genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23233000--23233233	125	1.9	125	83	5	303	30	16	16	36	1.91
23233494--23233523	15	2.0	15	100	0	60	26	6	6	60	1.47
23236389--23236449	25	2.4	27	78	13	67	54	6	8	31	1.56
23236691--23236727	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
23238678--23239106	44	9.6	45	71	10	258	27	24	18	28	1.98
23238723--23239106	134	2.9	133	82	4	445	28	24	19	28	1.98
23239077--23239369	88	3.3	86	82	5	304	27	22	21	27	1.99
23238995--23239411	88	4.7	88	75	8	303	27	22	21	27	1.99
23238997--23239413	176	2.4	174	74	9	380	27	22	21	27	1.99
23239472--23239669	88	2.3	83	82	5	220	23	22	20	33	1.97
23239502--23239706	88	2.3	88	81	1	241	21	24	19	34	1.96
23239672--23240071	131	3.1	131	91	0	647	27	23	21	27	1.99
23239744--23239945	45	4.6	45	64	20	102	27	23	21	27	1.99
23241246--23241306	25	2.4	27	78	13	67	54	6	8	31	1.56
23241547--23241583	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
23250746--23250797	26	2.0	25	85	7	68	48	1	13	36	1.54
23250766--23250898	34	3.9	34	82	8	162	41	0	15	42	1.47
23250980--23251470	125	3.9	127	86	4	676	38	17	17	27	1.92
23254714--23254754	21	2.0	21	85	9	57	4	17	46	31	1.69
23264790--23264947	81	1.9	83	84	3	212	24	17	6	51	1.70
23272772--23272808	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
23273594--23273636	18	2.5	17	88	7	68	74	2	18	4	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23274708--23274765	27	2.2	26	81	6	62	56	1	5	36	1.32
23280919--23280974	25	2.3	25	75	3	60	21	19	25	33	1.97
23281116--23281167	26	2.0	26	85	7	70	40	5	17	36	1.73
23284093--23284454	46	7.7	47	73	11	219	27	17	30	25	1.97
23285193--23285259	30	2.2	30	100	0	134	22	31	25	20	1.98
23287619--23287648	15	2.0	15	93	0	51	30	13	6	50	1.67
23287848--23287899	9	6.0	9	77	8	54	63	0	3	32	1.12
23287832--23287893	20	3.0	20	70	11	54	67	0	4	27	1.10
23298328--23298357	8	3.9	8	91	8	53	0	10	0	90	0.47
23298328--23298357	15	1.9	16	93	6	53	0	10	0	90	0.47
23298945--23298983	18	2.0	20	85	9	55	53	5	0	41	1.23
23300549--23300628	33	2.5	32	83	6	90	62	2	1	33	1.16
23300559--23300628	32	2.2	33	87	7	99	62	2	0	34	1.10
23300580--23300636	18	3.1	18	71	16	53	64	1	0	33	1.04
23302360--23302398	13	2.9	14	77	14	55	56	0	0	43	0.99
23302648--23302739	43	2.1	44	84	6	116	25	17	25	32	1.97
23311037--23311095	25	2.4	25	88	0	82	42	1	32	23	1.64
23311168--23311359	40	4.6	41	75	7	147	25	19	20	33	1.97
23313041--23313107	20	3.4	20	71	6	57	58	1	5	34	1.32
23316738--23317171	126	3.4	127	80	4	464	37	20	14	26	1.92
23319148--23319277	65	2.0	65	87	3	190	40	13	15	30	1.86
23330365--23330800	126	3.4	126	80	5	468	38	19	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23333206--23333254	22	2.2	22	85	7	64	22	57	8	12	1.61
23333301--23333393	23	4.2	22	76	15	84	8	1	34	55	1.37
23333724--23333812	3	29.3	3	74	18	71	30	3	1	65	1.16
23333724--23333816	30	3.0	30	77	20	102	31	3	1	64	1.16
23333837--23333870	15	2.3	15	89	0	50	26	11	2	58	1.47
23339590--23339625	18	2.0	18	100	0	72	11	27	27	33	1.91
23346911--23346950	19	2.0	20	86	13	57	65	0	0	35	0.93
23347091--23347138	23	2.1	23	81	14	55	52	0	4	43	1.20
23347123--23347164	8	5.4	8	80	5	50	57	0	0	42	0.99
23347237--23347290	23	2.5	23	85	8	69	44	0	3	51	1.19
23347309--23347355	9	5.1	9	82	12	51	27	2	4	65	1.22
23350259--23350294	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
23355740--23355831	46	2.0	46	93	4	161	34	10	8	45	1.70
23356984--23357019	5	7.0	5	87	6	54	16	0	2	80	0.83
23356984--23357019	16	2.3	16	90	4	56	16	0	2	80	0.83
23356984--23357038	26	2.0	29	86	10	80	14	3	5	76	1.10
23363906--23363949	20	2.2	20	84	8	54	38	0	9	52	1.33
23364330--23364363	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
