genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12200867--12200896	15	2.0	15	93	0	51	40	10	20	30	1.85
12210171--12210233	25	2.4	25	81	5	72	11	17	17	53	1.71
12210733--12210797	22	2.9	21	75	9	58	64	7	6	21	1.42
12214462--12214492	11	2.9	11	95	4	55	29	0	0	70	0.87
12222568--12222627	29	2.1	29	84	6	77	35	6	21	36	1.80
12224174--12224245	36	2.0	36	100	0	144	50	8	22	19	1.74
12225908--12225952	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
12226488--12226580	48	1.9	48	91	4	152	26	26	21	24	1.99
12228317--12228361	21	2.2	20	84	4	54	2	22	0	75	0.91
12228407--12228459	3	18.7	3	86	11	76	62	0	1	35	1.06
12228409--12228460	16	3.1	16	91	5	77	61	0	1	36	1.07
12231304--12231352	11	4.3	11	75	10	53	36	2	2	59	1.21
12231272--12231351	27	3.0	27	70	18	76	40	1	3	55	1.26
12233513--12233719	46	4.7	46	83	12	274	37	15	24	22	1.93
12233558--12233675	38	2.9	39	91	8	184	35	16	24	22	1.95
12233465--12233675	84	2.5	84	97	2	401	35	16	24	23	1.95
12233476--12233719	128	2.0	121	87	7	355	36	15	24	22	1.94
12233978--12234024	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
12238820--12239057	38	5.9	38	88	11	343	34	16	25	23	1.95
12238858--12239101	46	5.7	45	85	11	281	36	15	24	22	1.94
12238822--12239101	38	6.7	43	86	11	333	36	16	24	22	1.94
12240660--12240828	79	2.2	77	84	4	223	31	21	14	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12240828--12240963	40	3.4	40	80	0	119	36	21	11	30	1.89
12242933--12242976	22	2.0	22	100	0	88	27	22	9	40	1.84
12244653--12244734	26	3.2	26	98	0	155	30	8	25	35	1.86
12247565--12247603	12	3.0	13	85	7	53	12	0	5	82	0.83
12247571--12247611	6	7.0	6	78	15	50	14	0	2	82	0.76
12247563--12247606	20	2.2	20	84	8	54	15	0	4	79	0.89
12247569--12247622	24	2.2	24	80	6	65	22	0	1	75	0.89
12251484--12251542	5	11.6	5	74	15	50	47	0	1	50	1.11
12251476--12251560	16	5.5	15	77	13	75	48	0	3	48	1.18
12251671--12251699	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
12251720--12251766	16	2.9	16	83	3	58	72	10	8	8	1.29
12252913--12252999	44	2.0	44	88	4	131	24	19	21	34	1.96
12252960--12253079	46	2.5	47	77	8	118	20	20	26	32	1.97
12253137--12253218	39	2.1	40	86	6	114	37	8	19	34	1.82
12253200--12253237	18	2.1	18	90	0	58	44	0	15	39	1.47
12253312--12253337	7	3.7	7	100	0	52	42	15	26	15	1.87
12254100--12254146	21	2.2	21	84	0	58	21	23	31	23	1.98
12255611--12255644	16	2.2	16	94	5	61	47	2	5	44	1.42
12255848--12255874	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
12271281--12271342	32	1.9	32	93	0	106	45	11	6	37	1.66
12271407--12271460	27	2.0	27	100	0	108	29	29	14	25	1.95
12272214--12272382	93	1.8	92	89	3	268	37	14	9	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12276511--12276585	38	2.0	38	97	2	143	32	8	17	42	1.78
12277329--12277361	18	1.9	17	88	11	50	39	3	0	57	1.14
12287852--12287903	16	3.4	15	79	15	54	32	0	3	63	1.12
12287999--12288028	14	2.1	14	100	0	60	43	6	6	43	1.57
12288026--12288085	27	2.3	26	85	2	75	46	5	5	43	1.47
12290992--12291127	43	3.2	43	84	2	175	38	22	17	22	1.93
12291108--12291171	22	2.9	22	88	0	101	48	21	9	20	1.77
12291506--12291553	21	2.3	21	96	0	87	0	56	18	25	1.42
12291849--12292056	41	5.1	41	92	0	310	35	24	23	17	1.96
12292225--12292305	21	3.7	21	75	12	81	28	1	24	45	1.61
12292228--12292321	46	2.0	46	91	0	152	29	2	24	43	1.66
12292371--12292438	21	3.2	22	78	12	72	20	0	41	38	1.53
12292844--12292917	39	1.9	38	81	8	87	37	2	2	56	1.28
12292895--12292957	23	2.7	23	75	18	76	36	0	6	57	1.24
12296358--12296393	17	2.1	17	89	0	54	52	19	8	19	1.70
12296346--12296441	48	2.0	48	89	0	147	46	23	8	20	1.78
12296489--12296525	12	3.2	12	96	3	67	24	43	8	24	1.81
12298975--12299132	43	3.7	44	79	7	146	22	17	28	31	1.97
