genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70440580--70441062	47	10.3	47	92	0	765	31	9	30	28	1.89
70442928--70443138	48	4.4	48	92	0	341	36	5	26	32	1.79
70443275--70443377	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
70444389--70444503	29	4.0	29	74	9	110	25	30	13	30	1.94
70444714--70444761	24	2.0	24	88	4	71	12	22	16	47	1.80
70450286--70450515	55	4.3	54	80	10	253	35	17	24	22	1.95
70450293--70450493	108	1.8	110	88	4	309	33	17	24	23	1.96
70457987--70458240	55	4.8	52	81	8	257	35	16	25	22	1.95
70457994--70458194	108	1.8	110	89	4	318	32	17	25	23	1.97
70461897--70461921	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
70465476--70465560	29	3.0	29	85	1	118	31	28	10	29	1.90
70469036--70469212	46	3.9	46	93	0	284	24	31	9	34	1.87
70469236--70469465	47	4.9	47	93	0	379	25	26	13	35	1.92
70469286--70469405	22	5.2	22	64	25	68	25	29	13	31	1.94
70469331--70469406	25	3.2	25	65	24	72	25	30	13	31	1.93
70473522--70473647	23	5.5	22	76	10	112	39	20	17	22	1.92
70473522--70473656	22	5.9	23	75	11	109	39	20	17	22	1.93
70473526--70473658	45	2.9	45	78	12	139	38	20	18	22	1.94
70473525--70473658	69	1.9	69	80	8	157	38	20	18	22	1.93
70476268--70476304	18	2.1	18	100	0	74	51	5	21	21	1.68
70480396--70480508	42	2.6	42	84	5	129	21	17	27	33	1.96
70480440--70480544	42	2.5	42	82	4	122	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70482187--70482246	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
70492198--70492382	40	4.6	40	80	5	203	26	29	21	22	1.99
70494654--70494907	40	6.4	39	85	5	289	25	27	22	24	2.00
70501435--70501616	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
70501435--70501616	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
70509455--70509636	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
70509455--70509636	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
70513991--70514245	40	6.4	40	85	4	286	27	28	21	22	1.99
70514025--70514247	120	1.9	120	85	5	317	28	28	21	21	1.99
70523119--70523346	40	5.6	39	78	8	222	26	28	21	23	1.99
70523119--70523342	43	5.5	41	77	11	181	25	28	22	23	1.99
70523144--70523346	83	2.5	81	81	8	230	27	28	21	23	1.99
70529080--70529128	24	1.9	26	88	12	75	36	4	10	48	1.56
70535237--70535292	27	2.0	28	96	3	105	28	19	26	25	1.99
70535196--70535340	73	2.0	74	81	13	174	28	19	27	24	1.98
70536501--70536559	21	2.9	21	97	2	111	10	42	30	16	1.82
70538197--70538293	30	3.2	30	75	2	97	28	14	26	29	1.95
70543163--70543335	38	4.5	39	82	12	189	20	22	26	30	1.98
70543147--70543335	76	2.4	78	84	5	240	22	22	25	30	1.99
70546718--70546842	29	4.3	29	86	1	180	29	32	14	24	1.94
70555176--70555229	27	2.0	27	85	7	74	38	9	12	38	1.76
70555455--70555700	49	4.9	50	79	2	262	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70558125--70558202	38	2.1	38	97	0	147	34	7	11	46	1.69
70560586--70560995	27	15.2	27	81	3	441	28	20	9	41	1.83
70561008--70561193	27	6.9	27	84	1	221	36	17	19	26	1.94
70561008--70561195	54	3.5	54	88	0	277	35	18	19	26	1.95
70561396--70561446	25	2.0	26	88	7	77	19	21	23	35	1.96
70561535--70561593	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
70561758--70561831	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
70561949--70562141	6	31.8	6	76	15	184	19	17	14	48	1.81
70561949--70562136	85	2.2	85	87	7	267	19	17	14	48	1.81
70565345--70565384	20	2.0	20	90	0	62	30	10	17	42	1.82
70566408--70566569	43	3.8	43	81	8	186	25	18	25	30	1.98
70574046--70574158	43	2.7	43	80	6	131	24	17	27	30	1.97
70575657--70575842	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
70578561--70578673	43	2.7	43	80	6	131	24	17	27	30	1.97
70580174--70580359	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
70588381--70588567	40	4.7	40	88	6	254	26	27	21	24	1.99
70588381--70588567	81	2.3	81	86	6	256	26	27	21	24	1.99
70591718--70591769	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
