genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17944058--17944122	3	21.3	3	96	3	121	66	0	0	33	0.92
17944410--17944564	7	22.4	7	67	22	53	58	0	5	36	1.20
17944496--17944560	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
17944498--17944558	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
17945365--17945651	137	2.1	137	93	1	486	32	24	18	25	1.97
17947450--17947559	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
17953412--17953521	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
17955106--17955184	30	2.6	30	91	0	122	16	11	31	40	1.84
17955531--17955559	10	2.9	10	100	0	58	41	0	0	58	0.98
17955574--17955723	7	21.4	7	68	20	57	58	0	5	36	1.21
17955657--17955717	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
17957057--17957135	30	2.6	30	86	4	115	15	11	32	40	1.83
17957451--17958121	205	3.3	206	89	1	999	27	21	19	30	1.98
17968103--17968257	7	22.4	7	67	22	53	58	0	5	36	1.20
17968189--17968253	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
17968191--17968251	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
17969575--17969677	30	3.4	30	86	9	131	12	9	35	41	1.76
17969589--17969667	30	2.6	30	95	0	140	15	11	32	40	1.83
17977821--17977869	17	2.7	18	87	6	64	67	0	4	28	1.09
17979367--17979392	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17981372--17981418	18	2.7	18	87	9	62	46	0	8	44	1.33
17985703--17985747	23	1.9	24	86	4	65	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17987147--17987206	27	2.3	26	82	2	75	35	6	3	55	1.43
17993636--17993829	46	4.2	46	75	10	166	36	14	24	24	1.93
17994181--17994355	93	1.9	93	84	7	239	30	18	21	30	1.97
18001700--18001742	21	2.0	21	95	0	77	18	16	11	53	1.72
18001707--18001754	21	2.2	21	85	3	60	25	16	8	50	1.73
18003468--18003521	20	2.8	19	81	13	58	51	1	1	44	1.22
18003502--18003543	21	2.0	21	81	9	50	66	0	2	30	1.04
18004363--18004407	4	11.2	4	88	7	65	77	0	22	0	0.76
18012210--18012237	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
18012237--18012266	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18012479--18012603	39	3.2	39	87	0	178	22	24	20	32	1.97
18014822--18014911	43	2.1	42	82	13	105	24	20	25	30	1.99
18017538--18017568	15	2.1	15	100	0	62	12	32	6	48	1.67
18019252--18019316	25	2.6	25	87	0	85	23	20	16	40	1.92
18019273--18019375	22	4.4	23	82	6	102	19	22	17	40	1.91
18019289--18019375	47	1.9	44	83	6	111	19	22	17	40	1.91
18022173--18022235	3	21.3	3	80	3	74	71	0	25	3	1.01
18022178--18022236	21	2.8	21	89	0	91	72	0	23	3	0.99
18023460--18023502	18	2.4	18	100	0	86	51	0	27	20	1.48
18025169--18025240	21	3.2	21	64	21	56	40	11	23	25	1.87
18025168--18025426	46	5.6	46	91	0	349	42	13	23	20	1.88
18025182--18025436	138	1.8	138	88	1	386	41	14	23	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18029521--18029548	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
18029987--18030012	10	2.6	10	100	0	52	19	0	0	80	0.71
18030020--18030059	18	2.1	18	86	9	53	42	5	0	52	1.23
18032788--18032914	45	2.7	47	81	12	138	25	22	18	33	1.97
18032813--18032927	23	4.9	23	74	17	94	25	22	17	34	1.95
18042200--18042252	22	2.4	22	100	0	106	43	3	3	49	1.38
18043459--18043568	25	4.4	25	74	10	91	33	20	25	20	1.97
18047611--18047639	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
18054017--18054123	26	4.2	25	89	8	162	33	6	23	36	1.81
18054017--18054123	52	2.1	52	92	1	180	33	6	23	36	1.81
18057165--18057221	25	2.3	26	90	9	100	29	8	24	36	1.86
18057771--18057889	46	2.5	46	84	8	134	28	20	27	23	1.99
18057819--18057939	46	2.7	43	83	7	125	25	18	28	27	1.98
18067451--18067482	10	3.1	11	82	17	50	34	0	0	65	0.93
18071234--18071279	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
