genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11571774--11571849	40	1.9	40	86	0	107	18	13	34	34	1.89
11578901--11579076	42	4.0	42	80	12	185	31	26	12	29	1.93
11578971--11579076	49	2.2	48	89	3	158	33	28	10	27	1.90
11579183--11579329	31	4.7	31	89	3	233	27	27	19	25	1.98
11579338--11579433	50	1.9	50	91	0	156	27	22	15	34	1.95
11579632--11579751	47	2.6	47	81	1	134	30	25	15	29	1.96
11579787--11579926	31	4.5	31	81	3	174	27	25	17	28	1.98
11579780--11579926	62	2.4	62	86	2	197	27	25	19	28	1.98
11579904--11580032	50	2.5	51	88	2	188	26	23	16	34	1.95
11579034--11580232	597	2.0	597	96	0	2191	30	22	13	32	1.93
11582461--11582631	24	6.8	26	73	11	115	15	24	23	36	1.94
11582513--11582631	48	2.4	49	84	2	150	15	26	23	34	1.94
11582586--11582659	25	2.8	26	76	15	64	20	24	22	32	1.98
11585684--11585744	26	2.3	26	83	5	70	37	14	1	45	1.55
11585669--11585744	13	5.8	13	73	0	62	39	14	1	44	1.53
11599056--11599271	2	108.0	2	100	0	432	0	50	0	50	1.00
11600144--11600180	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
11602576--11602602	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
11604284--11604310	13	2.1	13	100	0	54	51	14	7	25	1.68
11605537--11605572	17	2.1	17	89	0	54	30	0	0	69	0.89
11605547--11605587	15	2.5	16	88	11	57	24	0	0	75	0.80
11617412--11617470	30	2.0	29	83	9	75	59	5	0	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11626759--11626901	25	5.7	25	85	0	169	34	18	27	20	1.95
11626759--11626901	75	1.9	75	83	0	187	34	18	27	20	1.95
11629817--11629982	52	3.1	53	80	9	178	31	27	16	24	1.97
11632207--11632271	18	3.6	18	76	0	58	38	15	12	33	1.85
11632389--11632422	6	5.7	6	89	0	50	47	11	20	20	1.81
11632389--11632423	18	1.9	18	94	0	61	45	11	20	22	1.82
11632406--11632520	51	2.2	53	83	7	137	41	20	18	19	1.90
11633558--11633598	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
11633858--11633917	29	2.0	30	84	9	79	46	5	3	45	1.41
11640326--11640369	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
11640436--11640468	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
11642105--11642241	60	2.3	59	82	8	152	29	21	23	25	1.99
11643992--11644128	46	3.0	46	91	0	220	25	31	8	34	1.86
11644102--11644433	47	7.1	47	90	0	459	25	29	10	34	1.90
11644192--11644266	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
11644286--11644357	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
11649757--11649802	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
11649764--11649808	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
11656433--11656478	23	2.0	23	84	12	60	43	13	6	36	1.69
11665184--11665213	15	2.0	15	100	0	60	40	33	0	26	1.57
11665779--11665828	25	2.0	25	100	0	100	48	12	4	36	1.59
11673292--11673334	11	4.0	11	87	6	61	37	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11673292--11673334	21	2.0	22	86	4	61	37	2	0	60	1.10
11673448--11673621	87	2.0	87	100	0	348	29	14	21	33	1.94
11677963--11678098	58	2.3	58	97	0	254	26	16	24	32	1.96
11678729--11678758	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
11683553--11683972	204	2.1	204	99	0	822	38	11	25	24	1.89
11685420--11685525	27	4.0	27	85	6	135	38	20	23	16	1.93
11685420--11685523	54	1.9	53	88	1	154	38	20	24	17	1.93
11686923--11686993	24	3.0	24	97	0	133	26	38	0	35	1.57
11686900--11686993	48	1.9	48	83	10	120	25	37	2	35	1.68
11688842--11689040	59	3.4	59	95	0	344	26	16	25	31	1.96
11694345--11694572	38	6.0	38	86	2	307	33	26	20	19	1.96
11711789--11711949	85	1.9	85	83	10	213	22	19	24	32	1.98
11711789--11711944	43	3.6	42	83	9	183	23	20	25	31	1.98
11715054--11715157	25	4.2	25	86	2	138	35	19	29	15	1.92
11715060--11715154	50	1.9	50	91	0	154	36	17	28	16	1.92
11715060--11715187	50	2.6	50	85	0	148	36	15	28	18	1.92
11715039--11715177	75	1.9	75	83	6	183	33	19	28	18	1.95
