genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  205  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58891506--58891687	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
58891691--58891801	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
58901818--58901968	43	3.5	43	96	0	275	30	32	25	11	1.91
58901961--58902084	38	3.2	38	87	2	158	27	26	23	22	2.00
58906827--58906858	16	2.0	16	93	0	55	12	37	3	46	1.57
58915672--58916040	47	7.8	48	72	14	257	28	18	28	24	1.98
58915672--58915838	46	3.6	46	82	6	203	27	19	29	22	1.98
58926179--58926225	22	2.0	25	84	12	64	51	2	2	44	1.25
58932905--58932964	22	2.7	24	73	19	58	61	3	0	35	1.12
58935379--58935422	18	2.4	18	96	0	79	38	40	2	18	1.63
58936311--58936335	13	1.9	13	100	0	50	80	12	8	0	0.92
58936355--58936391	6	6.3	6	93	6	67	67	0	0	32	0.91
58936356--58936391	11	3.2	11	96	4	63	66	0	0	33	0.92
58951752--58951781	5	6.2	5	92	7	53	20	0	0	80	0.72
58955052--58955094	21	2.0	23	90	9	72	51	20	9	18	1.74
58958953--58958990	19	2.0	19	89	0	58	44	10	15	28	1.80
58972099--58972146	20	2.4	20	71	0	51	20	27	18	33	1.96
58972338--58972650	156	2.0	156	97	0	590	29	12	20	38	1.89
58979936--58979964	10	2.9	10	100	0	58	62	0	17	20	1.33
58987586--58987631	22	2.0	22	91	4	74	36	10	13	39	1.79
58997828--58997868	21	2.0	21	85	0	55	7	9	12	70	1.33
59011111--59011153	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59011359--59011422	18	3.7	18	80	14	64	40	1	1	56	1.18
59011375--59011463	18	5.6	14	71	19	52	32	2	3	61	1.24
59015572--59015808	40	5.9	40	80	1	152	30	20	15	33	1.94
59015629--59015810	79	2.3	80	84	6	237	32	21	13	31	1.93
59015580--59015806	119	1.9	119	85	1	312	30	21	14	33	1.93
59024289--59024351	26	2.4	25	74	7	63	20	15	22	41	1.90
59027652--59027705	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
59030429--59030550	37	3.3	37	96	0	217	22	31	19	27	1.98
59030761--59030845	27	3.3	27	63	15	72	31	32	4	30	1.78
59030652--59031062	49	8.4	49	92	0	669	29	32	8	29	1.86
59034048--59034081	12	2.9	12	91	4	52	0	23	0	76	0.79
59034151--59034208	8	7.1	8	80	3	62	41	1	0	56	1.09
59036219--59036257	19	2.1	19	100	0	78	20	5	20	53	1.64
59037953--59038020	32	2.1	32	81	5	75	29	10	17	42	1.82
59043094--59043142	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
59043179--59043216	10	3.7	10	92	3	58	34	13	18	34	1.89
59045361--59045413	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
59046891--59046998	26	4.2	26	92	0	180	36	24	7	32	1.83
59052420--59052471	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
59053947--59054053	26	4.2	26	93	1	189	35	24	7	32	1.83
59070915--59070965	24	2.3	21	80	10	57	27	9	5	56	1.54
59083713--59083826	40	2.8	39	84	2	138	24	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59091885--59091948	33	1.9	33	84	6	85	28	15	17	39	1.90
59093953--59093998	9	5.3	9	78	19	53	36	13	8	41	1.75
59094166--59094287	23	5.3	23	73	9	88	32	18	26	22	1.97
59099188--59099237	14	3.4	14	75	25	50	32	0	4	64	1.12
59099191--59099250	29	2.1	28	84	9	77	31	1	3	63	1.20
59099191--59099257	32	2.2	28	84	10	80	29	1	5	62	1.28
59100209--59100251	18	2.4	18	81	11	54	62	0	6	30	1.21
59123196--59123581	48	8.0	48	77	1	387	27	19	26	25	1.99
59123195--59123575	96	3.9	96	87	0	528	27	19	27	25	1.99
59131814--59131860	23	2.0	23	92	8	78	12	34	27	25	1.92
59135827--59135939	48	2.4	48	81	3	120	29	23	16	30	1.97
59149630--59149694	32	2.0	32	93	0	112	36	6	20	36	1.77
59151196--59151234	19	2.1	19	85	0	51	43	10	20	25	1.83
59157988--59158024	2	19.5	2	89	10	60	48	0	0	51	1.00
59170188--59170326	22	6.4	22	71	12	81	41	20	14	24	1.89
59170187--59170299	44	2.6	44	77	5	122	38	23	14	23	1.91
