genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73064585--73064645	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
73064695--73064813	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
73064695--73064813	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
73065005--73065067	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
73071230--73071277	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73071320--73071380	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
73071430--73071572	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
73071430--73071572	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
73071430--73071573	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
73071763--73071824	30	2.1	30	87	6	90	37	16	22	24	1.94
73075937--73076148	42	5.0	41	72	11	149	26	14	27	31	1.95
73075964--73076061	48	2.0	48	86	3	135	28	13	24	33	1.93
73076142--73076174	12	2.8	12	95	0	57	21	15	30	33	1.94
73077947--73078073	45	2.9	43	83	8	134	23	28	23	24	2.00
73078403--73078526	43	2.9	43	92	2	198	31	33	23	11	1.90
73084179--73084216	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
73091655--73091689	18	1.9	18	88	0	52	68	0	11	20	1.20
73092945--73092977	13	2.3	15	90	10	52	57	6	18	18	1.60
73093111--73093157	23	2.0	23	100	0	94	34	12	25	27	1.92
73096086--73096576	81	6.1	81	86	4	668	27	23	9	39	1.85
73096086--73096576	27	18.2	27	84	4	596	27	23	9	39	1.85
73096581--73096776	54	3.6	54	83	5	252	35	18	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73096589--73096774	81	2.3	81	85	0	246	36	17	19	26	1.94
73096580--73096776	27	7.3	27	81	2	198	36	18	19	26	1.94
73096975--73097057	27	3.1	26	86	5	94	20	21	20	37	1.95
73097145--73097203	22	2.7	22	78	0	55	22	25	18	33	1.96
73097368--73097441	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
73097559--73097744	6	30.8	6	77	15	188	20	17	13	48	1.81
73097559--73097744	30	6.4	30	86	8	267	20	17	13	48	1.81
73097559--73097765	30	7.1	30	84	10	232	20	17	13	48	1.81
73105127--73105294	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
73111557--73111728	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
73111549--73111724	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
73114105--73114192	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
73114105--73114183	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
73114116--73114192	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
73117141--73117312	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
73117133--73117308	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
73121551--73121718	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
73124988--73125110	43	2.9	43	83	2	131	24	17	26	31	1.97
73132233--73132265	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
73132828--73132879	28	1.9	26	84	7	68	50	3	17	28	1.64
73133424--73133557	56	2.4	56	91	0	214	31	13	22	32	1.92
73137064--73137185	49	2.5	49	85	1	165	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73137154--73137318	46	3.6	45	75	11	120	26	29	20	23	1.98
73141018--73141252	49	4.8	49	86	4	337	31	25	15	26	1.96
73141023--73141252	100	2.3	99	90	3	347	31	26	16	26	1.96
73141125--73141206	26	3.3	26	63	16	73	31	26	14	26	1.95
73143717--73143781	15	4.4	15	74	16	64	61	13	15	9	1.56
73143717--73143785	30	2.3	29	79	13	79	59	17	14	8	1.60
73146777--73146959	49	3.7	49	83	3	224	30	25	18	26	1.98
73146778--73146966	100	1.9	99	91	1	306	30	25	17	25	1.98
73149044--73149077	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
73149786--73149938	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
73152386--73152429	21	2.0	22	83	12	56	68	18	6	6	1.35
73159256--73159309	14	3.9	14	75	4	56	37	31	7	24	1.83
73160243--73160302	30	2.0	30	90	0	93	40	6	23	30	1.80
73164370--73165113	369	2.0	369	98	0	1452	31	13	22	32	1.92
