genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28088730--28088798	18	3.7	19	80	5	79	30	7	13	49	1.68
28093007--28093046	20	2.0	20	85	0	53	52	0	5	42	1.23
28094296--28094357	29	2.2	28	83	11	74	37	0	8	54	1.30
28094724--28095226	126	4.0	126	90	3	748	37	16	16	29	1.91
28101267--28101317	21	2.4	21	77	6	59	52	1	1	43	1.23
28102030--28102107	31	2.5	31	83	4	95	41	15	14	29	1.86
28102030--28102108	32	2.5	31	83	2	95	41	15	13	29	1.85
28103154--28103217	33	2.0	32	85	14	87	39	1	12	46	1.51
28104786--28104925	49	2.8	49	87	2	199	27	27	20	25	1.99
28105227--28105265	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
28107719--28107770	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
28111006--28111139	43	3.1	43	77	2	144	23	18	19	38	1.93
28111076--28111158	42	2.0	42	82	0	103	24	19	15	40	1.90
28114642--28114700	31	1.9	31	85	0	82	50	8	5	35	1.55
28125839--28125864	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
28128663--28128770	44	2.4	44	85	3	135	30	23	12	33	1.92
28131554--28131598	13	3.5	13	100	0	90	77	0	6	15	0.96
28131558--28131613	9	6.4	9	78	13	55	75	0	8	16	1.05
28132861--28132908	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
28133403--28133460	23	2.5	23	97	0	107	6	1	43	48	1.40
28139080--28139109	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
28140581--28140617	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28147382--28147417	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28147911--28147950	16	2.6	15	84	4	53	30	5	0	65	1.14
28157727--28157752	13	2.0	13	100	0	52	7	61	0	30	1.24
28157687--28157792	53	2.0	53	88	0	158	9	42	4	43	1.58
28160783--28160809	12	2.2	12	100	0	54	7	0	33	59	1.25
28161011--28161075	32	2.0	32	93	0	112	52	7	23	16	1.70
28161424--28161448	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28165264--28165296	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
28165467--28165556	44	2.0	46	85	8	123	35	22	5	36	1.78
28165543--28165583	16	2.6	16	88	0	55	29	29	7	34	1.84
28168238--28168412	57	3.0	57	85	6	228	47	11	13	27	1.77
28169988--28170026	21	1.9	21	89	5	62	69	0	0	30	0.89
28169987--28170073	10	8.7	10	72	13	54	62	1	0	36	1.03
28170008--28170061	20	2.7	20	79	2	63	57	1	0	40	1.09
28170219--28170254	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28171076--28171132	21	2.7	20	73	13	51	49	0	5	45	1.24
28171697--28171740	21	2.1	21	82	0	52	52	2	0	45	1.13
28173023--28173087	34	1.9	33	84	3	85	49	0	7	43	1.31
28177749--28177832	44	1.9	44	90	0	132	30	15	9	44	1.78
28178822--28178918	49	2.0	49	97	0	185	41	15	8	35	1.77
28184111--28184176	30	2.3	28	82	12	80	48	4	3	43	1.38
28186519--28186563	20	2.2	20	84	4	54	71	6	20	2	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28186580--28186642	21	3.0	21	88	0	90	73	0	26	0	0.84
28188567--28188793	46	5.0	46	92	2	323	39	14	24	22	1.91
28194844--28194868	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
28197806--28197860	27	2.0	28	92	3	94	34	20	14	30	1.92
28202561--28202788	46	5.0	46	91	1	332	39	14	22	23	1.90
28203076--28203108	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
28203618--28203738	46	2.6	45	85	8	156	26	19	28	24	1.99
28204237--28204261	12	2.1	12	100	0	50	24	0	24	52	1.48
28207332--28207421	35	2.6	34	78	3	99	27	27	22	22	1.99
28210275--28210331	26	2.2	26	100	0	114	36	26	3	33	1.74
28212098--28212173	21	3.5	22	82	8	93	42	26	18	13	1.87
28212099--28212186	44	2.0	42	82	4	104	39	23	19	17	1.92
28213631--28213671	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
28214439--28214497	19	3.3	19	75	15	63	30	0	3	66	1.08
28219077--28219121	19	2.4	19	85	7	56	31	2	4	62	1.27
28227502--28227546	10	4.4	10	81	13	56	66	2	6	24	1.27
28228207--28228393	96	1.9	97	87	1	277	31	25	14	28	1.95
28229139--28229179	13	2.9	15	75	17	52	75	0	2	21	0.92
