genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60484869--60485042	93	1.8	97	85	4	248	28	27	18	24	1.98
60485010--60485232	46	4.7	47	77	9	204	23	26	19	30	1.98
60484867--60485232	48	7.8	46	74	10	208	25	26	19	28	1.98
60485010--60485232	94	2.4	94	85	2	295	23	26	19	30	1.98
60485882--60485924	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
60505453--60505702	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
60513560--60513809	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
60520670--60520747	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
60520850--60520972	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
60524822--60524989	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
60528087--60528126	7	5.7	7	100	0	80	42	12	0	45	1.42
60532222--60532330	10	10.4	10	70	20	55	31	4	2	61	1.30
60532829--60532979	67	2.2	69	81	10	177	29	5	11	53	1.58
60544452--60544647	44	4.5	44	85	2	234	30	14	26	28	1.95
60544452--60544669	88	2.5	88	83	4	269	29	15	27	27	1.96
60544452--60544669	44	5.0	44	83	3	233	29	15	27	27	1.96
60546448--60546619	67	2.7	64	79	7	186	24	30	16	28	1.96
60547353--60547413	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
60548227--60548555	44	7.4	44	81	7	353	31	14	27	26	1.95
60548240--60548638	90	4.5	89	84	5	402	30	14	27	27	1.95
60548445--60548593	45	3.3	45	69	10	124	32	14	26	27	1.94
60550176--60550225	20	2.5	22	75	18	54	38	4	0	58	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60550309--60550413	33	3.3	31	73	21	94	28	3	3	63	1.29
60550371--60550409	8	5.1	8	84	9	55	30	0	0	69	0.89
60555630--60555672	20	2.2	20	87	8	61	34	34	16	13	1.88
60556091--60556150	30	2.0	30	83	0	75	28	25	8	38	1.84
60576765--60576905	43	3.3	43	78	9	162	27	19	22	29	1.98
60576760--60577003	85	2.9	85	83	2	303	27	20	24	27	1.99
60584063--60584203	43	3.3	42	77	16	164	26	19	24	29	1.98
60584062--60584262	85	2.4	85	85	3	262	26	19	25	28	1.99
60586770--60586913	27	5.3	27	85	0	189	36	18	20	24	1.95
60586770--60586938	81	2.1	81	83	3	207	34	18	21	25	1.96
60592776--60592883	40	2.7	40	85	0	126	22	30	25	22	1.99
60600496--60600697	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60600495--60600646	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60608564--60608765	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60608563--60608714	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60612872--60614757	941	2.0	941	98	0	3646	29	18	24	27	1.98
60617576--60617777	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60617575--60617726	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60619212--60619491	27	10.2	27	83	9	300	24	23	19	32	1.98
60619211--60619491	54	5.1	54	83	11	331	24	23	19	32	1.98
60619213--60619491	114	2.6	109	87	7	395	24	23	19	32	1.97
60619476--60619762	27	10.6	27	81	3	247	31	8	21	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60619527--60619762	27	8.7	27	84	0	249	30	9	21	39	1.84
60623486--60623620	43	3.1	43	79	9	132	26	15	22	34	1.94
60649022--60649052	6	5.3	6	92	7	55	70	0	0	29	0.87
60658116--60658227	27	4.2	26	83	7	134	38	23	22	16	1.93
60658116--60658227	54	2.1	54	88	3	163	38	23	22	16	1.93
60659660--60659733	24	3.1	24	88	0	112	21	40	2	35	1.68
60661807--60661945	74	1.9	75	87	4	210	44	9	14	31	1.77
60661929--60662345	138	3.0	138	88	1	622	41	7	5	45	1.56
60664813--60664900	43	2.0	44	88	2	133	34	25	12	28	1.92
60668240--60668300	30	2.0	30	83	0	77	14	24	36	24	1.93
60671529--60671713	79	2.3	81	83	7	227	24	27	23	24	2.00
60671522--60671713	40	4.8	39	77	8	172	24	27	22	25	2.00
60679487--60679680	79	2.4	81	84	6	245	24	27	22	24	2.00
60679487--60679680	40	4.9	39	79	8	194	24	27	22	24	2.00
60692731--60692920	39	4.8	40	80	8	167	24	28	23	24	2.00
60698141--60698448	49	6.4	49	97	1	561	30	8	30	30	1.87
60698141--60698492	49	7.3	48	95	1	539	30	8	31	29	1.86
