genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42736342--42736412	29	2.5	29	90	6	110	29	28	14	28	1.95
42744085--42744155	29	2.5	29	93	6	119	30	28	12	28	1.93
42745243--42745280	19	2.1	18	85	9	51	10	18	2	68	1.30
42760330--42760475	40	3.7	40	88	0	211	32	26	17	23	1.97
42764773--42764904	40	3.3	39	81	5	149	24	21	28	25	1.99
42769557--42769698	39	3.6	39	77	0	131	28	23	17	30	1.97
42779320--42779353	18	1.9	18	88	5	52	29	11	20	38	1.88
42780432--42780521	29	3.1	30	82	6	114	26	27	13	32	1.94
42780409--42780521	58	2.0	58	82	5	140	26	30	14	29	1.95
42780604--42780640	19	1.9	19	88	0	56	18	35	13	32	1.90
42784060--42784230	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
42784052--42784227	46	3.8	46	76	11	198	28	28	20	21	1.98
42787977--42788002	7	3.7	7	100	0	52	42	46	11	0	1.40
42795269--42795348	42	1.9	42	85	10	110	31	25	16	27	1.96
42797943--42798025	40	2.1	40	86	4	114	21	14	26	37	1.92
42797953--42798042	40	2.2	40	82	3	101	23	14	26	35	1.93
42802927--42802959	17	1.9	17	100	0	66	36	15	18	30	1.91
42804039--42804079	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
42805160--42805184	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
42806896--42807028	31	4.3	31	90	0	194	27	21	25	26	1.99
42807101--42807226	49	2.6	49	85	3	159	29	14	25	30	1.95
42807054--42807223	47	3.6	48	81	6	159	28	14	25	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42815279--42815317	19	2.1	19	90	9	62	56	5	2	35	1.35
42815279--42815317	17	2.3	17	86	0	51	56	5	2	35	1.35
42817868--42818040	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
42817865--42818035	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	29	1.98
42818265--42818302	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
42818762--42818852	45	2.0	45	100	0	182	37	4	19	38	1.72
42826406--42826607	40	5.2	39	82	4	210	25	20	26	27	1.99
42834592--42834797	39	5.2	40	81	5	213	25	22	26	25	2.00
42834592--42834806	79	2.7	79	80	4	236	25	22	26	25	2.00
42836174--42836211	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
42837903--42837993	43	2.1	43	84	11	116	25	29	20	24	1.99
42841765--42841802	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
42842031--42842198	46	3.6	45	78	12	180	29	28	20	22	1.98
42842032--42842202	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
42842622--42842680	29	2.0	29	86	0	82	32	25	5	37	1.78
42862995--42863064	27	2.6	27	90	2	104	30	27	14	28	1.95
42865000--42865037	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
42874497--42874522	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
42875276--42875475	40	5.0	40	82	4	217	25	21	27	26	1.99
42888948--42889121	26	6.8	26	92	0	264	27	23	22	25	2.00
42891975--42892053	39	2.0	39	95	0	140	18	22	30	27	1.98
42895829--42896020	40	4.8	39	76	8	172	23	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42903269--42903381	40	2.8	40	89	4	158	23	23	28	24	2.00
42903560--42903584	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
42905920--42906031	39	2.8	39	86	4	145	22	26	22	28	1.99
42905890--42906070	40	4.6	40	80	6	163	23	25	22	28	1.99
42913945--42914123	79	2.3	79	80	4	182	23	30	24	21	1.99
42914016--42914123	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
42916062--42916212	75	2.0	75	93	0	257	30	20	13	35	1.91
42927316--42927349	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
42928562--42928620	20	3.0	20	89	0	82	37	13	18	30	1.90
42928569--42928621	11	5.2	11	69	17	51	37	15	18	28	1.91
42928670--42928813	24	6.0	24	89	8	213	29	21	21	27	1.99
42929903--42929949	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
42931365--42931476	27	4.2	26	79	12	118	18	24	20	36	1.95
42934883--42934945	25	2.5	25	89	0	99	23	23	15	36	1.94
42942486--42942510	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
42945526--42945690	40	4.1	40	78	4	161	24	27	22	25	2.00