73168157--73168215	30	2.0	29	86	3	82	38	6	25	28	1.81
73175497--73175533	11	3.5	11	96	3	67	8	27	0	64	1.21
73175529--73175553	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
73183381--73183460	40	2.0	40	95	0	142	33	23	13	28	1.93
73186316--73186346	16	1.9	16	93	0	53	54	22	0	22	1.44
73187100--73187150	21	2.4	21	78	18	61	27	1	3	66	1.20
73190345--73190373	15	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
73190848--73190995	21	7.0	21	69	6	93	15	22	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73190843--73190995	42	3.6	42	84	3	191	15	23	18	43	1.87
73193198--73193257	17	3.5	17	88	2	84	51	1	11	35	1.48
73193476--73193760	91	2.8	104	78	15	366	30	10	8	50	1.67
73199280--73199327	18	2.6	18	84	12	62	75	0	18	6	1.01
73210224--73210524	103	2.9	103	79	0	314	32	19	18	30	1.95
73210562--73210665	40	2.6	40	82	0	109	22	19	33	25	1.97
73210596--73210938	143	2.4	143	79	2	321	30	17	23	27	1.97
73214025--73214583	281	2.0	281	80	5	621	32	20	21	25	1.98
73215167--73215229	24	2.6	24	76	14	67	17	34	9	38	1.82
73216834--73216881	24	2.0	24	83	4	60	18	20	25	35	1.95
73239467--73239511	19	2.4	18	77	3	54	31	31	20	17	1.96
73240011--73240035	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
73248718--73248853	67	2.0	67	97	0	254	26	11	24	37	1.90
73257314--73257375	24	2.6	24	80	10	81	16	24	22	37	1.94
73260379--73260409	15	2.1	15	100	0	62	19	12	25	41	1.87
73260976--73261156	40	4.6	40	88	2	258	23	20	30	25	1.99
73262593--73262720	30	4.3	30	74	11	118	39	11	27	21	1.88
73262590--73262720	60	2.2	60	84	5	167	40	11	26	21	1.87
73262701--73262782	30	2.7	30	80	0	83	46	13	18	21	1.83
73263831--73263860	12	2.5	12	94	0	51	33	36	16	13	1.88
73266445--73266570	40	3.2	40	94	0	207	38	19	23	17	1.93
73266469--73266535	20	3.3	20	70	0	71	40	19	23	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73266445--73266623	80	2.2	80	80	0	196	40	18	23	17	1.91
73266738--73266810	38	1.9	38	83	5	94	43	8	19	28	1.79
73268682--73268858	40	4.4	40	85	2	223	25	27	22	24	2.00
73268707--73268857	80	1.9	80	91	0	248	27	28	20	23	1.99
73274137--73274348	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
73274137--73274348	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
73280036--73280251	40	5.5	40	90	3	314	25	27	23	24	2.00
73280036--73280251	79	2.7	80	88	3	314	25	27	23	24	2.00
73283978--73284011	16	2.1	16	88	0	50	26	11	29	32	1.92
73286934--73287133	43	4.7	43	84	0	256	30	25	18	25	1.98
73286934--73287150	86	2.5	86	86	0	292	31	26	17	24	1.97
73287842--73287884	14	3.1	14	83	3	61	51	9	2	37	1.47
73292561--73292709	72	2.1	72	96	0	271	34	14	16	34	1.89
73292975--73293175	9	21.9	9	84	6	233	30	0	24	43	1.61
73294162--73294212	19	2.6	20	84	6	77	35	0	39	25	1.56
73294424--73294714	148	2.0	148	82	4	354	36	18	16	28	1.93
73295262--73295351	15	6.1	14	75	12	74	23	1	30	45	1.60
73295262--73295428	7	23.1	7	67	11	70	22	2	31	44	1.66
73295369--73295428	28	2.1	28	87	0	84	20	3	31	45	1.67
73296527--73296614	40	2.2	40	79	0	95	26	18	21	34	1.96
73296260--73296602	155	2.3	150	79	5	332	30	19	18	31	1.96
73297332--73297550	68	3.2	67	74	7	192	27	20	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73308476--73308504	14	2.1	14	100	0	58	48	20	0	31	1.50
73319614--73319716	29	3.6	29	86	2	127	28	16	30	25	1.97
73324434--73324649	48	4.5	47	78	11	199	35	27	16	20	1.94
73324434--73324645	96	2.2	96	81	6	252	35	27	16	20	1.94
73329255--73329310	28	2.0	28	100	0	112	28	21	21	28	1.99
73330064--73330088	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
73333909--73333956	23	2.1	22	88	3	69	43	0	2	54	1.12
73333983--73334026	16	2.7	17	86	13	58	70	2	0	27	0.99
73333982--73334044	16	3.7	18	74	18	55	68	1	3	26	1.14
73333982--73334048	25	2.7	24	77	6	62	67	1	2	28	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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