23365770--23365810	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
23370320--23371052	44	15.9	44	75	8	462	31	16	20	31	1.95
23370320--23371055	94	8.0	90	74	9	498	31	16	20	31	1.95
23370320--23371055	139	5.3	136	79	7	612	31	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23370413--23371055	277	2.3	279	80	5	690	31	17	20	30	1.95
23371276--23371308	12	2.6	13	85	4	50	84	3	0	12	0.72
23372152--23372482	127	2.6	127	83	5	400	37	19	16	26	1.93
23372707--23372734	14	2.0	14	100	0	56	57	21	7	14	1.61
23374872--23375337	216	2.2	215	88	1	675	22	20	18	39	1.93
23375800--23375846	16	2.9	16	80	3	58	19	0	6	74	1.03
23383368--23383475	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
23384960--23385012	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
23389598--23389695	12	8.2	12	73	17	62	30	4	2	63	1.24
23389575--23389639	3	21.3	3	76	14	62	30	3	1	64	1.18
23390371--23390482	22	4.8	23	76	16	99	31	8	5	55	1.52
23390395--23390495	24	4.2	24	69	15	66	32	9	3	53	1.53
23390553--23390598	23	2.0	24	83	12	60	32	10	2	54	1.47
23390906--23391002	32	3.0	32	93	0	176	31	6	22	39	1.79
23391349--23391499	75	2.0	75	100	0	302	35	14	25	23	1.93
23392556--23392608	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
23393821--23393851	11	2.7	11	95	5	53	38	0	6	54	1.26
23399419--23399467	15	2.9	16	75	19	55	44	0	2	53	1.12
23399451--23399525	29	2.4	30	81	16	75	52	0	1	46	1.09
23399619--23399649	6	5.2	6	100	0	62	80	0	0	19	0.71
23399960--23400009	26	1.9	26	88	8	75	44	16	2	38	1.59
23399959--23400010	13	4.0	13	80	7	61	44	15	3	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23411163--23411251	39	2.3	39	86	7	126	40	3	4	51	1.39
23412202--23412239	6	6.3	6	96	0	58	15	21	0	63	1.31
23413807--23413854	23	2.3	19	72	24	51	37	8	6	47	1.59
23413815--23413858	23	1.9	23	100	0	88	40	9	4	45	1.56
23418751--23418788	5	7.4	5	96	3	67	78	0	0	21	0.74
23421313--23421356	22	2.0	22	100	0	88	13	13	31	40	1.84
23424378--23424423	21	2.3	20	85	14	60	50	2	6	41	1.40
23443792--23443820	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
23450904--23450965	27	2.3	27	86	5	81	22	24	37	16	1.94
23452577--23452684	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
23457232--23457283	22	2.4	22	100	0	104	30	13	34	21	1.92
23457856--23458076	27	8.2	27	87	1	293	28	23	8	39	1.83
23457866--23458104	54	4.4	54	83	1	201	29	23	7	38	1.83
23458069--23458262	54	3.6	54	80	1	192	39	20	9	30	1.84
23458069--23458262	27	7.2	27	79	2	174	39	20	9	30	1.84
23458069--23458262	81	2.4	80	81	5	212	39	20	9	30	1.84
23458221--23458272	26	2.0	27	92	3	88	36	11	13	38	1.81
23458265--23458401	27	5.0	27	83	4	159	35	16	21	25	1.95
23458543--23458573	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
23458604--23458698	25	3.8	25	91	0	136	25	26	22	26	2.00
23461545--23461599	24	2.3	24	77	0	56	12	32	29	25	1.93
23463626--23464162	150	3.6	150	85	7	765	27	6	8	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23464197--23464236	17	2.4	16	84	8	53	17	7	2	72	1.19
23464681--23464728	3	16.3	3	79	12	55	0	37	0	62	0.95
23464682--23464728	25	1.9	24	86	4	67	0	36	0	63	0.94
23464681--23464728	16	3.1	16	85	14	73	0	37	0	62	0.95
23464687--23464727	22	1.9	21	90	5	64	0	34	0	65	0.93
23464882--23464909	13	2.2	13	100	0	56	0	7	21	71	1.09
23467322--23467355	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
23480325--23480568	43	5.6	44	71	8	187	35	22	23	18	1.96
23480262--23480569	86	3.6	87	87	1	424	36	21	24	18	1.95
23481024--23481122	44	2.2	44	89	0	144	37	16	22	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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