42947674--42947722	2	24.5	2	100	0	98	0	0	48	51	1.00
42948475--42948616	40	3.5	40	84	7	207	23	23	26	25	2.00
42953012--42953070	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
42953016--42953070	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
42953121--42953239	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
42953121--42953239	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42953431--42953524	31	3.1	31	92	1	154	39	14	23	22	1.91
42954651--42954716	33	2.0	33	96	0	123	40	15	22	21	1.90
42959567--42959594	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
42972968--42973776	49	16.4	49	88	5	1103	32	9	29	29	1.88
42973121--42973153	15	2.2	15	94	0	57	30	0	24	45	1.53
42973072--42973201	64	2.0	64	96	0	242	31	7	27	33	1.85
42973023--42973251	113	2.0	113	92	0	377	32	8	27	31	1.86
42978972--42979021	23	2.2	23	81	0	55	68	16	6	10	1.38
42978984--42979025	12	3.6	12	77	6	50	69	16	2	11	1.29
42990101--42990155	28	2.0	28	96	0	101	47	12	7	32	1.69
43000425--43000449	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
43006264--43006382	55	2.2	55	81	3	141	23	22	29	24	1.99
43015808--43015846	20	1.9	21	89	5	62	38	28	17	15	1.91
43033191--43033258	28	2.5	28	92	4	113	19	10	26	44	1.82
43035048--43035091	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
43036572--43036615	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
43039007--43039074	28	2.5	28	92	4	113	19	10	26	44	1.82
43040861--43040904	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
43054643--43054703	26	2.3	26	91	0	95	24	3	24	47	1.67
43072508--43072547	14	2.8	14	88	3	62	90	0	10	0	0.47
43072506--43072547	19	2.2	19	91	0	66	90	0	9	0	0.45
43079534--43079584	9	5.4	9	86	4	57	25	39	0	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43082081--43082120	6	6.8	6	91	2	55	75	12	12	0	1.06
43088358--43088434	31	2.5	30	93	4	136	32	29	6	31	1.83
43095549--43095587	18	2.2	18	90	0	60	61	10	2	25	1.41
43095575--43095612	17	2.2	18	85	4	51	55	10	0	34	1.34
43095621--43095683	29	2.2	29	85	0	81	33	19	3	44	1.66
43098890--43098925	18	2.1	17	89	5	54	66	0	33	0	0.92
43101048--43101232	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
43101051--43101232	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
43109016--43109200	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
43109019--43109200	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
43112815--43112892	38	2.1	38	97	0	147	42	8	15	33	1.78
43121297--43121334	20	2.1	19	85	14	53	76	0	15	7	1.01
43122643--43122745	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
43128202--43128239	20	2.1	19	85	14	53	76	0	15	7	1.01
43129548--43129650	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
43135622--43135779	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
43142809--43142968	68	2.4	66	82	10	182	22	28	16	32	1.95
43146105--43146130	12	2.2	12	100	0	52	26	15	7	50	1.71
43147749--43147856	38	2.8	39	73	8	103	30	25	19	25	1.98
43148894--43148924	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
43149726--43149764	19	2.1	19	100	0	78	35	10	5	48	1.59
43151579--43151644	31	2.1	31	97	0	123	45	13	3	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43154654--43154881	55	4.3	52	78	11	216	35	17	25	21	1.95
43154654--43154850	55	3.7	52	80	10	218	34	17	26	22	1.96
43154654--43154850	108	1.8	110	87	4	301	34	17	26	22	1.96
43155089--43155119	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
43157006--43157047	21	2.0	21	100	0	84	33	4	9	52	1.55
43162318--43162605	46	6.0	46	83	10	301	22	24	15	37	1.93
43162479--43162571	30	3.2	30	64	27	83	22	24	17	35	1.95
43162480--43162593	56	2.0	56	98	0	219	23	24	15	35	1.94
43164758--43164821	31	2.0	33	82	14	82	48	4	0	46	1.23
43174102--43174139	20	1.9	20	88	0	58	47	5	10	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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