genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70938893--70939101	27	7.7	27	87	0	283	40	7	22	29	1.81
70941870--70941897	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
70949259--70949318	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
70949313--70949338	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
70949371--70949422	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
70953440--70953554	43	2.6	44	80	9	146	23	19	26	30	1.98
70960737--70960808	18	3.9	18	85	10	74	34	4	20	40	1.72
70960743--70960799	18	3.0	20	87	10	75	35	5	21	38	1.76
70960765--70960808	9	4.9	9	100	0	88	34	0	22	43	1.54
70960743--70960820	18	4.6	18	70	26	55	34	6	20	38	1.78
70960765--70960820	27	2.1	27	86	6	78	33	3	21	41	1.70
70960866--70960937	26	2.8	26	93	2	128	26	22	23	27	1.99
70968991--70969029	20	2.0	20	90	10	62	35	7	20	35	1.81
70968985--70969043	29	2.0	29	87	6	84	35	8	18	37	1.81
70969013--70969038	9	2.9	9	100	0	52	34	0	23	42	1.54
70968993--70969038	5	9.6	5	77	17	53	34	4	21	39	1.73
70969096--70969219	26	4.8	26	86	2	162	28	19	22	29	1.98
70969828--70969874	18	2.6	18	96	0	85	29	21	10	38	1.87
70974630--70974661	13	2.5	13	94	0	55	25	37	34	3	1.72
70977293--70977461	47	3.6	47	95	0	293	26	24	13	35	1.93
70984048--70984255	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
70992072--70992279	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70999748--70999781	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
71003934--71004113	99	1.9	94	81	8	218	27	30	17	25	1.97
71005803--71005840	19	2.0	20	89	5	60	36	15	21	26	1.93
71005806--71005850	19	2.4	19	80	0	54	37	13	22	26	1.91
71007991--71008158	44	3.9	42	77	11	153	23	16	25	34	1.95
71017333--71017380	20	2.4	21	82	10	64	14	20	22	41	1.89
71017603--71017627	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
71022137--71022161	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
71025132--71025171	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
71026415--71026462	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
71028439--71028488	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
71028492--71028588	42	2.3	42	89	1	142	15	23	4	56	1.56
71028623--71028664	14	3.1	14	80	16	52	0	26	7	66	1.17
71032132--71032184	12	4.3	12	79	11	54	69	7	5	16	1.31
71037509--71037565	16	3.7	14	80	17	60	75	1	19	3	1.04
71037613--71037642	11	2.6	12	94	5	53	46	13	13	26	1.80
71037645--71037669	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
71037639--71037694	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
71037645--71037726	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
71039966--71040062	30	3.2	30	70	8	81	28	28	14	27	1.95
71043293--71043465	46	3.7	46	76	14	185	28	27	21	22	1.99
71044921--71045018	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71046771--71046849	30	2.6	30	93	0	131	27	24	6	41	1.79
71050602--71050759	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
71050602--71050789	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
71058649--71058806	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
71058649--71058836	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
71062476--71062523	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
71065084--71065108	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
71077990--71078051	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
71078007--71078157	54	2.8	54	85	2	151	29	7	19	42	1.80
71078005--71078157	81	1.9	81	85	5	211	30	7	19	41	1.80
71078034--71078157	27	4.6	27	85	2	160	30	5	20	43	1.75
71078034--71078159	54	2.3	54	90	0	180	30	6	19	43	1.76
71079729--71079777	21	2.4	21	89	3	73	40	20	22	16	1.91
71081879--71081942	30	2.2	29	83	8	76	14	25	1	59	1.44
71081933--71081973	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
71084472--71084528	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
71087692--71087747	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
71088778--71088812	11	3.0	12	91	8	63	17	0	8	74	1.06
71088778--71088822	23	2.0	23	81	0	54	20	4	8	66	1.36
71089028--71089084	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
71092010--71092034	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
71092258--71092297	21	1.9	21	85	10	55	40	17	22	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71102177--71102209	11	2.8	12	90	9	50	15	27	0	57	1.38
71102229--71102259	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
71102307--71102363	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
71102307--71102363	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
71106533--71106610	30	2.6	30	75	0	75	28	15	25	30	1.96
71109801--71109860	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
71109807--71109854	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
71110086--71110120	13	2.7	13	86	0	52	74	5	2	17	1.14
71110483--71110526	20	2.2	20	83	0	52	13	11	4	70	1.31
71111159--71111214	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
71114703--71114762	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
71114709--71114756	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
71115254--71115313	31	2.0	31	83	3	77	15	21	1	61	1.42
71115298--71115331	11	2.9	12	86	8	52	17	23	0	58	1.38
71115416--71115472	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
71115416--71115472	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
71115414--71115483	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
71118521--71118575	26	2.1	26	83	6	67	30	5	18	45	1.72
71120277--71120318	17	2.5	17	88	7	59	28	19	33	19	1.96
71122292--71122329	20	1.9	20	84	10	51	57	7	0	34	1.28
71122488--71122533	20	2.3	20	85	7	58	39	17	23	19	1.92
71122472--71122553	30	2.7	31	81	5	96	36	14	25	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71122794--71122850	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
71125984--71126039	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
71127350--71127406	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
71131664--71131754	19	4.9	19	68	17	66	46	13	8	31	1.73
71131654--71131782	54	2.4	54	88	2	188	43	13	8	34	1.75
71136767--71136803	12	3.0	12	88	7	56	70	2	8	18	1.25
71139906--71139945	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
71150646--71150690	10	4.2	10	88	11	63	68	2	8	20	1.27
71150645--71150690	11	4.2	11	86	8	67	69	2	8	19	1.25
71150646--71150690	21	2.1	21	91	4	72	68	2	8	20	1.27
71153531--71153591	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71155159--71155227	16	4.4	14	77	18	66	76	4	17	1	1.02
71155159--71155229	20	3.4	20	77	18	74	76	4	18	1	1.03
71155171--71155227	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
71155289--71155317	6	4.8	6	100	0	58	82	0	17	0	0.66
71155313--71155352	12	3.3	12	85	0	53	57	0	25	17	1.40
71155287--71155340	18	3.0	18	77	0	63	68	0	20	11	1.19
71155301--71155363	24	2.6	24	82	0	81	65	0	23	11	1.25
71155350--71155394	18	2.4	19	81	7	56	66	2	24	6	1.27
71159240--71159275	12	2.7	14	91	8	58	75	8	8	8	1.21
71167994--71168121	46	2.8	46	89	0	193	21	20	27	31	1.98
71170845--71170882	20	2.0	20	89	5	60	23	21	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71177505--71177554	21	2.5	20	77	6	55	20	20	20	40	1.92
71180446--71180502	18	3.2	17	71	11	51	10	24	1	63	1.36
71183874--71183918	16	2.9	15	83	3	54	82	2	4	11	0.91
71184308--71184353	10	4.5	10	78	5	56	15	19	21	43	1.87
71184305--71184353	21	2.4	20	86	3	62	14	18	22	44	1.85
71186556--71186628	18	4.4	18	72	19	59	58	0	27	13	1.35
71186549--71186628	24	3.3	24	75	13	92	61	0	26	12	1.31
71191236--71191260	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
71191485--71191533	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
71191485--71191533	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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