70591945--70592210	40	6.7	40	87	1	367	24	29	22	23	1.99
70592264--70592338	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
70596390--70596642	40	6.4	39	88	3	355	26	29	20	23	1.99
70596381--70596625	80	3.1	79	92	3	393	24	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70596381--70596638	79	3.2	79	92	0	399	25	29	22	23	1.99
70596696--70596770	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
70602071--70602115	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
70603093--70603149	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
70604700--70604796	30	3.2	30	74	8	90	27	15	28	27	1.96
70605228--70605283	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
70606727--70606801	28	2.8	26	82	6	80	36	21	12	30	1.90
70606905--70607045	54	2.6	53	92	2	219	16	23	24	35	1.95
70606905--70607045	27	5.2	27	86	6	189	16	23	24	35	1.95
70606905--70607063	27	5.9	28	82	12	167	17	23	23	35	1.95
70611887--70611946	17	3.5	17	72	17	52	28	28	10	33	1.89
70613495--70613551	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
70617387--70617422	13	2.6	14	91	4	56	2	19	2	75	1.06
70634508--70634558	26	1.9	27	84	4	68	15	5	19	58	1.57
70636114--70636173	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
70640302--70640435	54	2.5	53	86	2	178	31	7	15	45	1.74
70642514--70642601	27	3.3	26	84	9	115	30	7	21	39	1.82
70642497--70642602	27	4.0	26	73	15	92	32	7	21	38	1.82
70643194--70643864	335	2.0	335	98	0	1297	35	18	19	26	1.95
70646581--70646637	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
70652652--70652784	27	4.9	27	87	0	167	25	14	18	41	1.88
70662147--70662245	34	2.9	33	80	7	101	25	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70664100--70664218	27	4.4	27	78	4	123	35	15	20	28	1.94
70664871--70664922	27	2.0	26	84	3	68	15	25	23	36	1.93
70664961--70665019	26	2.3	26	85	5	75	22	22	20	35	1.96
70671566--70671657	27	3.4	27	84	0	112	34	17	20	27	1.95
70672310--70672361	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
70678114--70678174	30	2.0	30	90	0	95	36	8	22	32	1.84
70678779--70678823	22	2.0	22	95	0	81	31	17	24	26	1.97
70678875--70679082	54	3.9	54	81	7	242	36	16	24	22	1.95
70678883--70679081	108	1.8	109	89	3	312	35	17	24	22	1.95
70685296--70685340	22	2.0	22	95	0	81	31	15	26	26	1.96
70685391--70685596	53	3.8	53	83	5	252	36	16	24	22	1.94
70685399--70685621	108	2.1	108	88	3	324	38	16	23	21	1.93
70690380--70690476	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
70692583--70692665	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
70692641--70692672	12	2.7	12	95	0	55	9	15	3	71	1.24
70692734--70692790	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
70692734--70692790	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
70692734--70692801	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
70693699--70693742	12	3.6	12	87	6	61	15	6	4	72	1.22
70697027--70697122	30	3.2	30	69	8	79	26	15	30	28	1.96
70699211--70699794	292	2.0	292	100	0	1168	27	14	26	32	1.94
70699889--70699968	34	2.4	34	85	4	99	28	23	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70703442--70703538	30	3.2	31	75	5	101	28	14	27	28	1.95
70705753--70705808	29	1.9	29	85	7	78	12	25	0	62	1.30
70705753--70705821	30	2.3	30	82	7	79	11	23	0	65	1.25
70705772--70705827	18	3.1	18	76	5	51	7	21	1	69	1.22
70705797--70705821	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
70705824--70705854	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
70705902--70705957	15	3.7	14	81	13	58	3	17	1	76	1.01
70705902--70705957	21	2.7	21	78	15	62	3	17	1	76	1.01
70708487--70708583	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
70719739--70719903	24	6.9	24	86	2	224	31	32	14	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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