12303275--12303320	13	3.8	13	72	21	55	36	15	13	34	1.86
12303275--12303316	22	1.9	22	100	0	84	38	14	11	35	1.83
12303319--12303724	209	1.9	209	98	0	785	36	15	11	36	1.83
12307455--12307559	7	14.4	7	73	7	66	47	23	0	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12307444--12307537	46	2.0	46	93	0	161	42	24	2	30	1.66
12307455--12307559	21	4.8	21	73	9	93	47	23	0	27	1.58
12307720--12307851	41	3.3	40	83	10	162	17	22	23	36	1.95
12307716--12307810	40	2.3	41	91	5	158	15	25	24	34	1.95
12307720--12307882	40	4.0	40	83	9	154	18	21	23	36	1.95
12310931--12311014	26	3.2	26	94	0	150	34	4	23	36	1.76
12312788--12313076	137	2.1	137	94	0	497	24	19	24	32	1.97
12314105--12314264	26	6.2	25	93	4	257	33	5	25	36	1.78
12314105--12314264	77	2.1	77	96	2	295	33	5	25	36	1.78
12314105--12314264	51	3.1	51	94	0	284	33	5	25	36	1.78
12315745--12315797	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
12316045--12316329	137	2.1	135	97	1	534	24	18	25	31	1.98
12320006--12320141	26	5.2	26	95	0	236	33	4	24	38	1.75
12321861--12321908	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
12321915--12322200	137	2.1	136	97	0	536	24	18	25	31	1.98
12323328--12323494	9	17.6	9	75	10	145	31	0	20	46	1.56
12323332--12323494	39	4.2	40	84	9	159	31	0	20	47	1.55
12323343--12323482	39	3.4	44	86	10	165	31	0	22	45	1.57
12323328--12323494	57	2.9	57	80	7	187	31	0	20	46	1.56
12323330--12323483	48	3.4	47	76	17	155	31	0	22	45	1.57
12324053--12324102	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
12326597--12326648	19	2.7	20	84	6	70	32	1	38	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12327941--12327996	29	1.9	29	96	0	103	17	8	39	33	1.81
12328576--12328688	41	2.8	41	91	2	183	20	21	21	37	1.95
12331487--12331533	4	11.8	4	100	0	94	51	23	0	25	1.49
12334288--12334314	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
12334434--12334464	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
12334801--12334830	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
12339390--12339429	6	6.7	6	94	0	62	47	2	2	47	1.29
12339390--12339429	4	10.0	4	88	0	62	47	2	2	47	1.29
12340245--12340277	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
12340446--12340471	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12344765--12344794	15	1.9	16	93	6	53	60	3	0	36	1.14
12345557--12345595	12	3.2	13	85	7	55	56	0	5	38	1.22
12346512--12346541	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
12350141--12350183	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
12352148--12352196	19	2.5	21	83	12	68	18	44	20	16	1.86
12363863--12364084	79	2.8	79	88	2	340	36	20	21	20	1.95
12364229--12364258	14	2.1	14	100	0	60	30	13	36	20	1.90
12369998--12370040	22	2.0	22	85	0	59	30	4	6	58	1.45
12371992--12372052	31	2.0	31	86	0	86	22	13	19	44	1.85
12372024--12372111	44	2.0	44	97	0	167	26	15	14	43	1.86
12372793--12372819	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
12374293--12374334	19	2.2	19	86	0	57	45	2	2	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12381877--12381931	15	3.4	16	78	9	67	54	7	27	10	1.61
12385884--12385944	21	2.8	21	80	9	61	19	29	36	14	1.92
12387145--12387202	25	2.3	25	87	0	80	29	20	22	27	1.99
12388883--12388928	15	3.1	14	84	9	56	21	10	4	63	1.44
12388895--12388928	14	2.3	15	90	5	52	20	11	5	61	1.50
12388957--12389109	3	51.7	3	75	14	131	29	5	1	63	1.26
12389186--12389215	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
12389517--12389568	23	2.3	23	82	0	59	28	7	5	57	1.50
12391540--12391734	38	5.4	37	67	18	140	55	12	1	30	1.43
12391517--12391753	72	3.3	72	93	1	413	54	14	0	30	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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