82253673--82253733	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
82253776--82253823	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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