59174550--59174578	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
59175117--59175234	22	5.1	23	70	19	68	55	5	6	31	1.50
59175229--59175389	24	6.5	24	68	17	89	58	3	3	35	1.29
59175266--59175311	13	3.7	13	77	11	51	60	2	2	34	1.21
59175280--59175394	55	2.1	52	83	15	137	58	3	1	36	1.26
59175325--59175397	9	8.4	9	72	18	57	57	1	2	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59175229--59175397	26	6.8	25	70	16	95	58	2	2	35	1.28
59175304--59175385	34	2.4	34	83	4	92	58	3	2	35	1.29
59175316--59175431	52	2.2	53	82	11	134	56	6	3	34	1.41
59176798--59177357	81	6.5	83	77	12	408	36	18	16	27	1.93
59176534--59177357	173	4.8	171	74	14	583	36	18	17	27	1.93
59177179--59177211	14	2.4	14	90	5	50	63	6	18	12	1.48
59177264--59177298	14	2.5	14	90	0	52	62	2	11	22	1.41
59176879--59177360	87	5.5	87	78	10	464	37	17	16	28	1.92
59178160--59178239	41	1.9	42	87	2	117	12	20	15	52	1.74
59197936--59197992	27	2.1	26	83	6	69	57	1	10	29	1.42
59197950--59198001	26	2.0	27	85	11	72	55	3	7	32	1.46
59198174--59198200	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59198481--59198564	29	2.7	31	78	5	82	57	4	4	33	1.41
59199044--59199159	48	2.4	48	82	12	141	57	6	6	30	1.47
59199030--59199159	24	5.5	23	71	19	74	58	5	5	30	1.43
59199030--59199147	22	5.1	22	71	17	80	57	5	5	30	1.46
59199173--59199237	21	2.9	22	84	6	69	60	7	1	30	1.34
59199237--59199309	2	38.5	2	74	20	50	56	1	2	39	1.22
59199237--59199309	7	9.6	8	76	15	50	56	1	2	39	1.22
59208419--59208466	20	2.4	20	89	6	71	4	14	18	62	1.47
59208409--59208474	25	2.6	25	80	4	62	6	15	18	60	1.54
59210664--59210878	29	7.4	29	82	7	215	37	13	26	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59221133--59221175	19	2.3	19	80	8	52	51	0	2	46	1.13
59222459--59222516	30	1.9	30	100	0	116	31	20	13	34	1.92
59222991--59223227	72	3.3	72	91	1	370	55	14	5	24	1.61
59223653--59223722	18	3.9	18	88	0	104	40	12	12	34	1.82
59224821--59224860	11	3.7	11	86	6	64	20	20	0	60	1.37
59224819--59224859	21	2.0	21	100	0	82	19	21	0	58	1.39
59227300--59227344	10	4.5	10	86	5	56	22	8	2	66	1.30
59231043--59231156	7	14.4	7	81	15	102	23	3	0	71	1.06
59231080--59231162	5	16.6	5	73	14	73	22	2	0	74	0.93
59231037--59231162	50	2.6	49	90	6	186	22	3	0	73	1.05
59231057--59231156	25	3.3	30	80	20	120	24	4	0	72	1.02
59231080--59231162	25	3.3	25	98	0	157	22	2	0	74	0.93
59231904--59231932	14	2.0	15	93	6	51	24	0	13	62	1.32
59233135--59233182	10	4.8	10	82	10	62	20	10	2	66	1.32
59234418--59234464	16	2.9	16	96	0	85	19	8	19	53	1.70
59234653--59234727	39	1.9	39	81	10	91	4	28	5	62	1.35
59234704--59234748	16	2.8	16	77	16	56	0	24	6	68	1.13
59236689--59236746	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
59237084--59237251	46	3.6	47	79	7	182	29	19	27	23	1.98
59241659--59241690	16	2.0	16	100	0	64	12	18	37	31	1.88
59243688--59243771	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
59247906--59248013	47	2.3	46	78	12	114	30	19	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59249603--59249775	46	3.7	46	78	10	181	23	20	26	29	1.99
59249600--59249769	93	1.8	93	90	0	277	23	21	27	28	1.99
59250000--59250037	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
59253608--59253657	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
59253642--59253797	58	2.7	57	83	6	179	41	0	4	53	1.26
59253760--59253811	25	2.0	26	85	10	72	50	1	0	48	1.12
59255647--59255706	29	2.1	29	84	3	77	55	3	3	38	1.33
59255643--59255713	29	2.4	30	79	11	76	56	2	2	38	1.29
59256013--59256073	30	2.0	30	90	6	97	42	9	4	42	1.59
59256079--59256136	30	1.9	30	89	6	91	36	5	5	53	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345