60703588--60703617	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
60707226--60707332	48	2.2	47	83	6	126	16	20	28	33	1.95
60709568--60709812	27	9.0	26	81	5	247	42	22	17	18	1.89
60709568--60709799	109	2.1	107	84	2	293	42	23	16	17	1.89
60709807--60710073	27	10.0	27	79	6	247	26	14	17	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60709808--60710073	81	3.3	81	81	4	315	26	14	17	41	1.88
60710394--60710439	18	2.6	18	92	0	74	19	19	19	41	1.91
60712076--60712129	22	2.5	21	75	3	54	22	33	29	14	1.94
60714717--60714760	21	2.1	21	100	0	88	34	13	4	47	1.63
60719140--60719179	21	2.0	20	90	5	62	45	25	0	30	1.54
60723768--60723836	27	2.5	28	83	6	88	47	17	17	17	1.83
60723909--60724000	27	3.5	27	83	2	107	21	18	20	39	1.93
60730994--60731165	46	3.7	46	77	14	201	22	20	27	29	1.99
60730991--60731160	92	1.8	93	94	1	306	21	21	28	28	1.99
60739161--60739286	40	3.2	39	78	6	130	22	25	23	28	1.99
60741817--60741987	46	3.7	46	73	13	170	22	21	26	29	1.99
60741814--60741984	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	29	1.99
60744198--60744222	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60745873--60745924	27	1.9	27	96	0	95	46	3	1	48	1.31
60745878--60745940	27	2.3	27	81	8	65	49	3	4	42	1.39
60752409--60752479	34	2.1	34	97	0	133	35	7	23	33	1.82
60753972--60754053	41	2.0	41	97	0	155	23	19	18	39	1.93
60762886--60763035	67	2.2	67	82	8	171	34	17	27	21	1.95
60767428--60767479	8	6.6	8	80	2	52	51	19	21	7	1.71
60767428--60767478	24	2.1	24	92	0	84	52	19	19	7	1.70
60767689--60767775	29	3.0	29	89	1	122	26	17	29	26	1.97
60767702--60767784	29	2.9	29	92	0	130	25	18	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60770078--60770262	79	2.3	81	81	7	209	24	26	24	24	2.00
60770078--60770262	40	4.7	40	77	6	171	24	26	24	24	2.00
60772391--60772430	15	2.6	15	84	15	55	37	0	5	57	1.21
60772404--60772441	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
60774466--60774803	27	12.5	27	86	2	401	28	22	8	40	1.83
60776045--60776092	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
60776136--60776194	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
60776245--60776363	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
60776245--60776363	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
60776555--60776618	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
60776572--60776679	38	2.8	38	92	1	180	38	14	23	23	1.92
60778968--60779184	99	2.2	96	82	6	267	34	11	9	44	1.73
60788802--60788833	9	3.8	9	84	16	50	56	37	0	6	1.25
60788802--60788833	16	2.0	16	100	0	64	56	37	0	6	1.25
60790322--60790370	19	2.6	19	100	0	98	32	24	32	10	1.89
60790467--60790589	28	4.4	28	76	11	126	31	15	29	23	1.95
60804808--60805114	46	6.5	46	75	12	234	27	16	30	25	1.97
60804991--60805124	50	2.8	48	77	8	155	26	17	31	24	1.97
60817035--60817103	27	2.6	27	95	0	120	23	30	26	20	1.98
60817943--60817985	16	2.7	16	85	0	59	9	20	18	51	1.74
60828076--60828137	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
60828093--60828243	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60828091--60828243	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
60828120--60828243	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
60828227--60828297	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
60828120--60828243	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
60828117--60828270	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
60832166--60832227	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
60832183--60832333	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
60832181--60832333	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
60832210--60832333	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
60832210--60832333	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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