genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82860989--82861090	23	4.4	23	75	8	91	23	16	19	40	1.91
82865889--82865958	27	2.7	25	72	14	61	61	10	2	25	1.41
82871071--82871110	19	2.1	19	90	9	64	52	12	10	25	1.70
82873484--82873563	43	1.9	42	84	5	108	41	23	10	25	1.85
82874999--82875050	21	2.5	21	87	0	68	36	26	7	28	1.84
82875457--82875489	15	2.1	16	88	5	50	42	3	3	51	1.32
82876116--82876184	35	2.0	35	94	0	120	37	27	18	15	1.92
82876176--82876442	85	3.1	85	86	5	344	31	29	16	22	1.96
82876176--82876442	42	6.3	42	86	6	333	31	29	16	22	1.96
82878257--82878297	21	2.0	21	85	0	55	9	26	9	53	1.65
82882794--82882847	21	2.5	22	79	11	58	22	0	27	50	1.50
82882809--82882848	21	1.9	21	90	10	64	22	0	27	50	1.50
82882888--82882979	41	2.2	41	86	0	130	16	19	27	36	1.93
82882952--82883009	31	1.9	31	92	3	100	13	27	24	34	1.93
82884330--82884389	31	2.0	30	83	9	77	53	1	0	45	1.10
82888748--82888777	15	2.0	15	93	0	51	3	6	20	70	1.25
82895305--82895355	23	2.2	24	89	3	77	33	1	13	50	1.53
82897133--82897174	22	1.9	22	100	0	84	45	11	14	28	1.80
82902362--82902394	14	2.3	15	89	5	50	54	3	21	21	1.58
82906804--82906848	22	2.0	22	86	0	63	51	11	4	33	1.58
82910222--82910437	40	5.4	40	85	3	260	25	23	26	24	2.00
82910218--82910437	119	1.8	119	84	5	302	26	23	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82915239--82915281	22	1.9	23	86	13	63	16	6	11	65	1.46
82921692--82921760	17	3.7	19	72	27	60	63	0	28	7	1.21
82923956--82924125	93	1.8	93	90	0	277	28	28	20	22	1.99
82923947--82924122	46	3.8	46	75	10	169	29	28	19	21	1.98
82927760--82927789	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
82928928--82929015	43	2.0	43	91	0	140	31	25	17	26	1.97
82950813--82950941	40	3.2	40	81	8	156	24	24	28	22	1.99
82953114--82953165	24	2.2	23	90	6	86	28	26	13	30	1.94
82955817--82955842	12	2.2	12	100	0	52	19	15	26	38	1.91
82957273--82957361	32	2.8	32	74	5	90	25	2	21	50	1.60
82958612--82958650	19	2.1	18	95	4	69	48	0	0	51	1.00
82958845--82958877	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
82961371--82961435	13	4.7	14	76	10	55	27	7	1	63	1.31
82965468--82965542	33	2.3	33	83	2	107	56	6	12	25	1.60
82967452--82967552	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
82975405--82975505	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
82978718--82978937	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	25	2.00
82980704--82980754	23	2.3	23	86	10	70	58	3	0	37	1.16
82980797--82980827	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
82981431--82981474	22	2.0	22	100	0	88	18	36	9	36	1.82
82982337--82983145	210	3.8	210	93	1	1377	29	21	18	30	1.97
82989654--82989821	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82989670--82989819	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
82993919--82993966	23	2.3	20	78	21	62	31	16	6	45	1.72
82993925--82993969	23	2.0	23	100	0	90	31	13	6	48	1.68
82994006--82994039	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
82996080--82996124	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
82996214--82996446	53	4.4	54	77	13	227	21	24	17	35	1.95
83003018--83003042	11	2.3	11	100	0	50	24	8	32	36	1.84
83007925--83007963	6	6.3	6	85	5	51	15	5	0	79	0.90
83007925--83007957	13	2.6	13	90	4	50	15	3	0	81	0.80
83007925--83007963	19	2.1	19	90	0	60	15	5	0	79	0.90
83012904--83013076	49	3.5	49	81	3	220	26	20	24	28	1.99
83012897--83013089	100	1.9	100	92	0	323	26	21	23	27	1.99
83015165--83015237	32	2.3	32	97	0	137	36	12	27	23	1.90
83017635--83017764	51	2.6	51	85	1	172	26	20	25	27	1.99
83019519--83019557	21	1.9	20	85	15	53	28	0	28	43	1.55
83022519--83022611	33	2.8	34	76	3	98	27	25	18	27	1.98
83022633--83022677	21	2.1	21	83	0	54	35	51	4	8	1.54
83026053--83026085	13	2.5	13	95	0	57	33	3	0	63	1.10