28235582--28235641	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
28237892--28237964	30	2.4	30	86	0	101	20	28	27	23	1.99
28240024--28240208	92	2.0	92	93	0	316	42	25	4	27	1.74
28240292--28240346	27	2.0	27	96	0	101	45	9	5	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28242726--28242802	29	2.6	31	80	14	90	63	0	1	35	1.03
28242731--28242776	18	2.5	19	82	10	60	63	0	2	34	1.07
28248315--28248370	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
28248313--28248391	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
28248313--28248384	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
28248313--28248407	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
28248672--28248707	18	2.1	17	89	5	54	33	0	0	66	0.92
28251128--28251164	14	2.6	14	91	0	56	24	16	10	48	1.77
28258005--28258051	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
28258557--28258631	39	1.9	39	97	0	141	24	28	5	42	1.76
28260070--28260361	44	6.6	44	86	3	381	23	33	16	27	1.95
28260375--28260568	44	4.4	44	96	0	343	23	32	17	27	1.96
28260218--28260518	157	1.9	157	90	0	485	22	32	17	27	1.96
28260176--28260562	201	1.9	201	93	0	666	22	32	17	27	1.96
28260687--28260809	61	2.0	62	88	7	187	38	12	15	34	1.85
28264992--28265332	27	12.6	27	82	1	353	40	19	10	30	1.84
28265315--28265376	27	2.3	27	85	0	79	41	22	3	32	1.70
28265262--28265387	27	4.7	27	75	9	78	38	22	8	30	1.84
28265380--28265537	81	2.0	81	93	0	271	34	18	20	26	1.96
28265371--28265546	27	6.5	27	87	0	235	34	18	20	26	1.96
28265992--28266056	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
28266214--28266288	27	2.8	27	81	2	89	20	22	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28266436--28266493	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
28266425--28266544	6	19.3	6	68	19	68	19	16	15	49	1.80
28266425--28266560	31	4.4	31	84	3	150	19	16	14	50	1.79
28268485--28268843	27	13.3	27	82	1	326	40	18	8	32	1.81
28268864--28269057	27	7.2	27	84	5	225	34	17	21	27	1.95
28268873--28269023	81	1.9	81	94	0	266	33	18	20	27	1.96
28268862--28269040	81	2.2	80	87	2	259	35	18	20	26	1.95
28269485--28269549	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
28269708--28269781	27	2.8	27	89	2	105	17	24	21	36	1.95
28269918--28270074	6	25.3	6	73	18	117	18	16	15	49	1.81
28269918--28270060	31	4.6	31	91	6	202	18	16	16	48	1.81
28269941--28270063	37	3.5	37	82	13	159	18	17	16	47	1.82
28269941--28270075	25	5.5	24	75	13	96	19	17	16	47	1.83
28276162--28276206	21	2.1	22	83	4	56	22	31	17	28	1.97
28279644--28279678	10	3.5	10	92	0	52	51	0	8	40	1.33
28279642--28279674	16	2.1	16	100	0	66	51	0	12	36	1.39
28279661--28279706	23	2.0	24	83	12	60	54	2	4	39	1.32
28281513--28281796	78	3.6	78	90	0	435	32	17	24	25	1.97
28281878--28282172	78	3.8	78	90	1	466	31	18	24	24	1.98
28281418--28282201	365	2.2	365	92	0	1302	33	17	23	25	1.97
28282112--28282385	45	6.1	45	78	5	293	30	16	27	25	1.97
28282112--28282385	89	3.0	90	82	6	297	30	16	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28282738--28282793	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
28282736--28282814	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
28282736--28282807	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
28282736--28282830	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
28283099--28283133	19	1.9	19	88	11	56	31	0	0	68	0.90
28287509--28287580	32	2.3	30	81	6	81	51	12	9	26	1.70
28289969--28290008	21	1.9	21	94	0	71	42	12	10	35	1.76
28290267--28290291	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
28291077--28291116	20	2.0	21	95	5	73	65	2	0	32	1.06
28291856--28291932	3	25.7	3	91	0	127	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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