18074984--18075035	18	3.1	17	80	5	61	30	0	11	57	1.34
18076446--18076530	31	2.8	30	74	8	75	35	9	12	42	1.76
18078114--18078173	31	1.9	33	86	10	90	70	5	1	23	1.16
18078125--18078171	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
18082834--18082912	41	1.9	41	84	0	104	31	15	10	43	1.80
18082833--18082920	41	2.1	41	78	0	95	34	17	9	39	1.81
18083104--18083135	14	2.3	14	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18083086--18083143	21	2.7	21	75	2	62	32	1	1	63	1.14
18083109--18083164	22	2.7	19	78	21	51	35	0	1	62	1.06
18084374--18084588	41	5.3	41	88	1	290	22	21	22	33	1.97
18086134--18086158	7	3.6	7	100	0	50	12	40	0	48	1.40
18087323--18087357	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
18087793--18087874	5	17.0	5	85	7	116	57	1	0	41	1.06
18092239--18092369	65	2.0	65	100	0	262	40	18	12	29	1.87
18094354--18094386	15	2.2	15	94	0	57	45	12	9	33	1.73
18096336--18096471	26	5.2	26	96	0	227	33	6	24	35	1.81
18103339--18103419	25	3.2	25	94	5	137	34	4	24	35	1.77
18106136--18106184	17	2.8	17	82	14	64	65	6	0	28	1.16
18106136--18106188	9	6.0	9	80	4	63	66	5	0	28	1.15
18108129--18108309	81	2.2	81	80	0	193	30	28	17	23	1.97
18108131--18108317	40	4.7	40	79	2	169	29	27	18	24	1.98
18112029--18112070	23	1.9	23	85	9	61	42	16	2	38	1.61
18112066--18112109	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
18112282--18112336	16	3.4	16	71	14	51	30	0	1	67	1.01
18114664--18114699	18	2.1	18	89	5	56	5	25	0	69	1.10
18114717--18114768	11	5.1	10	75	13	52	13	9	3	73	1.23
18114772--18114810	20	2.1	18	85	9	51	35	2	0	61	1.10
18115920--18115961	20	2.1	21	86	8	61	26	7	11	54	1.62
18116910--18116959	25	2.0	25	88	7	75	40	2	6	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18117440--18117688	128	2.0	126	85	4	340	27	16	15	40	1.88
18117819--18117934	26	4.6	25	78	17	114	41	18	0	38	1.57
18117865--18117916	22	2.4	22	93	0	86	40	19	0	40	1.51
18117776--18118000	111	2.0	112	86	4	319	41	18	0	38	1.57
18117897--18118034	34	4.2	33	79	12	151	41	15	1	42	1.55
18117887--18118043	62	2.5	62	92	2	251	42	17	1	38	1.58
18118013--18118065	22	2.4	22	90	0	79	43	13	0	43	1.43
18117951--18118108	86	1.9	84	87	2	235	40	17	1	40	1.58
18117845--18118108	148	1.8	145	88	0	375	40	17	1	40	1.56
18119352--18119381	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18122426--18122451	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18125480--18125524	19	2.4	19	85	7	56	64	0	31	4	1.13
18125475--18125530	24	2.4	23	82	8	60	67	0	28	3	1.07
18128013--18128047	14	2.5	14	95	0	61	34	20	5	40	1.76
18128729--18128866	41	3.4	40	78	7	134	36	22	21	19	1.95
18129554--18129579	7	3.7	7	100	0	52	15	0	38	46	1.46
18129603--18129645	15	3.0	15	80	10	54	20	0	32	46	1.51
18129598--18129640	22	2.0	22	81	9	52	23	0	30	46	1.52
18130239--18130278	7	5.7	7	96	0	71	85	0	0	15	0.61
18130237--18130285	21	2.3	21	85	3	71	77	2	0	20	0.87
18131907--18132176	138	2.0	138	93	1	470	27	10	14	48	1.75
18133213--18133448	43	5.5	43	88	0	319	24	20	30	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18134261--18134290	14	2.1	14	100	0	60	40	0	6	53	1.27
18134262--18134420	65	2.5	65	90	3	250	45	8	3	42	1.53
18135264--18135544	46	6.1	46	85	3	336	17	22	14	45	1.85
18135537--18135641	45	2.3	45	80	0	120	21	22	17	38	1.93
18135651--18135806	33	4.7	34	71	10	108	24	25	19	30	1.98
18137272--18137343	26	2.7	27	78	18	80	58	4	0	37	1.18
18137261--18137341	32	2.7	30	79	9	92	60	2	0	37	1.10
18139637--18139766	40	3.2	40	73	8	122	25	23	26	24	2.00
18147595--18147745	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
18147597--18147745	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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