83026332--83026415	28	3.2	28	64	25	74	25	16	28	29	1.97
83026231--83026459	99	2.3	99	87	3	300	25	19	26	28	1.98
83029553--83029585	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
83032347--83032575	100	2.3	98	85	3	289	25	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83032344--83032575	49	4.7	50	82	3	290	25	19	26	28	1.99
83032344--83032621	149	1.9	149	86	4	400	26	19	26	28	1.98
83057066--83057241	46	3.8	46	77	12	198	20	21	28	29	1.98
83057063--83057234	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	28	1.98
83064599--83064774	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
83064596--83064767	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
83069124--83069193	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
83078954--83079116	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
83086870--83087031	39	4.2	39	91	1	254	24	32	20	22	1.98
83091158--83091223	33	2.0	33	93	0	114	36	15	15	33	1.88
83099364--83099428	32	2.0	32	96	0	121	24	12	20	43	1.86
83100268--83100298	15	2.1	15	100	0	62	45	12	6	35	1.68
83101966--83102080	55	2.1	55	83	6	144	12	25	32	30	1.92
83109379--83109500	44	2.8	43	88	2	190	27	17	28	27	1.97
83109379--83109549	43	4.0	43	79	6	166	25	19	25	30	1.98
83109935--83110028	21	4.5	21	78	9	102	2	50	19	28	1.59
83110445--83110473	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
83110640--83110678	17	2.4	16	86	4	51	51	0	12	35	1.40
83114216--83114291	36	2.1	36	90	0	116	34	2	17	46	1.62
83114249--83114425	43	3.9	43	83	12	219	33	0	16	49	1.46
83114254--83114425	95	1.8	95	94	0	308	34	0	16	49	1.46
83114293--83114408	52	2.2	52	89	0	178	32	0	17	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83114470--83114494	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
83115158--83115198	21	1.9	22	85	5	57	68	14	0	17	1.22
83117632--83117670	19	2.0	20	90	5	62	51	5	5	38	1.46
83117748--83117794	24	2.0	24	95	0	85	34	21	12	31	1.91
83119593--83119726	21	6.4	21	64	10	76	44	34	0	20	1.58
83119980--83120027	21	2.3	21	79	10	53	45	29	2	22	1.64
83120882--83120911	12	2.5	12	88	0	51	50	26	13	10	1.73
83123944--83123972	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
83126192--83126328	60	2.3	59	83	8	161	27	21	24	26	1.99
83127975--83128260	132	2.2	130	83	4	346	27	19	17	35	1.94
83130005--83130064	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
83130019--83130090	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
83134222--83134393	38	4.5	38	84	2	202	30	25	20	22	1.98
83134185--83134350	76	2.2	76	82	2	197	33	24	20	21	1.97
83137271--83137410	27	5.2	28	89	5	175	35	22	24	18	1.96
83139029--83139112	26	3.2	26	94	0	141	35	22	5	35	1.79
83143103--83143189	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
83143103--83143211	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
83143103--83143211	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
83145362--83145573	28	7.5	28	70	3	163	28	34	19	17	1.94
83145352--83145575	57	3.9	57	91	0	367	28	34	18	18	1.95
83145387--83145545	29	5.6	29	71	3	151	28	35	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83147538--83147597	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
83147552--83147623	28	2.6	28	86	0	81	29	26	12	31	1.93
83153089--83153155	31	2.2	30	82	15	75	62	5	2	28	1.33
83154390--83154436	5	9.6	5	86	13	71	78	0	0	21	0.75
83154735--83155258	262	2.0	262	99	0	1030	28	22	16	32	1.96
83155298--83155627	44	7.5	44	72	4	182	26	21	22	30	1.99
83155130--83155640	177	2.9	177	89	1	763	26	21	20	31	1.98
83155155--83155628	44	10.7	44	65	8	147	25	22	20	31	1.98
83161687--83161730	21	2.1	21	91	0	70	47	6	15	29	1.72
83170581--83170622	16	2.6	16	82	14	59	80	2	0	16	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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