11718188--11718359	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
11718193--11718359	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
11725686--11725857	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
11725691--11725857	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
11728338--11728381	23	1.9	23	100	0	88	20	13	22	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11738643--11738828	47	4.0	47	91	0	282	32	11	29	26	1.91
11738672--11738743	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
11738717--11738792	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
11738806--11739038	48	4.8	48	91	4	369	36	6	26	30	1.81
11739184--11739328	37	3.9	37	95	0	254	22	19	32	25	1.97
11740380--11740653	46	6.0	46	90	0	397	40	15	22	21	1.90
11742086--11742110	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
11744250--11744513	46	5.7	46	91	0	395	39	14	23	22	1.91
11745582--11745607	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
11745781--11745976	101	1.9	101	87	2	286	27	18	20	32	1.97
11748228--11748288	18	3.4	18	83	0	77	39	16	8	36	1.78
11748228--11748497	36	7.8	36	69	14	120	37	15	12	34	1.85
11748308--11748497	18	10.6	18	72	12	140	37	15	12	34	1.85
11748685--11748873	45	4.2	45	94	0	279	40	19	19	20	1.91
11749282--11749333	5	10.2	5	91	4	77	38	23	0	38	1.55
11750999--11751048	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
11751840--11751875	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
11752673--11753021	128	2.7	127	84	3	434	39	18	14	27	1.90
11756308--11756379	33	2.2	33	89	0	108	36	0	6	56	1.26
11756684--11756728	19	2.4	19	92	3	74	28	13	8	48	1.72
11760783--11760821	3	13.0	3	88	0	60	64	2	2	30	1.21
11760787--11760826	21	2.0	20	95	5	64	65	2	5	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11765341--11765426	9	9.6	9	85	0	100	23	6	23	46	1.76
11766192--11766245	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
11766182--11766250	30	2.3	30	89	0	120	26	50	5	17	1.68
11766420--11766463	18	2.4	18	100	0	88	31	0	43	25	1.55
11766745--11766787	3	14.0	3	85	4	59	34	0	0	65	0.93
11766745--11766787	19	2.3	18	92	4	68	34	0	0	65	0.93
11776960--11777010	25	2.0	25	81	7	59	21	23	15	39	1.92
11776999--11777069	25	2.8	25	72	8	65	15	26	22	35	1.94
11779283--11779309	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11780497--11780845	68	5.3	64	69	18	191	26	28	16	28	1.97
11780488--11780884	198	2.0	198	100	0	794	26	28	16	28	1.97
11782853--11782882	16	1.9	16	93	6	53	3	16	0	80	0.85
11783675--11783707	8	4.1	8	96	0	57	51	15	24	9	1.72
11789867--11789899	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
11790982--11791028	19	2.5	19	89	3	78	65	0	19	14	1.26
11791900--11791948	20	2.5	20	83	6	55	48	0	2	48	1.12
11793249--11793285	18	2.1	18	94	0	65	51	0	24	24	1.49
11793249--11793285	12	3.1	12	84	0	56	51	0	24	24	1.49
11793249--11793298	18	2.8	19	82	11	61	48	0	24	28	1.52
11795748--11796024	39	7.1	39	93	0	446	24	30	24	20	1.99
11798405--11798488	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
11800108--11800220	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11800106--11800220	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
11805936--11806430	46	10.8	46	89	3	631	20	24	14	41	1.89
11805936--11806430	93	5.4	92	88	3	649	20	24	14	41	1.89
11805973--11806401	227	1.9	228	92	0	716	19	24	15	40	1.90
11808744--11808892	50	3.0	50	90	2	246	35	15	21	27	1.94
11808905--11809113	31	6.7	31	92	0	328	27	19	26	26	1.99
11809112--11809140	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
11810960--11810985	8	3.2	8	100	0	52	84	0	0	15	0.62
11813294--11813441	50	3.0	50	89	3	237	35	14	21	27	1.93
11813454--11813692	31	7.7	31	90	0	354	28	19	25	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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